View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9189_low_1 (Length: 986)

Name: NF9189_low_1
Description: NF9189
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9189_low_1
NF9189_low_1
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (14-969)||(11889915-11890878)
chr1 (20-380)||(11881146-11881506)
chr1 (38-380)||(11903646-11903988)
chr1 (753-969)||(11880459-11880675)
chr1 (753-969)||(11902959-11903175)
chr1 (35-388)||(52819808-52820161)
chr1 (753-867)||(52820658-52820772)
chr1 (17-71)||(11890953-11891007)
chr1 (17-71)||(11881719-11881773)
chr1 (17-71)||(11891085-11891139)
chr1 (17-71)||(11881587-11881641)
chr1 (17-71)||(11881851-11881905)
chr1 (17-71)||(11904048-11904102)
chr1 (17-71)||(11904180-11904234)
chr1 (17-71)||(11904312-11904366)
chr1 (17-71)||(11904444-11904498)
chr1 (17-71)||(11904576-11904630)
chr1 (17-71)||(11904708-11904762)
chr1 (938-968)||(52821419-52821449)
chr1 (28-65)||(11882673-11882710)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 846; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 846; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 969
Target Start/End: Complemental strand, 11890878 - 11889915
Alignment:
Q  14 ttatacttgtaaactggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtgaagtcttgggcttctcacattctttgaaatgtttctttgaag 113  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11890878 ttatacttgtaaactggtgagggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtgaaggcttggacttctcacattctttgaaatgtttctttgaag 11890779  T
Q  114 cataagcaaatggcttagctttgagcactacctcgtacttgtctttggatttcaaggacaactttgttccttggtttagctttgtaggtatgttgaaggg 213  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11890778 cataagcaaatggcttagccttgagcacaacctcgtacttgtctttggatttcaagtacaagtttgttccttggtttagctttgtaggtatgttgaaggg 11890679  T
Q  214 tgaacccttaggtggagcataaagggcagccttacacactgttgaaccatatttgacatagtcaaagtccttaactgtgatggcatactttccattgatc 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11890678 tgaacccttaggtggagcataaagggcagccttgcacactgttgaaccatatttgacatagtcaaagtccttaactgtgatggcatactttccattgatc 11890579  T
Q  314 ttagttttaccgtaagccttgatgattttgctcccggctttgcatgtcacttcaacaacagcacctgtcccataacaaatttgaatttagacaaattgaa 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11890578 ttagttttaccgtaagccttgatgattttgctcccggctttgcatgtcacttcaacaacagcacctgtcccataacaaatttgaatttagacaaatagaa 11890479  T
Q  414 atataattgtttttaaaacatattatattggagagtgttattataaagaagctcactaaactatcattgtcaaaccgaatctttatattaggcaggatta 513  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11890478 atataattgtttttaaaacataatatattggagagtgttattataaagaagctcactaaactatcattttcaaaccgaatctttatattaggcaggatta 11890379  T
Q  514 ttaaattttaatgaggtaaatgat-------atatgtttatttgatatatcaattgttttctttattggacaaggagagacctaaattaagtgtttgtat 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  11890378 ttaaattttaatgaggtaaatgatatatcatatatgttaatttgatatatcaattgtttactttattggacatggagaaacctaaattaagtgtttgtat 11890279  T
Q  607 aattt-taagaaacaaagatgttaataaaaacatgtctatatgaatctcattactgaaacttgcagtttagttgtaatggtattgagaaactacgagcca 705  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11890278 aatttctaagaaacaaagatgttaataaaaacatgtctatatgaatctcattactgaaacttgcagtttagttgtaatggtattgagaaactacgagcca 11890179  T
Q  706 atagtgatttacataaaatatataaaaatgaaaggattgagaaatgtaatgtgatgtacctttgaggtgtttcttgttatgagacttttcaggatactcc 805  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11890178 atagtgatgtacataaaatctataaaaatgaaagaattgagaaatgtaatgtgatgtacctttgaggtgtttcttgttatgagacttttcaggatactcc 11890079  T
Q  806 cagtcataacatctgaagctgtagactttacccactaccttcacgatcaatgcgtggtggtagggatgagggtgatgatacacaacaggtggaggaggag 905  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11890078 cagtcataacatctgaagctgtagacgttacccactaccttcacgatcaatgcatggtggtagggatgagggtgatgatacacaacaggtggaggaggag 11889979  T
Q  906 agttgtaatagtatggtggaggaagaaccttaggtggtggtggggacttgtagtagtaaggtgt 969  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11889978 agttgtaatagtatggtggtggaagaaccttaggtggtggtggggacttgtagtagtaaggtgt 11889915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 20 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 11881506 - 11881146
Alignment:
Q  20 ttgtaaactggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtgaagtcttgggcttctcacattctttgaaatgtttctttgaagcataag 119  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11881506 ttgtaaactggtgagggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtgaaggcttaggcttctcacattctttgaaatgtttctttgaagcataag 11881407  T
Q  120 caaatggcttagctttgagcactacctcgtacttgtctttggatttcaaggacaactttgttccttggtttagctttgtaggtatgttgaagggtgaacc 219  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11881406 caaatggcttagccttgagcacaacctcgtacttgtctttggatttcaagtacaactttgttccttgatttagctttgtaggtatgttgaagggtgaacc 11881307  T
Q  220 cttaggtggagcataaagggcagccttacacactgttgaaccatatttgacatagtcaaagtccttaactgtgatggcatactttccattgatcttagtt 319  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11881306 cttaggtggagcatatagggcagccttgcacactgtcgaaccatatttgacatagtcaaagtccttaactgtgatggcatactttccattgttcttagtt 11881207  T
Q  320 ttaccgtaagccttgatgattttgctcccggctttgcatgtcacttcaacaacagcacctg 380  Q
    || || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  11881206 tttccataagccttgacaattttgctcccggctttgcatgtcacctcaacaacagctcctg 11881146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 38 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 11903988 - 11903646
Alignment:
Q  38 ggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtgaagtcttgggcttctcacattctttgaaatgtttctttgaagcataagcaaatggcttagctttga 137  Q
    |||||||||| |  || |||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11903988 ggtggaggtggtgagttgtagaaaggagttggtgaaggcttaggcttctcacattctttgaaatgtttctttgaagcataagcaaatggcttagccttga 11903889  T
Q  138 gcactacctcgtacttgtctttggatttcaaggacaactttgttccttggtttagctttgtaggtatgttgaagggtgaacccttaggtggagcataaag 237  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11903888 gcacaacctcgtacttgtctttggatttcaagtacaactttgttccttgatttagctttgtaggtatgttgaagggtgaacccttaggtggagcataaag 11903789  T
Q  238 ggcagccttacacactgttgaaccatatttgacatagtcaaagtccttaactgtgatggcatactttccattgatcttagttttaccgtaagccttgatg 337  Q
    || |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||      
T  11903788 ggtagccttgcacactgtcgaaccatatttgacatagtcaaagtccttaactgtgatggcatactttccattgttcttagtttttccataagccttgaca 11903689  T
Q  338 attttgctcccggctttgcatgtcacttcaacaacagcacctg 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  11903688 attttgctcccggctttgcatgtcacctcaacaacagctcctg 11903646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 753 - 969
Target Start/End: Complemental strand, 11880675 - 11880459
Alignment:
Q  753 aatgtgatgtacctttgaggtgtttcttgttatgagacttttcaggatactcccagtcataacatctgaagctgtagactttacccactaccttcacgat 852  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||    
T  11880675 aatgtaatgtacctttgagatgtttcttgttatgagactttgcaggataattccaatcataacatctgaagctgtagactttaccgactaccctcacaat 11880576  T
Q  853 caatgcgtggtggtagggatgagggtgatgatacacaacaggtggaggaggagagttgtaatagtatggtggaggaagaaccttaggtggtggtggggac 952  Q
     | || ||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  11880575 aagtgagtggtggtagggatatgggtgaggatacacaacaggtggaggaggagaattgtaatagtatggtggtggaaggacctttggtggtggtggggac 11880476  T
Q  953 ttgtagtagtaaggtgt 969  Q
    |||||||||||||||||    
T  11880475 ttgtagtagtaaggtgt 11880459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 753 - 969
Target Start/End: Complemental strand, 11903175 - 11902959
Alignment:
Q  753 aatgtgatgtacctttgaggtgtttcttgttatgagacttttcaggatactcccagtcataacatctgaagctgtagactttacccactaccttcacgat 852  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||    
T  11903175 aatgtaatgtacctttgagatgtttcttgttatgagactttgcaggataattccaatcataacatctgaagctgtagactttaccgactaccctcacaat 11903076  T
Q  853 caatgcgtggtggtagggatgagggtgatgatacacaacaggtggaggaggagagttgtaatagtatggtggaggaagaaccttaggtggtggtggggac 952  Q
     | || ||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  11903075 aagtgagtggtggtagggatatgggtgaggatacacaacaggtggaggaggagaattgtaatagtatggtggtggaaggacctttggtggtggtggggac 11902976  T
Q  953 ttgtagtagtaaggtgt 969  Q
    |||||||||||||||||    
T  11902975 ttgtagtagtaaggtgt 11902959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 35 - 388
Target Start/End: Original strand, 52819808 - 52820161
Alignment:
Q  35 ggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtgaagtcttgggcttctcacattctttgaaatgtttctttgaagcataagcaaatggcttagctt 134  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||||||||   |||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |    
T  52819808 ggaggaggaggtgacttgtagtagtaaggagttggtgaaggcttaggtttttcacattcttcataatgcttcttagaagcatatgcgaatggcttagcct 52819907  T
Q  135 tgagcactacctcgtacttgtctttggatttcaaggacaactttgttccttggtttagctttgtaggtatgttgaagggtgaacccttaggtggagcata 234  Q
    ||||||| || || ||||||||||| ||||| |    ||| |  ||||| |  || ||||| ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||    
T  52819908 tgagcacaacttcatacttgtctttagattttaccttcaagtcagttccctcattgagcttagtaggtatgttgaagggagagtctttaggtggagcata 52820007  T
Q  235 aagggcagccttacacactgttgaaccatatttgacatagtcaaagtccttaactgtgatggcatactttccattgatcttagttttaccgtaagccttg 334  Q
     ||    || || |||||    ||||||||||| ||||||| |||||    || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  52820008 tagtttggctttgcacaccacagaaccatattttacatagttaaagtttggaattgtgatggcatactttccattactcttagttttaccgtaagccttg 52820107  T
Q  335 atgattttgctcccggctttgcatgtcacttcaacaacagcacctgtcccataa 388  Q
    ||||| || || || ||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||    
T  52820108 atgatgttccttccagctttgcatttgacctcaacaacagcacctatcccataa 52820161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 753 - 867
Target Start/End: Original strand, 52820658 - 52820772
Alignment:
Q  753 aatgtgatgtacctttgaggtgtttcttgttatgagacttttcaggatactcccagtcataacatctgaagctgtagactttacccactaccttcacgat 852  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  52820658 aatgtaatatacctttgagatgtttcttgtcatgagacttttcaggatactcccaattatagcacttgtagctgtagactttacccactaccttcacaat 52820757  T
Q  853 caatgcgtggtggta 867  Q
    ||||| |||||||||    
T  52820758 caatgggtggtggta 52820772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 17 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 11891007 - 11890953
Alignment:
Q  17 tacttgtaaactggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 71  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11891007 tacttgtaaactggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 11890953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 11881773 - 11881719
Alignment:
Q  17 tacttgtaaactggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 71  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11881773 tacttgtaaaccggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 11881719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 11891139 - 11891085
Alignment:
Q  17 tacttgtaaactggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 71  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11891139 tacttgtaaaccggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 11891085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 11881641 - 11881587
Alignment:
Q  17 tacttgtaaactggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 71  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11881641 tacttgtaaaccggtgcgggtggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 11881587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 11881905 - 11881851
Alignment:
Q  17 tacttgtaaactggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 71  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11881905 tacttgtaaaccggtgcgggtggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 11881851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 11904102 - 11904048
Alignment:
Q  17 tacttgtaaactggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 71  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11904102 tacttgtaaaccggtgcgggtggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 11904048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 11904234 - 11904180
Alignment:
Q  17 tacttgtaaactggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 71  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11904234 tacttgtaaaccggtgcgggtggtggaggtgatttatagtagtaaggagttggtg 11904180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 11904366 - 11904312
Alignment:
Q  17 tacttgtaaactggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 71  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11904366 tacttgtaaaccggtgcgggtggtggaggtgatttatagtagtaaggagttggtg 11904312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 11904498 - 11904444
Alignment:
Q  17 tacttgtaaactggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 71  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11904498 tacttgtaaaccggtgcgggtggtggaggtgatttatagtagtaaggagttggtg 11904444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 11904630 - 11904576
Alignment:
Q  17 tacttgtaaactggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 71  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11904630 tacttgtaaaccggtgcgggtggtggaggtgatttatagtagtaaggagttggtg 11904576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 11904762 - 11904708
Alignment:
Q  17 tacttgtaaactggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggagttggtg 71  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11904762 tacttataaaccggtgcaggaggtggaggtgatttgtagtagtatggagttggtg 11904708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 938 - 968
Target Start/End: Original strand, 52821419 - 52821449
Alignment:
Q  938 ggtggtggtggggacttgtagtagtaaggtg 968  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52821419 ggtggtggtggggacttgtagtagtaaggtg 52821449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 28 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 11882710 - 11882673
Alignment:
Q  28 tggtgcgggaggtggaggtgatttgtagtagtaaggag 65  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11882710 tggtgagggaggtggaggtgatttgtaatagtaaggag 11882673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University