View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9186_low_5 (Length: 902)

Name: NF9186_low_5
Description: NF9186
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9186_low_5
NF9186_low_5
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (16-887)||(2363161-2364030)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 704; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 704; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 887
Target Start/End: Original strand, 2363161 - 2364030
Alignment:
Q  16 gaggaagtatataaggaaaataaagaatatcctcaaaactgtaaaataatttaaaggaatatcaatatatttttagagatgcaacttttttatcagtaat 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2363161 gaggaagtatataagaaaaataaagaatatcctcaaaactgtaaaataatttaaaggaatattaatatatttttagagatgcaacttttttattagtaat 2363260  T
Q  116 tatggagatgcaatgcaacctgtattattgacaaccaatttgagtgtacacttttttcgtttaactaaaactgggaaatattaaaagatataaattgtta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2363261 tatggagatgcaatgcaacctgtattattgacaaccaatttgagtgtacacttttttcgtttaactaaaactgggaaatattaaaagatataaattgtta 2363360  T
Q  216 aagacgagacaaataaaataccataaaactgagacaaacgtgttgttgaactgtaaaggtaaatcaatgagatgatcgataatagtaggatggatgaatg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2363361 aagacgagacaaataaaataccataaaactgagacaaacgtgttgttgaactgtaaagggaaataaatgagatgatcgataatagtaggatggatgaatg 2363460  T
Q  316 cataatgatgaaatagaaaatgaacgtgggaagcctttatatgcaaattgaggcgttgattaggggaaattgaagttgctccctccacagttgtaatcat 415  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2363461 cacaatgatgaaatagaaaatgaacgtgggaagcctttatatgcaaattgaggcgttgattaggggaaattgaagttgctccctccacagttgtaatcat 2363560  T
Q  416 aattggaccaacaatcttttgagttgaaaggaaaccatcaaagcaagatctaataaccataaagatttttgtccacctgccctcacgtgtaacatttcat 515  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||| | |||||||||||||| ||    
T  2363561 aattggaccaacaatcttttaagttgaaaggaaaccatcaaagcaagatcta-----------------tgtccacctgcacccacgtgtaacatttgat 2363643  T
Q  516 gccaaatcagattaatcaaactctgcttaagtgtgcaatgcaaatagctggcattcctctattgggatattagaagtgataacaatatatatactcactc 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2363644 gccaaatcagattaatcaaactctgcttaagtgtgcaatgcaaatagctggcattcctctattgggatattagaagtgataacaatatatatattcactc 2363743  T
Q  616 tggtcttaaatgtaatcaagaaatcaaatgaatttgattcaaattaatggattttttatttatatttaaggtcggtgagagtactc--tattagtgg--- 710  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||       
T  2363744 tggtcttaaatgtaatcaaaaaatcaaatgaatttgattcaaattaatggattctttatttatatttaaggtcggagagagtactctatattagtggtaa 2363843  T
Q  711 ----------tgctaaatatagagaagcattgcaggtttaaaatgtgtctcaatatattaaatgtatgtctcttcaattttttattttcttccatgtact 800  Q
              || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  2363844 agctcgcacatgttaaatatagagaagcattgcaggtttaaaatgtgtctcaatatattaaatgtatgtctcttcaattttttattttcttccacctact 2363943  T
Q  801 tgtggaacctataatatagttttgttaacattttctttttcatttaaatactctttttaaccaaatgattgtgttcagatggttaat 887  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2363944 tgtggaatctataatatagttttgttaacattttctttttcatttaaatactctttttaaccaaatgattgtgttcagatggttaat 2364030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University