View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9231_low_2 (Length: 750)

Name: NF9231_low_2
Description: NF9231
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9231_low_2
NF9231_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (15-750)||(44417939-44418674)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 704; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 704; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 44418674 - 44417939
Alignment:
Q  15 cagcacatccaattctgttgaaaatggtttagtctctgatgccagtccaactgttgatgccaattttgcaaatgcaacacgcgagaaagccaaagagcta 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418674 cagcacatccaattctgttgaaaatggtttagtctctgatgccagtccaactgttgatgccaattttgcaaatgcaacacgcgagaaagccaaagagcta 44418575  T
Q  115 tcatcagatttgaagagcataacacaattatataatgaatatgctgttccctttaaactctgggaggtacttctttctctttctggctgtatgtgtgggc 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44418574 tcatcagatttgaagagcataacacagttatataatgaatatgctgttccctttaaactctgggaggtacttctttctctttctggctgtatgtgtgggt 44418475  T
Q  215 gcgcgcgcgtgtagaattattctgagctatttacttccacgatttctaagacatgtattgtttggttgagggaaaggataggatacattgtttgattagt 314  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418474 gcacgtgcgtgtagaattattctgagctatttatttccacgatttctaagacatgtattgtttggttgagggaaaggataggatacattgtttgattagt 44418375  T
Q  315 tttttaagatagaaaaataggaatttgaggtctctatacttataataactttgcaactctctttactcttctgtccaactatttgccatttctttctttt 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418374 tttttaagatagaaaaataggaatttgaggtctctatacttataataactttgcaactctctttactcttctgtccaactatttgccatttctttctttt 44418275  T
Q  415 ttgtgacatgatttaccttttctgtcttgtcaaaccaaatgaagcgtcacggtctcatgatttgtgttgtatctgccactgttctgcttggccagtcttg 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418274 ttgtgacatgatttaccttttctgtcttgtcaaaccaactgaagcatcacggtctcgtgatttgtgttgtatctgccactgttctgcttggccagtcttg 44418175  T
Q  515 gttgtgtattattcttgttgataacattgtcataattttctttcagacatgcctggagatgctgtactttgctaactattctggtgatagtgacagtagc 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418174 gttgtgtattattcttgttgataacattgtcataattttctttcagacatgcctggagatgctgtactttgctaactattctggtgatagtgacagtagc 44418075  T
Q  615 attgtcagagagacatgggctcgacttatagatcaagctatttcaggaggtggcattgctgaagcttgctctgtgctaaagagacttgggccccgccttt 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418074 attgtcagagagacatgggctcgacttatagatcaagctatttcaggaggtggcattgctgaagcttgctctgtgctaaagagacttgggccccgccttt 44417975  T
Q  715 atcctggtgatggaactgtttttcagcttgacatta 750  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44417974 atcctggtgatggaactgtttttcagcttgacatta 44417939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University