View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9220_low_5 (Length: 978)

Name: NF9220_low_5
Description: NF9220
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9220_low_5
NF9220_low_5
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (9-960)||(7352802-7353753)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 940; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 940; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 960
Target Start/End: Complemental strand, 7353753 - 7352802
Alignment:
Q  9 gagcacagacaataagggtttcatcagaggatgtgtcaacacttttagcattcaatgtctgcaatggatgattatcaagcttttttatctgcagattgac 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7353753 gagcacagacaataagggtttcatcagaggatgtgtcaacacttttagcattcaatgtctgcaatggatgattatcaagcttttttatctgcagattgac 7353654  T
Q  109 atttaaggactgagcataaccaaggagtccagaagagaaagtatcaccacatggacctattgaaaatggggtctccatgttttggtcattttcagtggat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7353653 atttaaggactgagcataaccaaggagtccagaagagaaagtatcaccacatggacctattgaaaatggggtctccatgttttggtcattttcagtggat 7353554  T
Q  209 gaagaggcattaacgacagtaaggcgaacaagaggaggaggtccaccaggtcgacgactcaaggcctctagaaaagttggccattgcacaccatgagaga 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7353553 gaagaggcattaacgacagtaaggcgaacaagaggaggaggtccaccaggtcgacgactcaaggcctctagaaaagttggccattgcacaccatgagaga 7353454  T
Q  309 ctccaatgtcaaggatgtgaagggtgcgcaaattgttcggctcttcagctagaacttgaagaatggaagcatttgctatgttattaggaaaggaaaacca 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7353453 ctccaatgtcaaggatgtgaagggtgcgcaaattgttcggctcttcagctagaacttgaagaatggaagcatttgctatgttattaggaaaggaaaacca 7353354  T
Q  409 agggctaaactcatagaacttcagtaatgacttttggaagaatcgcggttctgtagatgcaaaagtaatagtccctgatggggtagatgacgaagatgaa 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7353353 agggctaaactcatagaacttcagtaatgacttttggaagaatcgcggttctgtagatgcaaaagtaatagtccctgatggggtagatgacgaagatgaa 7353254  T
Q  509 gataaatggtgtgtcaatgctcgaagaccatgcgctgcaagccggtggttggcatcaccggtagttgaggctagctcatggagaacatataagagatgtt 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7353253 gataaatggtgtgtcaatgctcgaagaccatgtgctgcaagccggtggttggcatcaccggtagttgaggctagctcatggagaacatataagagatgtt 7353154  T
Q  609 gcacacgattcagatttccaccggttatggctacagcacaagggttgagcaactgctcagcccacctaccatccttattgtttccattgttactgttact 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7353153 gcacacgattcagatttccaccggttatggctacagcacaagggttgagcaactgctcagcccacctaccatccttattgtttccattgttactgttact 7353054  T
Q  709 tccattggccttagctgcacctttcttgttcccaccagattttctaaccactgtcccttcaagagctgcatctccattatcactttcattcatcggacga 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7353053 tccattggccttagctgcacctttcttgttcccaccagattttctaaccactgtcccttcaagagctgcatctccattatcactttcattcatcggacga 7352954  T
Q  809 ctcttatgtctcttgttcttttggttttgaggttgttttttgagacttagttcatcttcggcattacgtttcttcggcaaatctgaaaagggtatgttat 908  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7352953 ctcttaagtctcttgttcttttggttttgaggttgttttttgagacttagttcatcttcggcatttcgtttcttcggcaaatctgaaaagggtatgttat 7352854  T
Q  909 taaagctattaggctcaagggatgttgtacttgtggtagtactagcagcaac 960  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7352853 taaagctattaggctcaagggatgttgtacttgtggtagtactagcagcaac 7352802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University