View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9186_high_1 (Length: 1298)

Name: NF9186_high_1
Description: NF9186
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9186_high_1
NF9186_high_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (31-1283)||(23332595-23333847)
chr6 (258-352)||(10955074-10955166)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (258-325)||(2027692-2027759)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 1173; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 1173; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 1283
Target Start/End: Original strand, 23332595 - 23333847
Alignment:
Q  31 atatgtggacgaatgagcgatagaagcgcatgaccgatccaccctcacgttggacaatcattttcgacatgggaggaagaaatttgttaggatagttgat 130  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23332595 atatatggacgaatgagcgatagaagcgcatgaccgatccaccctcacgtgggacaatcattttcgacatgggaggaagaaatttgttaggatagttgat 23332694  T
Q  131 ttcgactcctgatctctctgcgatagtcatatctagaagattcggctgtacataagtcagggtgacccacgcaccacgatctaccttatagaaacccttc 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23332695 ttcgactcctgatctctctgcgatagtcatatctagaagattcggctgtacatacgtcagggtgacccacgcaccacgatctaccttatagaaacccttc 23332794  T
Q  231 agctcagcccaaccatcccgcagatagaccttgccatttttcacgtggaccttgacctcgaacatgtttctgtttggatcacgcaacatgacataatcat 330  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23332795 agctcagcccaaccatcccgcagataaaccttgccatttttcacgtggaccttgaccttgaacatgtttctgtttggatcacgcaacatgacataatcat 23332894  T
Q  331 caacatgcacaccatattccttggcgaaacacgatggcaaccttgtcttcggctgaccaacacatcaaacacatgacacggttagttccaatcaacatac 430  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23332895 caacatgcaaaccatattccttggcgaaacacgatggcaaccttgtcttcggctgaccaacacatcaaacacatgacacggttagttccaatcaacatac 23332994  T
Q  431 caaaacagtgcaatgcccactaatgaaccgactaactacatagcatgaatgataattgacagtcttgatcctaacttgacaaccaagaaatatcagcgta 530  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23332995 caaaacagtgcaatgcccacaaatgaaccgactaactacatagcatgaatgataattgacagtcttgatcctaacttgacaaccaagaaatatcagcgta 23333094  T
Q  531 agtattgtataactttcagaaaatgcaccaagaaacaaataagtcttcgtagcattacattccaaaagtagccaaattaaaaccatcgcctaatattcaa 630  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333095 agtattgtataactttcagaaaatgcaccaagaaacaaataagtcttcatagcattactttccaaaagtagccaaattaaaaccatcgcctaatattcaa 23333194  T
Q  631 aacaacatgtggccagcaaaatagagaagaacaaacatctattttccacgcaaacctttttgagttaattaatgctgcaaaatttacgttggttaattaa 730  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333195 aacaacatgtggccagcaaaatagagaagaacaaacatctattttccacgcaaacctttttgagttaattaatgctgcaaaatttacgttggttaattaa 23333294  T
Q  731 aatctggtgctcagcttaattttaatggtcaagatagaaagactccataagaaaaaatacggcagtccaaaaagaatccaccacactggttgcaaatttg 830  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333295 aatctggtgctcagcttaattttaatggtcaagacagaaagactccataagaaaaaatacagcagtccaaaaagaatccaccacactggttgcaaatttg 23333394  T
Q  831 ttatactttttgggagtattacacatagctagaggcaaactcctaaaatgttcgcaatttatcttatgccctgtcgtgcgcatcttcgtaatgacgacat 930  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  23333395 ttataccttttgggagtattacacatagctagaggcaaactcctaaaatgttcgcaatttatcttatgccccatcgtgcgcatcttcgtaatgacgacat 23333494  T
Q  931 taagcaagccaacgaaatcatttgaattagggattttgtccaacgtaattcagcatattataatgattgtttcatcagaaagcagttgacatataaaaaa 1030  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333495 taagcaagccaacgaaatcatttgaattagggattttgtccaacgtaagtcagcatattataatgattgttccatcagaaagcagttgacatataaaaaa 23333594  T
Q  1031 tcacttacagttgcggtctcaagctctgcataatatgtattcagcaatcgcatctcttgaagggaaagctcatcagcaacacgaacaacagttcctgagg 1130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333595 tcacttacagttgcggtctcaagctctgcataatatgtattcagcaatcgcatctcttgaagggaaagctcatcagcaacacgaacaacagttcctgagg 23333694  T
Q  1131 taacgacaatgtgtacatttttcctggtaaatcatgacacaatatatcaaaacagcaaaaaattacataaaacaaacttatcaacctctttgggggagta 1230  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23333695 caacgacaatgtgtacatttttcctggtaaatcatgacacaatatatcaaaacagcaaaaaattacataaaacaaacttatcaacctcttggggggagta 23333794  T
Q  1231 ctgcttcagctgcattctggcacacaattttatcggtcaacttcgtgatgtcc 1283  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23333795 ctgcttcagctgcattccggcacacaattttatcggtcaacttcgttatgtcc 23333847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 258 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 10955166 - 10955074
Alignment:
Q  258 accttgccatttttcacgtggaccttgacctcgaacatgtttctgtttggatcacgcaacatgacataatcatcaacatgcacaccatattcctt 352  Q
    |||||||| || |||  ||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||  |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  10955166 accttgcccttcttcttgtggaccttaacctcgaacatgttcttgttaggatcacgca--atgacatagtcatcaacgtgcaaaccatattcctt 10955074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 258 - 325
Target Start/End: Original strand, 2027692 - 2027759
Alignment:
Q  258 accttgccatttttcacgtggaccttgacctcgaacatgtttctgtttggatcacgcaacatgacata 325  Q
    |||||||||||||||  ||| || || ||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  2027692 accttgccatttttcttgtgaactttaacctcaaacatgttcttgtttggatcacgcaaaatgacata 2027759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University