View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9246_high_2 (Length: 588)

Name: NF9246_high_2
Description: NF9246
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9246_high_2
NF9246_high_2
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (19-588)||(31593269-31593838)
chr5 (19-539)||(31603570-31604090)
chr5 (19-522)||(31562448-31562954)
chr5 (19-443)||(31577884-31578308)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 514; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 514; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 31593838 - 31593269
Alignment:
Q  19 agcatacgccatgcgaatggcgaatcagccaaacgttagcgtcacgttggttcgaataatggagcctagaaagaaaaataagaacatgacgaatagggat 118  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31593838 agcatacgccatgcgaatggcaaatcagccaaatgttagcgtcacgatggttcgaataatggagcctagaaagaaaaataagaacatgacgaatagggat 31593739  T
Q  119 ccgaacggcgatttgattcataggtttaaagtggattgtattcaaattaaacgtcatgattataaagaggaaatagcaagagatagtgttgaaatgataa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31593738 ccgaacggcgatttgattcataggtttaaagtggattgtattcaaattaaacgtcatgattataaagaggaaatagcaagagatagtgttgaaatgataa 31593639  T
Q  219 acgttataaagtcacttgaaggttgttttgatttgattttggttggtagaagacatgaaagtgagtcaggtttatttaatggattgtctgaatggaatga 318  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31593638 atgttataaagtcacttgaaggttgttttgatttgattttggttggtagaagacatgaatgtgagtcaggtttatttaatggattatctgaatggaatga 31593539  T
Q  319 gtatcccgaactcggtcatttgggagacatgttagtggcttcagattctacttttgatggttctgttttggtggttcagcagcaaaagaggtcagggact 418  Q
    |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31593538 gtatccagaacttggtcctatgggagacatgttagtggcttcagattctacttttgatggttctgttttggtggttcagcagcaaaagaggtcagggact 31593439  T
Q  419 ggttatcatgatttgcatctagattccggtatcatgacaagacaagaaagcttgaccattgtggaagtacctcgtgatagaaaggtttggccaatggttt 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31593438 ggttatcatgatttgcatctagattccggtttcgtgacaagacaagaaagcttgaccattgtggaagtacctcatgatagaaaggtttggccaatggttt 31593339  T
Q  519 aatcagttgtgctatttagacaaacgaaagccattacgcctatacagagaagtgtggatgtcggaccaac 588  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31593338 aatcagttgtgctatttagacaaacgaaagccattacgcctatacaaagaagtgtggatgtcggaccaac 31593269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 31604090 - 31603570
Alignment:
Q  19 agcatacgccatgcgaatggcgaatcagccaaacgttagcgtcacgttggttcgaataatggagcctagaaagaaaaataagaacatgacgaatagggat 118  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||    
T  31604090 agcatacgcgatgcgaatggcgaatcacccaaacgtaaggatcacattggttcgaataatggagcctagaaagaaaaataagaacttgctgaatagggat 31603991  T
Q  119 ccgaacggcgatttgattcataggtttaaagtggattgtattcaaattaaacgtcatgattataaagaggaaatagcaagagatagtgttgaaatgataa 218  Q
    ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31603990 ccggacggcgatttggttcacaggtttaaagtggattgtattcaaattaaacgtcatgactataaagaggaaatagcaaaagatagtgttgaaatgataa 31603891  T
Q  219 acgttataaagtcacttgaaggttgttttgatttgattttggttggtagaagacatgaaagtgagtcaggtttatttaatggattgtctgaatggaatga 318  Q
    | | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||| |||| |||| || |||||||||||||    
T  31603890 atgctatgaggtcacttgaaggttgttttgatttgattttggttggtagaagacatacaagtgagtcatgtttgtttagtggactgactgaatggaatga 31603791  T
Q  319 gtatcccgaactcggtcatttgggagacatgttagtggcttcagattctacttttgatggttctgttttggtggttcagcagcaaaagaggtcagggact 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  31603790 gtatcccgaactcggtcatttgggagacatgttagtggcttcagattctacttttgatggttctgttttggtggttcagcagcaaaagagatcagggatt 31603691  T
Q  419 ggttatcatgatttgcatctagattccggtatcatgacaagacaagaaagcttgaccattgtggaagtacctcgtgatagaaaggtttggccaatggttt 518  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  31603690 ggttatcatgatttgcgtctagattccggtatcatgacaaggcaagaaaccttgaccattgtcgaagtacctcgtgatagataggtttggccaattgttt 31603591  T
Q  519 aatcagttgtgctatttagac 539  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  31603590 aatcagttgtgctatttagac 31603570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 19 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 31562954 - 31562448
Alignment:
Q  19 agcatacgccatgcgaatggcgaatcagccaaacgttagcgtcacgttggttcgaataatggagcctagaaagaaaaataagaacatgacgaatagggat 118  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||| || ||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||    
T  31562954 agcatacgcgatgcgaatggcacatcacccgaacataaggatcacgttggttcgaataatggagcctagaaagaataataagaacctgaggtatagggat 31562855  T
Q  119 ccgaacggcgatttgattcataggtttaaagtggattgtattcaaattaaacgtcatgattataaagaggaaatagcaagagatagtgttgaaatgataa 218  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  31562854 ccggacggtgatttgattcataggtttaaagtggagtgtatccaaattaaacgtcatgattataaagaggaaatagtaagagatagtgttgaaatggtaa 31562755  T
Q  219 acgttataaagtcacttgaaggttgttttgatttgattttggttggtagaagacatgaaagtgagtcaggtttatttaatggattgtctgaatggaatga 318  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||| |||| |||||| ||||||||||||||    
T  31562754 atgttataaggtcacttgaaggttgttttgatttgattttggttggtagaagacatacaagtgagtcaaatttgtttagtggattttctgaatggaatga 31562655  T
Q  319 gtatcccgaactcggtcatttgggagacatgttagtggcttcagattctacttttgatggttctgttttggtggttcagcagcaaaagaggtcagggact 418  Q
    |||||| ||||| |||| | | ||||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |    
T  31562654 gtatcctgaacttggtcctattggagacatgcttgtggcatcagattctacttttaatggttctgttttggtggttcagcaacaaaagaagtcaggggtt 31562555  T
Q  419 ggttatcatgatttgcatctagattccggtatcatgacaaga---caagaaagcttgaccattgtggaagtacctcgtgatagaaaggtttggccaatgg 515  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | || |   ||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||      
T  31562554 ggttatcatgatttgcgtctagattctggtatcatcaaaacaaagcaagaaaccgtaaccattgtggaagtaccttgtgatagaaaggttcggccaatta 31562455  T
Q  516 tttaatc 522  Q
    |||||||    
T  31562454 tttaatc 31562448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 19 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 31578308 - 31577884
Alignment:
Q  19 agcatacgccatgcgaatggcgaatcagccaaacgttagcgtcacgttggttcgaataatggagcctagaaagaaaaataagaacatgacgaatagggat 118  Q
    |||||| || |||||||||||  |||| || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| || ||||||    
T  31578308 agcatatgcgatgcgaatggcacatcacccgaacgtaagggtcaccttggttcgaataatggagcctcgaaagaaaaataggaacttgaccaacagggat 31578209  T
Q  119 ccgaacggcgatttgattcataggtttaaagtggattgtattcaaattaaacgtcatgattataaagaggaaatagcaagagatagtgttgaaatgataa 218  Q
    ||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31578208 ccagacggcgacttgattcataggtttaaagtagattgtatcaaaattaaacgtcatgattataaagaggaaatagcaagagatagtgttgaaatggtaa 31578109  T
Q  219 acgttataaagtcacttgaaggttgttttgatttgattttggttggtagaagacatgaaagtgagtcaggtttatttaatggattgtctgaatggaatga 318  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  31578108 atgttataaggtcacttgaaggttgttttgatttgattttggttggtagaagacatacaagtgagtcaaatttgtttagtggattgtctgaatggaatga 31578009  T
Q  319 gtatcccgaactcggtcatttgggagacatgttagtggcttcagattctacttttgatggttctgttttggtggttcagcagcaaaagaggtcagggact 418  Q
    |||||| ||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||  |    
T  31578008 gtatcctgaacttggtcctattggagacatgttagtggcttcagattctacttttgatggttctgttctggtgattcagcaacaaaagaagtcaggggtt 31577909  T
Q  419 ggttatcatgatttgcatctagatt 443  Q
    ||||||||||||||| |||||||||    
T  31577908 ggttatcatgatttgaatctagatt 31577884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University