View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9209_low_3 (Length: 706)

Name: NF9209_low_3
Description: NF9209
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9209_low_3
NF9209_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-706)||(17596248-17596936)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 681; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 17596936 - 17596248
Alignment:
Q  18 aattctgcttgtgaaacgggagcaaaaccaacgacgcttgtttctccaacgctaaattgtatatgtctttatgaatcgtcgaaaatgatgacatagcaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17596936 aattctgcttgtgaaacgggagcaaaaccaacgacgcttgtttctccaacgctaaattgtatatgtctttatgaatcgtcgaaaatgatgacatagcaac 17596837  T
Q  118 aagattttccacatgagtgttagcattgttggatgcatattcttcaaaaacattagtgatatggttagatgagtaattatttgtttctgatgattggtct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17596836 aagattttccacatgagtgttagcattgttggatgcatattcttcaaaaacattagtgatatggttagatgagtaattatttgtttctgatgattggtct 17596737  T
Q  218 agggtttgtgatactgtactaagttgctgttcttgttggtccatttgtgcaactagaagtgcagttgaacgtcctttgagttcaacaagttgaagtgcaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17596736 agggtttgtgatactgtactaagttgctgttcttgttggtccatttgtgcaactagaagtgcagttgaacgtcctttgagttcaacaagttgaagtgcaa 17596637  T
Q  318 acacacgtaaaggcgaaacagttgtgccattgcaagcttcaagaatattgatcattccattggcatggcgagcattgtgtacacaagtcataatcctaat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17596636 acacacgtaaaggcgaaacagttgtgccattgcaagcttcaagaatattgatcattccattggcatggcgagcattgtgtacacaagccataatcctaat 17596537  T
Q  418 ctcagaagcagctctcaaattctctattgtccttagcttgttttgctcaaatgtagctcttggtttgtacattgcattgatgataggtgctactacaaat 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17596536 ctcagaagcagctctcaaattctctattgtccttagcttgttttgctcaaatgtagctcttggtttatacattgcattgatgataggtgctactacaaat 17596437  T
Q  518 gtcataaaaaatatactatacaccataattgtaaatgcctgcggacccaaaacctgaccaatataaacaaaatttacatttagttatgaaccaagtacat 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17596436 gtcataaaaaatatactatacaccataattgtaaatgcctgcggacccaaaacctgaccaatataaacaaaatttacatttagttatgaaccaagtacat 17596337  T
Q  618 acaaatttatgagtgaatgaacattttagtctagaattgcaagactaactaatttatcttttgttctttgcatatgtttgcatgtagat 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17596336 acaaatttatgagtgaatgaacattttagtctagaattgcaagactaactaatttatcttttgttctttgcatatgtttgcatgtagat 17596248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University