View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9246_low_2 (Length: 955)

Name: NF9246_low_2
Description: NF9246
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9246_low_2
NF9246_low_2
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (16-938)||(455858-456762)
chr8 (393-938)||(1635790-1636322)
chr8 (401-938)||(26616609-26617131)
chr8 (506-904)||(44145531-44145915)
chr8 (622-815)||(38560709-38560902)
chr8 (656-818)||(33373015-33373177)
chr8 (656-818)||(45093258-45093420)
chr8 (724-783)||(20670285-20670344)
chr8 (516-599)||(38560616-38560699)
chr8 (724-791)||(40536559-40536626)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (401-938)||(54346527-54347051)
chr3 (401-938)||(27156050-27156573)
chr3 (622-904)||(42794312-42794594)
chr3 (622-904)||(46428382-46428664)
chr3 (622-904)||(54812339-54812621)
chr3 (637-904)||(43912358-43912625)
chr3 (401-586)||(43813078-43813262)
chr3 (755-848)||(34265151-34265244)
chr3 (627-849)||(51841291-51841512)
chr3 (683-819)||(43328856-43328992)
chr3 (516-600)||(42794603-42794687)
chr3 (627-689)||(43812988-43813050)
chr3 (506-600)||(54812236-54812330)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (401-938)||(23949490-23950014)
chr1 (401-938)||(5308434-5308958)
chr1 (401-938)||(23084793-23085318)
chr1 (401-938)||(50952448-50952975)
chr1 (389-713)||(34553743-34554054)
chr1 (401-681)||(42677240-42677507)
chr1 (622-904)||(22065292-22065574)
chr1 (637-809)||(2601107-2601275)
chr1 (656-818)||(6293833-6293995)
chr1 (652-821)||(16854763-16854932)
chr1 (661-848)||(28705778-28705965)
chr1 (908-938)||(23723079-23723109)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (401-935)||(34389688-34390209)
chr4 (401-934)||(36894299-36894820)
chr4 (622-941)||(47597681-47598000)
chr4 (622-839)||(43270881-43271098)
chr4 (656-818)||(1369251-1369413)
chr4 (656-818)||(28945496-28945658)
chr4 (656-821)||(36858936-36859101)
chr4 (506-597)||(4228291-4228382)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (401-938)||(8019628-8020151)
chr7 (401-938)||(48618726-48619250)
chr7 (389-935)||(29213599-29214132)
chr7 (506-942)||(24473236-24473659)
chr7 (836-938)||(25713258-25713360)
chr7 (694-848)||(29760006-29760161)
chr7 (656-818)||(46045724-46045886)
chr7 (656-818)||(8035528-8035690)
chr7 (656-818)||(38110802-38110964)
chr7 (506-600)||(24468617-24468711)
chr7 (656-818)||(45033806-45033968)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (401-938)||(13186680-13187203)
chr2 (467-938)||(7305029-7305488)
chr2 (393-866)||(40190294-40190754)
chr2 (388-619)||(6599017-6599248)
chr2 (760-942)||(37307445-37307626)
chr2 (401-619)||(40426050-40426268)
chr2 (390-681)||(37307166-37307444)
chr2 (637-836)||(26381377-26381576)
chr2 (656-818)||(42865734-42865896)
chr2 (856-941)||(40196712-40196797)
chr2 (656-818)||(11995863-11996025)
chr2 (656-818)||(24126543-24126705)
chr2 (622-758)||(17290001-17290137)
chr2 (754-815)||(3733098-3733159)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (401-938)||(18259022-18259545)
chr5 (401-938)||(34080624-34081145)
chr5 (401-725)||(22540215-22540526)
chr5 (506-838)||(4560304-4560621)
chr5 (506-809)||(18933974-18934264)
chr5 (622-838)||(18883272-18883489)
chr5 (627-904)||(32216614-32216895)
chr5 (656-818)||(14024752-14024914)
chr5 (656-818)||(32386305-32386467)
chr5 (754-815)||(7530773-7530834)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (622-904)||(1223053-1223335)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 722; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 722; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 938
Target Start/End: Original strand, 455858 - 456762
Alignment:
Q  16 catatataatatattgcccccgtacattcatttacattgggatcgttggctatcatttgtgcatatacgagacgatcaaaaagtttctgcagcaaaacag 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  455858 catatataatatattgcccccgtacattcatttacattgggatcgttggctatcatttgtgcatatacgagacgatcaaaaaatttctgcagcaaaacag 455957  T
Q  116 catgcaccccaccgatcacacattataccttctttcttaccctttggaataaaaataatgacaattaagtatataatcgagtgtttttcttttatacttg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  455958 catgcaccccaccgatcacacattataccttctttcttaccctttggaataaaaataatgacaattaagtatataatcgagtgtttttcttttatacttg 456057  T
Q  216 ggctaaatgtcaaaactgtataagaaaaaacagtcataacatgaagaaaaataaatgtcatattttattgagagaaaatg-aattaatgtattagataaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  456058 ggctaaatgtcaaaactgtataagaaaaaacagtcataacatgaagaaaaataaatgtc--attttattgagagaaaatgaaattaatgtattagataaa 456155  T
Q  315 aacaaatgctacgaaatactttaaaatatttcc-annnnnnnnnggtacaagagaagacaaagcccnnnnnnnccaaactaaaaagataatcaaacattc 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |         ||||||||||||| ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||    
T  456156 aacaaatgctacgaaatactttaaaatatttccaatttttttttggtacaagagaaggcaaagcccaaaaaaaccaaactaaaaagataatcaaacattc 456255  T
Q  414 ataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtgatacgtagaaatgt 513  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  456256 ataggcatgcaagtcccggataaataatcaaaaaggattctttggaccttattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtgatacgtagaaatgt 456355  T
Q  514 ttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttccgaatccggtgaaa 613  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||            
T  456356 ttaaattagcgagccaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagtagcttccggatc-------- 456447  T
Q  614 taaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgaga 713  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  456448 -----cggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatatcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgaga 456542  T
Q  714 gtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatc 813  Q
    |||||||||| |||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  456543 gtaatgttccttccaagccatgtcca-----aaatatagcccccacatctcagcatataagacatcacaaactccaatcttcttagtgtagcctttgatc 456637  T
Q  814 catctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgag 913  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  456638 catctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcaccatcactattaagcctgatccaaccctctcgag 456737  T
Q  914 gccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  456738 gccgcttccaacctatatagatgat 456762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 393 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 1636322 - 1635790
Alignment:
Q  393 taaaaagataatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaat 492  Q
    ||||||| ||||| ||||||  |||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||  ||||||| |||||||||| | |||||    
T  1636322 taaaaagttaatcgaacatttctaggcatgcaagtcccagataaatcatcaaaaatgattcttttgatctcaaaaggaggagactccagcacaagaaaat 1636223  T
Q  493 caaagtgatacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcag 592  Q
     ||| ||||  ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  1636222 taaaatgatctgtagaaatgattaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgctaagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcag 1636123  T
Q  593 cagcttccgaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatc 692  Q
    ||||||||| ||             ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  1636122 cagcttccggat-------------acggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatctttgaatc 1636036  T
Q  693 actttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatc 792  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1636035 actttccactataagatgagagtaatattccctccaagtcatatccaaacccaaatatagtccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatc 1635936  T
Q  793 ttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaa 892  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1635935 ttcttagtgtagcctttgatccatttaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccctatatccttgcaagcaccatcactattaa 1635836  T
Q  893 gcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1635835 gcttgatccaaccttcttgaggccgcttccaacctatatagatgat 1635790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 401 - 938
Target Start/End: Original strand, 26616609 - 26617131
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||  |||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||  ||||||| |||||| ||||| ||||| ||| |||    
T  26616609 taatcgaacatttctaggcatgcaagcttcggataaatcatcaaaaatgattcttttgacatcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatga 26616708  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    |  ||||||||| ||||||||| ||| |||| || |||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26616709 tctgtagaaatgcttaaattagtgagccaatcagtactcatatttccttcacgccaagtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttcc 26616808  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttcca 700  Q
      ||||||| || |||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  26616809 agatccggtaaactaa---------------caggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatctttgaatcactttcca 26616893  T
Q  701 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26616894 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtacaaacccaaatatagcacccaaatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 26616993  T
Q  801 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatc 900  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26616994 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatgaagcaataaccctcatatccttgcaagcaccatcactattaagcttgatc 26617093  T
Q  901 caactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26617094 caaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 26617131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 506 - 904
Target Start/End: Complemental strand, 44145915 - 44145531
Alignment:
Q  506 agaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttccgaatc 605  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||| ||||  |||| ||||||||||||  ||     
T  44145915 agaaatgctaaaattagcaagtcaatcagcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgat- 44145817  T
Q  606 cggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactata 705  Q
                ||| |||| ||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  |||||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||    
T  44145816 ------------acgatgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccac-ata 44145730  T
Q  706 agatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagc 805  Q
    ||||||    |||| |||||||||||||| || | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44145729 agatgatcaaaatgctccctccaagccatctctatacccaaatacaacccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagc 44145630  T
Q  806 ctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaac 904  Q
    |||| |||||| |||| |||| |||||||||||  || ||||| || | ||||   |||||||||||||| ||| | || || || |||||||||||||    
T  44145629 ctttaatccatttaccatctgcatcacgaaaaataccaccacaaccggaaatatgacccatatccttgcaggcaccgtcgctgttgagcttgatccaac 44145531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 622 - 815
Target Start/End: Original strand, 38560709 - 38560902
Alignment:
Q  622 tgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgtt 721  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||| ||| |||||  |||| ||  ||||||||||||||||||||    |||| |    
T  38560709 tgaactaaaatagggatattcccattaaatttgaacctatcagaaatcacgtcgatcaatatcttcgagccactttccactataagatgatcaaaatgct 38560808  T
Q  722 ccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatcca 815  Q
    |||||||| |||| || | ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||||| |||||    
T  38560809 ccctccaaaccatctctatacccaaatacaacccccacatctcaacatgtaaggcatcacaaactccgatattctcagtgtagcctttaatcca 38560902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 656 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 33373177 - 33373015
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||    ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  33373177 aattttcagtaatcatgtcgaccaagatctttgagtcactctccactataagatgagttgtattctccctccacgccatgtccaaacctaggtacatgcc 33373078  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 818  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  33373077 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 33373015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 656 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 45093420 - 45093258
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  45093420 aattttcagtaatcatgtcgaccaagatctttgagtcactatccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaacctaggtacatgcc 45093321  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 818  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  45093320 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttaatccatct 45093258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 724 - 783
Target Start/End: Original strand, 20670285 - 20670344
Alignment:
Q  724 ctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaa 783  Q
    ||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||    
T  20670285 ctccaagccatatcaaaccccaaataaagaccccacatctcagcatgtagagcatcacaa 20670344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 516 - 599
Target Start/End: Original strand, 38560616 - 38560699
Alignment:
Q  516 aaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttc 599  Q
    |||||||| || ||||  ||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||| ||||  |||| |||||||||||    
T  38560616 aaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcgtgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttc 38560699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 724 - 791
Target Start/End: Original strand, 40536559 - 40536626
Alignment:
Q  724 ctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaat 791  Q
    ||||||||||| || |  |||||||| || ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  40536559 ctccaagccatatctagtcccaaataaagaccccacatctcagcatgcagagcatcacaagctccaat 40536626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 401 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 54347051 - 54346527
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||| | ||||| ||| |||    
T  54347051 taatcgaacattcctaggcatgtaagccccggataaatcatcaaaaaggattcttttgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatga 54346952  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    |  ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  54346951 tctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttcc 54346852  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttcca 700  Q
    | ||             ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  54346851 ggat-------------acggtaaactaaaacaggaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatctttgaatcactttcca 54346765  T
Q  701 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54346764 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagtccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 54346665  T
Q  801 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatc 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  54346664 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcaccatcactattaagcttgatc 54346565  T
Q  901 caactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54346564 caaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 54346527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 401 - 938
Target Start/End: Original strand, 27156050 - 27156573
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||| ||||| ||||| ||| |||    
T  27156050 taatcgaacgttcctaggcatgcaagctccggataaatcattaaaaaggattcttttgacctcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatga 27156149  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    |  ||||||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27156150 tctgtagaaatgctgaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttcc 27156249  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttcca 700  Q
    | |||||||      ||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  27156250 ggatccggt------aaac-------taaaacaggaatattcccattaaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatctttgaatcactttcca 27156336  T
Q  701 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27156337 ctataagatgagagtaatgttccctccaagctatgtccaaacccaaatatagtcctcacatctcagcatgtaaggcatcacaagctctaatcttcttagt 27156436  T
Q  801 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatc 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27156437 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcatgaaaaaggccgccacatccag-aataacccccatatccttgcaagcaccatcactattaagcttgatc 27156535  T
Q  901 caactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27156536 caaccttttcgaggccgcttccaacctatatagatgat 27156573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 622 - 904
Target Start/End: Complemental strand, 42794594 - 42794312
Alignment:
Q  622 tgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgtt 721  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||| || | |||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||| |    
T  42794594 tgaactaaaataggcatattcccattaaacttgaacttgttagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaatgct 42794495  T
Q  722 ccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctacc 821  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  42794494 ccctccaagccatctctatacccaaatacaacccccacatctcagcatgtaagacatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttaatccatttacc 42794395  T
Q  822 gtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaac 904  Q
     |||| ||| |||||||  || ||||| || | ||||   |||||||||||||| ||| | || || || |||||||||||||    
T  42794394 atctgcatcgcgaaaaataccaccacaaccggaaatatgacccatatccttgcaggcaccgtcgctgttgagcttgatccaac 42794312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 622 - 904
Target Start/End: Complemental strand, 46428664 - 46428382
Alignment:
Q  622 tgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgtt 721  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||| |    
T  46428664 tgaactaaaataggcatattcccattaaacttgaacttgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaatgct 46428565  T
Q  722 ccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctacc 821  Q
    |||| |||||||| || | ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  46428564 ccctgcaagccatctctatacccaaatacaacccccacatctcaacatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttaatccatttacc 46428465  T
Q  822 gtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaac 904  Q
     |||| |||||||||||  || ||||| || | ||||   |||||||||||||| ||| | || || || |||||||| ||||    
T  46428464 atctgcatcacgaaaaataccaccacaaccggaaatatgacccatatccttgcaggcaccgtcgctgttgagcttgattcaac 46428382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 622 - 904
Target Start/End: Original strand, 54812339 - 54812621
Alignment:
Q  622 tgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgtt 721  Q
    |||| ||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  |||||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||| |    
T  54812339 tgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaatgct 54812438  T
Q  722 ccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctacc 821  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  54812439 ccctccaagccatctctatacccaaatacaacccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagcttcaatcttcttagtgtagcctttaatccatttacc 54812538  T
Q  822 gtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaac 904  Q
     |||| |||||||||||  || ||||| || | ||||   |||||||||||||| ||| | || |  || |||||||||||||    
T  54812539 atctgcatcacgaaaaataccaccacaaccggaaatatgacccatatccttgcaggcaccgtcgccgttgagcttgatccaac 54812621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 637 - 904
Target Start/End: Original strand, 43912358 - 43912625
Alignment:
Q  637 atattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgt 736  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||  |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||    |||| |||||||||||||| |    
T  43912358 atattcccattaaacttgaacttctcagaaatcatgttgatcaatatctttgagtcactttcaactataagatgatcaaaatgctccctccaagccatct 43912457  T
Q  737 ccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaa 836  Q
    | | ||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||| || | |||  |||||||||    
T  43912458 ctatacccaaatacaaccctcacatctcatcatgtaaggtatcacaagctcaaatcttcttaacgtagcctttaatccatttatcatctacatcacgaaa 43912557  T
Q  837 aaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaac 904  Q
    ||   | ||||| ||   ||||   |||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||    
T  43912558 aatatcaccacaaccgaaaatatgacccatatccttgcaggcatcgtcactgttgagcttgatccaac 43912625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 401 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 43813262 - 43813078
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||| ||||||| ||| |  ||||||||| |||||||| || |  |||||||||| |||||||| ||| || ||  || |||| |||  ||    
T  43813262 taatcgaacattcctaggcatacaaactacggataaatcatcaaaaatgagttattggacctcactaggaggagacttcaacaacaacaaattaaac-ga 43813164  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcat 586  Q
    |   |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43813163 tctatagaaatgcttaagttagcgagtcaatcagcactccaatttccttcacgccaattatggttgagttgaacatttcaactcat 43813078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 755 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 34265244 - 34265151
Alignment:
Q  755 cccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccaca 848  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| | ||| |||||| |||| ||||||||||||| ||| | ||||||    
T  34265244 cccacatctcagcatgtaagacatcacaagcttcaatctttttagtgtaacatttaatccatttaccatctgaatcacgaataagactgccaca 34265151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 627 - 849
Target Start/End: Original strand, 51841291 - 51841512
Alignment:
Q  627 taaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctc 726  Q
    ||||| ||| ||| |||| ||||| |||||||| |||||| | ||||| |||||   |||||| ||||| |||||||||||||||||  |||| ||  ||    
T  51841291 taaaatagggatagtccctttgaaattgaaattgtcagaagt-atgtcgatcaataactttgagtcactctccactataagatgagaaaaatgctctttc 51841389  T
Q  727 caagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctg 826  Q
    |||||||| ||||| || ||||| | | | ||||||||| | | |||| |||| || ||  |||  || |||||||| ||||| || |||||| | ||||    
T  51841390 caagccatatccaatcctaaatacaactctcacatctcaacgtataagtcatcgcacgcaacaaattttttagtgtaacctttaatgcatctatcatctg 51841489  T
Q  827 aatcacgaaaaaggccgccacat 849  Q
    |||||| |||||| || ||||||    
T  51841490 aatcacaaaaaagacccccacat 51841512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 683 - 819
Target Start/End: Original strand, 43328856 - 43328992
Alignment:
Q  683 tctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcaca 782  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| || ||||||||||| |  || |  |||||||| |||||||| || ||||||||    
T  43328856 tctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgctatgtccaaacctaggtacatgccccacatttcagcatgaaaagcatcaca 43328955  T
Q  783 agctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatcta 819  Q
       |||||| |||||   |||||||||||||||||||    
T  43328956 cattccaatattcttgaagtagcctttgatccatcta 43328992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 516 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 42794687 - 42794603
Alignment:
Q  516 aaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    |||||||| || ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||| ||||  |||| ||||||||||||    
T  42794687 aaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcc 42794603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 627 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 43813050 - 43812988
Alignment:
Q  627 taaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttga 689  Q
    ||||||| ||||||| |||||  | |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  43813050 taaaacatgaatattgccattacatttgaaattatcagaaatcatatcgatcaaaatctttga 43812988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 506 - 600
Target Start/End: Original strand, 54812236 - 54812330
Alignment:
Q  506 agaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    ||||||| | |||||||| || ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||| | ||  |||| ||||||||||||    
T  54812236 agaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgctaatccattctcagcagcttcc 54812330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 401 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 23950014 - 23949490
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||  ||||||| |||||| ||| | ||||| ||| |||    
T  23950014 taatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttttgacctcacaaggaggagactccaacacaataaaattaaaatga 23949915  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    |  ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  23949914 tctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatggttgagttgaacattctaactcatcttcagcagcttcc 23949815  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttcca 700  Q
    | ||             ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  23949814 ggat-------------acggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatctttgaatcactttcca 23949728  T
Q  701 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 800  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23949727 ctataagatgagattaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagtccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 23949628  T
Q  801 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatc 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23949627 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcaccatcactattaagcttgatc 23949528  T
Q  901 caactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23949527 caaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 23949490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 401 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 5308958 - 5308434
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| |||||||  ||||||| |||||| ||| | ||||| ||| |||    
T  5308958 taatcgaacattcctaggcatgcaagtcctggataaatcatcaaaaatgattcttttgacctcacaaggaggagactccaacacaagaaaattaaaatga 5308859  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    || ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5308858 tatgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagattcc 5308759  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttcca 700  Q
    | ||             ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  5308758 ggat-------------acggtaaactaaaacaggaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatctttgattcactttcca 5308672  T
Q  701 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5308671 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagtccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 5308572  T
Q  801 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatc 900  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5308571 gtagcctttgatccatctaccgtttgaatcacgaaaaaggcagccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcaccatcactattaagcttgatc 5308472  T
Q  901 caactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5308471 caaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 5308434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 401 - 938
Target Start/End: Original strand, 23084793 - 23085318
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||  ||||||| |||||| ||||| ||||| ||| |||    
T  23084793 taatcgaacattcctaggtatgcaagctccggataaatcatcaaaaatgattattttgacctcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatga 23084892  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23084893 tacgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaaatatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttcc 23084992  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttcca 700  Q
    | |||||||      ||||       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  23084993 ggatccggt------aaac-------taaaacatgaatattcccattgaacttgaaattatcaaaaatcatgtcgatcaaaatctttaaatcactttcca 23085079  T
Q  701 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 800  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23085080 ctataagatgagagcaatgttccctccaagccatgtccagacccaaatatagaccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 23085179  T
Q  801 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataa-cccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgat 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23085180 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgcctcatccagcaataaccccccatatccttgcaagcaccatcactattaagcttgat 23085279  T
Q  900 ccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23085280 ccaaccttcttgaggccgcttccaacctatatagatgat 23085318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 401 - 938
Target Start/End: Original strand, 50952448 - 50952975
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttgg--acctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagt 498  Q
    ||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||| || ||||| ||| ||||    |  |||  ||||||| |||||| ||||| ||||| |||      
T  50952448 taatcgaacattcctaggtatgcaagccccagataaatcataaaaaatgatacttttttaatttcacaaggaggatactccaacactagaaaattaaaaa 50952547  T
Q  499 gatacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagctt 598  Q
    |||  ||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  50952548 gatctgtagaaatgcttatattagcgagccaatcagcactcctattttcttcacgccaagtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagctt 50952647  T
Q  599 ccgaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttc 698  Q
    ||| |||||||      ||||       ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  50952648 ccggatccggt------aaac-------taaaacatgaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatctttgaatcactttc 50952734  T
Q  699 cactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttctta 798  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50952735 cactataagattagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttctta 50952834  T
Q  799 gtgt-agcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttg 897  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  50952835 gtgtaagcctttgatctatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcaccatcactattaagcttg 50952934  T
Q  898 atccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50952935 atccaaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 50952975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 389 - 713
Target Start/End: Original strand, 34553743 - 34554054
Alignment:
Q  389 aaactaaaaagataatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaa 488  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| ||| | |    
T  34553743 aaactaacaagctaatcgaacattcataggcatgcaagctctggataaatcatcaaaaaggattttttggacctcactaggaggagactccaacacaaga 34553842  T
Q  489 aaatcaaagtgatacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattt 588  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  34553843 aaattaaagtgatatgtataaatgtttaaattagcgagtcaatcagcacttctatttccttcacaccaagtatggttgagttgaacattctaactcatct 34553942  T
Q  589 tcagcagcttccgaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttg 688  Q
    |||||| |||| | |||             | ||||| ||||| || |||||||||||  || |  |||||||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  34553943 tcagcatcttctggatc-------------cagtgaactaaaatagaaatattcccatcaaattcaaaattatcagaaatcatgtcgataaaaatctttg 34554029  T
Q  689 aatcactttccactataagatgaga 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  34554030 aatcactttccactataagatgaga 34554054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 401 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 42677507 - 42677240
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| || |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||| ||||| ||||| |||  ||    
T  42677507 taatcgaatattcctaggcatgcaagccccagataaatcatcaaaaaggattcttttgacctcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaaaga 42677408  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    |  ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42677407 tctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttcc 42677308  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaa 681  Q
    | ||             ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42677307 ggat-------------acggtaaactaaaacaggaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaa 42677240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 622 - 904
Target Start/End: Original strand, 22065292 - 22065574
Alignment:
Q  622 tgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgtt 721  Q
    |||| ||||| ||| | ||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||| |    
T  22065292 tgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaacttgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaatgct 22065391  T
Q  722 ccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctacc 821  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22065392 ccctccaagccatttctatacccaaatacaacccccaaatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttaatccatttacc 22065491  T
Q  822 gtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaac 904  Q
     |||| |||||||||||  || ||||| ||   ||||   |||||||||||||| ||| | ||||| || |||||||||||||    
T  22065492 atctgcatcacgaaaaataccaccacaaccgaaaatatgacccatatccttgcaggcaccgtcactgttgagcttgatccaac 22065574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 637 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 2601275 - 2601107
Alignment:
Q  637 atattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgt 736  Q
    |||||| |||| |||||||| || |||||| ||||||| || | | |||| ||||||||||||||||||||| ||    |||| |||||||||||||| |    
T  2601275 atattctcattaaacttgaatttgtcagaattcatgtcgataata-tcttagaatcactttccactataagacgaccaaaatgctccctccaagccatat 2601177  T
Q  737 ccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagccttt 809  Q
    | | ||||||||| | | ||||| |||||   ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  2601176 ctatacccaaatacaactcccacgtctca---tgtaaggtatcacaaactccaatctacttagtgtagccttt 2601107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 656 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 6293995 - 6293833
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  6293995 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaaccaaggtacatgcc 6293896  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 818  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  6293895 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 6293833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 652 - 821
Target Start/End: Complemental strand, 16854932 - 16854763
Alignment:
Q  652 ttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatata 751  Q
    |||||||| | || ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  ||| |||| |||||||||||||| |  || |    
T  16854932 ttgaaatttttagtaatcatgtcgaccaagatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccatccacgccatgtccaaacctaggtaca 16854833  T
Q  752 gcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctacc 821  Q
      |||||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   | |||||||||||||||||||    
T  16854832 tgccccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagcagcctttgatccatctacc 16854763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 661 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 28705965 - 28705778
Alignment:
Q  661 tcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccaca 760  Q
    |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||| |||||||||||  || |  |||||||    
T  28705965 tcagtaatcatgtcgaccaagatctttgattcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccaagtccaaacccatgtacatgccccaca 28705866  T
Q  761 tctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccaca 848  Q
    | ||| |||| ||  |||||||   ||||||||||||   |||||||||||||||||| || || || || |||||||| || |||||    
T  28705865 tttcaacatgaaaaacatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatctgccttcagagtctcgaaaaagccctccaca 28705778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 908 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 23723109 - 23723079
Alignment:
Q  908 ctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23723109 ctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 23723079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 401 - 935
Target Start/End: Original strand, 34389688 - 34390209
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||    
T  34389688 taatcgaacattcctaggcatgtaagccccggataaatcatcaaaaaggattcttttgacctcacaaggaggagactccaacactaaaaaattaaaatga 34389787  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    || ||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |    
T  34389788 tatgtaaaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgctaagtatggttgagttgaacattccaaatcatcttcagcagctttc 34389887  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttcca 700  Q
    | |||||||      ||||       ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  34389888 ggatccggt------aaac-------taaaacaagaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatctttgaatcactttcca 34389974  T
Q  701 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34389975 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaactcaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 34390074  T
Q  801 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatc 900  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34390075 atagcctttgatccatctaccgtttgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcaccatcactattaagcttgatc 34390174  T
Q  901 caactctctcgaggccgcttccaacctatatagat 935  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34390175 caaccttctcgaggccgcttccaacctatatagat 34390209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 401 - 934
Target Start/End: Original strand, 36894299 - 36894820
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||| ||||| ||||| ||| |||    
T  36894299 taatcgaacattcctaggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttttgacctcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatga 36894398  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    |  ||| ||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  36894399 tctgtataaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcctatttccttcacgccaagtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcaacttcc 36894498  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttcca 700  Q
    | |||||||      ||||       |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  36894499 ggatccggt------aaac-------taaaacaggaatattcacattgaacttgaaattattagaaatcatgtcgatcaaaatctttgaatcactttcca 36894585  T
Q  701 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36894586 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 36894685  T
Q  801 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactatt-aagcttgat 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||    
T  36894686 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcatgaaaaaagccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcaccatcattattaaagcttgat 36894785  T
Q  900 ccaactctctcgaggccgcttccaacctatataga 934  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36894786 ccaaccttctcgaggccgcttccaacctatataga 36894820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 622 - 941
Target Start/End: Original strand, 47597681 - 47598000
Alignment:
Q  622 tgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgtt 721  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||| |    
T  47597681 tgaactaaaataggcatattcccattaaacttgaacttgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaatgct 47597780  T
Q  722 ccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctacc 821  Q
    |||| |||||||| |  | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  47597781 cccttcaagccatctttatacccaaatacaacccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttaatccatttacc 47597880  T
Q  822 gtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttc 921  Q
     |||| |||||||||||  || ||||| || | ||||   |||||||||||||| ||| | || || || || ||||||||||  ||| |||| || |||    
T  47597881 atctgcatcacgaaaaataccaccacaaccggaaatatgacccatatccttgcaggcaccgtcgctgttgagtttgatccaaccttcttgaggtcgtttc 47597980  T
Q  922 caacctatatagatgatgtc 941  Q
    || ||||| ||||| |||||    
T  47597981 catcctatgtagataatgtc 47598000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 622 - 839
Target Start/End: Original strand, 43270881 - 43271098
Alignment:
Q  622 tgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgtt 721  Q
    |||| ||||| ||| ||||| ||||| | ||||||||| ||| |||||||||| |||||  |||| || |||||||  ||||||||||||    |||| |    
T  43270881 tgaactaaaatagggatatttccattaagcttgaaattgtcaaaaatcatgtcgatcaatatcttagagtcacttttaactataagatgatctaaatgct 43270980  T
Q  722 ccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctacc 821  Q
    |||||||||||||||| | | | ||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| || ||||    
T  43270981 ccctccaagccatgtctatatctaaatacaacccatacatctcagcatgtaaggcatcacaagctcacatcttcttagtgtagcctttaatcaatttacc 43271080  T
Q  822 gtctgaatcacgaaaaag 839  Q
     ||||||| |||||||||    
T  43271081 atctgaattacgaaaaag 43271098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 656 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 1369413 - 1369251
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  1369413 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaaccaaggtacatgcc 1369314  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 818  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  1369313 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 1369251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 656 - 818
Target Start/End: Original strand, 28945496 - 28945658
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  28945496 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaaccaaggtacatgcc 28945595  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 818  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  28945596 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 28945658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 656 - 821
Target Start/End: Original strand, 36858936 - 36859101
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| |||||| || | |||| ||||||| ||||| |||||| | ||||||| |  ||   ||||||| |||| ||||||||| |  || |  ||    
T  36858936 aattttcagtaatcatatcgaccaaaatctttgagtcactctccactgtgagatgagtggtattccccctccacgccaagtccaaacctaggtacatgcc 36859035  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctacc 821  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  36859036 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatctacc 36859101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 506 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 4228382 - 4228291
Alignment:
Q  506 agaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagct 597  Q
    ||||||| | |||||||| || ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||| ||||  |||| |||||||||    
T  4228382 agaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagct 4228291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 401 - 938
Target Start/End: Original strand, 8019628 - 8020151
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||| | ||||| ||| |||    
T  8019628 taatcgaacattcttaggcatgcaagtcccggataaatcatcaaaaaggattcttttgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaa-tga 8019726  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    |  |||||| |  ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  8019727 tctgtagaattacttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagattcc 8019826  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttcca 700  Q
    | ||             ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  8019827 ggat-------------acggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatctttgaatcactttcca 8019913  T
Q  701 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8019914 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagtccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 8020013  T
Q  801 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatc 900  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8020014 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccaacaataacccccatatccttgcaagcaccatcactattaagcttgatc 8020113  T
Q  901 caactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8020114 caaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 8020151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 401 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 48619250 - 48618726
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||  ||||||| |||||| ||||| ||||| ||| |||    
T  48619250 taatcgaacattcctaagcatgcaagccccggataaatcatcaaaaaggattcttttgatctcagaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatga 48619151  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    |  ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48619150 tttgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcttatttccttcacgccaagtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttcc 48619051  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttcca 700  Q
    | ||             || || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  48619050 ggat-------------acagtaaactaaaacaggaatattcccattaaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaaatctttgaatcactttcca 48618964  T
Q  701 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 800  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48618963 ctataagataagagtaatgttccctccaagccatgtccaaatccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 48618864  T
Q  801 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatc 900  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48618863 gtagcctttgatccatctaccatctgaatcacaaaaaaggccgccacatccggcaataacccccataaccttgcaagcaccatcactattaagcttgatc 48618764  T
Q  901 caactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48618763 caaccttcttgaggccgcttccaacctatatagatgat 48618726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 389 - 935
Target Start/End: Original strand, 29213599 - 29214132
Alignment:
Q  389 aaactaaaaagataatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaa 488  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| | |    
T  29213599 aaactaacaagctaatcgaacattcctaggcatgcaagcccaggataaatcatcaaaaaagattctttggacctcactaggaggagactccaacacaaga 29213698  T
Q  489 aaatcaaagtgatacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttcctt-cgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcatt 587  Q
    |||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  29213699 aaattaaagtgatctgtagaaatgcttaaattagcgagtcaatcaacactccttttttctttcacgccaagtatggttgagttgaacattccaactcatc 29213798  T
Q  588 ttcagcagcttccgaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactcttt 687  Q
    ||||  |||||| | |||||||||| ||||||             || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  29213799 ttcaatagcttctggatccggtgaagtaaaac-------------agaaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatcttt 29213885  T
Q  688 gaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctc 787  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29213886 gaatcactttccactacaagataagagtcatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccc-acatctcagcatgcaaggcatcacaagctc 29213984  T
Q  788 caatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcact 887  Q
     ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  29213985 taatcttcttagtgtagcatttgacccatctaccgtctaaatcacgaaaaaggccgccacatccaaaaataatccccatattcttgcaagcaccatcact 29214084  T
Q  888 attaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagat 935  Q
    ||| |||||||||||||  ||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  29214085 attgagcttgatccaaccttcatgagaccgcttccaacctatatagat 29214132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 506 - 942
Target Start/End: Complemental strand, 24473659 - 24473236
Alignment:
Q  506 agaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttccgaatc 605  Q
    ||||||| | |||||||| || ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||| ||||  |||| ||||||||||||         
T  24473659 agaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcc----- 24473565  T
Q  606 cggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactata 705  Q
            | | ||| |||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||    
T  24473564 --------tgatacgatgaactaaaataggcatattcccattaaacttgaacttgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaata 24473473  T
Q  706 agatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagc 805  Q
    ||||||    |||| || ||||||||||| || | | ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24473472 agatgatcaaaatgctcactccaagccatctctatatccaaatacaacccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtaac 24473373  T
Q  806 ctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaact 905  Q
    |||| |||||| |||| |||| |||||||||||  || ||| | |||| ||||   |||||||||||||| ||||| || || || ||||||||||||||    
T  24473372 ctttaatccatttaccatctgcatcacgaaaaataccaccaaacccagaaatatgacccatatccttgcaggcatcgtcgctgttgagcttgatccaact 24473273  T
Q  906 ctctcgaggccgcttccaacctatatagatgatgtcc 942  Q
     ||  ||||  | ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  24473272 atcctgaggttgtttccatcctatgtagataatgtcc 24473236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 836 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 25713360 - 25713258
Alignment:
Q  836 aaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagat 935  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25713360 aaagaccgccacatccaacaataacccccatgtccttgcaagcatcatcactgttgagcttgatccaaccttcttgaggccgcttccaacctatatagat 25713261  T
Q  936 gat 938  Q
    |||    
T  25713260 gat 25713258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 694 - 848
Target Start/End: Original strand, 29760006 - 29760161
Alignment:
Q  694 ctttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatag-cccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatc 792  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| |||||  |||| || |  |||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  29760006 ctttccactataaggtgagaaaaatgttccctccaagccatttccaaggccaagtacaatcccccatatctcaacatgtaaagcatcacaaactccaatc 29760105  T
Q  793 ttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccaca 848  Q
    |||||||  || || ||||||||| | |||| || ||||| ||||||||| |||||    
T  29760106 ttcttagcataaccattgatccattttccgtttgtatcacaaaaaaggccaccaca 29760161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 656 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 46045886 - 46045724
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  46045886 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaaccaaggtacatgcc 46045787  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 818  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  46045786 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 46045724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 656 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 8035690 - 8035528
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||  |  ||  ||||||||  ||||||||||||| |  || |  ||    
T  8035690 aattttcagtaatcatgtcgaccaagatctttgagtcactctccactataagatgaatggtattctccctccacaccatgtccaaacctaggtacatgcc 8035591  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 818  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  8035590 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 8035528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 656 - 818
Target Start/End: Original strand, 38110802 - 38110964
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| ||||||| |||||| |  || |  ||    
T  38110802 aattttcagtaatcatgtcgaccaatatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgttcaaacctaggtacatgcc 38110901  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 818  Q
    ||| || |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  38110902 ccatatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 38110964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 506 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 24468711 - 24468617
Alignment:
Q  506 agaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    ||||||| | |||||||| || ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||| ||||  |||| ||||||||||||    
T  24468711 agaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcc 24468617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 656 - 818
Target Start/End: Original strand, 45033806 - 45033968
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  | ||||| ||||| ||||||||||||| || |  || ||| ||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  45033806 aattttcagtaatcatgtcgaccaagatatttgagtcactctccactataagataagtggtattttctctccatgccatgtccaaacctaggtacatgcc 45033905  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 818  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   | ||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  45033906 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacatttcaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 45033968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 401 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 13187203 - 13186680
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||| ||| | ||||| ||| |||    
T  13187203 taatcgaacattcctaggcatgcaagccccgaataaatcatcaaaaaggattctttg-acctcacaaggaggagactccaacacaataaaattaaaatga 13187105  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    || ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  13187104 tatgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattccaactcgtcttcagcagcttcc 13187005  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttcca 700  Q
    | ||             ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  13187004 ggat-------------acggtaaactaaaacaggaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatctttgaatcactttcca 13186918  T
Q  701 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13186917 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagtccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 13186818  T
Q  801 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatc 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13186817 gtagcctttgatccatctaccgtctaaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcaccatcactattaagcttgatc 13186718  T
Q  901 caactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
     |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13186717 aaaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 13186680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 467 - 938
Target Start/End: Original strand, 7305029 - 7305488
Alignment:
Q  467 aggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtgatacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttg 566  Q
    ||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  7305029 aggaggagactccaacactagaaaattaaagtgatctgtagaaatgcttaaattagagagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatggttg 7305128  T
Q  567 agttgaacattccaactcattttcagcagcttccgaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaa 666  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| || ||||||             |||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  7305129 agttgaaaattccaactcatcttcagcaggttccggatccggtaaagtaaaac-------------aggaatattctcattgaacttgaaattattagaa 7305215  T
Q  667 atcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccc--tccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctc 764  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7305216 atcatgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttcccactccaagtcatgtccaaacccaaatatagcccccacatctc 7305315  T
Q  765 agcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataaccccc 864  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  7305316 agcatgtaaggcatcacaagctccaatctttttagtgtagtctttgatccatctaccgtctgaatcatgaaaaaggccaccacatccagcaataactccc 7305415  T
Q  865 atatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  7305416 atatccttgcaagcaccatcactattaagcttgatccaaccttcttgaggccgctaccaa-ctatatagatgat 7305488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 393 - 866
Target Start/End: Original strand, 40190294 - 40190754
Alignment:
Q  393 taaaaagataatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaat 492  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| | ||||||||| || ||||||||||||| ||| |||| |||||||| | |||| |||||  ||||    
T  40190294 taaaaagctaatcgaacattcttagacatgcaagtctcggataaatcattaaaaaggattcttcggatctcactaggaggagattccaacactagtaaat 40190393  T
Q  493 caaagtgatacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcag 592  Q
     |||||||| |||| ||||| |||| |||| ||||||||   ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40190394 taaagtgatccgtataaatgcttaagttagtgagtcaatctacactcctatttccttcatgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcatcttcag 40190493  T
Q  593 cagcttccgaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatc 692  Q
    ||| ||  | ||| |||| | |||||              ||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  40190494 cagttttgggatctggtggactaaaat-------------aggaatatgttcattgaacttaaaattatcagaaatcatatcgatcaaaatctttgaatc 40190580  T
Q  693 actttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatc 792  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40190581 actttccactataagatgagagtaatgctcgctccaagccatgtctaagtccaaatatagcccccacatcttagcatataaggcatcacaagctccaatc 40190680  T
Q  793 ttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccat 866  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  40190681 ttcttaatgtagcctttgatccatctaacgtctgaatcacgaaaaagaacgccacatccagaaataacccccat 40190754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 388 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 6599248 - 6599017
Alignment:
Q  388 caaactaaaaagataatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaa 487  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  6599248 caaactaaaaagctaaacgaacattcttaggcatgcaagccccggataaatcatcaaaaagtattttttggacctcactaggaggagactccaacactaa 6599149  T
Q  488 aaaatcaaagtgatacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcatt 587  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||     
T  6599148 aaaatcaaagtgatatgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcttatttccttcacgccaattatggttgagttgaacattccaattcatc 6599049  T
Q  588 ttcagcagcttccgaatccggtgaaataaaac 619  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  6599048 ttcagcaacttccggatccggtgaactaaaac 6599017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 760 - 942
Target Start/End: Original strand, 37307445 - 37307626
Alignment:
Q  760 atctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataa 859  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  37307445 atctcaacatataaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaagatcgccacatccagcaataa 37307544  T
Q  860 cccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgatgtcc 942  Q
    ||| | |||| ||||||||| ||||| | || |||||| ||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37307545 ccctcgtatctttgcaagcaccatca-tgttgagcttggtccaaccttcttgaggccgcttccaacttatatagatgatgtcc 37307626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 401 - 619
Target Start/End: Original strand, 40426050 - 40426268
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||  ||||||| |||||||||| | ||||| ||| |||    
T  40426050 taatcgaacattcctaggcatgcaagccccggataaatcatcaaaaaagattcttttgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatga 40426149  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    |  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40426150 tctgtagaaatgcttaaattagcgagtcaatcagcactcctatttccttcacaccaaatatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttcc 40426249  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaac 619  Q
    | || |||| || ||||||    
T  40426250 ggatacggtaaactaaaac 40426268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 390 - 681
Target Start/End: Original strand, 37307166 - 37307444
Alignment:
Q  390 aactaaaaagataatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaa 489  Q
    |||||||||| ||||| || |||| |||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||| || ||  |    
T  37307166 aactaaaaagctaatcgaagattcctaggcatgcaagtcctggataaatcatctaaaaggattctttggacctcgctagaaggagactccaacattagta 37307265  T
Q  490 aatcaaagtgatacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcatttt 589  Q
    ||| |||||||| |||||||||| |||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  37307266 aattaaagtgatccgtagaaatgcttaagttaacgagccaatcagcactcctatttccttcacgtcaagtatggttgagttgaacatttcaactcatctt 37307365  T
Q  590 cagcagcttccgaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaa 681  Q
    | ||| ||| |  |||||||      ||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37307366 cggcaactttcagatccggt------aaac-------taaaacaggaatattctcattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaa 37307444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 637 - 836
Target Start/End: Original strand, 26381377 - 26381576
Alignment:
Q  637 atattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgt 736  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  | || |||||| | ||||||||  || | || |||||||||||||    
T  26381377 atattcccgttgaaatgaaaattgtcagaaatcatgtcaatcaaaatctttgagccgctctccacttttagatgagaaaaacgctctctccaagccatgt 26381476  T
Q  737 ccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaa 836  Q
    |||| | |||||| | | ||||||||||||| ||||||  |||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  26381477 ccaatctcaaatacaacgcccacatctcagcttgtaagttatcacacgcaccaatcttcttagtgtagtctttaatccatctaccttctgagtcacgaaa 26381576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 656 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 42865896 - 42865734
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  42865896 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaaccaaggtacatgcc 42865797  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 818  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  42865796 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 42865734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 856 - 941
Target Start/End: Original strand, 40196712 - 40196797
Alignment:
Q  856 ataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgatgtc 941  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| || || | || |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40196712 ataacacccatattcttgcaagcaccaccattgttgagcttgatccaaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgatgtc 40196797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 656 - 818
Target Start/End: Original strand, 11995863 - 11996025
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  11995863 aattttcagtaatcatgtcgaccaagatctttgagtcactatccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaacctaggtacatgcc 11995962  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 818  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  11995963 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 11996025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 656 - 818
Target Start/End: Original strand, 24126543 - 24126705
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| ||||||| |||||| |  || |  ||    
T  24126543 aattttcagtaatcatgtcgaccaagatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgttcaaacctaggtacatgcc 24126642  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 818  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  24126643 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 24126705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 622 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 17290137 - 17290001
Alignment:
Q  622 tgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgtt 721  Q
    |||| ||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  |||||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||| |    
T  17290137 tgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaatgct 17290038  T
Q  722 ccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccccca 758  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||| | ||||||    
T  17290037 ccctccaagccatctctacacccaaatacaaccccca 17290001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 754 - 815
Target Start/End: Original strand, 3733098 - 3733159
Alignment:
Q  754 ccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatcca 815  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  3733098 ccccacatctccgcatgtagagcatcacaagaaccaatcttcttcatgtagcctttgatcca 3733159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 401 - 938
Target Start/End: Original strand, 18259022 - 18259545
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||  ||||||| |||||| ||||| ||||| ||| |||    
T  18259022 taatcgaacattcctaggcatgcaagccccggataaatcatcaaaaatgattcttttgacctcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatga 18259121  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    |  || |||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  18259122 tctgtcgaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcatatttccttcgcgccaggtatggttgagttgaacatttcaacttatcttcagcagcttcc 18259221  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttcca 700  Q
    | |||||||      ||||       ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  18259222 ggatccggt------aaac-------taaaacaagaatattcccattgaatttggaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatctttgaatcactttcca 18259308  T
Q  701 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18259309 ctataagatgagagtaatgttccctccaaaccatgtccagacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 18259408  T
Q  801 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatc 900  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  18259409 gtagtctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacat-caacaataacccccatatccttgcaagcactatcactattaagcttgatc 18259507  T
Q  901 caactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18259508 caaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 18259545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 401 - 938
Target Start/End: Original strand, 34080624 - 34081145
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||||| ||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||   |||||| ||||| ||||| |||||||    
T  34080624 taatcgaacatttctaggcatgcaagctccaaataaatcatcaaaaaggattttttggacctcactaggag---actccaacactataaaattaaagtga 34080720  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    || ||| |||||||||||||||| || |||| | ||||| | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||     
T  34080721 tatgtaaaaatgtttaaattagcaagccaatcaacactcatgtttccttcacgccaagtatggttgagttgaacattccaacccatcttcagcagcttct 34080820  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttcca 700  Q
    | |||||||||| ||||||             | |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||    
T  34080821 ggatccggtgaactaaaac-------------aagaatattcgcattgaacttgaatttatcagaaatcatatccatcaaaatctttaaatcactttcca 34080907  T
Q  701 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34080908 ctataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagctcccacttatcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagt 34081007  T
Q  801 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatc 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34081008 gtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaagaccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcaccatcactattaagcttgatc 34081107  T
Q  901 caactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 938  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34081108 caaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 34081145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 401 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 22540526 - 22540215
Alignment:
Q  401 taatcaaacattcataggcatgcaagccccggataaataatcaaaaaggattctttggacctcattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtga 500  Q
    ||||| ||||||  || |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| |||||||  ||||||| ||| || ||||| |||||  || |||    
T  22540526 taatcgaacatttctatgcatgcaagctccggataaatcatcaaaaatgattcttttgacctcacaaggaggagacttcaacactagaaaatttaaatga 22540427  T
Q  501 tacgtagaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttcc 600  Q
    |  ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22540426 tctgtagaaatgcttaaattagcgagtcaatcaacactcctatttcctttacgccaagtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttcc 22540327  T
Q  601 gaatccggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttcca 700  Q
    | |||| ||      ||||       ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |    
T  22540326 ggatccagt------aaac-------taaaacaggaatatttccatcgaacttgaaattatcagaaatcacgtcgatcaaaatctttgaatcactttcaa 22540240  T
Q  701 ctataagatgagagtaatgttccct 725  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22540239 ctataagatgagagtaatgttccct 22540215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 506 - 838
Target Start/End: Original strand, 4560304 - 4560621
Alignment:
Q  506 agaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttccgaatc 605  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||| ||||  |||| ||||||||||||  ||     
T  4560304 agaaatgctaaaattagcaagtcaatcagcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgat- 4560402  T
Q  606 cggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactata 705  Q
                ||| |||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||    
T  4560403 ------------acgatgaactaaaataggcatattcccattaaacttgaacttttcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaata 4560490  T
Q  706 agatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagc 805  Q
    ||||||    |||| |||||||  ||||| ||   ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4560491 agatgatcaaaatgctccctcc--gccatctctgtacccaaatacaacccccacatctcagtatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagc 4560588  T
Q  806 ctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaa 838  Q
    |||| |||||| |||| |||| |||||||||||    
T  4560589 ctttaatccatttaccatctgcatcacgaaaaa 4560621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 506 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 18934264 - 18933974
Alignment:
Q  506 agaaatgtttaaattagcgagtcaattagcactcctatttccttcgcgtcaagtatggttgagttgaacattccaactcattttcagcagcttccgaatc 605  Q
    ||||||| | |||||||| || ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||| ||||  |||| ||||||||||||         
T  18934264 agaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcc----- 18934170  T
Q  606 cggtgaaataaaacggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactata 705  Q
            | | ||| |||| ||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  |||||||||||||| |||||  |||| |  ||||||||||| |||    
T  18934169 --------tgatacgatgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgggtcactttccacaata 18934078  T
Q  706 agatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagc 805  Q
    ||||||    |||| |||||| ||||||| || | ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18934077 agatgatcaaaatgctccctctaagccatctctatacccaaatacaacctccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatctttttagtgtagc 18933978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 622 - 838
Target Start/End: Complemental strand, 18883489 - 18883272
Alignment:
Q  622 tgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgtt 721  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||| ||||| || || || ||||||||||| |||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||    |||| |    
T  18883489 tgaactaaaatagggatattcccattaaacttaaacttgtccgaaatcatgtcgatcaatatctttgagtcattttccactataagatgatcaaaatgct 18883390  T
Q  722 ccctccaagccatgtcca-aacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctac 820  Q
    ||||||||||||| |  | | |||||||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||| |||    
T  18883389 ccctccaagccatatttataccccaaatacaacccccacatctcaacaagtaaggcatcacaagttccaatcttattagtgcagcctttaatccatttac 18883290  T
Q  821 cgtctgaatcacgaaaaa 838  Q
    | |||| |||| ||||||    
T  18883289 catctgcatcatgaaaaa 18883272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 627 - 904
Target Start/End: Complemental strand, 32216895 - 32216614
Alignment:
Q  627 taaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctc 726  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||| | ||||||  ||| ||||||||  |||||| ||||||| |  || |||||||| ||||||||  |  | || |||    
T  32216895 taaaatagggatattctcattgaaatggaaattgccaggaatcatgttgatcaaaatctttgagttgctctccactattagatgagaaaacggctctctc 32216796  T
Q  727 caagccatgtccaaa----cccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccg 822  Q
    || |||||||||||     | |||||| | |||  |||| || |||| |||||||| |||  | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  32216795 catgccatgtccaattaatctcaaatacaacccttacatatctgcatataaggcatgacacacaccaatcttcttattgtagcctttaatccatctaccg 32216696  T
Q  823 tctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaac 904  Q
    ||  | ||||||||||| || ||||||||| ||||  | ||| |||||||| |||| |||||||||||||| ||| ||||||    
T  32216695 tccaagtcacgaaaaagacccccacatccaacaatctctcccctatccttgtaagcgtcatcactattaagtttgctccaac 32216614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 656 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 14024914 - 14024752
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  14024914 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaaccaaggtacatgcc 14024815  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 818  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  14024814 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 14024752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 656 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 32386467 - 32386305
Alignment:
Q  656 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 755  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||| ||||||||||| || ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  32386467 aattttcagtaatcatgtcgaccaagatctttgagtcactctccagtataagatgagtgttattctccctccatgccatgtccaaacctaggtacatgcc 32386368  T
Q  756 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 818  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  32386367 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 32386305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 754 - 815
Target Start/End: Complemental strand, 7530834 - 7530773
Alignment:
Q  754 ccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatcca 815  Q
    |||||||||||  ||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  7530834 ccccacatctccacatgtagagcatcacaagaaccaatcttcttcatgtagcctttgatcca 7530773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 99; Significance: 2e-48; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 622 - 904
Target Start/End: Original strand, 1223053 - 1223335
Alignment:
Q  622 tgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgtt 721  Q
    |||| ||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  |||||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||| |    
T  1223053 tgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaatgct 1223152  T
Q  722 ccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctacc 821  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  1223153 ccctccaagccatctctatacccaaatacaacccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttaatccatttacc 1223252  T
Q  822 gtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaac 904  Q
     | ||  ||||||||||  || |||||  | | ||||   |||||||||||||| ||| | || || || |||||||||||||    
T  1223253 atatgcgtcacgaaaaataccaccacaatcggaaatatgacccatatccttgcaggcaccgtcgctgttgagcttgatccaac 1223335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University