View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9239_high_3 (Length: 715)

Name: NF9239_high_3
Description: NF9239
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9239_high_3
NF9239_high_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (4-697)||(36756764-36757473)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 607; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 36757473 - 36756764
Alignment:
Q  4 tggagaagcagagaagcacaatgacaaggttgttcaagttcgaaaacacatggttagatgaggagaaggatatcgaagatgtagtgcttatggttacagg 103  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36757473 tggagtaggagagaagcacaatgacaaggttgttcaagttcgaaaacacatggttagatgaggagaaggatatcgaagatgtagtgcttatggttacagg 36757374  T
Q  104 ttggaatggcaacggaggtggagagtt-ctttataaaattagcagctgtaggaaggatttggaaaggtggaggctgagcattaagtttt----------- 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||               
T  36757373 ttggaatggcaacggaggtggagagtttctttataaaattagcagctgtaggaaggatttggaaaggtggaggctgagcattcagttttaagatgacaat 36757274  T
Q  192 -gaagaatgttgaagagaaatagaactacttagagag---gaggataaagaagcggttaagcgatacattgacactagacaatgcatgagctatctcttg 287  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36757273 tgaagaatgttgaagagaaatagaactacttagagagaaggaggataaagaagcggttaagcgatacattgacactagacaatgcatgagctatctcttg 36757174  T
Q  288 gccaaggaggatgcattttggagacaacaaacaaatataaattggttgaagaaagatgatagaaattcaaagttttttcatgtcatgattagtgcaagaa 387  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36757173 gccaaggaggatgcattttggagataacgaacaaatataaattggttgaagaaagatgataaaaattcaaagttttttgatgtcatgattagtgcaagaa 36757074  T
Q  388 ggaagcaaaatcatatatcgaagttgcaaagaagtgatgatgaatttgttgatgaacaggttgagctttgtggtgtagctgagctttattttgatgatct 487  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36757073 ggaagcaaaatcatatatcgaagttgcaaagaagtgatgatgaatttgttgatgaacaggttgagctttgtggtgtagctgagctttattttgatgatct 36756974  T
Q  488 tttcactagtagtacgggtaacattcaaccccataattgatttgcacagtgtttaatttcccggtggcatgtcattaaacatgcttttgtttgaactaca 587  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36756973 tttcactagtagtacgggtaacattcaaccccataattgatttgcacagtgtttaatttcccggtggcatgtcattaaacatgcgtttgtttgaactaca 36756874  T
Q  588 tgaggtagattttacttccaccgtggaaacaagagtttccaaacagctaactggtctaaccgtgtatatctcatcaagataatgatatatcgatgactct 687  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  36756873 tgaggtagattttacttccaccgtggaaacaagagtttccaaacagctaactggtctaaccgtgtatatctcatcaagataatgatttattgatgactct 36756774  T
Q  688 atttactatg 697  Q
    ||||||||||    
T  36756773 atttactatg 36756764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University