View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9264A_low_259 (Length: 266)

Name: NF9264A_low_259
Description: NF9264A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9264A_low_259
NF9264A_low_259
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (13-260)||(21792122-21792369)
chr7 (13-246)||(21788340-21788573)
chr7 (13-246)||(21681761-21681994)
chr7 (20-243)||(15713741-15713964)
chr7 (13-243)||(21623304-21623534)
chr7 (15-246)||(21646856-21647091)
chr7 (80-246)||(21785584-21785750)
chr7 (13-246)||(21992293-21992526)
chr7 (13-246)||(21689524-21689757)
chr7 (80-245)||(21807970-21808135)
chr7 (86-246)||(21652253-21652413)
chr7 (13-243)||(21704754-21704984)
chr7 (16-245)||(21714297-21714526)
chr7 (13-246)||(21764173-21764406)
chr7 (14-246)||(21726008-21726240)
chr7 (14-246)||(21772073-21772305)
chr7 (15-246)||(21628238-21628469)
chr7 (13-243)||(21664209-21664442)
chr7 (80-243)||(21745710-21745873)
chr7 (16-52)||(21785520-21785556)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (117-247)||(25588-25718)
scaffold0182 (13-64)||(25421-25472)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (166-240)||(18192049-18192123)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 13 - 260
Target Start/End: Original strand, 21792122 - 21792369
Alignment:
Q  13 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792122 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaaaactgaaagcattctgaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 21792221  T
Q  113 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 212  Q
       ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21792222 acgctgaaggatcgttttagcgatgatgttttaactttaacccgcaagtctcttgacggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatattgttcg 21792321  T
Q  213 tggatggatgttctttgttgcatatcttggagaattggaagcattttg 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21792322 tggatggatgttctttgttgcatatcttggagaaatggaagcattttg 21792369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 246
Target Start/End: Original strand, 21788340 - 21788573
Alignment:
Q  13 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |  |||||   | |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21788340 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcgaaaacactggacacattccagaggatctgcacaaaaagattgcagataacattgat 21788439  T
Q  113 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 212  Q
    || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21788440 gaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcgtggatgttgttcg 21788539  T
Q  213 tggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21788540 tggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21788573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 13 - 246
Target Start/End: Original strand, 21681761 - 21681994
Alignment:
Q  13 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||  ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  21681761 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcaaaaggatctatacaaaaaaattgctgataacattgat 21681860  T
Q  113 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 212  Q
    ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  21681861 gaattgaagggccattttagcgacgatgttttaactttaaccggcgagtctcttgaaggctatcatagccttgaagaaaagttatcatggatgttgttcg 21681960  T
Q  213 tggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21681961 tggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21681994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 20 - 243
Target Start/End: Original strand, 15713741 - 15713964
Alignment:
Q  20 gagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctga 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||   | || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  15713741 gagaagtacaagcttatgtgggcggcaaaatacatcaaaaacactggaagcattctagaggaactgcacaaaaagattgctgataacattgatgaactga 15713840  T
Q  120 agggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatgg 219  Q
    || |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15713841 agtgtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtcacttcaaggatttggtagcctagaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatgg 15713940  T
Q  220 atgttctttgttgcatatcttgga 243  Q
    ||| |||||| |||||||||||||    
T  15713941 atgctctttgctgcatatcttgga 15713964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Original strand, 21623304 - 21623534
Alignment:
Q  13 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||   ||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  21623304 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacaccagaaaagttcagaaggatatgcacaacaagattgctgataatattgat 21623403  T
Q  113 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 212  Q
    || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  21623404 gaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtctcttgaaggctttggtagcattaaagaaaagctgtcgtggatgttgttcg 21623503  T
Q  213 tggatggatgttctttgttgcatatcttgga 243  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  21623504 tggatggatgttctttgctgcatatcatgga 21623534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 246
Target Start/End: Original strand, 21646856 - 21647091
Alignment:
Q  15 taggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatga 114  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  21646856 taggagagaaatacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacacgggaagaattaagaaggatctacacaaaaagattgtagataacattgatga 21646955  T
Q  115 tctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtg 214  Q
     |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  21646956 actgaagggtcattttagcgacgacgttttaactttgaccggcaagtctcttaaaggcttccgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatattgttcgtg 21647055  T
Q  215 g----atggatgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |    |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  21647056 gatatatggatgttctttgctgcatatcttagagaa 21647091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 80 - 246
Target Start/End: Original strand, 21785584 - 21785750
Alignment:
Q  80 gatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggta 179  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  21785584 gatctacacaaaaagattgccgataacattaatgaactgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaagactttggta 21785683  T
Q  180 gcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21785684 gccttgaagaaaagctgtcgtggatgttgtttgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21785750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 246
Target Start/End: Original strand, 21992293 - 21992526
Alignment:
Q  13 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  | | |   | ||     ||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  21992293 gttaggagagaagtacaagcttacgtgggcagcaaaatacatcgaaaatgcaggacttaatccatgcgatctacacaaaaagattatcgataacattgat 21992392  T
Q  113 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 212  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21992393 gaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttagctggaaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 21992492  T
Q  213 tggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21992493 tggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21992526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 13 - 246
Target Start/End: Original strand, 21689524 - 21689757
Alignment:
Q  13 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| ||||  ||||||||||||    
T  21689524 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgat 21689623  T
Q  113 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 212  Q
     | |||||||||||||||   || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||||||||| |    
T  21689624 aaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccggaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttgg 21689723  T
Q  213 tggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21689724 tggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21689757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 80 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21808135 - 21807970
Alignment:
Q  80 gatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggta 179  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21808135 gatctacacaaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaaggctttggta 21808036  T
Q  180 gcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggaga 245  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  21808035 gccttgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggaga 21807970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 86 - 246
Target Start/End: Original strand, 21652253 - 21652413
Alignment:
Q  86 cacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcg 185  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  21652253 cacaaaaagattgccgataaaattaacgaactaaagggtcattttagcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttgatagccttg 21652352  T
Q  186 aagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  21652353 aagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttcgttgctgcatatcttggagaa 21652413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Original strand, 21704754 - 21704984
Alignment:
Q  13 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |   ||||   | || || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  21704754 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacttattccagaggaactacacaaaaagattgcagataacattgat 21704853  T
Q  113 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 212  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||   |||| || ||||||||||| ||||| ||||||     
T  21704854 gaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactctaaccggaaactctcttcaaggctttgagtgccttgatgaaaagctgtcgtggatattgttca 21704953  T
Q  213 tggatggatgttctttgttgcatatcttgga 243  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21704954 tggatggatgttctttgctccatatcttgga 21704984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 245
Target Start/End: Original strand, 21714297 - 21714526
Alignment:
Q  16 aggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgat 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||   |  |||||   | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||     
T  21714297 aggagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccagacacattccagaggatctacacaaaaagattgcagataacattgatgaa 21714396  T
Q  116 ctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgg 215  Q
    |||||||||||||||  | | ||||||||| ||| |||| |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  21714397 ctgaagggtcattttgacaacgatgttttagcttcaaccagttggtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctatcgtggatgttgttcgtgg 21714496  T
Q  216 atggatgttctttgttgcatatcttggaga 245  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||    
T  21714497 atggatgttctttgcttcatatcttggaga 21714526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 246
Target Start/End: Original strand, 21764173 - 21764406
Alignment:
Q  13 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |   | ||   | || || ||| |||||||||| |||||||| |||    
T  21764173 gttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacaccgcacttaatccagaggaactacaccaaaagattgctgataacatcgat 21764272  T
Q  113 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 212  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  21764273 gaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactttaactggaaagtctcttgaaggctttcatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcg 21764372  T
Q  213 tggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||||||| |||||| |  || ||||||||||    
T  21764373 tggatggatgctctttgctttatctcttggagaa 21764406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 246
Target Start/End: Original strand, 21726008 - 21726240
Alignment:
Q  14 ttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatg 113  Q
    |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  21726008 ttagcagagtagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacacattccagaggatctacacaaaaagattgctgataacattgatg 21726107  T
Q  114 atctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgt 213  Q
    | |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21726108 aactgaagggtcattttgacgacgatgttttagcttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgt 21726207  T
Q  214 ggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21726208 ggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21726240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 246
Target Start/End: Original strand, 21772073 - 21772305
Alignment:
Q  14 ttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatg 113  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |  | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  21772073 ttagcagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaataacggatacattccagaggatctacacaaaaagattgctgataacattgatg 21772172  T
Q  114 atctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgt 213  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  21772173 aactgaagggtcattttgacgatgatgttttaacttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgt 21772272  T
Q  214 ggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21772273 ggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21772305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 15 - 246
Target Start/End: Original strand, 21628238 - 21628469
Alignment:
Q  15 taggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatga 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  |||||| || |   ||||   | || || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21628238 taggagagaagtacaagcttgtgtgggcatcaaaatacatagaaaacattggacttattccagaggaactacacaaaaagattgctgataacattgatga 21628337  T
Q  115 tctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtg 214  Q
     |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || || |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21628338 actgaagggtcgttttagcgacgatgttttaaatttaacgggaaactctcttcaaggctttggatgccttgaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtg 21628437  T
Q  215 gatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21628438 gatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21628469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Original strand, 21664209 - 21664442
Alignment:
Q  13 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 112  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||   |  || ||     ||||| ||||||||||||   |||||||| |||    
T  21664209 gttaggagggaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacattgaaaatacaagactcaatccacgggatctacacaaaaagatttttgataacatcgat 21664308  T
Q  113 gatctgaagggtcattttagcgatgatgt---tttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgt 209  Q
    || |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  21664309 gaactgaagggtcattttgacgatgatgtaattttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggaagccttgaagaaaagctgtcgtggatattgt 21664408  T
Q  210 tcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 243  Q
    ||||||||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  21664409 tcgtggatggatgctctttgctttatatcttgga 21664442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 80 - 243
Target Start/End: Original strand, 21745710 - 21745873
Alignment:
Q  80 gatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggta 179  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||       
T  21745710 gatctgcacaaaaagattgttgataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaactttaactggaaattctcttcaaggctttgaat 21745809  T
Q  180 gcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 243  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21745810 gccttgaagaaaagctgtcgtggatgttattcgtagatggatgttctttgctccatatcttgga 21745873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 16 - 52
Target Start/End: Original strand, 21785520 - 21785556
Alignment:
Q  16 aggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatac 52  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  21785520 aggagagaagtacaagcttatgtgggccgcaaaatac 21785556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 87; Significance: 9e-42; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 117 - 247
Target Start/End: Original strand, 25588 - 25718
Alignment:
Q  117 tgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgga 216  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25588 tgaagggtcattttagcgaggatgttttaactttaactaaaaagtctcttgaaggctttggtacccttgaagaaaagctgtcgttgatgttgttcgtgga 25687  T
Q  217 tggatgttctttgttgcatatcttggagaat 247  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25688 tggatgttctttgctacatatcttggagaat 25718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 64
Target Start/End: Original strand, 25421 - 25472
Alignment:
Q  13 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacact 64  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  25421 gttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacact 25472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 166 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 18192123 - 18192049
Alignment:
Q  166 tgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatctt 240  Q
    ||||||||||| || | | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18192123 tgaaggctttgataacttggaagaaaagctatcatggatgttgtttgtggatggatgttctttgttgcgtatctt 18192049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University