View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9240_low_2 (Length: 1102)

Name: NF9240_low_2
Description: NF9240
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9240_low_2
NF9240_low_2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (124-1084)||(1090754-1091714)
chr4 (13-95)||(1090639-1090721)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 924; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 924; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 124 - 1084
Target Start/End: Original strand, 1090754 - 1091714
Alignment:
Q  124 cgaagcttaagaaagttcactattggacgannnnnnnacatcggttttagatggcaaacgcatagtgaaaagtatcacccttcagttcaaactcaaaaat 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1090754 cgaagcttaagaaagttcactattggacgatttttttacatcggttttagatagcaaacgcatagtgaaaagtatcacccttcagttcaaactcaaaaat 1090853  T
Q  224 cttgcaaaagcacttaaactctgagtcaaggcttgtttaggcatagagtttcgaatattgaaacaagtttgcaatataaccatccttggcaagaaagaag 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1090854 cttgcaaaagcacttaaactctgagtcaaggcttgtttaggcatagagtttcgaatattgaaacaagtttgcaatataaccatccttggcaagaaagaag 1090953  T
Q  324 gtgcagtaataaattgcctctttggttgttgattcttaaaagggtttgtttacactttacctacatccacattacgtgattatatcaaaacaacaaactg 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1090954 gtgcagtaataaattgcctctttggttgttgattcttaaaagggtttgtttacactttacctacatccacattacgtgattatatcaaaacaacaaactg 1091053  T
Q  424 aaaaaagcacggatactgacaaaaacttaacacaaatttctgcattcaacttgattcaaaatcacgattgagaacaaatgaaacctcttctcagcatgtt 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1091054 aaaaaagcacggatactgacaaaaacttaacacaaatttctgcattcaacttgattcaaaatcacgattgagaacaaatgaaacctcttctcagcatgtc 1091153  T
Q  524 taaaagaccaaggaagttgacgtgtcaacaatggtgaggatcaatcagataatgaagacaacttcacattaaaaacaaaatttattagttgaagaccatt 623  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1091154 taaaagaccaaggaagttgacgtgtcaacaacggtgaggatcaatcagataatgaagacaacttcacattaaaaacaaaatttattagttgaagaccatt 1091253  T
Q  624 gtcatatttcagattctatgtttattagttatcaacttcaatagaaccaaggaagtatcatctccatgcgacaaaaactaataatcacatgagcatcaac 723  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1091254 gtcatatttcagattctatgtttattagttatcaacttcaatagaaccaaggaagtatcatctccatgcgacaaaaactaataatcacatgagcatcaac 1091353  T
Q  724 aaactggttgggggtagtgtgcagaaacaaaagaaatgacctgtaatatcgacaacattgcaccgaattcctaagaaacttctacaaattgtggatataa 823  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1091354 aaactggttgggggtagtgtgcagaaacaaaagaaatgacctgtaatatcgacaacattgcaccgaattcctaagaaacttctacaaattgtggatataa 1091453  T
Q  824 tgaatatgactccggagacaggttcttactgttctttcagttaacaatcatgttgtcatttgtatgataccaaaaaggtcattttaaacatccatgtaac 923  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1091454 tgaatatgactccggagacaggttcttactgttctttcagttaacaatcatgttgtcatttgtatgataccaaaaaggtcattttaaacatccatgtaac 1091553  T
Q  924 tgtgtctacaccagtatttgcttgcttaacgctcttttccattcatattcaagtcaccaaacttatgtacaaagccaataaccccatgaactagcagttt 1023  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1091554 tgtgtctacaccagtatttgcttgcttaacgcttttttccattcatattcaagtcaccaaacttatgtacaaagccaataaccccatgaactagcagttt 1091653  T
Q  1024 gtcacaaatttacaatcctcaatcgaggattaacgacaggaatctgaaatctggaaatata 1084  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1091654 gtcacaaatttacaatcctcaatcgaggattaacgacaggaatctgaaatctggaaatata 1091714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 13 - 95
Target Start/End: Original strand, 1090639 - 1090721
Alignment:
Q  13 agcagagatatttgtagccctaatgcaaatgttagagactaggataaatacagtttaaccttacgatatactaaatcaggaag 95  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1090639 agcaaagatatttgtagccctaatgcaaatgttagagactaggataaatacagtttaaccttacgatatactaaatcaggaag 1090721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University