View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9223_low_10 (Length: 473)

Name: NF9223_low_10
Description: NF9223
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9223_low_10
NF9223_low_10
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (176-455)||(2546946-2547228)
chr3 (176-452)||(16218744-16219024)
chr3 (194-455)||(15539044-15539310)
chr3 (176-455)||(10725968-10726250)
chr3 (238-455)||(19631852-19632070)
chr3 (186-442)||(10934490-10934750)
chr3 (238-455)||(27052438-27052659)
chr3 (183-411)||(15045080-15045311)
chr3 (241-455)||(5347392-5347609)
chr3 (238-455)||(19659761-19659963)
chr3 (238-387)||(19614483-19614633)
chr3 (268-455)||(13440122-13440311)
chr3 (302-412)||(12696599-12696712)
chr3 (247-368)||(4813959-4814081)
chr3 (184-454)||(12252641-12252915)
chr3 (184-299)||(11832838-11832953)
chr3 (275-341)||(8853207-8853274)
chr3 (394-444)||(40354386-40354436)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (176-455)||(21654203-21654488)
chr2 (216-455)||(28774223-28774466)
chr2 (241-455)||(18995239-18995457)
chr2 (208-368)||(24282022-24282186)
chr2 (176-209)||(27353779-27353812)
[»] scaffold0530 (1 HSPs)
scaffold0530 (181-455)||(2979-3245)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (175-455)||(17959867-17960147)
chr4 (190-455)||(15711416-15711684)
chr4 (268-454)||(11776222-11776412)
chr4 (181-442)||(16571214-16571463)
chr4 (216-455)||(21981954-21982195)
chr4 (259-350)||(28800969-28801061)
chr4 (244-358)||(9566663-9566778)
chr4 (183-279)||(15692359-15692455)
chr4 (79-108)||(16168577-16168606)
chr4 (411-455)||(9566572-9566616)
[»] scaffold0190 (1 HSPs)
scaffold0190 (182-456)||(1710-1985)
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (216-455)||(14566445-14566685)
chr6 (181-455)||(19977148-19977431)
chr6 (283-455)||(19725333-19725502)
chr6 (257-450)||(23294188-23294384)
chr6 (182-454)||(19980237-19980513)
chr6 (376-455)||(14354300-14354379)
chr6 (238-340)||(16308561-16308664)
chr6 (244-456)||(10974898-10975114)
chr6 (352-454)||(12487746-12487848)
chr6 (239-288)||(9520825-9520874)
chr6 (208-381)||(18557467-18557640)
chr6 (275-433)||(12463615-12463775)
chr6 (244-339)||(5484709-5484805)
chr6 (239-280)||(19970102-19970143)
chr6 (415-455)||(23299658-23299698)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (238-455)||(26727722-26727940)
chr5 (183-455)||(24194196-24194472)
chr5 (238-454)||(19316350-19316570)
chr5 (249-455)||(17169604-17169812)
chr5 (275-455)||(17364170-17364353)
chr5 (183-341)||(19859296-19859454)
chr5 (244-389)||(31479615-31479761)
chr5 (181-291)||(10176569-10176679)
chr5 (387-455)||(26132681-26132749)
chr5 (356-451)||(26867872-26867969)
chr5 (376-455)||(19268445-19268524)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (176-455)||(22615168-22615451)
chr1 (181-454)||(20407855-20408132)
chr1 (238-455)||(21719686-21719907)
chr1 (184-385)||(23475706-23475907)
chr1 (208-389)||(21402673-21402855)
chr1 (238-455)||(18621824-18622045)
chr1 (238-321)||(21219259-21219343)
chr1 (247-455)||(21423269-21423481)
chr1 (265-420)||(21978628-21978785)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (176-454)||(11773868-11774150)
chr7 (183-455)||(8323845-8324123)
chr7 (176-412)||(3170113-3170353)
chr7 (208-387)||(20910391-20910571)
chr7 (190-455)||(8327051-8327308)
chr7 (241-455)||(29731114-29731339)
chr7 (241-455)||(29741608-29741833)
chr7 (239-454)||(29741056-29741282)
chr7 (187-385)||(13761558-13761757)
chr7 (356-444)||(16094747-16094837)
[»] scaffold0007 (2 HSPs)
scaffold0007 (176-444)||(204645-204920)
scaffold0007 (370-444)||(205276-205350)
[»] scaffold0184 (2 HSPs)
scaffold0184 (214-380)||(10620-10787)
scaffold0184 (400-433)||(10584-10617)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (241-455)||(18830579-18830793)
chr8 (208-412)||(24624915-24625123)
chr8 (217-455)||(21695094-21695336)
chr8 (183-271)||(14393518-14393606)
chr8 (248-387)||(18828560-18828700)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (182-412)||(371201-371433)
[»] scaffold1114 (1 HSPs)
scaffold1114 (238-455)||(1891-2110)
[»] scaffold0205 (1 HSPs)
scaffold0205 (187-412)||(943-1171)
[»] scaffold0193 (1 HSPs)
scaffold0193 (241-412)||(18869-19044)
[»] scaffold0039 (1 HSPs)
scaffold0039 (216-368)||(7950-8103)
[»] scaffold0964 (1 HSPs)
scaffold0964 (238-387)||(2234-2385)
[»] scaffold0111 (1 HSPs)
scaffold0111 (356-449)||(30260-30355)
[»] scaffold0228 (3 HSPs)
scaffold0228 (184-455)||(6923-7187)
scaffold0228 (184-455)||(14505-14769)
scaffold0228 (184-455)||(24457-24721)
[»] scaffold0412 (1 HSPs)
scaffold0412 (244-455)||(3223-3429)
[»] scaffold0185 (1 HSPs)
scaffold0185 (183-278)||(1073-1169)
[»] scaffold0093 (1 HSPs)
scaffold0093 (356-451)||(51827-51924)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (275-455)||(154993-155175)
[»] scaffold0417 (1 HSPs)
scaffold0417 (216-451)||(3617-3856)
[»] scaffold0064 (1 HSPs)
scaffold0064 (247-358)||(10218-10330)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (176-274)||(202761-202859)
[»] scaffold0192 (1 HSPs)
scaffold0192 (250-286)||(13063-13099)
[»] scaffold0115 (1 HSPs)
scaffold0115 (250-330)||(36776-36856)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 170; Significance: 5e-91; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 176 - 455
Target Start/End: Original strand, 2546946 - 2547228
Alignment:
Q  176 ttgatgactagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgact 275  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  2546946 ttgaagactaaaggtaagggagatggtttccttt-catagctaagttataatctattattttcaattatgggtttaagtgcttttatgtttattgtgact 2547044  T
Q  276 tttgtgatttt-gaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcat 374  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2547045 tttgtgatttttgaatgatgaaatttgtgctcctaattcaagtgaatttgtgagtatgataaacttcatgaaattgttgtgttatgtgcttaaacttcat 2547144  T
Q  375 a---gttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  2547145 agttgttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgtttatttgagtgtaaatcgtgaatttgtgagtgattgttgttgaaac 2547228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 176 - 452
Target Start/End: Original strand, 16218744 - 16219024
Alignment:
Q  176 ttgatgactagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgact 275  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16218744 ttgaagactagaggtaagggggatggtttccttttcataattaagctataatctcttattttcaattacgagtttaagtgcttttgtgttaattgagact 16218843  T
Q  276 tttgtga-ttttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcat 374  Q
    ||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||    
T  16218844 tttatgatttttgattgatgaaattcatgctcctaattcaagtgaatttgtgggtatgataaacttcatgaaattgttgtgttaagagcttaaacttcat 16218943  T
Q  375 agt---tgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttga 452  Q
    |||   |||||||| |||||  ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  |||||| || ||||||||||||    
T  16218944 agtagctgttgttgataagttgttttgatgatttttgattaattgagtgtaaatcatagattagtaagagattgttgttga 16219024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 194 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 15539310 - 15539044
Alignment:
Q  194 ggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggttt-aagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgatttt-gaatg 291  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||  | |||  |||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  15539310 ggggatggtttccttttcataattaacctataatcttctatttttaattatgggttttaagtgcttttttgttaactgtgacttttgtgatttttgaata 15539211  T
Q  292 atgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgtt---a 388  Q
    ||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||| ||  || |||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||   |    
T  15539210 atgaaatttgtgctcctaattcatgtgaatttgtggatatgatcaacttcatgaaattgttgagttatgtgattaaacttgatagttgttgttgttgtta 15539111  T
Q  389 agtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||    
T  15539110 agtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattgatgagtgattattgttgaaac 15539044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 176 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 10726250 - 10725968
Alignment:
Q  176 ttgatgactagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgact 275  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||  |||||| ||| ||| || ||| ||||||||| |||||||| |||| || |||||||||||    
T  10726250 ttgaagactagaggtaagggggttggttgc-ttttcatgattaagtcataatcttttattttcaattatggttttaagtgtttttatgataattgtgact 10726152  T
Q  276 tttg-tgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcat 374  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||||| | ||||  ||||| ||| | |||||||| ||||| | ||||||| |||||    
T  10726151 tttggtgattttggatgatgaaattcgtgctcctaattcatgttaatttgtaggtatgataaatttcataaaattgttatgttaagagcttaaacttcat 10726052  T
Q  375 agttgttgttgtt---aagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |||||||||||||   ||||  ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10726051 agttgttgttgttgttaagttgttttgatgattttttattaattgagtgtaaatcatgaattggtgagtgattgttgttgaaac 10725968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 238 - 455
Target Start/End: Original strand, 19631852 - 19632070
Alignment:
Q  238 caattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaa 337  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||   ||||  |||||    
T  19631852 caattatgagtttaagtgcttttgtgttaattgtggcttttgtgatttttgataatgaatttcgtgctcctaattcatgtgaatttgctggtatgataaa 19631951  T
Q  338 cttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttca-tagttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagt 436  Q
    |||| |||| |  ||||||||||||||||||  ||| | ||| |||||  |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |    
T  19631952 cttcatgaattgattgtgttatgtgcttaaacctcagttgtttttgtttataagttgttttgatgatttttgcttaattgagtgtaaatcatgaattgat 19632051  T
Q  437 gagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  19632052 gagtgattattgttgaaac 19632070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 186 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 10934750 - 10934490
Alignment:
Q  186 gaggtaagggggatggtttccttttca-tagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgac-ttttgtgat 283  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||| ||| || ||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| |    
T  10934750 gaggtaagggggatggtttc-ttttcactaattaagtcataatctattattttcaattatgagtttaaatgcttatgtgttaattgtgaccttttgtggt 10934652  T
Q  284 tttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgt 383  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  |  ||||||||   ||||| ||||||||| | ||||||| | ||||||||||||    
T  10934651 tttgaatgatgaaattcgtgctcctaattcatgtgaatttatggaaatgataaacttaacgaaatcgttgtgttaagagcttaaactccatagttgttgt 10934552  T
Q  384 tgttaa---gtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtga 442  Q
    ||||     ||  |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  10934551 tgttgttgtgttgttttgaagatttttgattaattgagtgtaaatcatgaactggtgagtga 10934490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 238 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 27052659 - 27052438
Alignment:
Q  238 caattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataa 336  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||    
T  27052659 caattatgagtttaagtgattttgtgataattgtgactttttgtggttttgaatgatgaaattcgtgctcctaattcatgtgaatttgtgggtatgataa 27052560  T
Q  337 acttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgtta---agtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaa-tcatgaat 432  Q
    ||||  |||||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||    |||   |||| ||| ||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  27052559 acttgatgaaattgctgtgttaagagcttaaacttcatagttgttgttgttgttgagttgctttggtgaattttgattaattgagtgtaaaatcatgaat 27052460  T
Q  433 tagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    | ||||||| |||||||||||||    
T  27052459 t-gtgagtgtttgttgttgaaac 27052438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 183 - 411
Target Start/End: Original strand, 15045080 - 15045311
Alignment:
Q  183 ctagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatggg-tttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtg 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| |||  | ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  15045080 ctagaggtaagggggatggtttccttttcacatttaagctataatctactattttcaattatgggatttaagtgcttttatgttaattgtggattttgtg 15045179  T
Q  282 attttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgtt 381  Q
    ||||| | || |||| ||| ||||| ||||||| || |||||| |||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  15045180 attttta-tgttgaatttcgtgctcataattcatgtaaatttaagggtatgataaacttcatgaaattgatgtgttatgtgcttaaaactcatggttgtt 15045278  T
Q  382 gttgt---taagtgattttgatgatttttgctt 411  Q
    |||||   ||| |  ||||||||||||||||||    
T  15045279 gttgttgataacttgttttgatgatttttgctt 15045311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 241 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 5347609 - 5347392
Alignment:
Q  241 ttatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaactt 340  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||  |||| |  || ||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||| || ||||||  ||||||||    
T  5347609 ttatgggtttaagtgcttttgtagtaattacgactataatggttttgaatgataaaatttctgctcctatttcatgtgaaattgtgggtatgataaactt 5347510  T
Q  341 cttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgtt---gttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtg 437  Q
    | |||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||   | | |||  ||||| ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||| |||    
T  5347509 catgaaattgttgtgttaagagcttaaacttcatagttgttgttggcgatgagttgttttgttgattttttattagttgagtgtgaatcatgaattggtg 5347410  T
Q  438 agtgattgttgttgaaac 455  Q
    | ||||||||||||||||    
T  5347409 attgattgttgttgaaac 5347392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 238 - 455
Target Start/End: Original strand, 19659761 - 19659963
Alignment:
Q  238 caattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaa 337  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||    ||| ||||||||||||| ||||||||  |||||  |||||    
T  19659761 caattatgagttttagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgatttt---tgat----ttcgtgctcctaattcatgtgaatttgcgggtatgataaa 19659853  T
Q  338 cttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtg 437  Q
    ||||| ||| |  |||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  19659854 cttctagaattgattgtcttatgtgcttagacctcatagttgttgttgtt--------ttgatgatttttgcttaattgagtgtaaatcatgaattgatg 19659945  T
Q  438 agtgattgttgttgaaac 455  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  19659946 agtgattattgttgaaac 19659963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 238 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 19614633 - 19614483
Alignment:
Q  238 caattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataa 336  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||  ||||    
T  19614633 caattatggatttaaatgcttttgtgttaattgtgactttttgtcatttttgatgatgaatttcgtgctcctaattcatgtgaatttgtggatatgataa 19614534  T
Q  337 acttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgtt 387  Q
    ||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  19614533 acttcatgaaattgatatgttatgtgattaaatttcattgttgttgttgtt 19614483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 268 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 13440311 - 13440122
Alignment:
Q  268 ttgtgacttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttat--gtgctt 365  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||| | || | ||||| |||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||  | ||||    
T  13440311 ttgtgatttttgtggttttgaatgatgaaatttgtgctcccattttatgtgaaattatggttatgataaacttcatgaaattgttgtgttataagagctt 13440212  T
Q  366 aaatttcatagttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    ||| |||| ||||||||||||| |||  ||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||| |  ||  ||||||||||||||||    
T  13440211 aaacttcagagttgttgttgttgagttgttttgatgattttttattaattgagtgtgaatcatgaaatgttggttgattgttgttgaaac 13440122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 302 - 412
Target Start/End: Original strand, 12696599 - 12696712
Alignment:
Q  302 tgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgt---taagtgattttg 398  Q
    |||||||  |||| ||||| || ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||| | ||||    
T  12696599 tgctcctttttcatgtgaaattgtgggtatgataaacttcatgaaattgttgtgttatgtgcttaaacttcatagttgttgttgttgataagttactttg 12696698  T
Q  399 atgatttttgctta 412  Q
    ||||||||||||||    
T  12696699 atgatttttgctta 12696712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 247 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 4814081 - 4813959
Alignment:
Q  247 gtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttga 345  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| | |||| ||||| || ||| ||  ||||||||| |||    
T  4814081 gtttaagtgcttttatgataattgtgactttttgtggttttgaatgatgaaattcgtgctcccatttcatgtgaaattgtggatatgataaacttcatga 4813982  T
Q  346 aattgttgtgttatgtgcttaaa 368  Q
    |||||||| |||| |||||||||    
T  4813981 aattgttgggttacgtgcttaaa 4813959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 454
Target Start/End: Original strand, 12252641 - 12252915
Alignment:
Q  184 tagaggtaagggggatggtttccttttca-tagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgac-ttttgtg 281  Q
    |||||||||||||||| || || |||||| || |||||||| | || ||| |||  | || |||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  12252641 tagaggtaagggggatagtctctttttcactaattaagttaaaatcactt-tttctacttgtgggtttaagtgcttttgttataattgtgactttttgtg 12252739  T
Q  282 attttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgtt 381  Q
    |  || |||||| |||| | |||||||  |||| ||||| || || |||  ||||||||| | ||  | ||||||||   ||||||| ||||||||||||    
T  12252740 aaatttaatgataaaatccatgctcctttttcatgtgaaattctgtgtatgataaacttcatcaatatcttgtgttagtagcttaaacttcatagttgtt 12252839  T
Q  382 gttgtta---agtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaa 454  Q
    |||||||   |||  |||  |||||| ||   |||||||||| || ||||||||| |||  |||||||||||||||    
T  12252840 gttgttattgagttgtttacatgattatttactatttgagtgaaattcatgaattggtgtatgattgttgttgaaa 12252915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 184 - 299
Target Start/End: Original strand, 11832838 - 11832953
Alignment:
Q  184 tagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactt-ttgtga 282  Q
    |||||||||||||||| || || ||||||   ||||| |||| ||||||  || |  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||     
T  11832838 tagaggtaagggggatagtctc-ttttcactattaagctataatctcttaatttctcttatgtgtttaagtgcttttgtgataattgtgacttcttgtgg 11832936  T
Q  283 ttttgaatgatgaaatt 299  Q
    |||||||||||||||||    
T  11832937 ttttgaatgatgaaatt 11832953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 275 - 341
Target Start/End: Original strand, 8853207 - 8853274
Alignment:
Q  275 ttttgtgatttt-gaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttc 341  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| || |||  |||||||||    
T  8853207 ttttgtgatttttgaatgatgaaattcatggtcctaattcaagtgaatttgtgtgtattataaacttc 8853274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 394 - 444
Target Start/End: Original strand, 40354386 - 40354436
Alignment:
Q  394 ttttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgatt 444  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||    
T  40354386 ttttgatgatttttgcttatttaagtgtaaaccatgaattgatgagtgatt 40354436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 152; Significance: 3e-80; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 176 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 21654488 - 21654203
Alignment:
Q  176 ttgatgactagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgact 275  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||| |||| |||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  21654488 ttgaagactagaggtaagagggatgatt-ccttttcataattaagctataatctcttattttcaattatgggtttaactacttttgtgttaattgtgact 21654390  T
Q  276 tttgtgatttt-gaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcat 374  Q
     |||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21654389 attgtgatttttgaatgatgaaatttgtgctcctaattcaagtgaatttgtgggtatgataaacttcatgaaattgttgtgttatgtgcttaaacttcat 21654290  T
Q  375 agttgttgt------tgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
     ||||||||      ||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21654289 ggttgttgttgttgttgttaagttgttttgatgatttttgattaattgagtgtaaatcatgaattggtgagtgattgttgttgaaac 21654203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 216 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 28774466 - 28774223
Alignment:
Q  216 ttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattca 314  Q
    ||||| |||| ||||||  || || ||||| |||| ||||||||| |  |||||||||||||| ||| |||||||||||  ||||  |||| ||| || |    
T  28774466 ttaagctataatctcttaatttcacttatgagtttcagtgcttttatagtaattgtgactttttgtggttttgaatgatagaatttgtgcttctatttta 28774367  T
Q  315 agtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttg---ttgttaagtgattttgatgatttttgctt 411  Q
     ||||| || ||||||  ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||   ||||| |||  |||||||||||||||  |    
T  28774366 tgtgaaattgtgggtatgataaacttcatgaaattgttgtgttaagagcttaaacttcatagttgttgttattgttgagttgttttgatgatttttgact 28774267  T
Q  412 atttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    | ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  28774266 agttgagtgtaaatcatgaattgatgtgtgattgttgttgaaac 28774223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 241 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 18995457 - 18995239
Alignment:
Q  241 ttatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaact 339  Q
    ||||||||| ||| ||||||||  | |||||||||||| || ||||| |||||| |||||  |||||||| |||| ||||| || ||||||  |||||||    
T  18995457 ttatgggttcaagggcttttgttatgattgtgactttttgtaattttaaatgataaaatttatgctcctatttcatgtgaaattgtgggtatgataaact 18995358  T
Q  340 tcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgtta---agtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagt 436  Q
    || |||| || ||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||    |||  ||||||||||||| |  ||||| |||| || ||||||||| ||    
T  18995357 tcatgaatttattgtgttaatagcttaaacttcatagttgttgttgttgttgagttgttttgatgattttcgactatttaagtgaaattcatgaattggt 18995258  T
Q  437 gagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |  ||||||||||||||||    
T  18995257 gtatgattgttgttgaaac 18995239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 208 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 24282186 - 24282022
Alignment:
Q  208 tttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt--gtgattttgaatgatgaaattcctgct 305  Q
    ||||||| |||||| ||| |||  | ||| || ||||| ||||||||  ||||||| ||||||| ||||||  ||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  24282186 tttcataattaagtcataatctagtcttttcacttatgagtttaagttattttgtgataattgtaacttttttgtgtttttgaatgataaaattcgtgct 24282087  T
Q  306 cctaattcaagtgaatttatgggta--ccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaa 368  Q
    | ||||||| ||||||||| |||||    ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||    
T  24282086 cttaattcatgtgaatttaagggtatgatataaacttcatgaaattgatgtattatgtgcttaaa 24282022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 176 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 27353812 - 27353779
Alignment:
Q  176 ttgatgactagaggtaagggggatggtttccttt 209  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27353812 ttgaagactagaggtaagggggatggtttccttt 27353779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0530 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0530
Description:

Target: scaffold0530; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 181 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 3245 - 2979
Alignment:
Q  181 gactagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgt 280  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| |||| | |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3245 gactagaggtaacggggttggtttccttttcataattaagctataatatcttattttcaattatgggtttaagtgcttttatgttaattgtgacttttgt 3146  T
Q  281 gattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgt 380  Q
            |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  3145 --------atgatgaaatccgtgctcctaattcaagtgaatttatgagtataataaacttcatgaaattgttgtattatgtgcttaaacttcatagttgt 3054  T
Q  381 tgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  3053 tgctgttaagtgatttttatgatttttgctagtttgagtttaaatcatgaatttgtgagtggttgttgttgaaac 2979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 175 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 17960147 - 17959867
Alignment:
Q  175 tttgatgactagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgac 274  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||    
T  17960147 tttgaagactagaggtaaggggggtggtttctttttcatagttaagctataatctcttattttcaattatgggtttaagtgctttggtgctaattgggac 17960048  T
Q  275 ttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcat 374  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||  ||||| ||| |||||||||||||| ||||  ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||  |||     
T  17960047 ttttgtgatttttcatgatgaattttgtgctcttaactcaagtgaatttattggtataataaacttcatgaatttgttatgttatgtgcttaaaactcaa 17959948  T
Q  375 agttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    ||||||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||    
T  17959947 agttgttgttgataagttgttttggtgatttttgcttatttgagtgtaagtcatgaattgatgagtgattattgttgaaac 17959867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 190 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 15711684 - 15711416
Alignment:
Q  190 taagggggatggtttccttttca-tagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgattttga 288  Q
    |||||||||||||||| |||||| || ||||| |||| |||| | ||| ||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||| ||    
T  15711684 taagggggatggtttc-ttttcactaattaaggtataatctcctattttcaattatgaatttaagtgtttttgtgataattgtgacttttgaggtttcga 15711586  T
Q  289 atgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgt---tg 385  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||   ||    
T  15711585 atgatgaaattcgtgctcctaattcatgtaaatttgtgggtatgataaacttcatgaaattgttgtgttaagagattaaacttcatagttgttgttgttg 15711486  T
Q  386 ttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    ||||||  |||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15711485 ttaagttgttttgaagatttttgattaattgagtgtgaatcatgaattggtgagtgattgttgttgaaac 15711416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 268 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 11776412 - 11776222
Alignment:
Q  268 ttgtgacttttgtga-ttttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgctta 366  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||| |||||||||||| ||  | |||||    
T  11776412 ttgtgacttttgtgaattttgaatgatgaaattcgtgctcctaattcaagtgaatttgtgggtgtgataaacttcatgaaattgttgtcttcagagctta 11776313  T
Q  367 aatttcatagttgttgttgt---taagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaa 454  Q
    || |||||| ||||||||||   |||||  |||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11776312 aacttcataattgttgttgttgataagttgttttaatgatttttgattaattgagtgtgaatcatgaattggtgagtgattgttgttgaaa 11776222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 181 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 16571463 - 16571214
Alignment:
Q  181 gactagaggtaagggggatggtttccttttcat-agttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttg 279  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| | |||||| ||| | | || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16571463 gactagaggcaagggggattgtttc-ttttcatcaattaagtcataatatattattt-caattatgagtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttt 16571366  T
Q  280 tgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttg 379  Q
    | ||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| | |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  16571365 taatttaaaatgataaaattcgtgctcctaattcaagtgaatttgtgggtatgataaacttcataaaattgttgtgttaagagcttaaacttcatagttg 16571266  T
Q  380 ttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtga 442  Q
    |||           ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16571265 ttg-----------ttttgatgattttttattaattgagtgtaaatcatgaattggtgagtga 16571214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 216 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 21982195 - 21981954
Alignment:
Q  216 ttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattca 314  Q
    ||||| |||| ||||||  || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||    
T  21982195 ttaagctataatctcttaatttcacttatgggtttaagtgcttttgtgataattgtggctttttgtggttttgaatgataaaatttgtgctcctatttca 21982096  T
Q  315 agtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgtt-atgtgcttaaatttcatagttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttat 413  Q
     ||||| || ||||||  ||||||||  ||||||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||| ||||    
T  21982095 tgtgaaattgtgggtatgataaacttaatgaaattgttgtgtttaagagcttaaacttcatagttgttgttgttgagttgttttgatgaattttgattat 21981996  T
Q  414 ttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    ||| || |||||||||||||  || | |||||||||||||||    
T  21981995 ttgcgtataaatcatgaattgatgtgggattgttgttgaaac 21981954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 259 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 28801061 - 28800969
Alignment:
Q  259 ttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattg 350  Q
    ||||| |||||||||||||| | | |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| | ||||||    
T  28801061 ttgtgataattgtgactttttgaggttttgaatgatgaaattcgtgctcttaattcatgtgaatttaagggtatgataaacttcataaaattg 28800969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 244 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 9566778 - 9566663
Alignment:
Q  244 tgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgac-ttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttct 342  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||  |||||||  |||| ||  | |||||||||  |||||||||     
T  9566778 tgggtttaagtgcttttgttataattgtgactttttgtggttttaaatgataaaatttgtgctcctttttcatgtagaattatgggtatgataaacttca 9566679  T
Q  343 tgaaattgttgtgtta 358  Q
    |||| |||||||||||    
T  9566678 tgaatttgttgtgtta 9566663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 183 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 15692455 - 15692359
Alignment:
Q  183 ctagaggtaagggggatggtttccttttcat-agttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttg 279  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||| ||| |||  | ||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15692455 ctagaggtaaggggaatggtttccttt-catcaattaagtcataatcttctattttcaattataagtttaagtgattttgtgttaattgtgacttttg 15692359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 16168606 - 16168577
Alignment:
Q  79 agaatactcatactaaaatagtaccatttt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16168606 agaatactcatactaaaatagtaccatttt 16168577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 411 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 9566616 - 9566572
Alignment:
Q  411 tatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||    
T  9566616 tatttgagtgtaattcatgaattggtgtatgattgttgttgaaac 9566572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0190 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0190
Description:

Target: scaffold0190; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 182 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 1985 - 1710
Alignment:
Q  182 actagaggtaagggggatggtttccttttca-tagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-g 279  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||| ||| || ||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  1985 actagaggtaagggggatggtttc-ttttcactaattaagtcataatctattattttcaattacgagtttaagtgcttttgtggtaattgtgactttttg 1887  T
Q  280 tgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttg 379  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  | ||||||  ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||||||     
T  1886 tggttttgaatgatgaaattcatgctcctaattcatgtgaacatgtgggtatgataaacttcatgaaattgttgtgttaagagcttaaacttcatagttt 1787  T
Q  380 ttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaact 456  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1786 ttgttgttaagttattttgatgattttttattaattgagtgtaagttatgaatttgtgagtgattgttgttgaaact 1710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 216 - 455
Target Start/End: Original strand, 14566445 - 14566685
Alignment:
Q  216 ttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattca 314  Q
    |||||| ||| ||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  14566445 ttaagtcataatctattattttcaattatgagtttaagtgcttttgtgataattgagactttttgtggttttgaatgatgaaatttgtgctcctaattca 14566544  T
Q  315 agtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatt 414  Q
     |||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||| |    
T  14566545 tgtgaatttgtgggtatgataaacttcatgaaattgttgtgttatgagcttaaacttcatagttgttgttgttaagttattttgaagacttttgattaat 14566644  T
Q  415 tgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  14566645 tgagtgtaaatcatgaattgatgagtgattgttgatgaaac 14566685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 181 - 455
Target Start/End: Original strand, 19977148 - 19977431
Alignment:
Q  181 gactagaggtaagggggatggtttccttttcat-agttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt- 278  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||| ||| |||  |  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  19977148 gactataggtaagggagatggtttccttt-catcaattaagtaataatcttctaatttcaattatgggtttaagtgcttttatgttaattgtgacttttg 19977246  T
Q  279 gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattg-ttgtgttatgtgcttaaatttcatagt 377  Q
    ||||| ||  |||||||| ||| |||||||||| || |||||||| ||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||    
T  19977247 gtgatctttgatgatgaatttcgtgctcctaatgcatgtgaatttgtgggtatgataaacttcatgaaattgtttgtgttatatgcttcaacttcatagt 19977346  T
Q  378 tgttgttgtt-------aagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    ||||||||||       | ||  ||||| |||||| |  ||| ||| |||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  19977347 tgttgttgttgttgataatgttgttttggtgatttgtatttaattgggtgtaagtcatgaattggtgagtcattgttgttgaaac 19977431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 283 - 455
Target Start/End: Original strand, 19725333 - 19725502
Alignment:
Q  283 ttttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttg 382  Q
    ||||||||||| ||||   |||||||| |||| ||||| || || |||  ||||| ||| |||||||||||    ||| ||||||| || ||||||||||    
T  19725333 ttttgaatgataaaatatgtgctcctatttcatgtgaaattgtgagtatgataaatttcatgaaattgttgc---atgagcttaaactttatagttgttg 19725429  T
Q  383 ttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  19725430 ttgttgagttattttgatgatttttgactatttgactgtaaatcatgaattggtgattgattgttgttgaaac 19725502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 257 - 450
Target Start/End: Original strand, 23294188 - 23294384
Alignment:
Q  257 ttttgtgttaattgtgacttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgt 356  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| |   || || ||||||| ||| | ||||| |||   |||||||| |||| ||||| |||    
T  23294188 ttttgtgttaattgtgaattttgtgatttttgatgatgaattgtgtgttcttaattcatgtgcaattatgagtatgttaaacttcatgaatttgttatgt 23294287  T
Q  357 tatgtgcttaaatttcatagttgttgt---tgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgtt 450  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||   || |||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||  | ||||||| |||||    
T  23294288 tatgtgcataaaattcatagttgttgttgctgataagttgttttgatgattttagcttatttgagtctaaattatgaattgataagtgattattgtt 23294384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 182 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 19980513 - 19980237
Alignment:
Q  182 actagaggtaagggggatggtttccttttcat-agttaagttatattctcttgttta-caattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt- 278  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||| | ||| |||||| |||  ||||||  ||||||||||||||||||   ||||||||||||     
T  19980513 actagaggtaagggggatggtttc-tcttcatcaattaa-tcataatctcttatttttcaattacaggtttaagtgcttttgtgaatattgtgacttttt 19980416  T
Q  279 gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagtt 378  Q
    ||| ||||||| ||| || |||||||||||| |||| ||||| |  ||||||  ||||||||| |||||||||||||||| | ||| |||   ||| |||    
T  19980415 gtggttttgaaagataaagttcctgctcctatttcatgtgaaatcgtgggtatgataaacttcatgaaattgttgtgttaagagctcaaacaccatggtt 19980316  T
Q  379 gttgtt---gttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaa 454  Q
    ||||||   ||| | |  ||||||   |||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  19980315 gttgttgtcgttgacttgttttgaatttttttgattaattgagtgtgaatcatgaattggtgattgattgttgttgaaa 19980237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 376 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 14354379 - 14354300
Alignment:
Q  376 gttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  14354379 gttgttgttgataagttgttttgatgatttttgattaattgagtgtaaatcatgaattaatgagtgattcttgttgaaac 14354300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 238 - 340
Target Start/End: Original strand, 16308561 - 16308664
Alignment:
Q  238 caattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataa 336  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||  ||||    
T  16308561 caattataagtttaagtgcttttgtgataattgttactttttgtggttttgaatgatgaaattcatgctcctaattcatgagaatttgtgggtatgataa 16308660  T
Q  337 actt 340  Q
    ||||    
T  16308661 actt 16308664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 244 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 10975114 - 10974898
Alignment:
Q  244 tgggtttaagtgcttttgtgttaattgtga-cttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttct 342  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||| ||| |||||||| |||| | | || |||| | |||||||| |||| ||||| ||  |||||  |||||||||     
T  10975114 tgggtttaagtgcttttattataattatgatcttttgtgtttttaactaataaaatccatgctcctatttcatgtgaaattgcgggtatgataaacttca 10975015  T
Q  343 tgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagtt---gttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgag 439  Q
    ||| |||||||||||    |||||||||||||||||   ||||||||| |||  |||| |||||||||  ||||||||||| || |||||||||  ||      
T  10975014 tgagattgttgtgttggtagcttaaatttcatagtttttgttgttgttgagttgttttaatgattttttattatttgagtgaaattcatgaattgatgta 10974915  T
Q  440 tgattgttgttgaaact 456  Q
    ||||| |||||||||||    
T  10974914 tgattcttgttgaaact 10974898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 352 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 12487848 - 12487746
Alignment:
Q  352 tgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttg 451  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || || |   |||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||  ||||||||| ||||||    
T  12487848 tgtgttatgtgcttaaaattcatagttgttggtgataggctgttttgatgatttttgcttatttaagtgtgaactatgaattgatgagtgattattgttg 12487749  T
Q  452 aaa 454  Q
    |||    
T  12487748 aaa 12487746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 239 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 9520874 - 9520825
Alignment:
Q  239 aattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgattttga 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9520874 aattatgggtttaagtgcttttgtgtgaattgtgacttttgtgattttga 9520825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 208 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 18557640 - 18557467
Alignment:
Q  208 tttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctc 306  Q
    ||||||| |||||| ||| |||  | ||| || ||||||||||| || |||||||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||  |||||    
T  18557640 tttcataattaagtcataatctagtattttcacttatgggtttaggtacttttgtgataattgtaactttttgtg-ttttgaatgatgaaatttgtgctc 18557542  T
Q  307 ctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgtt 381  Q
     ||| | | ||||| |||||||||  ||||| ||| | |||||| ||| ||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  18557541 ttaactaatgtgaaattatgggtatgataaaattcataaaattgatgtattacgtgcttaaaattcatggttgtt 18557467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 275 - 433
Target Start/End: Original strand, 12463615 - 12463775
Alignment:
Q  275 ttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcat 374  Q
    |||||||||||| |||||||||  || ||||| ||||| | ||| | |||||| ||   ||||||||  | ||||| | ||||||| ||||||| |||||    
T  12463615 ttttgtgatttttaatgatgaatatcgtgctcttaatttatgtgtaattatgg-tatgttaaacttcaaggaattgatatgttatgggcttaaaattcat 12463713  T
Q  375 agttgttgtt---gttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaatt 433  Q
    ||||||||||   | |||||  ||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  12463714 agttgttgttagtgataagttgttttggtgatttttgctcatttaagtgtaaaccatgaatt 12463775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 244 - 339
Target Start/End: Original strand, 5484709 - 5484805
Alignment:
Q  244 tgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgac-ttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaact 339  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| | | |||||||| ||| |||||| |||||| |||||||  |||| |||||||| ||||||  |||||||    
T  5484709 tgggtttaagtgcttttgttataattgaggctttttgtgaatttaaatgataaaattcgtgctcctttttcatgtgaatttgtgggtatgataaact 5484805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 239 - 280
Target Start/End: Original strand, 19970102 - 19970143
Alignment:
Q  239 aattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgt 280  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  19970102 aattttgggtttaagtgcttttatgttaattgtgatttttgt 19970143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 415 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 23299698 - 23299658
Alignment:
Q  415 tgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||    
T  23299698 tgagtgtaaatcatgaattgatgagtgattattgttgaaac 23299658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 238 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 26727940 - 26727722
Alignment:
Q  238 caattatgggttt-aagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataa 336  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||  ||||    
T  26727940 caattatgggttttaagtgcttttatgttaattgtgacttttgtgattttcgatgatgagtttcgtgctcctaattcatgtgaatttgtggatatgataa 26727841  T
Q  337 acttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagt 436  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||  || |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  26727840 acttcatgaaattgttgtgttatgtgtttaaacttcatagttgttgttgataagttgttatgatgatttttgcttactagagtgtaaatcatgaattggt 26727741  T
Q  437 gagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |||||||||||||||||||    
T  26727740 gagtgattgttgttgaaac 26727722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 183 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 24194472 - 24194196
Alignment:
Q  183 ctagaggtaagggggatggtttccttttcat-agttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtg 281  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||||| ||| |||  | ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| |    
T  24194472 ctagaggtaaggaggatggtttc-ttttcatcaattaagtcataatcttatattttcaattatgagtttaagtgcttttatgttaattgtgatttttgag 24194374  T
Q  282 atttt-gaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgt 380  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||| ||| | | ||||| |||||||||||    
T  24194373 atttttgaatgatgaaattcgtgctcctaattcaagtgaatttgtgggtatgataaacttcatgaaattgttgtattaagagtttaaacttcatagttgt 24194274  T
Q  381 tgttgttaa---gtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    ||||||| |   ||  ||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24194273 tgttgttgatatgtcgttttgatgattttttattaattgagtgtgaatcatgaatttgtgagtgattgttgttgaaac 24194196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 238 - 454
Target Start/End: Original strand, 19316350 - 19316570
Alignment:
Q  238 caattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataa 336  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||| || ||||||  ||||    
T  19316350 caattatgtgtttaaatgcttttgtgataattgtgactttttgtggttttgaatgataaaattcgtgctcctatttcatgtgaaattttgggtatgataa 19316449  T
Q  337 acttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcata---gttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaatt 433  Q
    ||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||   ||| |||||||| ||| |||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||    
T  19316450 acttcatgaaattgttgtgttaagagcttaaacttcataattgtttttgttgttgagttattttgatgatttttaactatttgagtataaatcatgaatt 19316549  T
Q  434 agtgagtgattgttgttgaaa 454  Q
     |||| | |||||||||||||    
T  19316550 ggtgattaattgttgttgaaa 19316570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 249 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 17169812 - 17169604
Alignment:
Q  249 ttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtga-ttttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaa 347  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||    
T  17169812 ttaagtgcttttgtctcaattgtgacttttgtgaattttgaatgatgactttcatgctcctaattcaagtgaatttatgtgtacgataaacttcatgtaa 17169713  T
Q  348 ttgttgtgttatgtgcttaaatttca---tagttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgatt 444  Q
    ||||||||||| |  |||||| ||||   |||||||| ||| |||||  ||| || |||||||| ||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17169712 ttgttgtgttaagatcttaaacttcatattagttgtttttgataagttgtttagaagatttttgattaat--agtgtaaatcatgaattggtgagtgatt 17169615  T
Q  445 gttgttgaaac 455  Q
    |||||||||||    
T  17169614 gttgttgaaac 17169604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 275 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 17364353 - 17364170
Alignment:
Q  275 ttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcat 374  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||| |  ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  17364353 ttttgtgattttttatgatgaatttcgtgctcttaattcatgtgaatttatgggcatgataaacttcatgaaattgatatgttatgtgcttaaaattcat 17364254  T
Q  375 agttgttgttgt---taagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    ||||||||||||   |||||  ||||||||||||||| |||  | ||||||  | ||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  17364253 agttgttgttgttgataagttgttttgatgatttttgtttaactaagtgtatttaatgaattggtgagtgattattgttgaaac 17364170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 183 - 341
Target Start/End: Original strand, 19859296 - 19859454
Alignment:
Q  183 ctagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtga 282  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||| |||||| ||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||    
T  19859296 ctagaggtaaggggggtggtttcctttttataattaagctataatctcttattttcaattatggatttaagtgtttttatgttaattatgacttttgtga 19859395  T
Q  283 ttttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttc 341  Q
     | |  |||||||| ||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||  |||||||||    
T  19859396 atattgatgatgaatttcgtgctcttaattcatgtgaaattatgggtatgataaacttc 19859454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 244 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 31479761 - 31479615
Alignment:
Q  244 tgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttg-tgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttct 342  Q
    ||||||||||||||||||   || |||||||||||  || ||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||  |||||||||     
T  31479761 tgggtttaagtgcttttgatatagttgtgactttttatggttttgaatgataaaattcatgctcctatttcatgtgaaattatgggtatgataaacttca 31479662  T
Q  343 tgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgttaa 389  Q
    ||||||||  |  |||||||||||||  |||| ||||||||| ||||    
T  31479661 tgaaattgacgaattatgtgcttaaaactcatggttgttgttattaa 31479615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 181 - 291
Target Start/End: Original strand, 10176569 - 10176679
Alignment:
Q  181 gactagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgt 280  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||| | ||| |||||||| |  ||| ||||| | ||| |||||||||||||||    
T  10176569 gactagaggttaggggggtggtttccttttcataattaagctataatctcctattttcaattatgcgaataaatgcttatttgtgaattgtgacttttgt 10176668  T
Q  281 gattttgaatg 291  Q
    || ||| ||||    
T  10176669 gaattttaatg 10176679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 387 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 26132749 - 26132681
Alignment:
Q  387 taagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    ||||| |||||| |||| |||||| | || ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  26132749 taagttattttggtgatgtttgctcaattaagtgtaaatcatgaattggtgagtgattattgttgaaac 26132681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 356 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 26867969 - 26867872
Alignment:
Q  356 ttatgtgcttaaatttcatagttgttgt---tgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttg 451  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||   || |||||  |||||||| |||||||||| || |||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||    
T  26867969 ttatgtgcttaa-tttcatagttgttgtttgtgataagttgttttgatgttttttgcttaattaagtgtaaaccatgaattgatgagtgattattgttg 26867872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 376 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 19268524 - 19268445
Alignment:
Q  376 gttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |||||||||||| |||  |||| ||||||||||  |||||||||| || |||||||||  ||  ||||||||||||||||    
T  19268524 gttgttgttgttgagttgttttcatgatttttgactatttgagtgaaattcatgaattgatgtatgattgttgttgaaac 19268445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 126; Significance: 9e-65; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 176 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 22615451 - 22615168
Alignment:
Q  176 ttgatgactagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgact 275  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  22615451 ttgaagactagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagctataatctcttattttaaattatgagtttaagtgtttttgtgttaattctgact 22615352  T
Q  276 tttgtga-ttttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcat 374  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  |||||  |||||||||||  || | ||||  ||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||| |||||    
T  22615351 tttgtgatttttgaatgatgaaatttgtgctctcaattcaagtgatattgttggtatgataaacttcatgaaattgcagtgttttgtgcttaaacttcat 22615252  T
Q  375 agttgttgttgt---taagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    ||||||| ||||   |||||  |||| |||| || || ||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  22615251 agttgttattgtttataagttgttttaatgacttatgattaattgagtgtaaatcatgaattggcgagtgattgttgttgaaac 22615168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 181 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 20408132 - 20407855
Alignment:
Q  181 gactagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgt 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||   | |||||| ||| |||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20408132 gactagaggtaagggggatggtttctttttatcaattaagtcataatctcttattttcaattatgattttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgt 20408033  T
Q  281 ga-ttttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttg 379  Q
     | ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||  ||||||||||  ||| | ||||||| |||| |||||    
T  20408032 tagttttgaatgataaaattcgtgcccctaattcaagtgaatttgtgggtatgataatcttcacgaaattgttgatttaagagcttaaacttcaaagttg 20407933  T
Q  380 ttg---ttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaa 454  Q
    |||   ||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20407932 ttgttcttgataagtggttttgatgatttttgattaattgaatgtaaattatgaattggtgagtgattgttgttgaaa 20407855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 238 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 21719907 - 21719686
Alignment:
Q  238 caattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttg-tgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataa 336  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |||||||  |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| | ||||  ||||    
T  21719907 caattatgggtttaagtggttttatgttaattgtgtcttttggtgattttttatgatgaatttcgtgctcctaattcatgtgaatttgtaggtatgataa 21719808  T
Q  337 acttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgt---taagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaatt 433  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||  ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |    
T  21719807 acttcatgaaattgttgtgttatgtgcttaaacttcatagttgttgttgttgataagttgttttggtgatttttgattaattgagtgtaaatcatgaaat 21719708  T
Q  434 agtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
     |||||| ||||||||||||||    
T  21719707 ggtgagtaattgttgttgaaac 21719686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 184 - 385
Target Start/End: Original strand, 23475706 - 23475907
Alignment:
Q  184 tagaggtaagggggatggtttccttttcat-agttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtga 282  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||| ||| ||  || |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||     
T  23475706 tagaggtaagggggatggtttc-ttttcttcagttaagtcataatctattactttcaattatgggtttaagtgtttttgtgataattatgacttttgtgg 23475804  T
Q  283 ttttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttg 382  Q
    |||||||||||||||||| |||||  | |||| ||||| || ||||||  ||||| ||| |||||||||||||||| | || |||| |||||||||||||    
T  23475805 ttttgaatgatgaaattcgtgctctcatttcatgtgaaattgtgggtatgataaaattcatgaaattgttgtgttaagagcctaaacttcatagttgttg 23475904  T
Q  383 ttg 385  Q
    |||    
T  23475905 ttg 23475907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 208 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 21402855 - 21402673
Alignment:
Q  208 tttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctc 306  Q
    ||||||| |||||  ||| || ||| ||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||    
T  21402855 tttcataattaagacataatcgcttattttcaattatgggtttaagtatttttgtgataattgtgactttttgtgattttgaatgatgaatttcgtgctc 21402756  T
Q  307 ctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgttaa 389  Q
     ||||||| || |||||| || ||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  21402755 ataattcatgtaaatttaaggatatgataaacttcatgaaattgatgtgttatgtgcttaaaactcatggttgttgttgttaa 21402673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 238 - 455
Target Start/End: Original strand, 18621824 - 18622045
Alignment:
Q  238 caattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttg-tgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataa 336  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||| |||| | |||||||| |||| ||||| |||||||||  || |    
T  18621824 caattatgggtttaagggtttttgtgataattgtgactttttatggttttgaatgataaaatccgtgctcctatttcatgtgaaattatgggtatgatga 18621923  T
Q  337 acttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgt---tgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaatt 433  Q
    |||||  |||||||||||||||   |||||||  |||||||||||||   |||| |||  ||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||    
T  18621924 acttcaagaaattgttgtgttaatagcttaaacctcatagttgttgttggtgttgagttgttttgatgatttttgattatttgaatgtaaaccatgattt 18622023  T
Q  434 agtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
     ||   ||||||||||||||||    
T  18622024 ggtttatgattgttgttgaaac 18622045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 238 - 321
Target Start/End: Original strand, 21219259 - 21219343
Alignment:
Q  238 caattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgac-ttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaat 321  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  21219259 caattatgagtttaagtgcttttgtgataattgtgactttttgtagttttgaatgatgaaatttgtgctcctaattcatgtgaat 21219343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 247 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 21423481 - 21423269
Alignment:
Q  247 gtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttga 345  Q
    ||||||||| ||||||  ||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| || |||| ||||| || ||||||  ||||||||  |||    
T  21423481 gtttaagtgtttttgttataattatgactttttgtgattttaaatgataaaattcctgctcttatttcatgtgaaattgtgggtatgataaactttatga 21423382  T
Q  346 aattgttgtgttatgtgcttaaatttcata---gttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtga 442  Q
     |||||||||||     | |||| ||||||   |||||||||||| |||  |||| ||||||||||  |||||||||| || ||||||||| |||   ||    
T  21423381 gattgttgtgttgataacctaaacttcatagttgttgttgttgttgagttgttttcatgatttttgactatttgagtgaaattcatgaattggtgtaaga 21423282  T
Q  443 ttgttgttgaaac 455  Q
    |||||| ||||||    
T  21423281 ttgttggtgaaac 21423269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 265 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 21978785 - 21978628
Alignment:
Q  265 taattgtgacttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgct 364  Q
    |||||||||||||| || |||| |||||| |||| | |||||||  |||| ||||| || ||||||  ||||||||| ||||  ||||||||||    ||    
T  21978785 taattgtgacttttatggttttaaatgat-aaatacgtgctcctttttcatgtgaaattgtgggtatgataaacttcatgaatatgttgtgttaatatct 21978687  T
Q  365 taaatttcata---gttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtg 420  Q
    |||| ||||||   |||| ||||||| |||  |||| ||||||||||  ||||||||||    
T  21978686 taaacttcataattgttgctgttgtttagtagttttcatgatttttgactatttgagtg 21978628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 176 - 454
Target Start/End: Original strand, 11773868 - 11774150
Alignment:
Q  176 ttgatgactagaggtaagggggatggtttccttttcat-agttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgac 274  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| |||||||| ||| | |||||| ||| |||  | ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  11773868 ttgaagactagaggtaagagggatg-tttccttt-catcaattaagtcataatcttctattttcaattatgggattaagtgattttgtgttaattgtgac 11773965  T
Q  275 ttttgtgatttt-gaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttca 373  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  11773966 ttttgtgatttttgaatgatgaaattcgtgctcctaattcaagtgaatttgtggatatgataaacttcatgaaattgttgtgttatgcgcttaaacttca 11774065  T
Q  374 tagttgttgttgt---taagtgattttgatgatttttgcttat---ttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaa 454  Q
    |||||||||||||   |||||  |||||||||||||  |||||   ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11774066 tagttgttgttgttgataagttgttttgatgatttt--cttattgattgagtgaaaatcatgaattggtgagtgattgttgttgaaa 11774150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 183 - 455
Target Start/End: Original strand, 8323845 - 8324123
Alignment:
Q  183 ctagaggtaagggggatggtttccttttcat-agttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtg 281  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| ||| ||||||  || | ||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||| ||     
T  8323845 ctagaggtaagggggatggtttc-ttttcattatttaagtcatagtctcttaatttctattatgggtttaattgcttttatgttaattgtgtttttggta 8323943  T
Q  282 attttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgtt 381  Q
    |||||  |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8323944 attttccatgatgaattttgtgctcctaattcatgtgaatttgtgggtaagataaacttcaggaaattgttgtgttatgtgcttaaacttcatagttgtt 8324043  T
Q  382 gttgtt------aagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    ||||||      ||||  |||||||||||||   ||| | |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  8324044 gttgttgttaataagttgttttgatgattttgtattaatagagtgtaaatcacgaatcaatgagtgattgttgttgaaac 8324123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 176 - 412
Target Start/End: Original strand, 3170113 - 3170353
Alignment:
Q  176 ttgatgactagaggtaagggggatggtttcctttt-catagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgac 274  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||| |||| |||| ||||  |||| |||| |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||     
T  3170113 ttgacgactggagataagggggatgttttcatttttcataactaagctataatctcttattttcaattatgggtttaagttcttttatgttaattgtgat 3170212  T
Q  275 ttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcat 374  Q
    |||||||| |||  |||||||| ||| ||||| ||||||| |||| |||||  |||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||    
T  3170213 ttttgtgaattttgatgatgaatttcgtgctcttaattcatgtgattttatatgtatgataaacttcatgaaattgatgtgttatgtgcttaaaactcat 3170312  T
Q  375 agttgttgttgt---taagtgattttgatgatttttgctta 412  Q
    ||||||||||||   |||||  |||||| ||||||||||||    
T  3170313 agttgttgttgttgataagttgttttgaggatttttgctta 3170353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 208 - 387
Target Start/End: Original strand, 20910391 - 20910571
Alignment:
Q  208 tttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttg-tgattttgaatgatgaaattcctgctc 306  Q
    ||||||| |||||| ||| || ||| || ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||  |||||    
T  20910391 tttcataattaagtcataatcacttattaacaattatgagtttaattgcttttgtgataattgttactttttatgattttgaatgatgaaatttgtgctc 20910490  T
Q  307 ctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgtt 387  Q
    |||||||| |||||||||||||||  ||||||||| |||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  20910491 ctaattcatgtgaatttatgggtatgataaacttcatgaaattgatatgttatgtgcttaaaactcatagttgttattgtt 20910571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 190 - 455
Target Start/End: Original strand, 8327051 - 8327308
Alignment:
Q  190 taagggggatggtttccttttcat-agttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgattttga 288  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| | |||||| ||| ||||||  || ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||| || |||||      
T  8327051 taagggggatcgtttc-ttttcattatttaagtcataatctcttaatttcaattatggatttaagtgcttttatgttaattgtgtttttggtaattttcc 8327149  T
Q  289 atgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgtta 388  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||  ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||       
T  8327150 atgatgaatttcgtgctcctaattcatgtgaatttgtgggtacggtaaacttcaggaaattgttatgttatgttcttaaacttcatagttgttgttg--- 8327246  T
Q  389 agtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
         ||||||||||||||  ||| | |||||||||||| ||||   ||||||||| ||||||||||    
T  8327247 -----ttttgatgattttttattaatagagtgtaaatcacgaatcgatgagtgattattgttgaaac 8327308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 241 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 29731339 - 29731114
Alignment:
Q  241 ttatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt--gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaac 338  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||| | |||||| |||| ||| | || || |||  ||||||    
T  29731339 ttatgggtttaagtgcttttgtgataattgtgactttttggtggttttgaatgataaaattcgtactcctatttcatgtggaattgtgagtatgataaac 29731240  T
Q  339 ttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcata------gttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatc---atg 429  Q
    ||| |||||||||  ||||| | ||||||| ||||||      |||||||||||| |||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||||   |||    
T  29731239 ttcatgaaattgtcatgttaagagcttaaacttcataattgttgttgttgttgttgagttgttttgatgaattttgattatttgagtgtaaatcatgatg 29731140  T
Q  430 aattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||    
T  29731139 aattggtgtgtgattgttgttgaaac 29731114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 241 - 455
Target Start/End: Original strand, 29741608 - 29741833
Alignment:
Q  241 ttatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt--gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaac 338  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||| | |||||| |||| ||| | || || |||  ||||||    
T  29741608 ttatgggtttaagtgcttttgtgataattgtgactttttggtggttttgaatgataaaattcgtactcctatttcatgtggaattgtgagtatgataaac 29741707  T
Q  339 ttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcata------gttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatc---atg 429  Q
    ||| |||||||||  | ||| | ||||||| ||||||      |||||||||||| |||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||||   |||    
T  29741708 ttcatgaaattgtcatcttaagagcttaaacttcataattattgttgttgttgttgagttgttttgatgaattttgattatttgagtgtaaatcatgatg 29741807  T
Q  430 aattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||    
T  29741808 aattggtgtgtgattgttgttgaaac 29741833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 239 - 454
Target Start/End: Original strand, 29741056 - 29741282
Alignment:
Q  239 aattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt--gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataa 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||| || ||| |||||||| |||| ||| | || || ||   |||     
T  29741056 aattatgggtttaagtgcttttgtgataattgtgactttttggtgatttcgaatgataaatttcgtgctcctatttcatgtggaattgtgagtgtgatac 29741155  T
Q  337 acttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcata---------gttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatca 427  Q
    ||| | |||||||||  ||||| | ||||||| ||||||         |||||||||||| | |  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  29741156 actgcatgaaattgtcatgttaagagcttaaacttcataattgttgctgttgttgttgttgaattgttttgatgaattttgattatttgagtgtaaatca 29741255  T
Q  428 tgaattagtgagtgattgttgttgaaa 454  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  29741256 tgaattggtgtgtgattgttgttgaaa 29741282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 187 - 385
Target Start/End: Original strand, 13761558 - 13761757
Alignment:
Q  187 aggtaagggggatggtttccttttca-tagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgatt 284  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||| || |||||||||| ||||||  || || ||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||| |||  |    
T  13761558 aggtaaaggggatagtttc-ttttcactaattaagttataatctcttaatttcacttatgggtttaagtgtttttgtagtaattgtgattttttgtgggt 13761656  T
Q  285 ttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgtt 384  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||   || || || || ||||||  ||||| ||| |||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||    
T  13761657 ttgaatgataaaattcgtgctcctataccatgtaaaattgtgggtatgataaatttcatgaaatggttgtgttaagagcttaaacttcatagttgttgtt 13761756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 356 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 16094837 - 16094747
Alignment:
Q  356 ttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgtt---aagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgatt 444  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |   ||||  ||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||  |||||||||    
T  16094837 ttatgtgcttaaatt-catagttgttgttggtgataagttgttttgatgattttcgcttaattaagtgtaaaccatgaattgatgagtgatt 16094747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 2)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 176 - 444
Target Start/End: Original strand, 204645 - 204920
Alignment:
Q  176 ttgatgactagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgact 275  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||  |||||  ||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||     
T  204645 ttgaagactagaggtaagggggatggtttcgttttcataattaagctatgatctctcattttcaatcatgagtttaagtgtttttgtgttaattctgaca 204744  T
Q  276 tttgtga-ttttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcat 374  Q
    ||||||| |||||||| |||| |||  ||||| |||||| ||||||||| ||||    ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  204745 tttgtgatttttgaataatgatatttgtgctcttaattcgagtgaatttgtgggcttgataaacttcatgaaattgttgtgttatatgtttaaacttcat 204844  T
Q  375 a---gttgttgttgttaagtga---ttttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgatt 444  Q
    |   ||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  204845 aattgttgttgttgttaagtgattttttttatgatttttgcttatatgagtgtaaatcataaattgatgagtgatt 204920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 370 - 444
Target Start/End: Original strand, 205276 - 205350
Alignment:
Q  370 ttcatagttgttgttgttaagtga-ttttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgatt 444  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||  |||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  205276 ttcatagatgttgttgttaagtgattttttatga-ttttgcttacatgagtgtaaatcataaattgatgagtgatt 205350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 2)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 214 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 10787 - 10620
Alignment:
Q  214 agttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgatttt-gaatgatgaaattcctgctcctaatt 312  Q
    ||||||| |||| |||||| |||||||||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  10787 agttaaggtataatctcttatttacaattatgagtttaaatgtttttatgttaattgtgacttttgtgatttttgaatgatgaaattcgtgctcctaatt 10688  T
Q  313 caagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgt 380  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||| |||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||    
T  10687 caagtgaatttatgggtatgataatcttcatgaaattgtgatgttatgttcttaaatttcatagttgt 10620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 400 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 10617 - 10584
Alignment:
Q  400 tgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaatt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10617 tgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaatt 10584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 241 - 455
Target Start/End: Original strand, 18830579 - 18830793
Alignment:
Q  241 ttatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaact 339  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||  |||||||    
T  18830579 ttatgggttcaagtgcttttgtgacaattgtgaatttttgtggttttgaatgataaaattcatgctcctatttcatgtgaaattatgggtataataaact 18830678  T
Q  340 tcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgag 439  Q
    || ||||| ||||||||||   ||||||| ||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||   ||||||| || ||||||||||||  ||      
T  18830679 tcatgaaaatgttgtgttaatagcttaaacttcatagttattgttgttgagttgttttgatgattttttactatttgactg-aaatcatgaattgatgta 18830777  T
Q  440 tgattgttgttgaaac 455  Q
    ||||||||||||||||    
T  18830778 tgattgttgttgaaac 18830793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 208 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 24625123 - 24624915
Alignment:
Q  208 tttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttg-tgattttgaatgatgaaattcctgctc 306  Q
    ||||||| |||||| ||| |||  | ||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  || |||| ||||||||||||| |||||    
T  24625123 tttcataattaagtcataatctagtattttcacttatgggtttaagtgcttttgtaataattgtgactttttatgtttttaaatgatgaaattcgtgctc 24625024  T
Q  307 ctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgt---taagtgattttgatgat 403  Q
     ||||| | ||||||||| |||||  ||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||   |||||  ||||||||||    
T  24625023 ttaatttatgtgaatttaagggtatgataaacttcataaaattgatgtattatgtgcttaaaattcatggttgttgttgttgataagttgttttgatgat 24624924  T
Q  404 ttttgctta 412  Q
    |||||||||    
T  24624923 ttttgctta 24624915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 217 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 21695336 - 21695094
Alignment:
Q  217 taagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaag 316  Q
    |||| |||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||| ||||| ||||||| |    
T  21695336 taagctataatctcctattttcaattatgggtttaagtgctttaacattaattgtgacatttgtgatttttgatgatgaatttcgtgctcttaattcatg 21695237  T
Q  317 tgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgtt---aagt-gattttgatgatttttgctta 412  Q
    |  | |||||| ||   |||||||| | || |||   | ||||||||||||| |||||||||| |||||||   |||| | |||||||||||||| ||||    
T  21695236 tataattatggatatgttaaacttcatcaatttgacatattatgtgcttaaacttcatagttgatgttgttgataagttgtttttgatgatttttactta 21695137  T
Q  413 tttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    ||| |||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||    
T  21695136 tttaagtgtaaatcatcaattgatgagtgattattgttgaaac 21695094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 271
Target Start/End: Original strand, 14393518 - 14393606
Alignment:
Q  183 ctagaggtaagggggatggtttccttttca-tagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgt 271  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||| ||| |||||  ||| ||||||||||||||||  | ||| ||||||||||    
T  14393518 ctagaggtaaggggaatggtt-ccttttcactaattaagtcataatctctaattttcaattatgggtttaagcacctttatgttaattgt 14393606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 248 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 18828700 - 18828560
Alignment:
Q  248 tttaagtgcttttgtgttaattgtgacttt-tgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaa 346  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||||| |||| || | |||||| ||||   |||||||  |||| ||||| || ||||||  ||||| ||| ||||    
T  18828700 tttaagtgcttctgttataattgtgactttatgtggttctaaatgataaaatctgtgctcctttttcatgtgaaattgtgggtatgataaatttcatgaa 18828601  T
Q  347 attgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgtt 387  Q
    |||| ||  |||||| ||||||  |||| ||||||||||||    
T  18828600 attgatggattatgtacttaaacctcatggttgttgttgtt 18828560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 74; Significance: 9e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 182 - 412
Target Start/End: Original strand, 371201 - 371433
Alignment:
Q  182 actagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtg 281  Q
    ||||||||||||||||||  |   ||||||||| |||||| ||| || | | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||    
T  371201 actagaggtaagggggataatg--cttttcataattaagtcataatcacatattttcaattatgggtttaagtgcttttttgttaattgtgatttttttg 371298  T
Q  282 -attttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatag---t 377  Q
     |  ||  |||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| |   |    
T  371299 taactttcatgatgaaatccgtgctcttaattcatgtgaatttaagggtatgataaacttcatgaaattgatgtgttatgtgcttaaaactcatggttat 371398  T
Q  378 tgttgttgttaagtgattttgatgatttttgctta 412  Q
    |||||||| |||||  |||||||||||||||||||    
T  371399 tgttgttgataagttgttttgatgatttttgctta 371433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1114 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold1114
Description:

Target: scaffold1114; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 238 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 2110 - 1891
Alignment:
Q  238 caattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataa 336  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| | ||||| ||   ||||||||||||  ||||||| ||||||  ||||    
T  2110 caattatgggtttaagtg-ttttgtgttaattatgactttttgtgattttgatt-atgaattttgcgctcctaattcatatgaatttgtgggtatgataa 2013  T
Q  337 acttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgt---taagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaatt 433  Q
    ||||| |||||||  | ||||||||||||| ||||||| |||||||||||   |||||  |||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||    
T  2012 acttcatgaaattaatatgttatgtgcttagatttcatggttgttgttgttgataagttgttttgatgatttttgcttatttaagtgcgaaccatgaatt 1913  T
Q  434 agtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |  ||||| || ||||| ||||    
T  1912 aaagagtggttattgttaaaac 1891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0205 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0205
Description:

Target: scaffold0205; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 187 - 412
Target Start/End: Original strand, 943 - 1171
Alignment:
Q  187 aggtaagggggatggtttccttttcat-agttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgattt 285  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |||| | ||| |||  | ||| |||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  943 aggtaagggggatggtt-ccttttcatcaattaattcataatcttctcttttcaattatgagtttaaacgcttttatgttaattgtgacttttgtgaatt 1041  T
Q  286 tgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttg 385  Q
    |  |||||||| ||| | ||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||  |||||||  |||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  1042 ttgatgatgaatttcgtactcttaattcatgtgaatttatgggtacgataaaatttatgaaattaatgtgttatgtgcttaaaaatcatggttgttgttg 1141  T
Q  386 t---taagtgattttgatgatttttgctta 412  Q
    |   |||||  |||| ||||||||||||||    
T  1142 ttgataagttgttttaatgatttttgctta 1171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0193 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0193
Description:

Target: scaffold0193; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 241 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 19044 - 18869
Alignment:
Q  241 ttatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgatttt-gaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaact 339  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||  |||||||    
T  19044 ttatgagtttaagtgcttttgtgataattgtgactttttatatttttgaaagatgaaattcctgttcctaattcaggtgaatttaagggtatgataaact 18945  T
Q  340 tcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgtt---aagtgattttgatgatttttgctta 412  Q
    || | |||||||||| ||||| |||||||  |||| ||||||||||||   ||||   ||||||||||||||||||    
T  18944 tcataaaattgttgtattatgggcttaaaactcatggttgttgttgttgataagttggtttgatgatttttgctta 18869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0039 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0039
Description:

Target: scaffold0039; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 216 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 8103 - 7950
Alignment:
Q  216 ttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattca 314  Q
    ||||| |||| ||||||  || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  8103 ttaagctataatctcttaatttcacttatgggtttaagtgcttttgtgataattgtgactttttgtgtttttgaatgatgaaattcatgctcttagttca 8004  T
Q  315 agtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaa 368  Q
     || |||||| ||||   ||||||||| | |||||| ||| |||||||||||||    
T  8003 tgttaatttaagggtttgataaacttcataaaattgatgtattatgtgcttaaa 7950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0964 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0964
Description:

Target: scaffold0964; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 238 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 2385 - 2234
Alignment:
Q  238 caattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtga-cttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtg-aatttatgggtaccata 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||| ||| || || |||||   |||    
T  2385 caattatgggtttaagtgcttttgtgataattgtaaccttttgtgattttgaatgatggaattcgtgctcccatttcatgtgaaaattgtgggtgtgata 2286  T
Q  336 aacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgtt 387  Q
    |||||| | |||||| |||||| |||| |||||  |||||| ||||||||||    
T  2285 aacttcataaaattgatgtgttgtgtggttaaaactcatagatgttgttgtt 2234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0111 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0111
Description:

Target: scaffold0111; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 356 - 449
Target Start/End: Original strand, 30260 - 30355
Alignment:
Q  356 ttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgtt---aagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgt 449  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |   ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  30260 ttatgtgcttaaatt-catagttgttgttggtgataagttgttttgatgatttttgcttatttaagtgtaaatcatgaattgatgagtgattgttgt 30355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0228 (Bit Score: 49; Significance: 8e-19; HSPs: 3)
Name: scaffold0228
Description:

Target: scaffold0228; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 184 - 455
Target Start/End: Original strand, 6923 - 7187
Alignment:
Q  184 tagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgat 283  Q
    ||||| |||||||||| || || ||||  || |||||||||| || ||| |||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||          
T  6923 tagagataagggggatagtctctttttgctaattaagttataatcactt-tttctacttatgggtttaagtgcttttgtgataattgtgaattta----- 7016  T
Q  284 tttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgt 383  Q
        |||| | |||||  ||||||||||||| |||||  | ||||||  ||||||||| |||| |||| ||||||   ||||||| ||||||||||||||    
T  7017 ----aatgttaaaatttgtgctcctaattcatgtgaaaatgtgggtatgataaacttcatgaatttgtggtgttaatagcttaaacttcatagttgttgt 7112  T
Q  384 tgtta---agtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |||||   |||  |||| ||||||||||  ||| |||||| || ||| |||||||||  ||||||||||||||||    
T  7113 tgttattgagttgttttaatgatttttgactatctgagtgaaattcacgaattagtgtatgattgttgttgaaac 7187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0228; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 184 - 455
Target Start/End: Original strand, 14505 - 14769
Alignment:
Q  184 tagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgat 283  Q
    ||||| |||||||||| || || ||||  || |||||||||| || ||| |||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||          
T  14505 tagagataagggggatagtctctttttgctaattaagttataatcactt-tttctacttatgggtttaagtgcttttgtgataattgtgaattta----- 14598  T
Q  284 tttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgt 383  Q
        |||| | |||||  ||||||||||||| |||||  | ||||||  ||||||||| |||| |||| ||||||   ||||||| ||||||||||||||    
T  14599 ----aatgttaaaatttgtgctcctaattcatgtgaaaatgtgggtatgataaacttcatgaatttgtggtgttaatagcttaaacttcatagttgttgt 14694  T
Q  384 tgtta---agtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |||||   |||  |||| ||||||||||  ||| |||||| || ||| |||||||||  ||||||||||||||||    
T  14695 tgttattgagttgttttaatgatttttgactatctgagtgaaattcacgaattagtgtatgattgttgttgaaac 14769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0228; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 184 - 455
Target Start/End: Original strand, 24457 - 24721
Alignment:
Q  184 tagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgat 283  Q
    ||||| |||||||||| || || ||||  || |||||||||| || ||| |||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||          
T  24457 tagagataagggggatagtctctttttgctaattaagttataatcactt-tttctacttatgggtttaagtgcttttgtgataattgtgaattta----- 24550  T
Q  284 tttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgt 383  Q
        |||| | |||||  ||||||||||||| |||||  | ||||||  ||||||||| |||| |||| ||||||   ||||||| ||||||||||||||    
T  24551 ----aatgttaaaatttgtgctcctaattcatgtgaaaatgtgggtatgataaacttcatgaatttgtggtgttaatagcttaaacttcatagttgttgt 24646  T
Q  384 tgtta---agtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    |||||   |||  |||| ||||||||||  ||| |||||| || ||| |||||||||  ||||||||||||||||    
T  24647 tgttattgagttgttttaatgatttttgactatctgagtgaaattcacgaattagtgtatgattgttgttgaaac 24721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0412 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0412
Description:

Target: scaffold0412; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 244 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 3429 - 3223
Alignment:
Q  244 tgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgac-ttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttct 342  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| | ||| |||||| |||||| |||||||  |||| ||  | |||||||||  |||||||||     
T  3429 tgggtttaagtgcttttgttataattgtgactttttgtcaatttaaatgataaaattcgtgctcctttttcacgtagaattatgggtatgataaacttca 3330  T
Q  343 tgaaattgttgtgttatgtgcttaaatttcatagttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtga 442  Q
    |||| |||||||||||    |||||| ||||||      ||||||||||  |||| ||||||||||  |||||||||| || |||||||||  ||  |||    
T  3329 tgaatttgttgtgttaatatcttaaacttcata------gttgttaagttgttttcatgatttttgactatttgagtgaaattcatgaattgatgtatga 3236  T
Q  443 ttgttgttgaaac 455  Q
    || ||||||||||    
T  3235 ttcttgttgaaac 3223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0185 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0185
Description:

Target: scaffold0185; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 183 - 278
Target Start/End: Original strand, 1073 - 1169
Alignment:
Q  183 ctagaggtaagggggatggtttccttttcatagtt-aagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt 278  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||  | ||| |||| | |||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1073 ctagaggtaacggagatggtttccttttcataaatgaagctataatgtcttattttcaattgtgggtttaagtgattttgtgttaattgtgactttt 1169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0093 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0093
Description:

Target: scaffold0093; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 356 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 51924 - 51827
Alignment:
Q  356 ttatgtgcttaaatttcatagttgttgtt---gttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttg 451  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||   | |||||  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||    
T  51924 ttatgtgcttaa-tttcatagttgttgtttgtgataagttgttttgatgatttttgcttaattaagtgtaaaccatgaattgatgagtgattattgttg 51827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 275 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 155175 - 154993
Alignment:
Q  275 ttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtgttatgtgcttaaat--ttc 372  Q
    ||||||||||||  | |||||| ||  ||||| ||||||| || ||||||||||||   |||||||| |||||||| |  ||||||| |||||||         
T  155175 ttttgtgatttttgaagatgaattttgtgctcttaattcatgtcaatttatgggtatgttaaacttcatgaaattgataagttatgtccttaaatccaca 155076  T
Q  373 atagttgttgttgttaagtgattttgatgatttttgcttatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttgaaac 455  Q
    || |||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||  ||||| || ||||||||  ||||||||| | ||||||||    
T  155075 attgttgttgttgataagttgttttgatgatttttgctcattcaagtgtgaaccatgaattgatgagtgattatggttgaaac 154993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0417 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0417
Description:

Target: scaffold0417; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 216 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 3856 - 3617
Alignment:
Q  216 ttaagttatattctcttgtttacaattatgggtt-taagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattca 314  Q
    ||||| |||| |||| | ||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||| ||||| |    
T  3856 ttaagctataatctcatcttttcaattatgggtcataagtgcttttgtattaattatgacttttgtgatttttgatgatgaatttcgtgctcttaattta 3757  T
Q  315 agtgaatttatgggtaccataaacttcttgaaattgttgtg-ttatgtgcttaaatttcatagttgttgt---tgttaagtgattttgatgatttttgct 410  Q
     |||   | |||| ||   |||||||| |||||||| |||| |||| || || || ||||||||||||||   || |||||  ||||| ||||||||| |    
T  3756 tgtgttataatggatatgttaaacttcatgaaattgatgtgtttatatg-ttcaagttcatagttgttgttggtgataagttgttttggtgatttttgtt 3658  T
Q  411 tatttgagtgtaaatcatgaattagtgagtgattgttgttg 451  Q
     | || |||||||  ||||||||  ||||||||| ||||||    
T  3657 caattaagtgtaatccatgaattgatgagtgattattgttg 3617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0064 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0064
Description:

Target: scaffold0064; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 247 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 10330 - 10218
Alignment:
Q  247 gtttaagtgcttttgtgttaattgtgactttt-gtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggtaccataaacttcttga 345  Q
    ||||||||||||||||  || |||||| |||| ||| ||||||||||| |||||  |||||||  |||| ||  | |||||||||  ||||||||| |||    
T  10330 gtttaagtgcttttgttatagttgtgattttttgtggttttgaatgataaaatttgtgctcctttttcatgtagaattatgggtatgataaacttcatga 10231  T
Q  346 aattgttgtgtta 358  Q
    | |||||||||||    
T  10230 atttgttgtgtta 10218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 176 - 274
Target Start/End: Original strand, 202761 - 202859
Alignment:
Q  176 ttgatgactagaggtaagggggatggtttccttttcatagttaagttatattctcttgtttacaattatgggtttaagtgcttttgtgttaattgtgac 274  Q
    |||| |||||||| |||||||||| || || |||   || ||||| |||| |||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  202761 ttgaagactagagataagggggatagtctcttttaactaattaagctataatctcttattttcacttacgggtttaagtgcttttgtaataattgtgac 202859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0192 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0192
Description:

Target: scaffold0192; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 250 - 286
Target Start/End: Original strand, 13063 - 13099
Alignment:
Q  250 taagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgatttt 286  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  13063 taagtgcttttgtgtgaattatgacttttgtgatttt 13099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0115 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0115
Description:

Target: scaffold0115; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 250 - 330
Target Start/End: Original strand, 36776 - 36856
Alignment:
Q  250 taagtgcttttgtgttaattgtgacttttgtgattttgaatgatgaaattcctgctcctaattcaagtgaatttatgggta 330  Q
    ||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||  ||| |||| ||| ||||||||||| | ||| | |||||||||    
T  36776 taagtgcttttgtgtgaattacgaattttgtgatttttgatgttgaatttcgtgctcctaatttatgtgtagttatgggta 36856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University