View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9220_low_7 (Length: 841)

Name: NF9220_low_7
Description: NF9220
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9220_low_7
NF9220_low_7
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (13-825)||(2919334-2920146)
chr8 (21-800)||(37794213-37794987)
chr8 (32-730)||(3013237-3013927)
chr8 (15-364)||(2928838-2929184)
chr8 (263-804)||(2945724-2946260)
chr8 (512-612)||(2929327-2929427)
chr8 (21-93)||(2945485-2945557)
chr8 (418-476)||(2929233-2929291)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-803)||(28023218-28024003)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (21-364)||(1507931-1508265)
chr3 (515-582)||(1507718-1507785)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (21-93)||(4917547-4917619)
chr6 (269-364)||(4917279-4917374)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 801; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 801; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 825
Target Start/End: Original strand, 2919334 - 2920146
Alignment:
Q  13 cagagagagcaggaacaagatcatgattctcacacaaaacaccttctgatattgcttcagagaaatatgtggcatatttcagtgcattacccataggctt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2919334 cagagagagcaggaacaagatcatgattctcacacaaaacaccttctgatattgcttcagagaaatatgtggcatatttcagtgcattacccataggctt 2919433  T
Q  113 atccatcttctggatgaagaacttagaacttttctttttccagcgtaccattttgtcttctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagcgacaaacta 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2919434 atccatcttctggatgaagaacttagaacttttcttttcccagcgtaccattttgtcttctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagcgacaaacta 2919533  T
Q  213 taacttaccgtgaccggcaccactgtctcaaggaaggtgatcaggttaataagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttcagtcttg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2919534 taacttaccgtgaccggcaccactgtctcaaggaaggtgatcaggttaataagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttcagtcttg 2919633  T
Q  313 aacaagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaattctattatgatcaacttgcaccggaccctttcaacaccatcattaact 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2919634 aacaagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaattctattatgatcaacttgcaccggaccctttcaacaccatcattaact 2919733  T
Q  413 aaagatgatacttttttgcacagcgattcagagatatttcgagcaccaatgtttctgtagatgttatataactttgaaatggatgatggcccaaagtttt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2919734 aaagatgatacttttttgcacagcgattcagagatatttcgagcaccaatgtttctgtagatgttatataactttgaaatggatgatggcccaaagtttt 2919833  T
Q  513 gctgaggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaacaagtcttttttatgcaacagaaatatttc 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2919834 gctgaggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaacaagtcttttttatgcaacagaaatatttc 2919933  T
Q  613 tttgctgcctgttgttacagatagtttgatcagcctctcagaaagttctttctctggattttcgcccaagtgtttcaggataaacatccagaatttccag 712  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2919934 tttgctgcctgttgttacaggtagtttgatcagcctctcagaaagttctttctctggattttcgcccaagtgtttcaggataaacatccagaatttccag 2920033  T
Q  713 cacttttcatatgacaatccttccgatgatctttcccagtcattccaaacatcaacataatcatcaagtgagggcttaatcctgacttccaaggaaaatt 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2920034 cacttttcatatgacaatccttccgatgatctttcccagtcattccacacatcaacataatcatcaagtgagggcttaatcctgacttccaaggaaaatt 2920133  T
Q  813 ttaaaaagggtag 825  Q
    |||||||||||||    
T  2920134 ttaaaaagggtag 2920146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 800
Target Start/End: Original strand, 37794213 - 37794987
Alignment:
Q  21 gcaggaacaagatcatgattctcacacaaaacaccttctgatattgcttcagagaaatatgtggcatatttcagtgcattacccataggcttatccatct 120  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||| ||||| ||    
T  37794213 gcaggaacaaaatcatgattctcagacaaaacaccttctgatattgtttcagagaaatatgtcgcatatttcagtgcatttccccgaggctcatccaact 37794312  T
Q  121 tctggatgaagaacttagaacttttctttttccagcgtaccattttgtcttctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagcgacaaactataacttac 220  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |||| |||||    
T  37794313 tctggatgaaaaacttggaactttgcctttcccagcgtaccattttgtcatctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagtgatagattatagcttac 37794412  T
Q  221 cgtgaccggcaccactgtctcaaggaaggtgatcaggttaataagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttcagtcttgaacaagca 320  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||  |   |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  37794413 cgtgaccgggacctttgtctcaaggaaact---caggttgagaagaccttgaacagcttcatgcctcttgtctggttccatcttcaggctagaacaagca 37794509  T
Q  321 aggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaa---ttctattatgatcaacttgcaccggaccctttcaacaccatcattaactaaaga 417  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||   | | |||||||||||||||||||      ||||||||||||| || |  || ||    
T  37794510 aggaaaccaagaatgagcttaatcaaaccttttaagttgaaaagaataccattatgatcaacttgcacca-----tttcaacaccatcgttcagcaagga 37794604  T
Q  418 tgatacttttttgcacagcgattcagagatatttcgagcaccaatgtttctgtagatgttatataactttgaaatggatgatggcccaaagttttgctga 517  Q
     ||| ||| |||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||  ||||||    
T  37794605 agattcttctttgcatagtgattcagatatatttcgagcaccgatttttctgtagatgtcatataacttagaaatggacgaaggcccaaagtcctgctga 37794704  T
Q  518 ggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaacaagtcttttttatgcaacagaaatatttctttgc 617  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  ||||| || | || ||||||||| |||||||    
T  37794705 ggataccacacaaaaatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaaggttatcaggtataaaaacatctttcttgtccagcagaaatatctctttgc 37794804  T
Q  618 tgcctgttgttacagatagtttgatcagcctctcagaaagttctttctctggattttcgcccaagtgtttcaggataaacatccagaatttccagcactt 717  Q
    | ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||  ||||| | ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37794805 ttcctgttgttacaggtagtttgctcaacctctcagaaagtttcttctcagtatttgtgcccaaatgtttcaggataaacatccagaatttccagcactt 37794904  T
Q  718 ttcatatgacaatccttccgatgatctttcccagtcattccaaacatcaacataatcatcaagtgagggcttaatcctgactt 800  Q
     ||||| |||||| ||||| |||| || ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  37794905 gtcatacgacaattcttccaatgaactctcccattcattccaaagatcaacataatcatcaagtgagggtttagccctgactt 37794987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 32 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 3013927 - 3013237
Alignment:
Q  32 atcatgattctcacacaaaacaccttctgatattgcttcagagaaatatgtggcatatttcagtgcattacccataggcttatccatcttctggatgaag 131  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| || || ||| | |     |||||||||||||||||      
T  3013927 atcatgattctcacgcaaaataccctcggatattgcttcagagaaatttgtagcatacttcaatgaatcaccaagaactccatccatcttctggatgata 3013828  T
Q  132 aacttagaacttttctttttccagcgtaccattttgtcttctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagcgacaaactataacttaccgtgaccggca 231  Q
    |||||  ||||||   ||| ||| |||||| |||||| |  |||||| |||||||||||||||||||| |  || |||||||| |||||  |||  |||     
T  3013827 aacttgcaactttgactttcccaacgtacccttttgtttgatttcttggtaatgatgtcccctgatgataatgataaactatagcttacattgattggct 3013728  T
Q  232 ccactgtctcaaggaaggtgatcaggttaataagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttcagtcttgaacaagcaaggaaaccaag 331  Q
    |   ||||||| ||||  |   || ||| ||||||| |||||||||||| || ||| | | ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||    
T  3013727 ctgttgtctcatggaaact---caagttgataagactttgaacagcttcttgtctcctttttggttccattttcaggctagaacatgcaagaaaaccaag 3013631  T
Q  332 aacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaattctattatgatcaacttgcaccggaccctttcaacaccatcattaactaaagatgatacttttttgc 431  Q
    ||  ||||||||||| || ||||||||||||||  ||||  ||||||| | |  | |     || | |||||||||| || || || ||| ||| |||||    
T  3013630 aataagcttaaccaacccctttaagttgaaaatattatttggatcaacatacttcag-----tttaccaccatcattcaccaaggacgattcttctttgc 3013536  T
Q  432 acagcgattcagagatatttcgagcaccaatgtttctgtagatgttatataactttgaaatggatgatggcccaaagttttgctgaggataccacacaaa 531  Q
    | || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||  |||  || ||  ||||  ||||    | ||| | |||||||||||| |||||    
T  3013535 atagtgattcagagatatttctagcaccaatttttctgtaaatgttggatagtttagacttggacaatggtgtcatgttatactgaggataccatacaaa 3013436  T
Q  532 tatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaacaagtcttttttatgcaacagaaatatttctttgctgcctgttgttaca 631  Q
     |  || |||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| |  ||||  ||||  | |||||||||||| ||  | |||| ||||  |    
T  3013435 aactttttccttctcaaaaagcttcttcatatgaaggctatcaggaataaaaacatcttccttatctaccagaaatatttcattatttcctgatgttgta 3013336  T
Q  632 gatagtttgatcagcctctcagaaagttctttctctggattttcgcccaagtgtttcaggataaacatccagaatttccagcacttttcatatgacaat 730  Q
    | |||||| ||||  ||||||| ||||| |||||||  ||||  || ||| ||||||  |||| ||||||||||  | |||||||  ||||| ||||||    
T  3013335 ggtagtttcatcaaactctcagcaagttttttctcttcatttgtgctcaaatgtttcgagatagacatccagaacctgcagcactcatcataggacaat 3013237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 364
Target Start/End: Original strand, 2928838 - 2929184
Alignment:
Q  15 gagagagcaggaacaagatcatgattctcacacaaaacaccttctgatattgcttcagagaaatatgtggcatatttcagtgcattacccataggcttat 114  Q
    ||||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||  ||| ||| || ||| ||||| |||   |   |  |    
T  2928838 gagagtgcagcaacatgatcatgattctcacgcaaaataccctcggatattgcttcagagaaacttgtagcacatctcaatgcatcaccaggaacttcct 2928937  T
Q  115 ccatcttctggatgaagaacttagaacttttctttttccagcgtaccattttgtcttctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagcgacaaactata 214  Q
    |||||||||||||||  |||||  | ||||   ||| ||| |||||| |||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||    
T  2928938 ccatcttctggatgataaacttgcagctttgactttcccaacgtacccttttgtttgctttctttgtaatgatttcccctgatgacaatgacaaactata 2929037  T
Q  215 acttaccgtgaccggcaccactgtctcaaggaaggtgatcaggttaataagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttcagtcttgaa 314  Q
     |||||  ||| |||| |   ||||||| ||||     ||  ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |    | |    
T  2929038 gcttacattgatcggctctgttgtctcatggaa---actcgagttgataagactttgaacagcttcatgtctcttctttggttccattttcgggaaagca 2929134  T
Q  315 caagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaat 364  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  2929135 caagcaagaaaaccaagaataagcttaaccaacccctttaagttgaaaat 2929184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 263 - 804
Target Start/End: Original strand, 2945724 - 2946260
Alignment:
Q  263 aagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttcagtcttgaacaagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaa 362  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||  | | ||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||    
T  2945724 aagactttgaacagcttcatgtctcttttttggtttcattttcaggttaggacatgcaagaaaaccaagaataagcttaaccaacccctttaagttgaaa 2945823  T
Q  363 attctattatgatcaacttgcaccggaccctttcaacaccatcattaactaaagatgatacttttttgcacagcgattcagagatatttcgagcaccaat 462  Q
    ||  ||||  ||||||| |||  | |     || | |||||||||| ||  | |||||| ||| |||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  2945824 atattatttggatcaacatgcttcag-----tttaccaccatcattcaccgaggatgattcttctttgcaaagtgattcagagatatttctagcaccaat 2945918  T
Q  463 gtttctgtagatgttatataactttgaaatggatgatggcccaaagttttgctgaggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcaga 562  Q
     |||||||| |||    |||  || ||  ||||  | ||    | ||| | |||||||||||| ||||| |  || |||| ||||||||||||||||| |    
T  2945919 ttttctgtaaatgcgggatagtttagacttggacaacggtgtcatgttatactgaggataccatacaaaaactttttccttctcaaaaagcttcttcata 2946018  T
Q  563 tgaagattatcaggaataaacaagtcttttttatgcaacagaaatatttctttgctgcctgttgttacagatagtttgatcagcctctcagaaagttctt 662  Q
    |||||| ||||||||||||| |  ||||  ||||  | |||||||||||| ||  | |||| ||||  || |||||| ||||  ||| ||| ||||| ||    
T  2946019 tgaagactatcaggaataaaaacatcttccttatcaaccagaaatatttcattattccctgatgttgtaggtagtttcatcaaactcgcagcaagttttt 2946118  T
Q  663 tctctggattttcgcccaagtgtttcaggataaacatccagaatttccagcacttttcatatgacaatccttccgatgatctttcccagtcattccaaac 762  Q
    |||||  ||||   | ||| ||||||  |||| || |||||||  | || ||||  ||||||||||||   | |  ||| ||| |||| ||||||||||     
T  2946119 tctcttcatttgttctcaaatgtttcgagatagacgtccagaacctgcaacactcatcatatgacaattgcttcactgaacttccccaatcattccaaag 2946218  T
Q  763 atcaacataatcatcaagtgagggcttaatcctgacttccaa 804  Q
     |||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||    
T  2946219 gtcaacataatcatctagtgagggcttcttcttgacttccaa 2946260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 512 - 612
Target Start/End: Original strand, 2929327 - 2929427
Alignment:
Q  512 tgctgaggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaacaagtcttttttatgcaacagaaatattt 611  Q
    ||||| |||||||| ||||| |  ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    ||||||||||  | |||||||||||    
T  2929327 tgctggggataccatacaaaaactttctccctctcaaaaagcttcttcatatgaagattatcgggaataaaagcatcttttttatctaccagaaatattt 2929426  T
Q  612 c 612  Q
    |    
T  2929427 c 2929427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 93
Target Start/End: Original strand, 2945485 - 2945557
Alignment:
Q  21 gcaggaacaagatcatgattctcacacaaaacaccttctgatattgcttcagagaaatatgtggcatatttca 93  Q
    |||||||||  |||||||||||||  ||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  2945485 gcaggaacataatcatgattctcaggcaaaataccctcggatattgcttcagagaaatttgtagcataattca 2945557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 418 - 476
Target Start/End: Original strand, 2929233 - 2929291
Alignment:
Q  418 tgatacttttttgcacagcgattcagagatatttcgagcaccaatgtttctgtagatgt 476  Q
    |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||    
T  2929233 tgattcttctttgcacagtgattcagagatatttctaacaccaatttttctgtaaatgt 2929291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 803
Target Start/End: Original strand, 28023218 - 28024003
Alignment:
Q  13 cagagagagcaggaacaagatcatgattctcacacaaaacaccttctgatattgcttcagagaaatatgtggcatatttcagtgcattacccataggctt 112  Q
    ||||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| | |  |||||     
T  28023218 cagagagggcaggaacaaaatcgtgattctcagacaaaacaccttctgatattgtttcagagacatatgtggcatatttcagtgcatttctctgaggctc 28023317  T
Q  113 atccatcttctggatgaagaacttagaacttttctttttccagcgtaccattttgtcttctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagcgacaaacta 212  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| ||||||| | ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  | | ||||    
T  28023318 atccaacttctggatgaaaaacttggaactttgcctttcccagcgaaccattttgtcatctttctttgtaacgatgtcccctgatgacagtaatagacta 28023417  T
Q  213 taacttaccgtgaccggcaccactgtctcaaggaaggtgatcaggttaataagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttcagtcttg 312  Q
    || || ||||||||||| |||  || |||||||||| | ||   ||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |    
T  28023418 tagctaaccgtgaccgggacctttgcctcaaggaagctcat---gttgagaagaccttgaacagcttcatgcctcttgtctggttccatcttcaggctag 28023514  T
Q  313 aacaagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaattctat---tatgatcaacttgcaccggaccctttcaacaccatcatta 409  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||   |||   |||||||||||||||||      ||||||||||||||||     
T  28023515 aacaagcaaggaaaccaagaatgagcttaatcaaaccttttaagttgaaaagaatatcgttatgatcaacttgcacca-----tttcaacaccatcattc 28023609  T
Q  410 actaaagatgatacttttttgcacagcgattcagagatatttcgagcaccaatgtttctgtagatgttatataactttgaaatggatgatggcccaaagt 509  Q
       || || ||| ||| |||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  28023610 cgcaaggaagattcttctttgcatagtgattcagatatatttcgagcaccgatttttctgtagatgtcatataacttagaaatggacgaaggcccaaagt 28023709  T
Q  510 tttgctgaggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaacaagtcttttttatgcaacagaaatat 609  Q
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  ||||| || | || |||||||||    
T  28023710 cctgctgaggataccacacaaaaatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaaggttatcaggtataaaaacatctttcttgtccagcagaaatat 28023809  T
Q  610 ttctttgctgcctgttgttacagatagtttgatcagcctctcagaaagttctttctctggattttcgcccaagtgtttcaggataaacatccagaatttc 709  Q
     |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||  ||||||| ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28023810 ctctttgcttcctgttgttacaggtagtttgctcaacctctccgaaagtttcttctctgtatttgtgcccaaatgtttcaggataaacatccagaatttc 28023909  T
Q  710 cagcacttttcatatgacaatccttccgatgatctttcccagtcattccaaacatcaacataatcatcaagtgagggcttaatcctgacttcca 803  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||| |||| || ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||    
T  28023910 cagcacttgtcatacgacaattcttccaatgaactctcccattcattccaaagatcaacataatcatcaagtgagggtttagccctgacatcca 28024003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 21 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 1508265 - 1507931
Alignment:
Q  21 gcaggaacaagatcatgattctcacacaaaacaccttctgatattgcttcagagaaatatgtggcatatttcagtgcattacccataggcttatccatct 120  Q
    ||||||||| |||||||||| |||  ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||  ||||||||| || ||  | ||       ||||||||    
T  1508265 gcaggaacatgatcatgattttcatgcaaaacaccctcagatattgcttcagagaaatttgtaacatatttcaatgaatc-ctcacc-----atccatct 1508172  T
Q  121 tctggatgaagaacttagaacttttctttttccagcgtaccattttgtcttctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagcgacaaactataacttac 220  Q
    |||||||||  ||||| |||||||   ||| ||| || ||| |||||| | ||||||||||||||||||| || ||||| || | || |||||| |||||    
T  1508171 tctggatgataaacttggaactttgactttcccaacgcacccttttgtttgctttctttgtaatgatgtctccggatgatagtggcagactatagcttac 1508072  T
Q  221 cgtgaccggcaccactgtctcaaggaaggtgatcaggttaataagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttcagtcttgaacaagca 320  Q
      |||  ||  ||| ||||||| ||||| | |    ||| | ||||  ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||  | ||||| |||    
T  1508071 attgattggttccattgtctcatggaagcttaa---gttgagaagagtttgaacagcttcatgtctcttacttggttccattttaaggttagaacatgca 1507975  T
Q  321 aggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaat 364  Q
    || ||||||||||  |||||| |||| || ||||||||||||||    
T  1507974 agaaaaccaagaataagcttagccaacccctttaagttgaaaat 1507931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 515 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 1507785 - 1507718
Alignment:
Q  515 tgaggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaa 582  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||  ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||    
T  1507785 tgaggataccagacaaaaattttctccctctcaaaaagcttcttcatatgaaagttatcaggaataaa 1507718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 21 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 4917619 - 4917547
Alignment:
Q  21 gcaggaacaagatcatgattctcacacaaaacaccttctgatattgcttcagagaaatatgtggcatatttca 93  Q
    ||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  4917619 gcaggaacatgatcgtgattctcacgcaaaacaccctcagatattgcttcagaaaaatatgtagcatatttca 4917547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 269 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 4917374 - 4917279
Alignment:
Q  269 ttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttcagtcttgaacaagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaat 364  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||  || || ||||| ||||| ||||||||||  |||||| | || || | ||||||||||||    
T  4917374 ttgaacagcttcatgtctcttttttggttccatttcaaggctagaacatgcaagaaaaccaagaataagcttagctaacccctgtaagttgaaaat 4917279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University