View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9231_high_4 (Length: 470)

Name: NF9231_high_4
Description: NF9231
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9231_high_4
NF9231_high_4
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (13-459)||(15016546-15016992)
chr1 (13-459)||(15001538-15001984)
chr1 (13-452)||(15024548-15024987)
chr1 (13-452)||(15031889-15032328)
chr1 (13-459)||(15036451-15036897)
chr1 (13-459)||(15010431-15010877)
chr1 (17-439)||(14503417-14503839)
chr1 (53-450)||(14522868-14523265)
chr1 (13-429)||(14467234-14467650)
chr1 (13-439)||(14533000-14533426)
chr1 (13-438)||(15040187-15040615)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (13-439)||(12210-12636)
scaffold0400 (20-450)||(5929-6359)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (13-439)||(12853-13279)
scaffold0365 (20-450)||(6573-7003)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (13-301)||(16102313-16102601)
chr7 (13-301)||(16171991-16172279)
chr7 (13-141)||(17847962-17848090)
chr7 (13-167)||(15665775-15665929)
chr7 (256-320)||(16024755-16024819)
[»] scaffold0289 (1 HSPs)
scaffold0289 (13-167)||(18643-18797)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 459
Target Start/End: Original strand, 15016546 - 15016992
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15016546 tttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgaacaaaaccaactgactggaaatataacaaatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 15016645  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacag 212  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15016646 atggaattgagtgataataatttgtatggtcaaatttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacag 15016745  T
Q  213 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaactt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15016746 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaactt 15016845  T
Q  313 atctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15016846 atctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgaacaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgca 15016945  T
Q  413 acaaataatttcagtggcttcatccctgaaaaacttggtatgatgtc 459  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15016946 gcaaataatttcagtggcttcatccctgaaaaacttggtatgttgtc 15016992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 13 - 459
Target Start/End: Original strand, 15001538 - 15001984
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||    
T  15001538 tttgaagaattgctcaagccttacgagagtgagacttcaacaaaaccaactgactggaaatataacagacagctttggtgtgtatccaaatttggaatac 15001637  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacag 212  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15001638 atggatttgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagcctaaaaatctccaacaataatttgacag 15001737  T
Q  213 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaactt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  15001738 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgcgaaaaattccaaaggagttagaaaactt 15001837  T
Q  313 atctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |  ||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  15001838 atctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttatggagaagttccagtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgca 15001937  T
Q  413 acaaataatttcagtggcttcatccctgaaaaacttggtatgatgtc 459  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15001938 acaaataatttgagtggattcatccctgaaaaacttggtatgttgtc 15001984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 13 - 452
Target Start/End: Original strand, 15024548 - 15024987
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    ||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15024548 tttgaagaattgcttaagccttaaaagagtgaggcttgatcaaaaccaactgactggaaatataacaaatagttttggtgtgtatccaaacttgtactac 15024647  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacag 212  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| ||||    
T  15024648 atggacttgaatgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctctggtaataatttaacag 15024747  T
Q  213 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaactt 312  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15024748 gaagaataccaccagagctaggcagcgcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaacgggaaaaattccaaaggagctagaaaactt 15024847  T
Q  313 atctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgca 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  15024848 atctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcacctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcacgagctaactgcattggagcttgca 15024947  T
Q  413 acaaataatttcagtggcttcatccctgaaaaacttggta 452  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  15024948 acaaataatttgagtggcttcatccctaaaagacttggta 15024987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 13 - 452
Target Start/End: Original strand, 15031889 - 15032328
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    ||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15031889 tttgaagaattgcttaagccttaaaagagtgaggcttgatcaaaaccaactgactggaaatataacaaatagttttggtgtgtatccaaacttgtactac 15031988  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacag 212  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| ||||    
T  15031989 atggacttgaatgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctctggtaataatttaacag 15032088  T
Q  213 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaactt 312  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15032089 gaagaataccaccagagctaggcagcgcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaacgggaaaaattccaaaggagctagaaaactt 15032188  T
Q  313 atctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgca 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  15032189 atctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcacctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcacgagctaactgcattggagcttgca 15032288  T
Q  413 acaaataatttcagtggcttcatccctgaaaaacttggta 452  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  15032289 acaaataatttgagtggcttcatccctaaaagacttggta 15032328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 13 - 459
Target Start/End: Original strand, 15036451 - 15036897
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15036451 tttgaagaattgctcaagccttgagagattgaggcttaaccaaaaccaactgactggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttggactac 15036550  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacag 212  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| || |    
T  15036551 atggacttgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagcctaaaaatctccggtaataatttaactg 15036650  T
Q  213 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaactt 312  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||| || | ||    
T  15036651 gaagaataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaacgatctaatgggaaaaattccaaaggagctaaaatattt 15036750  T
Q  313 atctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgca 412  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  15036751 atctttgttgttcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgca 15036850  T
Q  413 acaaataatttcagtggcttcatccctgaaaaacttggtatgatgtc 459  Q
    |||||||| || |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  15036851 acaaataacttaagtggcttcatcctggaaaaacttggtatgttgtc 15036897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 13 - 459
Target Start/End: Original strand, 15010431 - 15010877
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15010431 tttgaagaattgctcaagccttacgagactgaggcttgatcaaaaccaacttactggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttggactac 15010530  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacag 212  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    |||||||| ||||    
T  15010531 atggaattgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagattctcacaagcctaaaaatctctggtaataatttaacag 15010630  T
Q  213 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaactt 312  Q
    |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  15010631 gaagaataccaccagaactaggaagtgcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatactt 15010730  T
Q  313 atctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgca 412  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  15010731 atctttgttgttcaaactctccttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgca 15010830  T
Q  413 acaaataatttcagtggcttcatccctgaaaaacttggtatgatgtc 459  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  15010831 ataaataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtc 15010877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 439
Target Start/End: Original strand, 14503417 - 14503839
Alignment:
Q  17 aagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| ||| || || |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||    
T  14503417 aagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacagatggttttggtgtttatccacatttggactacatgg 14503516  T
Q  117 acttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaag 216  Q
    | || ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||     
T  14503517 aattgagtgaaaataatttgtatggccatctatcaccaaattggggaaagtgcaagagtctcacaagccttaaaatctccaataacaatttaacaggaaa 14503616  T
Q  217 cataccaccagaactaggcagag-caacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatc 315  Q
     ||||||| |||| | ||| ||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||| ||    
T  14503617 tataccacaagaatt-ggctgagacaattaatttacatgaacttaacttgtcatcaaaccatcttactggaaaaattccaaaggatctaggaaacttgtc 14503715  T
Q  316 tttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgcaaca 415  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||   ||||||| ||||||||| | | ||||| | |||||||||||||||    
T  14503716 tttgttgatcaaactctcgataagtaacaatcatctttctggagaggttcctatacaaattgcatcattgcaagcactaactaccttggagcttgcaaca 14503815  T
Q  416 aataatttcagtggcttcatccct 439  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
T  14503816 aataatttaagtggcttcatccct 14503839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 53 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 14523265 - 14522868
Alignment:
Q  53 caaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctc 152  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14523265 caaaacaaaatgacaggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaatttggactacatagaattaagtgataataatttttatggttatctttctc 14523166  T
Q  153 caaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcag-agcaacaaatttac 251  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| | ||| | |||||| |||||||    
T  14523165 caaattgggggaagtgcaagaatctgacaagccttaaaatctccaataataatttaataggaagcataccaccagaa-ttggctgaagcaaccaatttac 14523067  T
Q  252 atgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatct 351  Q
    ||  |||| ||||||| ||||| || ||||  || |||||||||||||| |||| ||||||||||    ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  14523066 atatacttgacttgtcctcaaatcaacttataggaaaaattccaaaggatctaggaaacttatctgcactgatccaactctcgataagtaataatcatct 14522967  T
Q  352 ttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgcaacaaataatttcagtggcttcatccctgaaaaacttgg 450  Q
    ||| |||||||| |||  ||| |||| ||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  14522966 ttcgggagaagttcctatgcagattgcatcattgcatgaactaactacattggatcttgcaacaaataatttaagtggttttatccctgaaaaacttgg 14522868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 13 - 429
Target Start/End: Original strand, 14467234 - 14467650
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    ||||||||| ||||| |||||| | ||||| ||| || ||||||| ||| | ||||  |||||||| |||   ||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  14467234 tttgaagaactgctctagcctttatagagtaaggcttcaacaaaatcaactaactgacaatataactgatgcctttggcgtgcatccaaaattggactac 14467333  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacag 212  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| ||| || ||||| ||||    
T  14467334 atggaattgagtgataataatttgtatggccatctatcaccgaattggggaaaatgcatgaatctcacatgccttaaaatcttcaataacaatttaacag 14467433  T
Q  213 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaactt 312  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  14467434 gaagcataccgccagaactaggccgagcaacaaatttacatgaactaaacctgtcttcaaaccatcttacgggaaaaattccaaaggagctagaaagctt 14467533  T
Q  313 atctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgca 412  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||| ||| |||||||||  || ||  | | ||||||||| ||    
T  14467534 atctttgttgatccaactctcggtaagtaacaatcatctttcaggagaagttcctgcacaagttgcatcattgcaaaaactagataccttggagctttca 14467633  T
Q  413 acaaataatttcagtgg 429  Q
    ||||||||||| |||||    
T  14467634 acaaataatttaagtgg 14467650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 13 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 14533426 - 14533000
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    ||||||||| |||||||| ||||  ||||| ||  || ||||||| ||| | ||||  |||||||| |||   ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  14533426 tttgaagaagtgctccagtcttatcagagtaagacttcaacaaaatcaaataactgacaatataactgatgcctttggcgtgtatccaaatttggactac 14533327  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacag 212  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |    
T  14533326 atggaattgagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaagtcttcaaatctccaacaataatttaactg 14533227  T
Q  213 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaactt 312  Q
    |||||||||| | |||||||||  |||||||| | ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  14533226 gaagcatacctcaagaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttactggaaaaattccagaggagctaggaaactt 14533127  T
Q  313 atctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgca 412  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||  |||||||| ||||  ||||||| |||| |||| | | ||||||| |||||||||| |    
T  14533126 atctttgttaatcaaactctcgataaataacaataatcttttgggagaagttcctgtacaaattgcatcactgcaggcactaactgccttggagcttgaa 14533027  T
Q  413 acaaataatttcagtggcttcatccct 439  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||    
T  14533026 aaaaataatttaagtggcttcatccct 14533000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 438
Target Start/End: Original strand, 15040187 - 15040615
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    |||||||||||| || || || |||||||||||  |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||    
T  15040187 tttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagacttgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagctttggtgtgtgtccaaacttgtactac 15040286  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacag 212  Q
    ||||| || |||| |||||| | || ||| ||| |||| || |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15040287 atggaattgagtggtaataaatattttggccatatttcacctaattggggaaaacgcaagaatctcataagccttaaaatctccaacaataatttaacag 15040386  T
Q  213 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaactt 312  Q
    | || ||||||| |||| | |   | ||||| |||||||||  |||| | ||||| || || || || || ||  ||||||||| ||||||||  |||||    
T  15040387 ggagtataccactagaattggttggggcaaccaatttacatttacttgatttgtcctcgaatcaactaacaggagaaattccaatggagctaggcaactt 15040486  T
Q  313 atctttgttgatc---aaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagctt 409  Q
    |||||  ||||||    |||||||| |||||| |||| |  |||| || ||||| ||||  |||||||  |||||| | ||| |  ||   ||||||||     
T  15040487 atcttcattgatccaacaactctcgataagtagcaattacttttcaggggaagttcctgtacaaattgcctcattgaaggaagttgctatcttggagctg 15040586  T
Q  410 gcaacaaataatttcagtggcttcatccc 438  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  15040587 gcaacaaataatttaagtggcttcgtccc 15040615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 13 - 439
Target Start/End: Original strand, 12210 - 12636
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| ||| || || |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||| ||||    
T  12210 tttgaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacagatggttttggtgtttatccacatttggtctac 12309  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacag 212  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |    
T  12310 atggaattaagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaagtcttcaaatctccaacaataatttaactg 12409  T
Q  213 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaactt 312  Q
    |||||||||| | |||||||||  |||||||| | ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  12410 gaagcataccgcaagaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttactggaaaaattccaaaggagctaggaaactt 12509  T
Q  313 atctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgca 412  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||  |||||||| ||||  ||||||| |||| |||| | | ||||||| |||||||||| |    
T  12510 atctttgttaatcaaactctcgataaataacaataatcttttgggagaagttcctgtacaaattgcatcactgcaggcactaactgccttggagcttgaa 12609  T
Q  413 acaaataatttcagtggcttcatccct 439  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||    
T  12610 aaaaataatttaagtggcttcatccct 12636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 20 - 450
Target Start/End: Original strand, 5929 - 6359
Alignment:
Q  20 aattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggact 119  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||| |    
T  5929 aattgctcaagccttaagagagtgagacttcaacaaaaccaactgactgcaaatataacagatagctttggtgtgtatccgaatttggaatatatggaat 6028  T
Q  120 taagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcat 219  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||||| |  ||||||||||    
T  6029 tgagtgataataatttttatggtcatctctctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaagttttcaataataatatatcaggaagcat 6128  T
Q  220 accaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttg 319  Q
    |||||| ||| | | |  |||||| ||||||  |  |||  || | || || || || || || ||  |||||||||||||||||| ||||||||| |      
T  6129 accacccgaattggccgaagcaaccaatttaactatactggacctttcctcgaatcaactcacaggagaaattccaaaggagctaggaaacttatcctca 6228  T
Q  320 ttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgcaacaaata 419  Q
    |||||| | |||| | |||||| ||||||||||   |||||||| ||||| ||||||| || ||||||  || |||||   |||||||||||||||||||    
T  6229 ttgatccagctcttgataagtagcaatcatcttgtaggagaagttcctgaacaaattgcattattgcataaaataactatcttggagcttgcaacaaata 6328  T
Q  420 atttcagtggcttcatccctgaaaaacttgg 450  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  6329 atttcagtggcttcatcccagaacaacttgg 6359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 13 - 439
Target Start/End: Original strand, 12853 - 13279
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| ||| || || |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||| ||||    
T  12853 tttgaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacagatggttttggtgtttatccacatttggtctac 12952  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacag 212  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |    
T  12953 atggaattaagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaagtcttcaaatctccaacaataatttaactg 13052  T
Q  213 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaactt 312  Q
    |||||||||| | |||||||||  |||||||| | ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  13053 gaagcataccgcaagaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttactggaaaaattccaaaggagctaggaaactt 13152  T
Q  313 atctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgca 412  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||  |||||||| ||||  ||||||| |||| |||| | | ||||||| |||||||||| |    
T  13153 atctttgttaatcaaactctcgataaataacaataatcttttgggagaagttcctgtacaaattgcatcactgcaggcactaactgccttggagcttgaa 13252  T
Q  413 acaaataatttcagtggcttcatccct 439  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||    
T  13253 aaaaataatttaagtggcttcatccct 13279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 20 - 450
Target Start/End: Original strand, 6573 - 7003
Alignment:
Q  20 aattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggact 119  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||| |    
T  6573 aattgctcaagccttaagagagtgagacttcaacaaaaccaactgactgcaaatataacagatagctttggtgtgtatccgaatttggaatatatggaat 6672  T
Q  120 taagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcat 219  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||||| |  ||||||||||    
T  6673 tgagtgataataatttttatggtcatctctctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaagttttcaataataatatatcaggaagcat 6772  T
Q  220 accaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttg 319  Q
    |||||| ||| | | |  |||||| ||||||  |  |||  || | || || || || || || ||  |||||||||||||||||| ||||||||| |      
T  6773 accacccgaattggccgaagcaaccaatttaactatactggacctttcctcgaatcaactcacaggagaaattccaaaggagctaggaaacttatcctca 6872  T
Q  320 ttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgcaacaaata 419  Q
    |||||| | |||| | |||||| ||||||||||   |||||||| ||||| ||||||| || ||||||  || |||||   |||||||||||||||||||    
T  6873 ttgatccagctcttgataagtagcaatcatcttgtaggagaagttcctgaacaaattgcattattgcataaaataactatcttggagcttgcaacaaata 6972  T
Q  420 atttcagtggcttcatccctgaaaaacttgg 450  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  6973 atttcagtggcttcatcccagaacaacttgg 7003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 16102313 - 16102601
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    ||||||||||||||| ||| |||  ||| | ||  |||| ||||||||| | ||||||||||||||| |   |||| |||| |||||||| ||| | |||    
T  16102313 tttgaagaattgctctagcattataagacttagacttgaccaaaaccaacttactggaaatataacacaagattttagtgtttatccaaatttgaattac 16102412  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacag 212  Q
    || ||||||||||| || |||||||| || || |||||  | ||||||||||||||  | || || |||||| | | ||| ||| | |||||| |  |||    
T  16102413 atagacttaagtgaaaacaatttttacggacacctttcatcgaattggggaaagtgtcaaaacctaacaagcttcataatttcccataataatatatcag 16102512  T
Q  213 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggag 301  Q
    |    |||||||||||| |||| || ||| | |||||   |  |||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  16102513 gtcatataccaccagaaataggaagggcacccaatttgggtatacttgacttatcttcaaaccatctcacagggaaaattccgaaggag 16102601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 13 - 301
Target Start/End: Original strand, 16171991 - 16172279
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    ||||||||||||||| ||| |||  ||| | ||  |||| ||||||||| | ||||||||||||||| |   |||| |||| |||||||| ||| | |||    
T  16171991 tttgaagaattgctctagcattataagacttagacttgaccaaaaccaacttactggaaatataacacaagattttagtgtttatccaaatttgaattac 16172090  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacag 212  Q
    || ||||||||||| || |||||||| || || |||||  | ||||||||||||||  | || || |||||| | | ||| ||| | |||||| |  |||    
T  16172091 atagacttaagtgaaaacaatttttacggacacctttcatcgaattggggaaagtgtcaaaacctaacaagcttcataatttcccataataatatatcag 16172190  T
Q  213 gaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggag 301  Q
    |    |||||||||||| |||| || ||| | |||||   |  |||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  16172191 gtcatataccaccagaaataggaagggcatccaatttgggtatacttgacttatcttcaaaccatctcacagggaaaattccgaaggag 16172279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 13 - 141
Target Start/End: Original strand, 17847962 - 17848090
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    ||||||||||||||| ||| ||   ||| | ||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||   |||||||||||||| || ||||| |||    
T  17847962 tttgaagaattgctcaagcattgtaagaattaggcttgaacaaaaccaactttctggaaatataacagatttctttggtgtgtatccgaatttggattac 17848061  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatgg 141  Q
    ||| | || ||| | ||||||||||||||    
T  17848062 atgcatttgagtcaaaataatttttatgg 17848090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 15665929 - 15665775
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||| | ||| ||||||| |||||  ||  |||||| |||||||||  ||| ||||| || ||||| ||||| | |    
T  15665929 tttgaagaattgctctagccttattagacttaggcttgaacataaccatatggatggaaacataacagatgatttgggtgtatacccaaatttggagttc 15665830  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagt 167  Q
    ||||  ||   ||| ||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||    
T  15665829 atgggattggatgacaataatttttatggtcacctttcatccaattggggaaagt 15665775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 256 - 320
Target Start/End: Original strand, 16024755 - 16024819
Alignment:
Q  256 acttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgt 320  Q
    |||| |||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||   |||||||||||||    
T  16024755 acttgacttatcttcaaaccatctcacaggggaaattccaaaggagttaagcaacttatctttgt 16024819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0289
Description:

Target: scaffold0289; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 18797 - 18643
Alignment:
Q  13 tttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactac 112  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||| | ||| ||||||| |||||  ||  |||||| |||||||||  ||| ||||| || ||||| ||||| | |    
T  18797 tttgaagaattgctctagccttattagacttaggcttgaacataaccatatggatggaaacataacagatgatttgggtgtatacccaaatttggagttc 18698  T
Q  113 atggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagt 167  Q
    ||||  ||   ||| ||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||    
T  18697 atgggattggatgacaataatttttatggtcacctttcatctaattggggaaagt 18643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University