View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9220_low_4 (Length: 1064)

Name: NF9220_low_4
Description: NF9220
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9220_low_4
NF9220_low_4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-1046)||(32487775-32488802)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 912; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 912; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1046
Target Start/End: Original strand, 32487775 - 32488802
Alignment:
Q  8 gagaagcagagatggaagatcttaattaggctgcaatttttcataacatgatgattatgtcacaatatgaacaagaaataatactctgtagtgtactaag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32487775 gagaagcagagatggaagatcttaattaggctgcaatttttcataacatgatgattatgtcacaatatgaacaagaaataatactctgtagtgtactaag 32487874  T
Q  108 acatcaaaatatgaacaagaaattaaagaactgtttaggaaaatgcagtaaccaatgttggatctattgactgaggcacattaacaccaacnnnnnnnnc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |         |    
T  32487875 acatcaaaatatgaacaagaaattaaagaactgtttaggaaaatgcagtaaccaatgttggatctattgactgaggcacattaacaccca-aaaaaaaac 32487973  T
Q  208 ttgatagtgacaatttatagtagttggcatgaactgacctagatatatattgcacattatatgatacatgaaccctaacatttctcaaatagtaagatct 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32487974 ttgatagtgacaatttatagtagttggcatgaactgacttagatatatattgcacattatatgatacatgaaccataacatttctcaaatagtaagatct 32488073  T
Q  308 aactcacaagacattcaaccataatggagtggagctgcttggctgggacatgtctatgatggatccacctttttcgttgacataaagagttttggtgtgc 407  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||    
T  32488074 aactcacaagacagtcaaccataatggagtggagctgcttggctgggacatgtctatgatggatccacctttttcgttg----------ttttggtgtgc 32488163  T
Q  408 tcttcattagtgttgtgattttgagggtgatctttgatgtggtttaacatagacattttagccatttcttcaagcattttgggaggaataggaggcataa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32488164 tcttcattagtgttgtgattttgagggtgatctttgatgtggtttaacatagacattttagccatttcttcaagcattttggggggaataggaggcataa 32488263  T
Q  508 aatgaccataattcttacatttggtagggttgctgctgaattttctgtccttgtaatccatgatcctccttccaaaatgattatacctaagccatggccc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32488264 aatgaccataattcttacatttggtagggttgctgctgaattttctgtccttgtaatccatgatcctccttccaaaatgattatacctaagccatggccc 32488363  T
Q  608 caaaacatttttatttcttgattctgcattagttctggtgtcgtgcagtttacaattggcttcggtatgaccaatcaagccacaagcgaagcagaattga 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32488364 caaaacatttttatttcttgattctgcattagttctggtgtcgtgcagtttacaattggcttcggtatgaccaatcaagccacaagcgaagcagaattga 32488463  T
Q  708 gggaggttctcatatcgaaaatcaatccaatgtgctccatccttggcgctaccaatgtagattcctgctttgattggtttactgatagcaagatttacct 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  32488464 gggaggttctcatatcgaaaatcaatccaatgtgctccatccttggcgctaccaatgtagattcctgctttgattggtgtactaacagcaagatttacct 32488563  T
Q  808 tgattttgatgatcagttttttgttgggatactcgtataactcggatgcaagaacagtaccgatgctggatcctatcttgattcccatttgcttagttct 907  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32488564 tgattttgatgatcagttttttgtcgggatattcgtataactcggatgcaagaacagtaccaatgctggatcctatcttgattcccatctgcttagttct 32488663  T
Q  908 gcattgagtaggtaatccccatagttgaatccatatgggagcatgacgaaactctaacgactgcgcgtctatgtctcttctccaaggatgtacgatgagc 1007  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32488664 gcattgagtaggtaatccccgtagttgaacccatatgggagcatgacgaaactctaacgaccgcgcgtctatgtctcttctccaaggatgtacgatgagc 32488763  T
Q  1008 caagaattcctaaaaaaccaaggatttcctcgaattatt 1046  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32488764 caagaattcctaaaaaaccaaggatttcctcgaattatt 32488802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University