View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9261_low_1 (Length: 1227)

Name: NF9261_low_1
Description: NF9261
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9261_low_1
NF9261_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (12-1211)||(42671651-42672842)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (519-604)||(6512953-6513038)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1093; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1093; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1211
Target Start/End: Original strand, 42671651 - 42672842
Alignment:
Q  12 agcagagaatggtcaattaatttgtatttgtaaaactgtatgaagatgtttgtaacaaatagttgttaatcctttctggtataatctattttgatttgtt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42671651 agcagagaatggtcaattaatttgtatttgtaaaactgtatgaagatgtttgtaacaaatagttgttaatcctttctggtataatctattttgatttgtt 42671750  T
Q  112 attcccaccaaaaatagt---------cgtcaatgcatgttgcaaaaatctcgtcgtcaacatatgtaacatattccttaacgaaaaacatatgtaacat 202  Q
    ||||||||||||||||||         |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42671751 attcccaccaaaaatagttaaaagaatcgtcaatgcatgttacaaaaatctcgtcgtcaacatatgtaacatattccttaacgaaaaacatatgtaacat 42671850  T
Q  203 attggttattttttcttacaaagattaataattgtaaacattaaccactttctctatggcttcaaatggagaagaagaatcctccaccgtgatcgccatt 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42671851 attggttattttttcttacaaagattaataattgtaaacattaaccactttctctatggcttcaaatggagaagaagaatcctccaccgtgatcgccatt 42671950  T
Q  303 gattcagacaagaacagccaacacgctgtaaagtgggccgttgatcaccttttggacaagtacgcgtcatgcaccctcattcacgttagaaccaagccct 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42671951 gattcagacaagaacagccaacacgctgtaaagtgggccgttgatcaccttttggacaaatacgcgtcatgcaccctcattcacgttagaaccaagccct 42672050  T
Q  403 tcaattcaagtaattacccttttccatcaacacaaattggttaattaattgcatgcttccataattattcataattattggcttttcttgtttatgcaga 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42672051 tcaattcaagtaattacccttttccatcaacacaaattggttaattaattgcatgcttccataattattcataattattggtttttcttgtttatgcaga 42672150  T
Q  503 tgaatttgatgctatccctaaacaaggtcgtccacctaccgaagaagaattgcatcagttctttctccccttccgaggattttgtgctcgaaaaggggta 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42672151 tgaatttgatgctatccctaaacaaggtcgtccacctaccgaagaagaattgcatcagttctttctccccttccgaggattttgtgctcgaaaaggggtc 42672250  T
Q  603 agtaatcatactcatcatccttaaatatatactcatcatccttaattattaatatggacattaattgatcaagcatttcagatcatagctgaggagttgg 702  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||                 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42672251 agtaatcatactcatcatccttaattat-----------------taattaatatggacattaattgatcaagcatttcagatcatagctgaggagttgg 42672333  T
Q  703 tcctgcatgacattgacgttccaagtgcacttactgattacatcatcgacaactctatcaccgacgttgttcttggtgctccccgttggaataacgcttt 802  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42672334 tcctgcatgacattgacgttccaagtgcacttactgattacatcatcgacaactctatcaccgacgttgttcttggtgctccccgttggaataacgcttt 42672433  T
Q  803 tataaggttttgctctttcgccacttaatattgattaagaacaaattaaagttgcaaatttacataattagttacattacaggttacagctatcaaattt 902  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42672434 tataaggttttgctctttcgccacttaatattgattaagaacaaattaaagttgcaaatttacataattagttacattacaggttacagctatcaaattt 42672533  T
Q  903 aagcatatatattttacatgcttctgaaaagttaattaagctcattcttatataagcgtagaagaaaccaaaaaacatatgtctcttaatggtattcttg 1002  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42672534 aagcatatatattttacatgcttctgaaaagttaattaagctcattcttatataagcttagaagaaaccaaaaaacatatgtctcttaatggtattcttg 42672633  T
Q  1003 cataataaattaatgttgaatgcaggaaatttaaagatgtagatgtgccaacaagtttagtgaagtctctaccagagacttgcacggtgcatattatatc 1102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42672634 cataataaattaatgttgaatgcaggaaatttaaagatgtagatgtgccaacaagtttagtgaagtctctaccagagacttgcacggtgcatattatatc 42672733  T
Q  1103 aagaggaaaagtccagagtattcaagcaacagctccttcccaaaccattactatttctagtccaaagccagattatttgaccaaagacttaaacaggtaa 1202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42672734 aagaggaaaagtccagagtattcaagcaacagctccttcccaaaccattactatttctagtccaaagccagattatttgaccaaagacttaaacaggtaa 42672833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 519 - 604
Target Start/End: Original strand, 6512953 - 6513038
Alignment:
Q  519 cctaaacaaggtcgtccacctaccgaagaagaattgcatcagttctttctccccttccgaggattttgtgctcgaaaaggggtaag 604  Q
    |||||||| ||||||||||| ||  | ||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  6512953 cctaaacatggtcgtccaccaactcatgaagaattgcaccaattttttcttcccttccgtggattttgtgctagaaaaggggtaag 6513038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University