View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF9222_low_14 (Length: 300)
Name: NF9222_low_14
Description: NF9222
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9222_low_14 |
 | |
|
| [»] scaffold0635 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0635 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: scaffold0635
Description:
Target: scaffold0635; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 22 - 284
Target Start/End: Original strand, 3227 - 3488
Alignment:
| Q |
22 |
ttatggtgaaattttaatgaaaaatagtatgagatggaataatgtcatcacttccattctattacataannnnnnnaaaatattcgaacaattgaatatc |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |
|
|
| T |
3227 |
ttatggtgaaattttaatgaaaaatagtatgagatggaataatgtcatcatttccattctattacataatttttt-aaaatattcaaacagttgaatatc |
3325 |
T |
|
| Q |
122 |
acatcatttcattatatggtttgataggaattacatgatattataagtgaatcatgcatatggtgcttcacacctaaagaacacatgtatcttatgaaat |
221 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3326 |
acatcatttcattatatggtttgataggaattacatgatattataagtgaatcatgcatatggtgcttcacacctaaagaacacatgtatcttatgaaat |
3425 |
T |
|
| Q |
222 |
tttaacatttatgaaatgagaataaccaaagttgaaagaagcaactcttatttttcccttctt |
284 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3426 |
tttaacatttatgaaatgagaataaccaaagttgaaagaagcaattcttatttttcccttctt |
3488 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 22 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10043843 - 10043582
Alignment:
| Q |
22 |
ttatggtgaaattttaatgaaaaatagtatgagatggaataatgtcatcacttccattctattacataannnnnnnaaaatattcgaacaattgaatatc |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |
|
|
| T |
10043843 |
ttatggtgaaattttaatgaaaaatagtatgagatggaataatgtcatcatttccattctattacataatttttt-aaaatattcaaacagttgaatatc |
10043745 |
T |
|
| Q |
122 |
acatcatttcattatatggtttgataggaattacatgatattataagtgaatcatgcatatggtgcttcacacctaaagaacacatgtatcttatgaaat |
221 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10043744 |
acatcatttcattatatggtttgataggaattacatgatattataagtgaatcatgcatatggtgcttcacacctaaagaacacatgtatcttatgaaat |
10043645 |
T |
|
| Q |
222 |
tttaacatttatgaaatgagaataaccaaagttgaaagaagcaactcttatttttcccttctt |
284 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10043644 |
tttaacatttatgaaatgagaataaccaaagttgaaagaagcaattcttatttttcccttctt |
10043582 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 22 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10105557 - 10105296
Alignment:
| Q |
22 |
ttatggtgaaattttaatgaaaaatagtatgagatggaataatgtcatcacttccattctattacataannnnnnnaaaatattcgaacaattgaatatc |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |
|
|
| T |
10105557 |
ttatggtgaaattttaatgaaaaatagtatgagatggaataatgtcatcatttccattctattacataatttttt-aaaatattcaaacagttgaatatc |
10105459 |
T |
|
| Q |
122 |
acatcatttcattatatggtttgataggaattacatgatattataagtgaatcatgcatatggtgcttcacacctaaagaacacatgtatcttatgaaat |
221 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10105458 |
acatcatttcattatatggtttgataggaattacatgatattataagtgaatcatgcatatggtgcttcacacctaaagaacacatgtatcttatgaaat |
10105359 |
T |
|
| Q |
222 |
tttaacatttatgaaatgagaataaccaaagttgaaagaagcaactcttatttttcccttctt |
284 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10105358 |
tttaacatttatgaaatgagaataaccaaagttgaaagaagcaattcttatttttcccttctt |
10105296 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University