View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9249_low_20 (Length: 285)

Name: NF9249_low_20
Description: NF9249
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9249_low_20
NF9249_low_20
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (1-234)||(8650880-8651115)
chr6 (1-234)||(4580398-4580633)
chr6 (1-234)||(25354059-25354293)
chr6 (1-232)||(21190943-21191179)
chr6 (1-234)||(25343472-25343706)
chr6 (1-220)||(31756292-31756516)
chr6 (1-126)||(32035363-32035488)
chr6 (1-112)||(21782830-21782941)
chr6 (2-234)||(21770636-21770877)
chr6 (2-220)||(21197099-21197326)
chr6 (43-220)||(17581496-17581675)
chr6 (1-65)||(8662858-8662922)
chr6 (2-234)||(21783387-21783636)
chr6 (2-234)||(21789610-21789859)
chr6 (1-102)||(18778564-18778665)
chr6 (8-65)||(6097999-6098055)
chr6 (1-51)||(34603407-34603457)
chr6 (1-51)||(34724684-34724734)
chr6 (3-67)||(1106229-1106294)
chr6 (143-209)||(20745431-20745497)
chr6 (163-220)||(30905821-30905877)
[»] chr3 (31 HSPs)
chr3 (1-234)||(11839802-11840037)
chr3 (1-234)||(38449140-38449375)
chr3 (1-234)||(38455627-38455862)
chr3 (1-234)||(10760727-10760962)
chr3 (1-234)||(42191297-42191532)
chr3 (1-234)||(42197239-42197474)
chr3 (1-234)||(10244411-10244646)
chr3 (1-220)||(8331650-8331869)
chr3 (1-234)||(10238289-10238524)
chr3 (1-236)||(17055870-17056106)
chr3 (1-220)||(49151475-49151694)
chr3 (1-220)||(49157542-49157761)
chr3 (1-220)||(30051179-30051398)
chr3 (1-220)||(55003489-55003705)
chr3 (1-200)||(11846140-11846340)
chr3 (1-220)||(13444921-13445143)
chr3 (85-234)||(10769130-10769281)
chr3 (1-123)||(17593359-17593481)
chr3 (125-220)||(13837537-13837632)
chr3 (1-91)||(10766948-10767038)
chr3 (1-220)||(53069131-53069345)
chr3 (146-234)||(26429639-26429729)
chr3 (1-219)||(48128124-48128335)
chr3 (1-95)||(34300485-34300579)
chr3 (1-106)||(46656661-46656766)
chr3 (1-198)||(12108745-12108945)
chr3 (144-186)||(24643773-24643815)
chr3 (1-71)||(28964881-28964950)
chr3 (144-220)||(28964743-28964811)
chr3 (144-204)||(34300369-34300429)
chr3 (147-219)||(46656538-46656610)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (1-234)||(5542237-5542472)
chr8 (1-234)||(32890736-32890971)
chr8 (1-234)||(32896860-32897095)
chr8 (1-220)||(14417804-14418023)
chr8 (1-234)||(9935129-9935361)
chr8 (1-220)||(36818835-36819053)
chr8 (1-231)||(42993081-42993309)
chr8 (1-234)||(10699877-10700111)
chr8 (1-234)||(10705685-10705919)
chr8 (1-234)||(22219794-22220039)
chr8 (1-220)||(39735629-39735844)
chr8 (18-220)||(39727405-39727604)
chr8 (1-114)||(7771202-7771314)
chr8 (144-220)||(42033664-42033740)
chr8 (1-73)||(14799493-14799564)
chr8 (17-108)||(1882846-1882939)
chr8 (144-219)||(1883039-1883114)
chr8 (14-180)||(1171249-1171414)
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (1-234)||(20238798-20239033)
chr7 (1-220)||(3817388-3817607)
chr7 (1-220)||(28421036-28421255)
chr7 (1-220)||(3811246-3811465)
chr7 (1-220)||(351650-351868)
chr7 (1-234)||(5979251-5979486)
chr7 (1-220)||(339243-339453)
chr7 (42-220)||(15843810-15843988)
chr7 (42-220)||(15860919-15861097)
chr7 (1-220)||(35148081-35148305)
chr7 (2-234)||(5849378-5849606)
chr7 (1-210)||(43539853-43540067)
chr7 (1-130)||(42767372-42767501)
chr7 (3-106)||(26383603-26383706)
chr7 (1-220)||(22742002-22742225)
chr7 (121-220)||(35150736-35150837)
chr7 (2-116)||(30219324-30219438)
chr7 (3-187)||(12803895-12804080)
chr7 (53-219)||(7608306-7608475)
chr7 (144-220)||(26380947-26381023)
chr7 (143-219)||(3677889-3677965)
chr7 (123-177)||(24690848-24690900)
chr7 (154-219)||(18656883-18656948)
[»] chr5 (25 HSPs)
chr5 (1-220)||(12686256-12686475)
chr5 (1-220)||(12692358-12692577)
chr5 (1-220)||(28525463-28525682)
chr5 (1-220)||(28531559-28531778)
chr5 (1-220)||(7389625-7389843)
chr5 (1-234)||(41297127-41297359)
chr5 (67-234)||(32094364-32094533)
chr5 (67-234)||(32097165-32097334)
chr5 (1-234)||(20499986-20500220)
chr5 (1-220)||(30772145-30772365)
chr5 (2-220)||(19066185-19066408)
chr5 (1-219)||(30384455-30384681)
chr5 (8-220)||(19059848-19060067)
chr5 (111-215)||(14610037-14610141)
chr5 (1-105)||(32094237-32094340)
chr5 (1-81)||(24054336-24054417)
chr5 (1-102)||(32097038-32097138)
chr5 (1-59)||(16215251-16215309)
chr5 (34-177)||(8706532-8706672)
chr5 (1-48)||(14610184-14610231)
chr5 (1-52)||(28542269-28542320)
chr5 (156-220)||(26318492-26318555)
chr5 (1-49)||(37896375-37896423)
chr5 (150-209)||(26509722-26509781)
chr5 (2-54)||(26316870-26316922)
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (1-234)||(13455947-13456182)
chr2 (1-234)||(13461888-13462123)
chr2 (1-234)||(36750262-36750497)
chr2 (1-234)||(44716882-44717117)
chr2 (1-220)||(28683022-28683241)
chr2 (1-220)||(31002240-31002459)
chr2 (1-234)||(30965175-30965410)
chr2 (1-208)||(13149763-13149968)
chr2 (1-220)||(31008218-31008437)
chr2 (1-234)||(35084753-35084991)
chr2 (1-234)||(35090726-35090964)
chr2 (1-220)||(11048630-11048847)
chr2 (1-220)||(35438786-35439001)
chr2 (2-220)||(23343417-23343642)
chr2 (146-236)||(19879444-19879536)
chr2 (145-207)||(29034697-29034759)
chr2 (54-203)||(28765461-28765610)
chr2 (144-206)||(29833079-29833142)
chr2 (1-71)||(29833222-29833290)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (1-234)||(25387581-25387816)
chr1 (1-220)||(34739849-34740068)
chr1 (1-234)||(25381612-25381847)
chr1 (1-234)||(31051392-31051626)
chr1 (1-234)||(50306045-50306271)
chr1 (1-234)||(31057892-31058126)
chr1 (1-220)||(8092923-8093142)
chr1 (1-234)||(1078092-1078306)
chr1 (2-220)||(44409864-44410091)
chr1 (2-220)||(24926832-24927057)
chr1 (3-217)||(38152048-38152257)
chr1 (2-220)||(24963780-24964005)
chr1 (1-219)||(27955025-27955243)
chr1 (1-81)||(12183661-12183740)
chr1 (151-202)||(12183816-12183867)
[»] scaffold0208 (2 HSPs)
scaffold0208 (1-234)||(12243-12478)
scaffold0208 (11-234)||(6370-6595)
[»] chr4 (30 HSPs)
chr4 (1-234)||(24287834-24288069)
chr4 (1-220)||(10739416-10739635)
chr4 (1-220)||(10953185-10953404)
chr4 (1-234)||(6257282-6257517)
chr4 (1-219)||(33458344-33458562)
chr4 (1-234)||(48160807-48161041)
chr4 (1-234)||(48167026-48167260)
chr4 (1-185)||(10733323-10733507)
chr4 (1-185)||(10947092-10947276)
chr4 (1-220)||(33461470-33461688)
chr4 (76-220)||(10733504-10733648)
chr4 (76-220)||(10947273-10947417)
chr4 (2-220)||(44831690-44831915)
chr4 (1-219)||(4632246-4632473)
chr4 (1-220)||(49976450-49976669)
chr4 (144-234)||(26957023-26957115)
chr4 (1-220)||(50168458-50168675)
chr4 (2-103)||(26963419-26963518)
chr4 (1-220)||(19686405-19686617)
chr4 (112-214)||(35177666-35177770)
chr4 (1-219)||(3769434-3769649)
chr4 (24-95)||(50427356-50427427)
chr4 (146-219)||(17627002-17627075)
chr4 (143-220)||(32284543-32284620)
chr4 (145-215)||(50155827-50155897)
chr4 (143-220)||(33045108-33045185)
chr4 (5-50)||(50155990-50156035)
chr4 (193-234)||(26971824-26971867)
chr4 (1-44)||(9237402-9237445)
chr4 (18-107)||(31986745-31986833)
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (1-220)||(1271-1490)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (1-220)||(696-915)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (1-220)||(172967-173186)
[»] scaffold0236 (1 HSPs)
scaffold0236 (1-153)||(5465-5617)
[»] scaffold1114 (1 HSPs)
scaffold1114 (1-217)||(950-1170)
[»] scaffold0085 (2 HSPs)
scaffold0085 (1-71)||(38442-38510)
scaffold0085 (163-221)||(38289-38347)
[»] scaffold0185 (2 HSPs)
scaffold0185 (2-62)||(5945-6004)
scaffold0185 (139-202)||(5826-5889)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 8650880 - 8651115
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8650880 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 8650979  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8650980 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 8651079  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  8651080 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 8651115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 4580398 - 4580633
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     || |||||||||||||    
T  4580398 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtaacaaccctctcatcaac 4580497  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4580498 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 4580597  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  4580598 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 4580633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 25354293 - 25354059
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||    
T  25354293 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagcagccctctcatcaac 25354195  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25354194 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 25354095  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  25354094 ttcagatggggagaagagagagtattgtcgtgtacg 25354059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Original strand, 21190943 - 21191179
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21190943 ttatgatcggatctacgatatatttgatttatcaaagatattaagaattagggtattagaaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 21191042  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttat---tcctcaagtt 197  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||    
T  21191043 aacgataaccaaagagaggagatgatatgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcatcaagtt 21191142  T
Q  198 ctcttcagatggggaga--agagagtattgccgtgta 232  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  21191143 ctcttcagatggggagaagagagagtattgccgtgta 21191179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 25343706 - 25343472
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||    |||||||| ||||||||    
T  25343706 ttatgatcggatctacgacatttttgatttatcaag-atattaagaattagagtattaggaatacctagataaagcttttgtagcagccctttcatcaac 25343608  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25343607 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 25343508  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  25343507 ttcagatggggagaagagagagtattgtcgtgtacg 25343472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 31756292 - 31756516
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||| | ||||||||||| || |    
T  31756292 ttataatcggatctacgacatgtttgaattatcaaggatattaagaattagggtattatgaatatctggatagagctttcatgacagccctctcaacagc 31756391  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaag---atgatctgaaacacgcaatagag--ttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaag 195  Q
    ||| |||  || |||||| ||   |||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  31756392 aaccatacacagagagaggaggtgatgatctgaaacacacaatatagggttagcggcggctgatttggttcttcctcaacaggtacctttatacctcaag 31756491  T
Q  196 ttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  31756492 ttctcttcagatggggagaagagag 31756516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 126
Target Start/End: Original strand, 32035363 - 32035488
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32035363 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggttattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctcatcaac 32035462  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgat 126  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  32035463 aacgataaccaaagagaggagatgat 32035488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 112
Target Start/End: Original strand, 21782830 - 21782941
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21782830 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatagctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 21782929  T
Q  101 aacgataaccaa 112  Q
    ||||||||||||    
T  21782930 aacgataaccaa 21782941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Original strand, 21770636 - 21770877
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaaca 101  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||| ||||| |||| | ||||||||||||| |||||    
T  21770636 tatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaattag--tattaggaatatctgaataaagcttttatggcagccctctcaacaaca 21770733  T
Q  102 ac---gataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgca--------ataga--gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatt 188  Q
    ||   |||||  |  || || || ||||||||||||  ||        ||  |  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21770734 acaacgataagga--gataggaggtgatctgaaacaaacatcaacttcatcaacggttagcagcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatg 21770831  T
Q  189 cctcaagttctcttcagatggggagaagagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
T  21770832 cctcaagttctcttcagatggagaagagagagttttgccgtgtacg 21770877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 2 - 220
Target Start/End: Original strand, 21197099 - 21197326
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaaca 101  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||    
T  21197099 tatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatatcaagaattag--tattatgaatacctggataaatcttttatggcagccctctcaacaaca 21197196  T
Q  102 ---acgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgca--------ataga--gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatt 188  Q
       |||||||  |  ||||| || |||| || ||||  ||        ||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  21197197 acaacgataagga--gagaggaggtgatatggaacaaacatcaacttcatcaacggttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtatctttatg 21197294  T
Q  189 cctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21197295 cctcaagttctcttcagatggggagaagagag 21197326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 43 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 17581675 - 17581496
Alignment:
Q  43 aagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaa-agagagaagatgatctgaaacacgcaata 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||| |  || |  |||||| || ||||||||| ||  ||  |    
T  17581675 aagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatgacagccctctcaacaacaacaacgacaaggagagaggaggtgatctgaagcaaacatca 17581576  T
Q  142 gag-ttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
      | |||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17581575 acggttagtggcagctgatttggttcttcctcaacttgtacatttatgcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 17581496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 65
Target Start/End: Original strand, 8662858 - 8662922
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatac 65  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8662858 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatac 8662922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Original strand, 21783387 - 21783636
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaaca 101  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||| | |||| |||||||| |||||    
T  21783387 tatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta--gtattaggaatacctgaataaagcttttatggcacccctctcaacaaca 21783484  T
Q  102 ac---gataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgca--------at--agagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccgg------tacc 182  Q
    ||   |||||    |||||| || |||| |||||||  ||        ||  |  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||      ||||    
T  21783485 acaaagataa--ggagagaggaggtgatttgaaacaaacatcaacttcatcaacggttaacagcggctgatttggttcttcctcaaccggcacctttacc 21783582  T
Q  183 tttattcctcaagttctcttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  21783583 tttatgcctcaagttctcttcagatggggagaagagagagttttgccgtgtacg 21783636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Original strand, 21789610 - 21789859
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaaca 101  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||| | |||| |||||||| |||||    
T  21789610 tatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta--gtattaggaatacctgaataaagcttttatggcacccctctcaacaaca 21789707  T
Q  102 ac---gataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgca--------at--agagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccgg------tacc 182  Q
    ||   |||||    |||||| || |||| |||||||  ||        ||  |  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||      ||||    
T  21789708 acaaagataa--ggagagaggaggtgatttgaaacaaacatcaacttcatcaacggttaacagcggctgatttggttcttcctcaaccggcacctttacc 21789805  T
Q  183 tttattcctcaagttctcttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  21789806 tttatgcctcaagttctcttcagatggggagaagagagagttttgccgtgtacg 21789859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 18778665 - 18778564
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggg-tattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaa 99  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||    
T  18778665 ttatgatcggatctacgacgtatttgatttatcaat-atattaagaattaggggttttaggaatacctggataaaactttcatggcagccctcttaacaa 18778567  T
Q  100 caa 102  Q
    |||    
T  18778566 caa 18778564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 8 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 6098055 - 6097999
Alignment:
Q  8 cggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatac 65  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  6098055 cggatctacgacgtgtttgatttatcaag-atgttaagaattagggtattaggaatac 6097999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 51
Target Start/End: Original strand, 34603407 - 34603457
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattag 51  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34603407 ttatgatcggatctatggcatgtttgatttatcaaggatattaacaattag 34603457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 51
Target Start/End: Original strand, 34724684 - 34724734
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattag 51  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34724684 ttatgatcggatctatggcatgtttgatttatcaaggatattaacaattag 34724734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 1106294 - 1106229
Alignment:
Q  3 atgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatt-agggtattaggaatacct 67  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  1106294 atgatcggatctacaacatgtttgattcatcaagaatattaataattcaaggtattaggaatacct 1106229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 20745497 - 20745431
Alignment:
Q  143 agttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatgg 209  Q
    ||||||||| | || |||||||| |||||||| |||||| ||||  || ||||||||||||||||||    
T  20745497 agttagcggtgactaatttggtttttcctcaatcggtacttttaagccccaagttctcttcagatgg 20745431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 220
Target Start/End: Original strand, 30905821 - 30905877
Alignment:
Q  163 gttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||  ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30905821 gttcttcctcaattggtatatttatgcctcaagttctcttcagatgggg-gaagagag 30905877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 31)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 11839802 - 11840037
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11839802 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 11839901  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11839902 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 11840001  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  11840002 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 11840037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 38449140 - 38449375
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38449140 ttatgatcggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcgaggcagccctctcatcaac 38449239  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38449240 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 38449339  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  38449340 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 38449375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 38455627 - 38455862
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  38455627 ttatgatcggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcgaggcagccctctcatcaac 38455726  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38455727 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 38455826  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  38455827 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 38455862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 10760727 - 10760962
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10760727 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 10760826  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  10760827 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcgactgatttggttcttcctcaaccagtacctttatgcctcaagttctc 10760926  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  10760927 ttcagatggggagaagagagagtattgtcgtgtacg 10760962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 42191297 - 42191532
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42191297 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaagggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 42191396  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42191397 aactataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggtggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 42191496  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  42191497 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 42191532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 42197239 - 42197474
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42197239 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaagggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 42197338  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42197339 aactataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggtggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 42197438  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  42197439 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 42197474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 10244411 - 10244646
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  10244411 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaagacagccctctcatcaac 10244510  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  10244511 aacgataaccaaagagaggagatgatatgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacatttatgcctcaagttctc 10244610  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  10244611 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 10244646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 8331869 - 8331650
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  8331869 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcgtcaac 8331770  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8331769 aacgataaccaaagagaggagatgatctaaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 8331670  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  8331669 ttcagatggggagaagagag 8331650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 10238289 - 10238524
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  10238289 ttatgatcagatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaagacagccctctcatcaac 10238388  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  10238389 aacgataaccaaagagaggatatgatatgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacatttatgcctcaagttctc 10238488  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  10238489 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 10238524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 17055870 - 17056106
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||    
T  17055870 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaac 17055969  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||| |||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17055970 aacggtaaccaaagataggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 17056069  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag-tattgccgtgtacgat 236  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  17056070 ttcagatggggagaagagagagtttgccgtgtacgat 17056106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 49151694 - 49151475
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49151694 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttattaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 49151595  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  49151594 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggtggctgatttgattcttcctcaaccggtacctttatgcctcacgttctc 49151495  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  49151494 ttcagatggggagaagagag 49151475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 49157761 - 49157542
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49157761 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttattaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 49157662  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  49157661 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggtggctgatttgattcttcctcaaccggtacctttatgcctcacgttctc 49157562  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  49157561 ttcagatggggagaagagag 49157542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 30051179 - 30051398
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||| ||| ||    
T  30051179 ttataatcagatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcattacagccctctaatcgac 30051278  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30051279 aacaataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcgacggctgatttgattcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 30051378  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  30051379 ttcagatgggcagaagagag 30051398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 55003489 - 55003705
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||    
T  55003489 ttatgatcggatctacgacatgtttaatttatcaagtatattaagaattagggtattagaaatatctggataaagctttcatagcagccctctaatcaac 55003588  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  55003589 aacgataaccaaagagaaaagatgatctgaaatacacaatagagttagcggcggctgatttgg---ttcctcaatcggtacctttatgcctcaagttctc 55003685  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  55003686 ttcagatggggagaagagag 55003705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 11846140 - 11846340
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     ||||||||||||||||    
T  11846140 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaagtatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtaacagccctctcatcaac 11846239  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctga-tttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttct 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  11846240 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgattttggttcttcctcaaccggaacctttatgccgcaagttct 11846339  T
Q  200 c 200  Q
    |    
T  11846340 c 11846340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 13445143 - 13444921
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | |||| ||||||  |||    
T  13445143 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctagataaaacattcatgacagctctctcagtaac 13445044  T
Q  101 aacgataaccaaaga-gaga--agatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagtt 197  Q
    ||| |||| |||||| ||||   ||||||||||| |||  || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  13445043 aaccataaacaaagaggagatgtgatgatctgaaccacaaaacagggttagtggcggctgatttggttcttcctcaaccgatacttttatgcctcaagtt 13444944  T
Q  198 ctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  13444943 ctcttcagatggggagaagagag 13444921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 85 - 234
Target Start/End: Original strand, 10769130 - 10769281
Alignment:
Q  85 cagccctctcatcaacaacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctt 184  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10769130 cagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatctgaaatacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctt 10769229  T
Q  185 tattcctcaagttctcttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  10769230 tatgcctcaagttctcttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 10769281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 123
Target Start/End: Original strand, 17593359 - 17593481
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  17593359 ttatgatcggatctacgacatgtttaatttatcaagaatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcgaggcagccctctcatcaac 17593458  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagat 123  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  17593459 aacgataaccaaagagaggagat 17593481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 125 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 13837632 - 13837537
Alignment:
Q  125 atctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13837632 atctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 13837537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 91
Target Start/End: Original strand, 10766948 - 10767038
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccct 91  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10766948 ttatgaccggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccct 10767038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 53069131 - 53069345
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatta-gggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaa 99  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| || || | ||| | |||    
T  53069131 ttatgatcggatctatgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatcaggggtattaagaatacctggataaaactttcatggtagtcatcttaacaa 53069230  T
Q  100 caacgataaccaaaga-gagaa-----gatgatctgaaacacgc--aatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcct 191  Q
    ||||    | |||||| |||||     ||||||||||||||| |  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  53069231 caac----aacaaagatgagaaggtgtgatgatctgaaacacacaaaatatggttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacct-------- 53069318  T
Q  192 caagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
      |||||||||||||||||||||||||||    
T  53069319 --agttctcttcagatggggagaagagag 53069345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 146 - 234
Target Start/End: Original strand, 26429639 - 26429729
Alignment:
Q  146 tagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  26429639 tagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctcttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 26429729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 48128124 - 48128335
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggta-ttaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaa 99  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||| |||    
T  48128124 ttatgatcggttctacgacatgtttgatttattaagaatattaagaattagggtattttggaatacct-gataaaactttcatggcag--ctctca-caa 48128219  T
Q  100 caacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttct 199  Q
    ||||| |    ||| | |  || ||||||| ||||  ||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||    
T  48128220 caacggt----aaaaaaatgaggtgatctggaacaaacaacaatgttagcagcggctgatttggttcttcctcaactggtacctttatgcctttagttct 48128315  T
Q  200 cttcagatggggagaagaga 219  Q
    |||||||  |||||||||||    
T  48128316 cttcagacagggagaagaga 48128335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 34300579 - 34300485
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctca 95  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| |||| ||||||||    
T  34300579 ttatgatcggatctacgacatatttgatttataaaggatattaagaattagggtattaggaatacctgaattaagctttcatggcaaccctctca 34300485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 46656766 - 46656661
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||| || || |||||| | || |||||||| ||||    
T  46656766 ttatgatcggatctacgatatgtttgatttatcaatgatattgagaatgagggtattagaaatacctgaatgaagctttcatgacaaccctctcaacaac 46656667  T
Q  101 aacgat 106  Q
    ||||||    
T  46656666 aacgat 46656661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 198
Target Start/End: Original strand, 12108745 - 12108945
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| || || || | | | || || ||| | ||      
T  12108745 ttatgatttgatctaagacatgtttgatttatcaaggatattaacaattagg-tattaagaatacctgaatgaagctctaatgacaaccttctgaacatg 12108843  T
Q  101 aacgat---aaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagag-ttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagt 196  Q
    |||| |   || |  |||||  || |||| |||||||| ||| | || ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  12108844 aacggtctgaaacggagagatgaggtgatatgaaacacacaacataggttagcggcgactgatttggttcttctttaaccggtacctttatgcctcaagt 12108943  T
Q  197 tc 198  Q
    ||    
T  12108944 tc 12108945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 186
Target Start/End: Original strand, 24643773 - 24643815
Alignment:
Q  144 gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtaccttta 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24643773 gttagcggcggctgatttggttctttctcaaccggtaccttta 24643815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 28964950 - 28964881
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggat 71  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||| |  |||||||||||||||||    
T  28964950 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaagatatcaatagtta-gaaattaggaatacctggat 28964881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 144 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 28964811 - 28964743
Alignment:
Q  144 gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||        || |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28964811 gttagcggcggctaatttggttcttcctcaaccg--------atgcctcgagttctcttcagatggggagaagagag 28964743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 34300429 - 34300369
Alignment:
Q  144 gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttca 204  Q
    |||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  34300429 gttagcggcgacttatttggttattcttcaaccggtactttcatgcctcaagttctcttca 34300369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 46656610 - 46656538
Alignment:
Q  147 agcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagaga 219  Q
    |||||||  |||||||| ||||||| |||||| ||||||||  ||| | |||| |||||||||||||||||||    
T  46656610 agcggcgattgatttggctcttccttaaccggcacctttatgtctctaattctattcagatggggagaagaga 46656538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 201; Significance: 1e-110; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 5542237 - 5542472
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5542237 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctagataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 5542336  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5542337 aacgataaccaaagaggggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 5542436  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  5542437 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 5542472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 32890971 - 32890736
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  32890971 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcaaccctctcatcaac 32890872  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32890871 aacaataaccaaagagatgagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 32890772  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  32890771 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 32890736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 32897095 - 32896860
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  32897095 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaagacaaccctctcatcaac 32896996  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32896995 aacaataaccaaagagatgagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 32896896  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  32896895 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 32896860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 14418023 - 14417804
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||    
T  14418023 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaac 14417924  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  14417923 gacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacacaatagttttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacgtttatgcctcaagttctc 14417824  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  14417823 ttcagatggggagaagagag 14417804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 9935361 - 9935129
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||    
T  9935361 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaatctttcatagcagccctctaatcaac 9935262  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||| |||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  9935261 aacgttaaccaaagataggagatgatctgaaacacacaatagatttagcggcggctgatttggttcttcctcaatcggtacctttatgcctcaagttctc 9935162  T
Q  201 ttcagatggggagaagagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  9935161 ttcagatggggagaagagagt-ttgtcgtgtacg 9935129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 36819053 - 36818835
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    || ||||||||||||||    
T  36819053 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagccgccctctcatcaac 36818955  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36818954 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 36818855  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
     |||||||||||||||||||    
T  36818854 atcagatggggagaagagag 36818835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 42993081 - 42993309
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    ||  |||||||||||||    
T  42993081 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggaataccttgataaagcttttgtagccaccctctcatcaac 42993179  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42993180 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 42993279  T
Q  201 ttcagatggggagaagagagtattgccgtgt 231  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42993280 ttcagatggggagaa-agagtattgccgtgt 42993309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 10700111 - 10699877
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  10700111 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggaatatctggataaaacttttgtagcagccctctcatcaac 10700013  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  10700012 aacgataaccaaagagaggaaatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttttc 10699913  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
     |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  10699912 gtcagatggagagaagagagagtattgccgtgtacg 10699877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 10705919 - 10705685
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    |||||||||||||||||    
T  10705919 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggattacctggataaagcttttgtagcagccctctcatcaac 10705821  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || ||||||||    
T  10705820 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttgattcttcctcaaccggtacctttatggcttaagttctc 10705721  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  10705720 ttcagatggggagaagagagagtattgtcgtgtacg 10705685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 22219794 - 22220039
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaa-ctttcaaggcagccctctcatcaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| | ||||||||||||| |||    
T  22219794 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggattgaagctttgatggcagccctctcaacaa 22219893  T
Q  100 caac----------gataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattc 189  Q
    ||||          ||||| |||||| | ||  ||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22219894 caaccaacaacaacgataaacaaagaaaaaat-tgatctgaaacaaacaataaagttagtggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgc 22219992  T
Q  190 ctcaagttctcttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  22219993 ctcaagttctcttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 22220039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 39735629 - 39735844
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||    
T  39735629 ttatgattgtatctacgacatgtttgatttatcaaagatattaagaactagggtataaggaatacctggataaaa-tttcatggcaaccctctcaacaac 39735727  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaa-tagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttct 199  Q
    |||| |    ||||||||||| ||||||||||||  |||  || ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||| |||||||| ||    
T  39735728 aacggt----aaagagagaaggtgatctgaaacaaacaacaagggttagcggcggctgatttgattcttccttaactggtacatttatgcctcaagtact 39735823  T
Q  200 cttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  39735824 cttcagatggggagaagagag 39735844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 220
Target Start/End: Original strand, 39727405 - 39727604
Alignment:
Q  18 acatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagaga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||  |||| |||||||| |||||||| |    |||||||    
T  39727405 acatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtataagaaatacctggaaaaaactttcttggcaaccctctcaacaacaacggt----aaagaga 39727500  T
Q  118 gaagatgatctgaaacacgca-atagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaag 216  Q
    |||| ||||||||||||  ||   || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  39727501 gaaggtgatctgaaacaaacagcaagggttagcggctgctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagtactcttgagatggggagaag 39727600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 7771314 - 7771202
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||    ||| |||||||||||||    
T  7771314 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaagaatacctggat-aagcttttgtagcaaccctctcatcaac 7771216  T
Q  101 aacgataaccaaag 114  Q
    ||||||||||||||    
T  7771215 aacgataaccaaag 7771202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 144 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 42033740 - 42033664
Alignment:
Q  144 gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42033740 gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctcttcagatggagagaagagag 42033664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 73
Target Start/End: Original strand, 14799493 - 14799564
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataa 73  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14799493 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggaatacctggataa 14799564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 108
Target Start/End: Original strand, 1882846 - 1882939
Alignment:
Q  17 gacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctg--gataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaacgataa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  1882846 gacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggagatgaagctttcatggcagccctctcaacaacaacgataa 1882939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 144 - 219
Target Start/End: Original strand, 1883039 - 1883114
Alignment:
Q  144 gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagaga 219  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1883039 gttagcggcggctaatttggttcttcctcaaccagtacctttatgtctcaagttctcttcagatggggagaagaga 1883114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 14 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 1171414 - 1171249
Alignment:
Q  14 tacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaa 113  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| | |||||| |||||| || ||||  ||| || |    
T  1171414 tacgacatatttgatttatcaag-ataacaagaattagg-tattaggaatacctggttaaagcttttatggcagctctctcaacagcaacagtaaacaga 1171317  T
Q  114 gagagaagatgatctgaaacacgcaatagag-ttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggta 180  Q
    ||||  |  ||||||||||||  ||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1171316 gagatgatgtgatctgaaacaaacaacaacggttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggta 1171249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 201; Significance: 1e-110; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 20239033 - 20238798
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20239033 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 20238934  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20238933 aacaataaccaaagagatgagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 20238834  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  20238833 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 20238798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 3817388 - 3817607
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  3817388 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcaaccctctcatcaac 3817487  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  3817488 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccagtacctttatgcctcaagttctc 3817587  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  3817588 ttcagatggggagaagagag 3817607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 28421036 - 28421255
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28421036 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 28421135  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28421136 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 28421235  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  28421236 ttcagatggggagaagagag 28421255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 3811246 - 3811465
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  3811246 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcaaccctctcatcaac 3811345  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  3811346 aacgataacaaaagagagaagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccagtacctttatgcctcaagttctc 3811445  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  3811446 ttcagatggggagaagagag 3811465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 351868 - 351650
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  351868 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 351769  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  351768 aacgataaccaaa-agaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttgattcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 351670  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  351669 ttcagatggggagaagagag 351650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 5979251 - 5979486
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    ||||| |||||||||||    
T  5979251 ttatgattggatctacgacatgtttgatttattaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagcagctctctcatcaac 5979350  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5979351 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcgactaatttggttcttcctcaaccggtacttttatgcctcaagttctc 5979450  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  5979451 ttcagatggggagaagagagagtattgtcgtgtacg 5979486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 339453 - 339243
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||            |||||||||||    
T  339453 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagct------------ctctcatcaac 339366  T
Q  101 aac---gataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagtt 197  Q
    |||   ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  339365 aacaatgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttgattcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagtt 339266  T
Q  198 ctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  339265 ctcttcagatggggagaagagag 339243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 42 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 15843988 - 15843810
Alignment:
Q  42 taagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaata 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  15843988 taagaattagggtattaggaatacctggatcaagctttcatagcagccctctaatcaacaacaataaccaaagagaggagatgatcggaaacacacaata 15843889  T
Q  142 gagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15843888 gagttagcggcggctgatttggttcttcctcaactggtacatttatgcctcaagttctcttcagatggggagaatagag 15843810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 42 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 15861097 - 15860919
Alignment:
Q  42 taagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaata 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  15861097 taagaattagggtattaggaatacctggatcaagctttcatagcagccctctaatcaacaacaataaccaaagagaggagatgatcggaaacacacaata 15860998  T
Q  142 gagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15860997 gagttagcggcggctgatttggttcttcctcaactggtacatttatgcctcaagttctcttcagatggggagaatagag 15860919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 35148081 - 35148305
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatta-gggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaa 99  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||  | |||    
T  35148081 ttatgatcggatctacgacacgtttgatttatcaaggatattaagaattaggggtattaggaatacctggataaagctttcatggtagccctcgtaacaa 35148180  T
Q  100 caacgataaccaaagagagaa-----gatgatctgaaacacgc--aatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctc 192  Q
    ||||   ||| ||   |||||     ||||||||||||||| |  ||||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35148181 caac---aacaaatatgagaaggtgggatgatctgaaacacacaaaatatggtcagcagcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctc 35148277  T
Q  193 aagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    || |||||||||||||||||||||||||    
T  35148278 aaattctcttcagatggggagaagagag 35148305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 5849606 - 5849378
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaaca 101  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||| | | |||| |||||| |||||    
T  5849606 tatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaattaggatattaggaatacctggatgaagctttaatgacagctctctcaacaaca 5849507  T
Q  102 acgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaataga-gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||       |||| |  ||||||||||| || ||| | | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  5849506 acgat------ggagaaactatgatctgaaatacacaacatatgttagcggcgtctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttatc 5849413  T
Q  201 ttcagatggggag--aagagagtattgccgtgtacg 234  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  5849412 ttcagatggggagaaaagagagt-ttgccgtgtacg 5849378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 43540067 - 43539853
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || |||| |   ||  ||||||| ||||    
T  43540067 ttatgatcggatctacaacatgtttgatttatcaagaatattaaaaattagggtattatgaatacctggatgaagctttgataacaatcctctcaacaac 43539968  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaa---gatgatctgaaacacgc--aatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaag 195  Q
    |||||||| ||||||||| |   ||||||||||||||| |  ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||    
T  43539967 aacgataaacaaagagaggaggtgatgatctgaaacacacaaaatatggttagcggcgactgatttggttcttcctcaaccagtacctttatgcctaaag 43539868  T
Q  196 ttctcttcagatggg 210  Q
    |||||||||||||||    
T  43539867 ttctcttcagatggg 43539853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 130
Target Start/End: Original strand, 42767372 - 42767501
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    |||||||||||||||||    
T  42767372 ttatgatcggatctacgacatatttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggataaagcttttgtagcagccctctcatcaac 42767471  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctga 130  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42767472 aacgataatcaaagagagaagatgatctga 42767501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 3 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 26383706 - 26383603
Alignment:
Q  3 atgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaa 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || |||| | ||||||||||||| ||||||    
T  26383706 atgatcggatctacgacatgtttgatttatcaagcatactaagaattagggtattaggaataccttgatgaagctttgatggcagccctctcaacaacaa 26383607  T
Q  103 cgat 106  Q
    ||||    
T  26383606 cgat 26383603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 22742002 - 22742225
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaa- 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||| || || |   |||||||||||   |||     
T  22742002 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattgaggattagg-tattaggaatacctggatgaagctatggtggcagccctcttgacaaa 22742099  T
Q  100 caacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacg---------caatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcc 190  Q
    |||||||||    |||||| |||||||||||||||           ||| |  |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||    
T  22742100 caacgataa----agagaggagatgatctgaaacaaatatcaacatcaacacggttagcggcggctgatttggtttttcatcaactggtacctttatgcc 22742195  T
Q  191 tcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22742196 tcaagttctcttcagattgggagaagagag 22742225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 121 - 220
Target Start/End: Original strand, 35150736 - 35150837
Alignment:
Q  121 gatgatctgaaacacgcaataga--gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagag 218  Q
    ||||||||||||||| ||| | |  |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35150736 gatgatctgaaacacacaaaatatggttagcggcggctgatttggttattcttcaaccggtacctttatgcctcaagttctcttcagatggggagaagag 35150835  T
Q  219 ag 220  Q
    ||    
T  35150836 ag 35150837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 2 - 116
Target Start/End: Original strand, 30219324 - 30219438
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaaca 101  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| | || || ||||| || ||    
T  30219324 tatgaacggatctacgacatgtttgatttattaaagatattaagaattatggtattaggaatatctggataaagctttcatgacaaccatctcagcatca 30219423  T
Q  102 acgataaccaaagag 116  Q
    ||||||| |||||||    
T  30219424 acgataaacaaagag 30219438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 3 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 12804080 - 12803895
Alignment:
Q  3 atgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacct--ggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||||    |||||||||||  ||||    
T  12804080 atgaacggatctacgacatgtttgatttatcaagaatattaagaattagggtattaagaatacctggggatgaagctttggtagcagccctctcgacaac 12803981  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaaca---cgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttat 187  Q
    ||||||    |||||||| || |||| |||||||     ||| |  ||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12803980 aacgat----aaagagaggaggtgatttgaaacaaacatcaacatggttagcgacgactgattaggttcttcctcaaccggtacctttat 12803895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 53 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 7608475 - 7608306
Alignment:
Q  53 gtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagag--ttagcg 150  Q
    ||||||| |||| ||| ||||| |||| | | ||| | |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||  || |  ||||||    
T  7608475 gtattagaaatatctgaataaagctttgatgacagtcatctcatcaacaatgataaccaaagagatgagatgatctgaaacacacataagcggattagcg 7608376  T
Q  151 gcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagat-ggggagaagaga 219  Q
    ||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  7608375 gcgactgatttggtacttcctaaatcggtacctttatgactcaagttctcttccgatgggggagaagaga 7608306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 144 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 26381023 - 26380947
Alignment:
Q  144 gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  26381023 gttagcggcggctgatttggttcttcctcaactgctacctttatgcctaaagttttcttcagatcgggagaagagag 26380947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 3677965 - 3677889
Alignment:
Q  143 agttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagaga 219  Q
    ||||| |||| | ||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  3677965 agttaccggcagttgatttgtttcttcctcaaccgatacttttatgcctcaatttctcttcagatggagagaagaga 3677889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 24690900 - 24690848
Alignment:
Q  123 tgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccg 177  Q
    |||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24690900 tgatctgaaacaagcaa--gggttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccg 24690848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 219
Target Start/End: Original strand, 18656883 - 18656948
Alignment:
Q  154 gctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagaga 219  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||| |||||  ||  ||||||||||||| || |||||||||    
T  18656883 gctgatttggttcttcctcaactgttacttttatgtctttagttctcttcagacggagagaagaga 18656948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 25)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 12686256 - 12686475
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12686256 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 12686355  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12686356 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 12686455  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  12686456 ttcagatggggagaagagag 12686475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 12692358 - 12692577
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12692358 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 12692457  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12692458 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 12692557  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  12692558 ttcagatggggagaagagag 12692577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 28525463 - 28525682
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28525463 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttattaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 28525562  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  28525563 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagtcagcggtggctgatttgattcttcctcaaccggtacctttatgcctcacgttctc 28525662  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  28525663 ttcagatggggagaagagag 28525682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 28531559 - 28531778
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28531559 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttattaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 28531658  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  28531659 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagtcagcggtggctgatttgattcttcctcaaccagtacctttatgcctcacgttctc 28531758  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  28531759 ttcagatggggagaagagag 28531778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 7389625 - 7389843
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    || || |||||||||||    
T  7389625 ttatgatcggatccacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagccgctctctcatcaac 7389723  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7389724 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcgactgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 7389823  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  7389824 ttcagatggggagaagagag 7389843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 41297359 - 41297127
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||| |||||||||||||    
T  41297359 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatataaagaattagggtattaggaatacctgg------ctttcaaggcaaccctctcatcaac 41297266  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctca---agtt 197  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||    
T  41297265 aacgataaccaaggagaggaggtgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagtagtt 41297166  T
Q  198 ctcttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  41297165 ctcttcagatggggagaagagagagtattgtcgtgtacg 41297127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 67 - 234
Target Start/End: Original strand, 32094364 - 32094533
Alignment:
Q  67 tggataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttc 166  Q
    ||||||||  |||||  |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32094364 tggataaaggtttcatagcagccctttaatcaacaacaataaccaaagagagaagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctaatttggttc 32094463  T
Q  167 ttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  32094464 ttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctcttcagatggggagaagagagagtattgtcgtgtacg 32094533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 67 - 234
Target Start/End: Original strand, 32097165 - 32097334
Alignment:
Q  67 tggataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttc 166  Q
    |||||||| ||||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32097165 tggataaagctttcatagcagccctttaatcaacaacgataaccaaagagatgagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttagttc 32097264  T
Q  167 ttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  32097265 ttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctcttcagatggggagaatagagagtatttccgtgtacg 32097334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 20500220 - 20499986
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| || |    
T  20500220 ttatgatcggatctacgacatacttgatttatcaaggatactaagaattagagtattagaaatacctggataaaacttttatggcagccctctcaacatc 20500121  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||| || ||||| |||  |||||||||||  ||| |  |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  20500120 aacgataaacagagaga-aaggcgatctgaaacaaacaagaaggttagcagcggttgatttggttcttccttaaccggtacatttatgcctcaagttctc 20500022  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    |||| |||| ||||  ||||||| ||||||||||||    
T  20500021 ttcaaatggagagaacagagagttttgccgtgtacg 20499986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 30772365 - 30772145
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| | ||||||||||||| ||||    
T  30772365 ttatgatcggatcgacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggattacctggataaagtttttatggcagccctctcaacaac 30772266  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaag-----atgatctgaaacacgcaatagag--ttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctca 193  Q
    ||   ||| |||   ||||||     |||||||||||||| ||| | ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30772265 aa---taaacaa---gagaaggtgtgatgatctgaaacacacaacaaagggttagcggcggctgatttgattcttcctcaaccggtacctttatgcctca 30772172  T
Q  194 agttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  30772171 agttctcttcagatggggagaagagag 30772145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 2 - 220
Target Start/End: Original strand, 19066185 - 19066408
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggata--aaactttcaaggcagccctctcatcaa 99  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |  || ||||   |||||| |||||  |||    
T  19066185 tatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattatggtattaggaataccaggagatgaagctttggtggcagctctctcgacaa 19066284  T
Q  100 caacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgc-------aatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctc 192  Q
    |||||||||    ||||||||  ||||||||||||  |       || |  ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19066285 caacgataa----agagagaaagtgatctgaaacaaacccacatcaacacggttagcggcagctgatttgattcttcctcaaccggtacctttatgcctc 19066380  T
Q  193 aagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19066381 aagttctcttcagatggggagaagagag 19066408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 30384455 - 30384681
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| || |||||  | || | |||||  || |    
T  30384455 ttatgatcggatcta-gacatgtctgatttatcaaggatattaagaataagggtattaagaatacctggatgaagctttcgtgacaactctctcgccatc 30384553  T
Q  101 aacgat---aaccaaagagagaagatgatct-----gaaacacgcaatagag-ttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcct 191  Q
    ||||||   || ||| ||||| |||||||||     ||||||| ||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30384554 aacgatctaaaacaaggagaggagatgatctaatctgaaacacacaacatagcttagcggcgactgatttggttcttcctcaaccggtacctttatacct 30384653  T
Q  192 caagttctcttcagatggggagaagaga 219  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||    
T  30384654 cgagttctcttcagatggggagaagaga 30384681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 8 - 220
Target Start/End: Original strand, 19059848 - 19060067
Alignment:
Q  8 cggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggata--aaactttcaaggcagccctctcatcaacaacga 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  || ||||   ||||||||||||  |||||||||    
T  19059848 cggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattagaaatacctggagatgaagctttggtggcagccctctcgacaacaacga 19059947  T
Q  106 taaccaaagagagaagatgatctgaaaca---------cgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagt 196  Q
    |||    ||||||||| ||||||||||||           ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  19059948 taa----agagagaaggtgatctgaaacaaacatccacatcaacacggttagcggcggctgatttggttcttcctcaactggtacttttatgcctcaagt 19060043  T
Q  197 tctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||| || ||||||||||||    
T  19060044 tctcttcatatcgggagaagagag 19060067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 111 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 14610141 - 14610037
Alignment:
Q  111 aaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggg 210  Q
    |||||||| |||||||||||||||  ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  14610141 aaagagaggagatgatctgaaacaaacaaaagggttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacttttatgcctaaagttctcttcagatggg 14610042  T
Q  211 gagaa 215  Q
    |||||    
T  14610041 gagaa 14610037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 105
Target Start/End: Original strand, 32094237 - 32094340
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||| ||||    
T  32094237 ttatgataggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatta-ggtattaggaatacctgaataaagctttcatagcagccctctcaacaac 32094335  T
Q  101 aacga 105  Q
    |||||    
T  32094336 aacga 32094340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 24054417 - 24054336
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggg-tattaggaatacctggataaaactttca 81  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24054417 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatttgggatattaggaatacctggataaagctttca 24054336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 102
Target Start/End: Original strand, 32097038 - 32097138
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||  |||| ||||||| ||||    
T  32097038 ttatgataggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatta-ggtattaggattacctgaataaagctttcatagcagtcctctcaacaac 32097136  T
Q  101 aa 102  Q
    ||    
T  32097137 aa 32097138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 59
Target Start/End: Original strand, 16215251 - 16215309
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattag 59  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16215251 ttatgattggatctacgaaatgtttgatttatcaaggatattaaaaattagggtattag 16215309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 34 - 177
Target Start/End: Original strand, 8706532 - 8706672
Alignment:
Q  34 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagagaagatgatctgaaac 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||| | || || ||||| || ||||    || |||||||| ||||||||||||||    
T  8706532 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctgaattatgctttcatgacaaccatctcaacagcaac----acgaaagagaggagatgatctgaaac 8706627  T
Q  134 acgcaataga----gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccg 177  Q
    |   ||| ||    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8706628 a---aattgaaggggttagcgacggctgatttggttcttcctcaaccg 8706672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 48
Target Start/End: Complemental strand, 14610231 - 14610184
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaat 48  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14610231 ttatgatcggatttacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaat 14610184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 52
Target Start/End: Complemental strand, 28542320 - 28542269
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagg 52  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28542320 ttatgatcgaaactacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagg 28542269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 156 - 220
Target Start/End: Original strand, 26318492 - 26318555
Alignment:
Q  156 tgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26318492 tgatttggttctttctcaaccggtacatttataccataagttctcttcagat-gggagaagagag 26318555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 49
Target Start/End: Original strand, 37896375 - 37896423
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatt 49  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||    
T  37896375 ttatgatcggatctacgacatgattgatttatcaagaatattaataatt 37896423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 150 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 26509781 - 26509722
Alignment:
Q  150 ggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatgg 209  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||| ||||||||    
T  26509781 ggcggctgatttgatacttcctcaatcggtacctttatgcctctagttctcatcagatgg 26509722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 54
Target Start/End: Original strand, 26316870 - 26316922
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggt 54  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||| | | |||||| |||||||||    
T  26316870 tatgattggatctaggacatgtttgatttatctacggtattaataattagggt 26316922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 13456182 - 13455947
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13456182 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaagggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 13456083  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13456082 aactataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggtggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 13455983  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  13455982 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 13455947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 13462123 - 13461888
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13462123 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaagggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 13462024  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13462023 aactataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggtggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 13461924  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  13461923 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 13461888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 36750497 - 36750262
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||    
T  36750497 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcatagcagccctctaatcaac 36750398  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  36750397 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtatctttatgcctcaagttctc 36750298  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  36750297 ttcagatggggagaagagagagtattgtcgtgtacg 36750262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 44716882 - 44717117
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    ||||| |||||||||||    
T  44716882 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagcagctctctcatcaac 44716981  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44716982 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 44717081  T
Q  201 ttcagatggggagaagag--agtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  44717082 ttcagatggggagaagagatagtattgccgtgtacg 44717117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 28683022 - 28683241
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  28683022 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggttattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaagacaaccctctcatcaac 28683121  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28683122 aacgataaccaaggagagtggatgatctgaaacacacaatagagttaacagcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 28683221  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  28683222 ttcagatggggagaagagag 28683241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 31002459 - 31002240
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    |||||||||||||||||    
T  31002459 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaagaatatcaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttttgtagcagccctctcatcaac 31002360  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31002359 aacgataaccaaaaagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcgactaatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 31002260  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  31002259 ttcagatggggagaagagag 31002240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 30965410 - 30965175
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    |||||||||||||||||    
T  30965410 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaattattttaagaattagggtattaggaatacctgtataaatcttttgtagcagccctctcatcaac 30965311  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30965310 aacgataaccaaagagatgagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcgactaatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 30965211  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  30965210 ttcagatggggagaagagagagtattgtcgtgtacg 30965175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 13149763 - 13149968
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    |||||||||||||||||    
T  13149763 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaagaatacctg-ataaaacttttgtagcagccctctcatcaac 13149860  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13149861 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 13149960  T
Q  201 ttcagatg 208  Q
    ||||||||    
T  13149961 ttcagatg 13149968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 31008437 - 31008218
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    |||||||||||||||||    
T  31008437 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaagaatatcaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttttgtagcagccctctcatcaac 31008338  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  31008337 aacgataaccaaaaagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcgactaatttggttcttcctcaaccggtacttttatgcctcaagttctc 31008238  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  31008237 ttcagatggggagaagagag 31008218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 35084753 - 35084991
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || |    
T  35084753 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaagaatattaacaattagtgtattaggaatacctggataaagctttcatggcagccctctcagcatc 35084852  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaataga--------gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctc 192  Q
    ||| |||| || ||||      ||||||||||||  ||||| |        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35084853 aacaataaacagagagg-----tgatctgaaacaaacaataaataaatagggttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctc 35084947  T
Q  193 aagttctcttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  35084948 aagttctcttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 35084991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 35090726 - 35090964
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || |    
T  35090726 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaagaatattaacaattagtgtattaggaatacctggataaagctttcatggcagccctctcagcatc 35090825  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaataga--------gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctc 192  Q
    ||| |||| || ||||      ||||||||||||  ||||| |        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35090826 aacaataaacagagagg-----tgatctgaaacaaacaataaataaatagggttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctc 35090920  T
Q  193 aagttctcttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  35090921 aagttctcttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 35090964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 11048630 - 11048847
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||| |||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||| | | ||||||||||  ||||    
T  11048630 ttatgattggatatacgtcatgtttgatgtaccaaggatattaagaattagggcactaggaatacttggataaagcttttatgacagccctctcgacaac 11048729  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacg---caatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagtt 197  Q
    ||| || |    ||||||||| ||||||||||||     ||| | ||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  11048730 aacaatca----agagagaaggtgatctgaaacaaatatcaacacagtta-cggcgactaatttggttcttcctcaactggtacctttatgcctcaagtt 11048824  T
Q  198 ctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  11048825 ctcttcagatggggagaagagag 11048847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 35438786 - 35439001
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||          || ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||  ||||    
T  35438786 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttac---------taggaaatagggtattaggaatacctgtataaagctttcatggcagccgtctcgacaac 35438876  T
Q  101 aacgataaccaaa----gagagaagatgatctgaaacacgcaatagag-ttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaag 195  Q
    ||| | ||| | |    ||||| || ||||||||||||  ||  |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35438877 aacaacaacgataaggagagaggaggtgatctgaaacaaacatcaacggttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaag 35438976  T
Q  196 ttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  35438977 ttctcttcagatggggagaagagag 35439001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23343642 - 23343417
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggata--aaactttcaaggcagccctctcatcaa 99  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |  |||||||   ||||||||||||  |||    
T  23343642 tatgaacgaatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagagttggggtattaggaatacatggagatgaaactttggtggcagccctctcgacaa 23343543  T
Q  100 caacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgca---------atagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcc 190  Q
    |||| ||||    | |||| || ||||||||||||  ||         | |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  23343542 caacaataa----atagaggaggtgatctgaaacaaacatcaacatcaacacggttagcagcggctgatttggttcttcctcaaccgatacctttatgcc 23343447  T
Q  191 tcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23343446 tcaagttctcttcagatggggagaagagag 23343417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 146 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 19879536 - 19879444
Alignment:
Q  146 tagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacgat 236  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  19879536 tagcggcggctgatttgattcttcttcaatcggtacctttatgcctcaagttctcttcagatggggagaagagagagttttgccgtgtacgat 19879444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 145 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 29034759 - 29034697
Alignment:
Q  145 ttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagat 207  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  29034759 ttagcggtggctgatttgattcttcctcaactggtacctttatgtctcaagttctcttcagat 29034697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 28765610 - 28765461
Alignment:
Q  54 tattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcg 153  Q
    |||||||||||||||||| |   ||| | |||||| || ||| |||||| ||||| |||| || |||||||||||||||||  ||  |  ||||| || |    
T  28765610 tattaggaatacctggatgatgttttgatggcagctctatcaacaacaatgataaacaaatagtgaagatgatctgaaacaaacaccaaggttagaggag 28765511  T
Q  154 gctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttc 203  Q
      |||||||||||||||||||  |||||||| || |||||| ||||||||    
T  28765510 attgatttggttcttcctcaataggtaccttgatgcctcaaattctcttc 28765461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 144 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 29833142 - 29833079
Alignment:
Q  144 gttagcggcggctga-tttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcaga 206  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||    
T  29833142 gttagcggcggctaaatttggttcttcctcaaccgatacatttatccttcaagttctcttcaga 29833079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 29833290 - 29833222
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggat 71  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||  || ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  29833290 ttatgatcggatcgacaacatgtttgatttatcaa-gataacaataatta-ggtattaagaatacctggat 29833222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 25387581 - 25387816
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||    
T  25387581 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttaaaaacagccctctcatcaac 25387680  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25387681 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 25387780  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  25387781 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 25387816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 34740068 - 34739849
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34740068 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctgaataaacctttcaaggcagccctctcatcaac 34739969  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34739968 aacgataaccaaagagagaaaatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 34739869  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  34739868 ttcagattgggagaagagag 34739849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 25381612 - 25381847
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     ||||||||||||||||    
T  25381612 ttatgatcggatctacgaaatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtaacagccctctcatcaac 25381711  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25381712 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 25381811  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  25381812 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 25381847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 31051626 - 31051392
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    ||| |||| ||||||||    
T  31051626 ttatgattggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaagaatacctggataaaacttttgtagcaaccctttcatcaac 31051528  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31051527 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttccttaaccggtacctttatgcctcaagttctc 31051428  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  31051427 ttcagatggggagaagagagagtattgtcgtgtacg 31051392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 50306271 - 50306045
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50306271 ttataatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 50306173  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||    
T  50306172 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggta-------gcctcaagttctc 50306080  T
Q  201 ttcagatggggagaagagagta-ttgccgtgtacg 234  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  50306079 ttcagatggggagaagagagaatttgccgtgtacg 50306045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 31058126 - 31057892
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    ||| |||||||||||||    
T  31058126 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaagaatacttggataaaacttttgtagcaaccctctcatcaac 31058028  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31058027 aacgataaccaaagagaggagatgatctaaaacacacaatagagttagcggcgactgatttggttcttccttaaccggtacctttatgcctcaagttctc 31057928  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  31057927 ttcagatggggagaagagagagtattgtcgtgtacg 31057892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 8092923 - 8093142
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    |||| ||||||||||||    
T  8092923 ttatgatcggatctatgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatttgggtatgaggaatacctggataaagcttttgtagcagtcctctcatcaac 8093022  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaa-tagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttct 199  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8093023 aacgataaccaaagagatgagatgatctgaaacaaacaactag-gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttct 8093121  T
Q  200 cttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  8093122 cttcagatggggagaaaagag 8093142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 1078306 - 1078092
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||     |||||||||||||       
T  1078306 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttaccaagaatattaagaattagggtattaagaatacctggataaagcttttgtaacagccctctcatc--- 1078210  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
                 ||||     ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1078209 -------------gaga-----tgatctgaaacacacaatagagttagcggccgctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 1078128  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  1078127 ttcagatggtgagaagagagagtattgccgtgtacg 1078092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 2 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 44410091 - 44409864
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaaca 101  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||    
T  44410091 tatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaattag--tattaggaatacctggataaagcttttatggcagccctctcaacaaca 44409994  T
Q  102 ac---gataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgca--------ataga--gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatt 188  Q
    ||   |||||  |  ||||| || ||||||||||||  ||        ||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  44409993 acaacgataagga--gagaggaggtgatctgaaacaaacatcaacttcatcaacggttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccagtacctttatg 44409896  T
Q  189 cctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44409895 cctcaagttctcttcagatggggagaagagag 44409864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 220
Target Start/End: Original strand, 24926832 - 24927057
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctg--gataaaactttcaaggcagccctctcatcaa 99  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||  ||| || ||||   |||||| |||||  |||    
T  24926832 tatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaagaatattaagaattaacgtattaggaatacctgaagatgaagctttggtggcagcactctcgacaa 24926931  T
Q  100 caacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgca---------atagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcc 190  Q
    |||||||||    |||||| || ||||||||||||  ||         | |  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  24926932 caacgataa----agagaggaggtgatctgaaacaaacatcaacatcaacacggttagtggcagctgatttggttcttcctcaaccggtacctatatgcc 24927027  T
Q  191 tcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24927028 tcaagttctcttcagatggggagaagagag 24927057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Original strand, 38152048 - 38152257
Alignment:
Q  3 atgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaa 102  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | | ||  ||||||| ||||||    
T  38152048 atgatcagatctacgacatgtttgatttatcaaacatattaagaattagggtattaggaatacctgaatgaaactttgatgacaatcctctcaacaacaa 38152147  T
Q  103 cgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaataga-gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctct 201  Q
     |||       |||| |  ||||||||||| || ||| | | ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||    
T  38152148 tgat------ggagaaaccatgatctgaaatacacaacatacgttagcggcagctaatttggttcttcttcaaccggtacctttatgcttcaagttttct 38152241  T
Q  202 tcagatggggagaaga 217  Q
    | ||||||||||||||    
T  38152242 ttagatggggagaaga 38152257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 2 - 220
Target Start/End: Original strand, 24963780 - 24964005
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctg--gataaaactttcaaggcagccctctcatcaa 99  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||  ||| || ||||   || |||||||||  |||    
T  24963780 tatgaacggatctacgccatgtttgatttatcaagaatagtaagaattaaagtattaggaatacctgaagatgaagctttggtggtagccctctcgacaa 24963879  T
Q  100 caacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgca---------atagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcc 190  Q
    |||||||||    |||||| || ||||||||||||  ||         | |  ||||| ||   |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||    
T  24963880 caacgataa----agagaggaggtgatctgaaacaaacatcaacatcaacacggttagtggaaactgatttggttcttcctcaaccagtacatttatgcc 24963975  T
Q  191 tcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24963976 tcaagtcctcttcagatggggagaagagag 24964005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27955243 - 27955025
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcag--ccctctcatca 98  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||     |||||||| || || || ||||||||||| ||||||||||| |||||| |  ||  | |||||| ||    
T  27955243 ttatgatcggatctacaacatgtttgat-----aaggatataaataa-taaggtattaggaagacctggataaagctttcatgatagctctctctcaaca 27955150  T
Q  99 acaacgataaccaaagagagaa---gatgatctgaaacacgcaataga--gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctca 193  Q
    ||||||||||  |||||||| |   ||||||||||||||| ||| | |  |||| || || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||  || |    
T  27955149 acaacgataaagaaagagaggatgtgatgatctgaaacacacaacaaaatgttaacgacgactgatttagttattcctcaaccggtacctttatgtctta 27955050  T
Q  194 agttctcttcagatggggagaagaga 219  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||    
T  27955049 agttctc-tcagatggggagaagaga 27955025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 81
Target Start/End: Original strand, 12183661 - 12183740
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttca 81  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  12183661 ttatgattggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaatttgagtattaggaatacctgaataaagctttca 12183740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 151 - 202
Target Start/End: Original strand, 12183816 - 12183867
Alignment:
Q  151 gcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctctt 202  Q
    ||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  12183816 gcgactgatttggttatttctcaaccgctacctttatgcctcaagttctctt 12183867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: scaffold0208
Description:

Target: scaffold0208; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 12478 - 12243
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  12478 ttatgatcgaatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatatctggataaagctttcaaggcagtcctctcatcaac 12379  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12378 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 12279  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  12278 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 12243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 11 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 6595 - 6370
Alignment:
Q  11 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaacgataacc 110  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6595 atctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataacc 6496  T
Q  111 aaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggg 210  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6495 aaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctcttcagatggg 6396  T
Q  211 gagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||    
T  6395 gagaagagagagtattgccgtgtacg 6370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 30)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 24288069 - 24287834
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||    
T  24288069 ttatgatcgtatctacgacatgtttgatttatcaaggttattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcatagcagccctctaatcaac 24287970  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24287969 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 24287870  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  24287869 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 24287834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 10739416 - 10739635
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10739416 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctcatcaac 10739515  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||    
T  10739516 aacgataaccaaagagaggagatgatttgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccgatacctttatgcctcaaattctc 10739615  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  10739616 ttcagatggggagaagagag 10739635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 10953185 - 10953404
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10953185 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctcatcaac 10953284  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||    
T  10953285 aacgataaccaaagagaggagatgatttgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccgatacctttatgcctcaaattctc 10953384  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  10953385 ttcagatggggagaagagag 10953404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 6257282 - 6257517
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||    
T  6257282 ttatgatcggatctacaacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattaggatattaggaatacctggataaagctttcgtagcagccctctcatcaac 6257381  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6257382 aacgataaccaaagtgaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctc 6257481  T
Q  201 ttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  6257482 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 6257517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 33458344 - 33458562
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||    
T  33458344 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcttagcagccctctcatcaac 33458443  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  33458444 aacgataaccaaagagatgagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttctttctcaaccgatacctttatgcctcaagttctc 33458543  T
Q  201 ttcagatggggagaagaga 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  33458544 ttcagatggggagaagaga 33458562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 48161041 - 48160807
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||     ||||||||||||||||    
T  48161041 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttttgtaacagccctctcatcaac 48160943  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  48160942 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcgactaatttggttcttcctcaaccagtacctttatgcctcaagttctc 48160843  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  48160842 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 48160807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 48167260 - 48167026
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||     ||||||||||||||||    
T  48167260 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttttgtaacagccctctcatcaac 48167162  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  48167161 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcgactaatttggttcttcctcaaccagtacctttatgcctcaagttctc 48167062  T
Q  201 ttcagatggggagaag--agagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  48167061 ttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 48167026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 185
Target Start/End: Original strand, 10733323 - 10733507
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10733323 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctcatcaac 10733422  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtaccttt 185  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10733423 aacgataaccaaagagaggagatgatttgaaacacacaatagagttagcgacggctgatttggttcttcctcaaccgataccttt 10733507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 185
Target Start/End: Original strand, 10947092 - 10947276
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10947092 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctcatcaac 10947191  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtaccttt 185  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10947192 aacgataaccaaagagaggagatgatttgaaacacacaatagagttagcgacggctgatttggttcttcctcaaccgataccttt 10947276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 33461470 - 33461688
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    |||||||||||||||||    
T  33461470 ttatggtcggatttacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggaatatctggataaagcttttgcagcagccctctcatcaac 33461568  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  33461569 aacgataatcaaagagatgagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttgattcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctt 33461668  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  33461669 ttcagatggggagaagagag 33461688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 76 - 220
Target Start/End: Original strand, 10733504 - 10733648
Alignment:
Q  76 ctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaac 175  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10733504 ctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatttgaaacacacaatagagttagcgacggctgatttggttcttcctcaac 10733603  T
Q  176 cggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10733604 cgatacctttatgcctcaaattctcttcagatggggagaagagag 10733648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 76 - 220
Target Start/End: Original strand, 10947273 - 10947417
Alignment:
Q  76 ctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaac 175  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10947273 ctttcaaggcagccctctcatcaacaacgataaccaaagagaggagatgatttgaaacacacaatagagttagcgacggctgatttggttcttcctcaac 10947372  T
Q  176 cggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10947373 cgatacctttatgcctcaaattctcttcagatggggagaagagag 10947417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 220
Target Start/End: Original strand, 44831690 - 44831915
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaaca 101  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| || |||| |   || |||||||| |||||    
T  44831690 tatgatcgaatctacgacatgtttaatttatcaaggatattaagaactagggtattaagaatacctagatgaagctttgataacaaccctctcaacaaca 44831789  T
Q  102 acgataaccaaagagaga-----agatgatctgaaacacgc--aatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaa 194  Q
    ||||||| || |||||||      ||||||||||||||| |  ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||    
T  44831790 acgataaacagagagagagaaggtgatgatctgaaacacacaaaatagggttagcgacggctgatgtggttcttcctcaaccggtatttttatgcctcaa 44831889  T
Q  195 gttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||    
T  44831890 gttctcttcggatgcggagaagagag 44831915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 4632473 - 4632246
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||| | || |||| ||| ||||    
T  4632473 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtatcagaaatacttggataaagctttcatgacaaccctttcaacaac 4632375  T
Q  101 aacgataaccaaa---gagagaagatga-------tctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcc 190  Q
    ||| |||| ||||   ||||   |||||       ||||||||||  || | ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  4632374 aaccataaacaaataggagatgtgatgatctgaattctgaaacacaaaacatagttagcggcttctgatttggttcttcctcaaccggtatctttatgcc 4632275  T
Q  191 tcaagttctcttcagatggggagaagaga 219  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  4632274 tcaagttctcttcagatgagaagaagaga 4632246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 49976669 - 49976450
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||| |||||||||||||| | || || |||| |   ||  ||||||| ||||    
T  49976669 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggataataa---ttagagtattaggaataccag-atgaagctttgataacactcctctcaacaac 49976574  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaag---atgatctgaaacacgcaataga---gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaa 194  Q
    |||||||| ||||||||| ||   ||||||| |||||| ||| | |   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  49976573 aacgataaacaaagagaggaggtgatgatctcaaacacacaaaataagggttagcggcggctgatttggttcttcctcaac-ggtac-tttatgcctcaa 49976476  T
Q  195 gttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  49976475 gttctcttcagatggggagaagagag 49976450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 144 - 234
Target Start/End: Original strand, 26957023 - 26957115
Alignment:
Q  144 gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  26957023 gttagcggcgactgatttggttcttcctcaaccggtacctttatgcctcaagttctcttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 26957115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 50168675 - 50168458
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||| | |  |||||| |||||||  |||| ||||    
T  50168675 ttatgatcgaatatacgacatgtttgatttatcaagaatattaacaattagg-tataaggaatacctggttgaggctttcatggcagcca-ctcaacaac 50168578  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagag-ttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttct 199  Q
    ||| | || || |||||| |  ||||||||||||  ||| |  | |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  50168577 aacaacaatcagagagaggatgtgatctgaaacaaacaacaaggattagcggcggttgatttagttcttcctcaac-ggtacctttatgcctcaagttct 50168479  T
Q  200 cttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||||||| ||||| ||||    
T  50168478 cttcagatggagagaaaagag 50168458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 2 - 103
Target Start/End: Original strand, 26963419 - 26963518
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaaca 101  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| | || |||||||||| |||||    
T  26963419 tatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta--gtattaggaatacctggataaagcttttatggtagccctctcaacaaca 26963516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 19686405 - 19686617
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||| | ||| |||| | | ||| | | ||| || |    
T  19686405 ttatcatcggatctacaacatgcttgattaatcaagcatattaagaattcgggtattatgaata-ctgaacaaagctttgatgacagacatttcaacagc 19686503  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||      || | || ||||||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  19686504 aatgatcaccaaagagagaagatgatctgaaacacacaa------tatcagcagctgatttggttcgttctcaaccggtaccattatgcctcaatttctc 19686597  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||  |||| |||||||||||    
T  19686598 ttgggatgaggagaagagag 19686617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 112 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 35177770 - 35177666
Alignment:
Q  112 aagagagaagatgatctgaaacacgcaa--tagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatgg 209  Q
    |||||||  ||||||||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||     
T  35177770 aagagaggtgatgatctgaaacacacaacatagagttagcggcgcctgatttgattatttctcaaccgatacatttatgcctcaagttctcttcagatga 35177671  T
Q  210 ggaga 214  Q
    |||||    
T  35177670 ggaga 35177666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 3769649 - 3769434
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |  |||| | |   | ||||||| || |    
T  3769649 ttatgatcggatctacgacatgtttcattaatcaaggatattaataatta-ggtattaggaatacttgaatgaggctttgatg---gtcctctcaacagc 3769554  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaataga-gttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttct 199  Q
    |||||| ||  |  ||| |   |||| ||||| || ||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||  ||||||    
T  3769553 aacgatcacagagaagaaatcgtgatgtgaaatacacaacataggttagtggcggctgatttggttcttcctcaacccgtatatttatgcctatagttct 3769454  T
Q  200 cttcagatggggagaagaga 219  Q
     ||||||| |||||||||||    
T  3769453 tttcagatagggagaagaga 3769434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 50427427 - 50427356
Alignment:
Q  24 ttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctca 95  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| || ||||||||||    
T  50427427 ttgatttatcaagaagattaagaattagggtattaggaatacctggatatagcgttcatggaagccctctca 50427356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 146 - 219
Target Start/End: Original strand, 17627002 - 17627075
Alignment:
Q  146 tagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagaga 219  Q
    ||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  17627002 tagcgacggctagttttgttcttcctcaaccggtacttttatgcttctagttctcttcagatggggagaagaga 17627075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 143 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 32284620 - 32284543
Alignment:
Q  143 agttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  32284620 agttagtggcgactgatttggttcttcctcgatcggtacctttaggcctcaagttttcttcagatgaggagaatagag 32284543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 145 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 50155897 - 50155827
Alignment:
Q  145 ttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaa 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  50155897 ttagcggcggctgatttgattctttctcgactggtacctttatgccttaagttcttttcagatgaggagaa 50155827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 33045185 - 33045108
Alignment:
Q  143 agttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||  |||||||||||||||   | |||||||||||    
T  33045185 agttaacggcggctgatttagttctttctcaaccggtacttttatatctcaagttctcttcaatcgcggagaagagag 33045108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 5 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 50156035 - 50155990
Alignment:
Q  5 gatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatta 50  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  50156035 gatcggatatacgacatgtttgatttatcaagaatattaacaatta 50155990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 193 - 234
Target Start/End: Original strand, 26971824 - 26971867
Alignment:
Q  193 aagttctcttcagatggggaga--agagagtattgccgtgtacg 234  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  26971824 aagttctcttcagatggggagaagagagagtattgccgtgtacg 26971867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 44
Target Start/End: Complemental strand, 9237445 - 9237402
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaa 44  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9237445 ttatgctcggatttacgacatgtttgatttatcaagtatattaa 9237402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 107
Target Start/End: Original strand, 31986745 - 31986833
Alignment:
Q  18 acatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaacaacgata 107  Q
    |||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||| ||| || ||  ||| | ||| ||||| ||| |||||||||||    
T  31986745 acatgtttgatttatcaaggataacaataatta-ggtattaggaatatctgaatgaagttttgatggcggccctttcaacaacaacgata 31986833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 1271 - 1490
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  1271 ttatgatcggatctacgatatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcatccctctcatcaac 1370  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  1371 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcgactgatttggtttttcctcaaccggtacatttatgcctcaagttctc 1470  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  1471 ttcagatggggagaagagag 1490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 696 - 915
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||    
T  696 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctctaatcaac 795  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  796 gacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacacaatagttttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacgtttatgcctcaagttctc 895  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  896 ttcagatggggagaagagag 915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 172967 - 173186
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||| ||||||    
T  172967 ttatgatcggatctacgacatgtttaatttatcaaggatattaagaattaggatattaggaatacatggataaagctttcaagatagccctcttatcaac 173066  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  173067 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccagtacctttatgcctcaagttctc 173166  T
Q  201 ttcagatggggagaagagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  173167 ttcagatggggagaagagag 173186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0236 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0236
Description:

Target: scaffold0236; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 5617 - 5465
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5617 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctcatcaac 5518  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaagatgatctgaaacacgcaatagagttagcggcg 153  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5517 aacgataaccaaagagaggagatgatctgaaacacacaatagagttagcggcg 5465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1114 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold1114
Description:

Target: scaffold1114; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 1170 - 950
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcaaggcagccctctcatcaac 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| |||||| |||||| || |    
T  1170 ttatgatcggatcaacgacatgtttgacttatcatgcatattaacaattagagtattagaaatatctggataaaactttcatggcagctctctcaacatc 1071  T
Q  101 aacgataaccaaagagagaag-----atgatctgaaacacgcaata-gagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaa 194  Q
    ||| ||||  ||  |||||||     |||||| ||||||| ||  | | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||    
T  1070 aacaataa--aacaagagaaggtgtgatgatcggaaacacacaccaagggttagtggcggctgatttggttcttcctcaaccgttatctttatgcctcaa 973  T
Q  195 gttctcttcagatggggagaaga 217  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  972 gttctcttcagatggggagaaga 950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0085 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0085
Description:

Target: scaffold0085; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 38510 - 38442
Alignment:
Q  1 ttatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggat 71  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  38510 ttatgatcggatctacaacatgtttg-tttatcaagaatattaataatta-ggtattaggaatacctggat 38442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0085; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 38347 - 38289
Alignment:
Q  163 gttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctcttcagatggggagaagagagt 221  Q
    ||||||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  38347 gttcttcctcaactgatacctttatgtctcaagttctcttcagatgggaagaatagagt 38289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0185 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 2)
Name: scaffold0185
Description:

Target: scaffold0185; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 6004 - 5945
Alignment:
Q  2 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaa 62  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||    
T  6004 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaaaatattattaatta-ggtattaggaa 5945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0185; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 139 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 5889 - 5826
Alignment:
Q  139 atagagttagcggcggctgatttggttcttcctcaaccggtacctttattcctcaagttctctt 202  Q
    |||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  5889 atagggttagcgacgactaatttggttcttcctcaaccggtacatttatgcctcaagttatctt 5826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University