View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF9249_low_8 (Length: 649)
Name: NF9249_low_8
Description: NF9249
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9249_low_8 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 54792676 - 54792058
Alignment:
| Q |
22 |
tgaggcacatcaagcaagtagagattagagagtgggatgaaagaaacacatcgggcagatgtggttttttatggattttgaaagatgattttttaatccn |
121 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
54792676 |
tgaggcacatcaagcaagtagagattagaaagtgggatgaaagaaacacatcgggcagatgtggttttttatggattttgaaagatgattttttaatcca |
54792577 |
T |
|
| Q |
122 |
nnnnnngaggatgatttttcaaatgaaaaa-tgcgcactaatatttcatagatcatatgaaactacaaatctttataacgaaattttgacataaatgagg |
220 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
54792576 |
aaaaaagaggatgatttttcaaatgaaaaaatgcgcactaatatttcatagatcatatgaaactacaaatctttataacgaaatttcgacataaatgagg |
54792477 |
T |
|
| Q |
221 |
tagttaaaactaaaaccatatatttgtnnnnnnn-taaaaccaatatatatagtatacattgatatttcctcacaataatcaaaagctattggcatatag |
319 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
54792476 |
tagttaaaactaaaaccatatatttgtaaaaaaaataaaacca-tatatatagtatacattgatatttcctcacaataatcaaaagctattggcatatag |
54792378 |
T |
|
| Q |
320 |
actctcggtccaattagcagatggtggaaggccaataaaagttggaattcacttaaagggagtcaataggatcaaaataaagtactttgttatgcaaatc |
419 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
54792377 |
actctcggtccaattagcagatggtggaaggccaataaaagttgggattcacttaaagggagtcaataggatcaaaataaagtactttgttacgcaaatc |
54792278 |
T |
|
| Q |
420 |
aagagcaaccaaggacatcggttaccatcgacaaagacaggtctaattttttgcacggacaatggtagataagaacgtatgagttatgaccagcaacaat |
519 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
54792277 |
aagagcaaccaaggacatcggttaccatcgacaaagacaggtctaattttttgcaaggacaatggtagataagaacgtatgagttatgaccagcaacaaa |
54792178 |
T |
|
| Q |
520 |
aaatatttaaaatgtgcaaatactaattgaaaaatgcaatatataccttcttcttgtcctcttccagtttctgcctctcttgatcagttagtacctcacg |
619 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
54792177 |
aaatatttaaaatgtgcaaatactaattgaaaaatgcaatatataccttcttcttgtcctcttccagtttctgcctctcttgatcagttagtacctcacg |
54792078 |
T |
|
| Q |
620 |
cttatttagatctctgctcc |
639 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
54792077 |
cttatttagatctctgctcc |
54792058 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 52285345 - 52284725
Alignment:
| Q |
24 |
aggcacatcaagcaagtagagattagagagtgggatgaaagaaa-cacatcgggcagatgtggttttttatggattttgaaagatgattttttaatccnn |
122 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||||| |
|
|
| T |
52285345 |
aggcacatcaaacaagtaaagattagaaagtgggatgacagaaagcacatctaggagatgtggttttttatggattttaaaagattaattttcaatccaa |
52285246 |
T |
|
| Q |
123 |
nnnnngag--gatgatttttcaaatgaaaaatgcgc--actaatatttcatagatcatatgaaactacaaatctttataacgaaattttgacataaatga |
218 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
52285245 |
aaaaaaaaaagatgatttttcaaatgacaaaatcgcttactaatatttcatataccatatgaaactgcaaatctttataatgaaatttcgacataaatga |
52285146 |
T |
|
| Q |
219 |
ggtagttaaaactaaaaccatatatttgtnnnnnnn-taaaaccaatatatatagtatacattgatatttcctcacaataatcaaaagctattggcatat |
317 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
52285145 |
ggtagttaaaactagaaccatatatttgtaaaaaaaataaaacca-tatatatagtatacattgatatttcctcacaataatcaaaagctattggcatat |
52285047 |
T |
|
| Q |
318 |
agactctcggtccaattagcagatggtggaaggccaataaaagttggaattcacttaaagggagtcaataggatcaaaataaagtactttgttatgcaaa |
417 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
52285046 |
agactctcggtccaattagcagatggtggaaggccaataaaagttgggattcacttaaagggagtcaataggatcaaaataaagcactttgttatgcaaa |
52284947 |
T |
|
| Q |
418 |
tcaagagcaaccaaggacatcggt----taccatcgacaaagacaggtctaattttttgcacggacaatggtagataagaacgtatgagttatgaccagc |
513 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |
|
|
| T |
52284946 |
tcaagagcaaccaaggacattagtagcagaccatcgacaaagacgggtctaattttttgcaaggacaatggtagataagaac-------atatgatcagc |
52284854 |
T |
|
| Q |
514 |
aacaataaatatttaaaatgtgcaaatactaattgaaaaatgcaatata---taccttcttcttgtcctcttccagtttctgcctctcttgatcagttag |
610 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
52284853 |
aacaaaaaatatttaatatgggcatatattaattgaaaaatgtaatatatgttaccttcttcttgtcctcttccagtttctgcctctcttgatcagttag |
52284754 |
T |
|
| Q |
611 |
tacctcacgcttatttagatctctgctcc |
639 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
52284753 |
tacctcacgtttattcagatctctgctcc |
52284725 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 263 - 639
Target Start/End: Original strand, 54776707 - 54777086
Alignment:
| Q |
263 |
atatatatagtatacattgatatttcctcacaataatcaaaagctattggcatatagactctcggtccaattagcagatggtggaaggccaataaaagtt |
362 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
54776707 |
atatatatagtatacattgatatttcctcacaataatcaaaagcttttggcatatagactctcagtccaattagtagatggtggaaggccaataaaagtt |
54776806 |
T |
|
| Q |
363 |
ggaattcacttaaagggagtcaataggatcaaaataaagtactttgttatgcaaatcaagagcaaccaaggacatcggt----taccatcgacaaagaca |
458 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
54776807 |
gggattcacttaaagg-agtcaataggatcaaaataaagcactttgttatgcagatcaagagcaaccaaggacattggtaggataccatcgacaaagaca |
54776905 |
T |
|
| Q |
459 |
ggtctaattttttgcacggacaatggtagataagaacgtatgagttatgaccagcaacaataaatatttaaaatgtgcaaatactaattgaaaaatgcaa |
558 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
54776906 |
ggtctaatttttagcaaggacaatggtagataagaatgtatgagttatgaccagcaacaaaaaatatttaaaatgtgcaaatactaattgaaaaatgcaa |
54777005 |
T |
|
| Q |
559 |
tatataccttcttcttgtcctcttccagtttctgcctctcttgatcagttagtacctcacgcttatttagatctctgctcc |
639 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
54777006 |
tatataccttcttcttgtcctcttccagtttctgtctctcttgatcagttagtacctcacgcttatttagatctctgctcc |
54777086 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 22 - 247
Target Start/End: Original strand, 54776447 - 54776676
Alignment:
| Q |
22 |
tgaggcacatcaagcaagtagagattagagagtgggatgaaagaaa-cacatcgggcagatgtggttttttatggattttgaaagatgattttttaatcc |
120 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
54776447 |
tgaggcacatcaagcaagtagagattagaaagtgggatgaaagaaaacacatcaggcagatgtggttttttatggattttgaaagatgaatttttaatcc |
54776546 |
T |
|
| Q |
121 |
nnnnnnnga--ggatgatttttcaaatgaaaaa-tgcgcactaatatttcatagatcatatgaaactacaaatctttataacgaaattttgacataaatg |
217 |
Q |
| |
|
| |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
54776547 |
aaaaaaataaaggattatttttcaaatgaaaaaatgcacactaatatttcatagatcatatgaaactacaaatctttataacaaaatttcgacataaatg |
54776646 |
T |
|
| Q |
218 |
aggtagttaaaactaaaaccatatatttgt |
247 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
54776647 |
aggtagttaaaactaaaaccatatatttgt |
54776676 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 275 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 800339 - 800173
Alignment:
| Q |
275 |
tacattgatatttcctcacaataatcaaaagctattggcatatagac---tctcggtccaattagcagatggtggaaggccaataaaagttggaattcac |
371 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||| |
|
|
| T |
800339 |
tacattgatatttcctcacaataatcaaaagcttttggcatatagacgactctgggaccaattagtgggctatggaaggccaattaaagttgggattcac |
800240 |
T |
|
| Q |
372 |
ttaaagggagtcaataggatcaaaataaagtac-tttgttatgcaaatcaagagcaaccaaggacat |
437 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
800239 |
ttaaagagagtcaataggatcaaaataaagcactttttttattcaaatcaagagcaaccaaggacat |
800173 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 520 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 800031 - 799906
Alignment:
| Q |
520 |
aaatatttaaaatgtgcaaatactaattg---aaaaatgcaatata---taccttcttcttgtcctcttccagtttctgcctctcttgatcagttagtac |
613 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
800031 |
aaatatttaaaatgggcatatactgattgccaaaaaatgtaatatacattaccttcttcttgtcctcttctagtttctgcctctcttgatcagttagtac |
799932 |
T |
|
| Q |
614 |
ctcacgcttatttagatctctgctcc |
639 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || |||||||||| |
|
|
| T |
799931 |
ctcacgcttattaaggtctctgctcc |
799906 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 175 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 800410 - 800343
Alignment:
| Q |
175 |
atatgaaactacaaatctttataacgaaattttgacataaatgaggtagttaaaactaaaaccatata |
242 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
800410 |
atatgaaaatacaaatctttataacaaaatttcaacataaatgaggtatttaaaactaaaaccatata |
800343 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University