View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9208_low_5 (Length: 454)

Name: NF9208_low_5
Description: NF9208
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9208_low_5
NF9208_low_5
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (4-401)||(29774009-29774407)
chr1 (43-388)||(29770947-29771285)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 4 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 29774407 - 29774009
Alignment:
Q  4 aaaattgtagggatattttgtgtatatata----ctcatttaggatatgcaatttagatgatatgtatttgatcaatttaaaagcgacgtatgtttgtgt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29774407 aaaattgtagggatattttgtgtatatatatatactcatttaggatatgcaatttggatgatatgtatttgatcaatttaaaagcgacgtatgtttgtgt 29774308  T
Q  100 tattcggttaataacatctagttaaacat-agttgtggtattgaattaagtctaaagttaaaggattttcatatgannnnnnnnnnnnnnatcaatggag 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |              | ||||||||    
T  29774307 tattcggttaataacatctagttaaacatcagttgtggtattgaattaagtctaaagttaaaggattttcatatca---aaattttttttaccaatggag 29774211  T
Q  199 cacacaacctttaagatgtttaagagtgtatctacctataaattgattgtcacttctgaatttttggcttaatggtgtcgtttttggttgcctatttttg 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29774210 cacacaacctttaagatgtttaagagtgtatctacctataaattgattgtcacttctgaatttttggcttaatggtgtcgtgtttggttgcctatttttg 29774111  T
Q  299 gcttaatttggttcgttaacttnnnnnnntaaccaagtcaagtagttgaacatatgacctcctatcatgctaatttctatgttcatcccttaaacaacct 398  Q
    ||||||||||||||||||||||       ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29774110 gcttaatttggttcgttaacttaaaaaaataa-caagtcaattagttcaacatatgacctcctatcacgctaatttttatgttcatcccttaaacaacct 29774012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 43 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 29771285 - 29770947
Alignment:
Q  43 gatatgcaatttagatgatatgtatttgatcaatttaaaagcgacgtatgtttgtgttattcggttaataacatctagttaaacat-agttgtggtattg 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||| ||| | ||||||||| |    
T  29771285 gatatgcaatttagatgatatgtatttggtcaatttaaaagcaacgtatgtttgtgatgttcggttaataacatttggttaaccatcaattgtggtatgg 29771186  T
Q  142 aattaagtctaaagttaaaggattttcatatgannnnnnnnnnnnnnatcaatggagcacacaacctttaagatgtttaagagtgtatctacctataaat 241  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||              |||  || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  29771185 aactaagtctaaagttaaaagattttcatatgattttt---------atcggtgaaacacacaacctttaagatgtttaagagtgtatctacttatagtt 29771095  T
Q  242 tgattgtca-cttctgaatttttggcttaatggtgtcgtttttggttgcctatttttggcttaatttggttcgttaacttnnnnnnntaaccaagtcaag 340  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||       |||| |||| | |    
T  29771094 tgattgtcaacttttgaatttttggcttaatggtatcgttttttgttgtctatttttggcttaatttagttcattaacttaaataaataacgaagttagg 29770995  T
Q  341 tagttgaacatatgacctcctatcatgctaatttctatgttcatccct 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||    
T  29770994 tagttgaacatatgacctcctatcacgctaatttctatcttcctccct 29770947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University