View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9186_low_6 (Length: 877)

Name: NF9186_low_6
Description: NF9186
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9186_low_6
NF9186_low_6
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (46-862)||(39981089-39981905)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 801; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 801; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 39981905 - 39981089
Alignment:
Q  46 aatttaaagtaccatacattttttatctcttcctcagtgattcttccatctgcatctttgtcaaccctgtaatcaaaatcaatgttggtgatatgtttat 145  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39981905 aattaaaagtaccatacattttttatctcttcctcggtgattcttccatctgcatctttgtcaaccctgtaatcaaaatcaatgttggtgatatttttat 39981806  T
Q  146 ggagcattcaacaaatatttgacgcttacattaactaaacaaagaattacatgtcaaagaatattttgagcctagtatcaaagctttggtctgaaataca 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39981805 ggagcattcaacaaatatttgacgcttacattaactaaacaaagaattacatgtcaaagaatattttgagcctagtatcaaagctttggtctgaaataca 39981706  T
Q  246 gtcccagaactccctaaactggatcttgttaatcgaacctccttgaatccctctctgccgagcaagagtatcaaaaagcatctcagcataggcctttgac 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39981705 gtcccagaactccctaaactggatcttgttaatcgaacctccttgaatccctctctgccgagcaagagtatcaaaaagcatctcagcataggcctttgac 39981606  T
Q  346 tcttcattcaatcctacaattgaatccaaagaaacacttcgaaattactctatacttataatcaaagtttcaaatcacttgatcgtgctgcaatctttga 445  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39981605 tcttcattcaatcctacaattgaatccaaagaaacacttagaaattactctatacttataatcaaagtttcaaatcacttgatcgtgctgcaatctttga 39981506  T
Q  446 tattgcagaaaattactgtcaaatatgactgatgcaactttaatagttgtgatggtagagacatcaaaaacattggttatactatccaagttcttaactt 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39981505 tattgcagaaaattactgtcaaatatgactgatgcaactttaatagttgtgatggtagagacatcaaaaacattggttatactatccaagttcttaactt 39981406  T
Q  546 atcatttatcatttgaagcaatatggtaaaacaagcatacctatgcatttagcaaagagagtgcgaggaagataaccgtcagttgtcacggtaagcttat 645  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39981405 atcatttatcatttgaagcaatatggtaaaacaagcatacctatgcatttagcaaagagagtgcgaggaagataaccgtcagttgtcacggtaagcttat 39981306  T
Q  646 caaacactttctcaacttcagaccatcctgcaccaacatcagtcttgctgataaacttgagtccagtgagagcatgagccaccgcagacttggtcctttc 745  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39981305 caaacactttctcaacttcagaccatcctgcaccaacatcagtcttgctgataaacttgagtccagtgagagcatgagccaccgcagacttggtcctttc 39981206  T
Q  746 caatcgctttgctggttctggttttgaaaacgatgccaaacgcttcagctgctttatacgaatagtagcattttgaaccactgaagcaccaaaggatttc 845  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39981205 caatcgctttgctggttctggttttgaaaacgatgccaaacgcttcagctgctttatacgaatagtagcattttgaaccactgaagcaccaaaggatttc 39981106  T
Q  846 ttcttctccaacttatt 862  Q
    |||||||||||||||||    
T  39981105 ttcttctccaacttatt 39981089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University