View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9264A_low_25 (Length: 443)

Name: NF9264A_low_25
Description: NF9264A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9264A_low_25
NF9264A_low_25
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (22-443)||(32633147-32633568)
chr8 (22-443)||(6310270-6310688)
chr8 (25-443)||(5549675-5550090)
chr8 (28-443)||(5607839-5608251)
chr8 (28-443)||(5627119-5627531)
chr8 (25-443)||(14404603-14405018)
chr8 (24-443)||(13164766-13165182)
chr8 (22-443)||(5571255-5571673)
chr8 (163-443)||(12177102-12177382)
chr8 (163-443)||(12421530-12421810)
chr8 (184-443)||(12188423-12188682)
chr8 (184-443)||(12432851-12433110)
chr8 (339-440)||(9394271-9394372)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (25-443)||(13835-14250)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (205-443)||(19492823-19493061)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 443
Target Start/End: Original strand, 32633147 - 32633568
Alignment:
Q  22 gttaggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaacgagcttacgtgtaatttcatactcg 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32633147 gttaggactgaatctgacttgattgaagacattaccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcg 32633246  T
Q  122 atgaaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaac 221  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633247 atgaaaactatcgcaccattcagtctttaataaaaaaaattgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaac 32633346  T
Q  222 ccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttc 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633347 ccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttc 32633446  T
Q  322 atatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatga 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633447 atatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatga 32633546  T
Q  422 aatctttcattgtactagatga 443  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  32633547 aatctttcattgtactagatga 32633568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 22 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 6310688 - 6310270
Alignment:
Q  22 gttaggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaacgagcttacgtgtaatttcatactcg 121  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| |||| | |||| ||||||  ||||||| |||||  |||| ||||| || ||| | |||||||||||||| |    
T  6310688 gttaggactgaatctgaaatgattgaagccattactagagctgtattaggaaaattaaatcaacagtatacaaatgatcttccatgtaatttcatacttg 6310589  T
Q  122 atgaaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaac 221  Q
    ||||||||||| | | |||||| ||||||||         ||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  6310588 atgaaaactattggagcattcaatctttaataaaatc---tgatctaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcacaggtaagacaac 6310492  T
Q  222 ccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttc 321  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||| |    
T  6310491 ccttgctgctgctatgtttcaaagggtctcttttaaatatgaaggcagttgcttcttagaaaaggtaacagaagtatcaaagagacatgggatcaattac 6310392  T
Q  322 atatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatga 421  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6310391 acatgcaacaaacttctttccaagttactcagggaagatcttgatattgatacttccaaattaataccatcaatgatcatgagaagactcaaacgcatga 6310292  T
Q  422 aatctttcattgtactagatga 443  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  6310291 aatctttcattgtaatagatga 6310270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 25 - 443
Target Start/End: Original strand, 5549675 - 5550090
Alignment:
Q  25 aggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaacgagcttacgtgtaatttcatactcgatg 124  Q
    ||||||||||| || || |||| ||||||| || ||| |||||| |||||||| |||||  |   |||||  || ||||| |||||||||||||  ||||    
T  5549675 aggactgaatccgaattaattggagacattaccggagctgtattaagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatg 5549774  T
Q  125 aaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaaccct 224  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||||        ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  5549775 aaaactatcggagcattcaatctttaataaaat---ttgattcaacagaagttcaaatcattggagtttggggtatgggaggcattggtaagacaaccct 5549871  T
Q  225 tgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcata 324  Q
    |||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||||| || |    
T  5549872 tgccactgctatgtttcaaagggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgaaaaggttacagaagtatcaaaaagtcgtggaatcaattacaca 5549971  T
Q  325 tgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaat 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  5549972 tgcaacaaacttctttctaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaat 5550071  T
Q  425 ctttcattgtactagatga 443  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5550072 ctttcattgtactagatga 5550090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 28 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 5608251 - 5607839
Alignment:
Q  28 actgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaacgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaa 127  Q
    ||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||| | |||||||| |||||  |   |||||  || ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  5608251 actgaatccaacttaattgaagacattaccagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatgaaa 5608152  T
Q  128 actatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgc 227  Q
    ||||| | | | |||| ||||||||        |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5608151 actattggagcgttcaatctttaataaaat---ttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcataggtaagacaacccttgc 5608055  T
Q  228 tgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgc 327  Q
      ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  5608054 cactgctatgtttcaaagggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgagaaggtgacagaagtatcaaaaagtcatggaatcaattacacatgc 5607955  T
Q  328 aacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctt 427  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  5607954 aacaaacttctttgtaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctt 5607855  T
Q  428 tcattgtactagatga 443  Q
    ||||||||||||||||    
T  5607854 tcattgtactagatga 5607839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 28 - 443
Target Start/End: Original strand, 5627119 - 5627531
Alignment:
Q  28 actgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaacgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaa 127  Q
    ||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||| | |||||||| |||||  |   |||||  || ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  5627119 actgaatccaacttaattgaagacattaccagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatgaaa 5627218  T
Q  128 actatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgc 227  Q
    ||||| | | | |||| ||||||||        |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5627219 actattggagcgttcaatctttaataaaat---ttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcataggtaagacaacccttgc 5627315  T
Q  228 tgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgc 327  Q
      ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  5627316 cactgctatgtttcaaagggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgagaaggtgacagaagtatcaaaaagtcatggaatcaattacacatgc 5627415  T
Q  328 aacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctt 427  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  5627416 aacaaacttctttgtaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctt 5627515  T
Q  428 tcattgtactagatga 443  Q
    ||||||||||||||||    
T  5627516 tcattgtactagatga 5627531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 25 - 443
Target Start/End: Original strand, 14404603 - 14405018
Alignment:
Q  25 aggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaacgagcttacgtgtaatttcatactcgatg 124  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||  | | |||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||    
T  14404603 aggactgaatctgacttaattgaagacattaccagagttgtattaggaaaattaaatcagcaatgcacaaatgatcttacatgtaattttatacttgatg 14404702  T
Q  125 aaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaaccct 224  Q
    |||||||| | | |||||| || |||||        ||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  14404703 aaaactattggagcattcaatcattaataaaat---ttgattcagcacaagttcaaatcattggaatttggggtatgggaggcacaggtaagacaaccct 14404799  T
Q  225 tgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcata 324  Q
    |||| ||  | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |       
T  14404800 tgcttctattctgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcagctgcttgtttgaaaaggtgacagaagtatcgaaaaggcatggaatcaattacgcg 14404899  T
Q  325 tgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaat 424  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  14404900 tgcaacaaacttctttccaagttactaagggaagatcttgatattgacagtcccaaactaataccatctatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaat 14404999  T
Q  425 ctttcattgtactagatga 443  Q
    |||||||||||||||||||    
T  14405000 ctttcattgtactagatga 14405018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 24 - 443
Target Start/End: Original strand, 13164766 - 13165182
Alignment:
Q  24 taggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaacgagcttacgtgtaatttcatactcgat 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||| ||||||  |||| |||  || ||||| | || |||||||||||||    
T  13164766 taggactgaatctgacttgattgaagacattatcagagttgtattaggaaaattaaatcaccggtacgcaattgaacttacatatagtttcatactcgat 13164865  T
Q  124 gaaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaaccc 223  Q
    ||||| ||  | | |||| | ||||||||        ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  13164866 gaaaattactggagcattaaatctttaataaaaa---ttgattcatcagaagttcaaatcattggagtttggggaatggggggcacaggcaagacaaccc 13164962  T
Q  224 ttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcat 323  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||   | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||  ||     
T  13164963 ttgctgctgccatgtttcaaagagtctcttctcactatgaaggccattgcttcttagaaaatgtgacagaacaatcagaaaagcatggaatcaatgacac 13165062  T
Q  324 atgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaa 423  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||    ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13165063 atgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactctcaaagtaataccatccatgatcaggagaagactcaaacgcatgaaa 13165162  T
Q  424 tctttcattgtactagatga 443  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  13165163 tctttcattgtactagatga 13165182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 22 - 443
Target Start/End: Original strand, 5571255 - 5571673
Alignment:
Q  22 gttaggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaacgagcttacgtgtaatttcatactcg 121  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| | ||||  | |||||||||||| |||||| | | || ||||| |||||||| ||||| |    
T  5571255 gttaggactgaatctaacatgattgaagacattaccagagctttattagggaaattgaatcaccagtacagagatgaacttacatgtaatttgatacttg 5571354  T
Q  122 atgaaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaac 221  Q
    ||||||||||| |   | |||  ||||||||        ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||    
T  5571355 atgaaaactattgggccgttcgatctttaataaaat---ttgattcaacaacagttcaaatcattggactttggggaatgggaggcactggtaagacaac 5571451  T
Q  222 ccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttc 321  Q
     |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |    
T  5571452 tcttgctgctgctatgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcaattgcttcttagaaagggtgacagaagtttcaaaaaagcatggaatcaattac 5571551  T
Q  322 atatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatga 421  Q
    |  ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||  || |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||  ||||    
T  5571552 acgtgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagatcttcgtattgacactcccaaagtaatcccagccatgatcaagagaagactcagacatatga 5571651  T
Q  422 aatctttcattgtactagatga 443  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  5571652 aatctttcattgtattagatga 5571673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 163 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 12177382 - 12177102
Alignment:
Q  163 gattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatg 262  Q
    ||||||| |||||||  ||  |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| || |||||    
T  12177382 gattcaagagaagttagaactattggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccatgtatg 12177283  T
Q  263 aaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatct 362  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12177282 aaggtagttgcttcctagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagttactaggggaagatct 12177183  T
Q  363 tgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatga 443  Q
    | |||||||  || | ||||||||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12177182 tcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatga 12177102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 163 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 12421810 - 12421530
Alignment:
Q  163 gattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatg 262  Q
    ||||||| |||||||  ||  |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| || |||||    
T  12421810 gattcaagagaagttagaactattggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccatgtatg 12421711  T
Q  263 aaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatct 362  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12421710 aaggtagttgcttcctagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagttactaggggaagatct 12421611  T
Q  363 tgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatga 443  Q
    | |||||||  || | ||||||||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12421610 tcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatga 12421530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 184 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 12188682 - 12188423
Alignment:
Q  184 attggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaa 283  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  12188682 attggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccagatatgaaggtagttgcttcttagaaa 12188583  T
Q  284 atgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagt 383  Q
    |||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  || | |||||    
T  12188582 atgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagctactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagt 12188483  T
Q  384 aataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatga 443  Q
    |||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12188482 aatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatga 12188423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 184 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 12433110 - 12432851
Alignment:
Q  184 attggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaa 283  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  12433110 attggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccagatatgaaggtagttgcttcttagaaa 12433011  T
Q  284 atgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagt 383  Q
    |||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  || | |||||    
T  12433010 atgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagctactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagt 12432911  T
Q  384 aataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatga 443  Q
    |||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12432910 aatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatga 12432851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 9394372 - 9394271
Alignment:
Q  339 ttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtacta 438  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||| ||||||  || ||||||||||| |||| ||| | |||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  9394372 ttctaagttaatagcggaagatcttggtattgacactcccaaagtaatatcatctatggttatgtaaagactcaaacacatgaaagctttcattgtacta 9394273  T
Q  439 ga 440  Q
    ||    
T  9394272 ga 9394271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 25 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 14250 - 13835
Alignment:
Q  25 aggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaacgagcttacgtgtaatttcatactcgatg 124  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||  | | |||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||    
T  14250 aggactgaatctgacttaattgaagacattaccagagttgtattaggaaaattaaatcagcaatgcacaaatgatcttacatgtaattttatacttgatg 14151  T
Q  125 aaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaaccct 224  Q
    |||||||| | | |||||| || |||||        ||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  14150 aaaactattggagcattcaatcattaataaaat---ttgattcagcacaagttcaaatcattggaatttggggtatgggaggcacaggtaagacaaccct 14054  T
Q  225 tgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcata 324  Q
    |||| ||  | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |       
T  14053 tgcttctattctgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcagctgcttgtttgaaaaggtgacagaagtatcgaaaaggcatggaatcaattacgcg 13954  T
Q  325 tgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaat 424  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  13953 tgcaacaaacttctttccaagttactaagggaagatcttgatattgacagtcccaaactaataccatctatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaat 13854  T
Q  425 ctttcattgtactagatga 443  Q
    |||||||||||||||||||    
T  13853 ctttcattgtactagatga 13835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 205 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 19493061 - 19492823
Alignment:
Q  205 ggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaa 304  Q
    ||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||   |||||| ||| ||| |||| |  |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  19493061 ggcataggtaagacagccattgttgctgctatgtttcaaaatttctcttgcaaatatcaaggtacctgcttcttagaaaaggtggcagaagaatcaaaaa 19492962  T
Q  305 ggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgag 404  Q
    || |||||||||||||||  |  || |||||| |||| |  |||||  |||||||| || |||| ||  |  | | ||||||  |||||||| |||| ||    
T  19492961 ggaatggaatcaatttcacttataaaaaacttgtttccacattactcggggaagatgttaatatcgacacgcctatagtaatgtcatccatggtcattag 19492862  T
Q  405 aagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatga 443  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||    
T  19492861 aagactcaaaggaatgaaagctttcattgtactagatga 19492823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University