View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9233_low_1 (Length: 1273)

Name: NF9233_low_1
Description: NF9233
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9233_low_1
NF9233_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-1261)||(38367500-38368742)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (586-784)||(34884316-34884514)
chr8 (838-1025)||(34884550-34884737)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1207; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1207; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 1261
Target Start/End: Complemental strand, 38368742 - 38367500
Alignment:
Q  20 ggatgcttccacttatatacatacattttcaaaccatattgaaaatctagagaacctttatatgtatcaatcatcaaatcaattgaaaaccatgtatcta 119  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38368742 ggatgcttccacttatataaatacattttcaaaccatattgaaaatctagagaacctttatatgtatcaatcatcaaatcaattgaaaaccatgtatcta 38368643  T
Q  120 gattaatacagaagagtgaatcacatttgtaatcaatcaactggtaactgatgcattatatatggcaccaaaacaaacccattaaattggctataactaa 219  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38368642 aattaatacagaagagtgaatcacatttgtaatcaatcaactggtaactgatgcattatatatggcaccaaaacaaacccattaaattggctataactaa 38368543  T
Q  220 actattgatatatcaaaacataatttatagctatgttaaagtatagagattagtagttaattatttaaattatttgttgtatttagctgatgaagttaat 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38368542 actattgatatatcaaaacataatttatagctatgttaaagtatagagattagtagttaattatttaaattatttgttgtatttagctgatgaagttaat 38368443  T
Q  320 tttctgttggtcagttagaagtttgttagagaagttagttttcccactttgtgcactcaattgaaagaagagaatgcagaatagccgcattttgattttt 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38368442 tttctgttggtcagttagaagtttgttagagaagttagttttcccactttgtgcactcaattgaaagaagagaatgcagaatagtcgcattttgattttt 38368343  T
Q  420 ctattaggcaaaggcaatcatcaccactcattttgtgtactgtattatactatactgtactgtacaatagcatcttatatatgtacacgtgatttgtatg 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38368342 ctattaggcaaaggcaatcatcaccactcattttgtgtactgtattatgctatactgtactgtacaatagtatcttatatatgtacacgtgatttgtatg 38368243  T
Q  520 taattcatcaaaaaa-ttaagcaaaacaaaatttctctgcatatattctcagttagcctaacactagtaatctaacaatgcaaacttgacctgtaatcca 618  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38368242 taattcatcaaaaaaattaagcaaaacaaaatttctctgcatatagtctcagttagcctaacactagtaatctaacaatgcaaacttgacctgtaatcca 38368143  T
Q  619 accttgccaccctctgtcacaagcttagcagcaataaccaaccaatgcccgggagcatcatgtgggccgcgcaaaacctcacatgtctccacatatttaa 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38368142 accttgccaccctctgtcacaagcttagcagcaataaccaaccaatgcccgggagcatcatgtgggccgcgcaaaacctcacatgtctccacatatttaa 38368043  T
Q  719 gcatcttagcagaacgaacaggcacaggtggaccatttggataaacaccagagtttagtgcagttgcagctgccgcagctgcctgttgggcctgtttctg 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38368042 gcatcttagcagaacgaacaggcacaggtggaccatttggataaacaccagagtttagtgcagttgcagctgccgcagctgcctgttgggcctgtttctg 38367943  T
Q  819 tgtagcagtaacactttgttgtgtgaatgaaaatgttgtgctcagatttgtgaagaaagtcgattttcttgaagcttctggtgcagcagcccattctgtt 918  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38367942 tgtagcagtaacactttgttgtgtgaatgaaaatgttgtgctcagatttgtgaagaaagtcgattttcttgaagcttctggtgcagcagcccattctgtt 38367843  T
Q  919 ttcctgatgctgcaatttggtatgtgagtgaagagaaggcgcaggtgaagtacattcctaggccaattccctttgctgatgagttgagcaccggttacga 1018  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38367842 ttcctgatgctgcaatttggtatgtgagtgaagagaaggcgcaggtgaagtacattcctaggccaattccctttgctgatgagttgagcaccggttacga 38367743  T
Q  1019 tataaaccccgcttgaatttgattcgtgcaaccagttggggtcatacttgaccactgaggtgcacacatgcgcgaatttcttccatcttattggttcggc 1118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38367742 tataaaccccgcttgaatttgattcgtgcaaccagttggggtcatacttgaccactgaggtgcacacatgcgcgaatttcttccatcttattggttcggc 38367643  T
Q  1119 aaactggttgctggattcgtcctcatcggatcctcgccacatagttgtggtgcttgaagagagtgtcattgtatttgggaggcttgaaagatgatgtata 1218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38367642 aaactggttgctggattcgtcctcatcggatcctcgccacatagtcgtggtgcttgaagagagtgtcattgtatttgggaggcttgaaagatgatgtata 38367543  T
Q  1219 tgaattgcaagtttatcacatttccttccctccaagtataatc 1261  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38367542 tgaattgcaagtttatcacatttccttccctccaagtataatc 38367500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 75; Significance: 6e-34; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 586 - 784
Target Start/End: Original strand, 34884316 - 34884514
Alignment:
Q  586 taatctaacaatgcaaacttgacctgtaatccaaccttgccaccctctgtcacaagcttagcagcaataaccaaccaatgcccgggagcatcatgtgggc 685  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||| || ||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  34884316 taatccaacaatgcaaactttacctgcaatcctatcttaccaccctcagtgacaagcttagcagctgtaaccaaccaatggccaggagcatcatgagggc 34884415  T
Q  686 cgcgcaaaacctcacatgtctccacatatttaagcatcttagcagaacgaacaggcacaggtggaccatttggataaacaccagagtttagtgcagttg 784  Q
    | || |||||||||  |||||| || |||||||| |  |||   || |||||||||||||||||||| || |||||||  |||||||| ||||||||||    
T  34884416 cacgtaaaacctcagctgtctcgacgtatttaagtagtttactcgagcgaacaggcacaggtggaccgttaggataaatgccagagttaagtgcagttg 34884514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 838 - 1025
Target Start/End: Original strand, 34884550 - 34884737
Alignment:
Q  838 tgtgtgaatgaaaatgttgtgctcagatttgtgaagaaagtcgattttcttgaagcttctggtgcagcagcccattctgttttcctgatgctgcaatttg 937  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| || |||||||| ||  |||| || |  ||||  ||  | ||||| |    
T  34884550 tgtgtgaatgaaaatgttgtgctcaaatttgtgaagaaagatgattttcttgaggcctctggtgcggcgccccactccgacttccgtatagtacaattag 34884649  T
Q  938 gtatgtgagtgaagagaaggcgcaggtgaagtacattcctaggccaattccctttgctgatgagttgagcaccggttacgatataaac 1025  Q
     ||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||| ||||| || | |||||||| ||||| ||||| || |||||    
T  34884650 ttatgtgagtaaagagaagacgcagatgaagcacatttcttggccaactccctctgataatgagttgtgcaccagttacaatgtaaac 34884737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University