View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9262_low_9 (Length: 652)

Name: NF9262_low_9
Description: NF9262
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9262_low_9
NF9262_low_9
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-652)||(31526236-31526871)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 636; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 636; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 652
Target Start/End: Original strand, 31526236 - 31526871
Alignment:
Q  17 aaaatgttgttacattacatttacagatacgtccaattatatttaatgtcttaggcaatgtttgtacagcaatgtatggtgaaatataattgaacattgt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31526236 aaaatgttgttacattacatttacagatacgtccaattatatttaatgtcttaggcaatgtttgtacagcaatgtatggtgaaatataattgaacattgt 31526335  T
Q  117 gtcaaattgattaacataatgtttgtgtctccttgtaaaagtaaatgtgcattcatttttgtgtctgttagggttgttgacatcggtgtctgttaagatt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31526336 gtcaaattgattaacataatgtttgtgtctccttgtaaaagtaaatgtgcattcatttttgtgtctgttagggttgttgacatcggtgtctgttaagatt 31526435  T
Q  217 atgtactctttaagaagagaagtatcgttaacactgtcccaacattcacttgcaataattctttcttttatttagtgactttgcgtaggtcaaatcgtgt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31526436 atgtactctttaagaagagaagtatcgttaacactgtcccaacattcacttgcaataattctttcttttatttagtgactttgcgtaggtcaaatcgtgt 31526535  T
Q  317 ggatttcattccctatttagttggacctattttcaaaacggtggaatccacgtgaattttatggtactattgagcgagtgttaataagggcattagagtg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31526536 ggatttcattccctatttagttggacctattttcaaaacggtggaatccacgtgaattttatggtactattgagcgagtgttaataagggcattagagtg 31526635  T
Q  417 tgttgttaaaacttttcctctaaaaacaatctactagtgtaaatgtttaagtcaattttatttatcttttacaactgcctcttttttaatatacattgat 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31526636 tgttgttaaaacttttcctctaaaaacaatctactagtgtaaatgtttaagtcaattttatttatcttttacaactgcctcttttttaatatacattgat 31526735  T
Q  517 gatgttaatttcatatgtatgttacacatgtgtttgtttccctgaaatgatactgaaaacattgcattgcagatgaagatgttgaggatcttctgcccaa 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31526736 gatgttaatttcatatgtatgttacacatgtgtttgtttccctgaaatgatactgaaaacattgcattgcagatgaagatgttgaggatcttctgcccaa 31526835  T
Q  617 taaatctccaggcagaccttctggaactgtttttcc 652  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31526836 taaatctccaggcagaccttctggaactgtttttcc 31526871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University