View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9264_low_13 (Length: 855)

Name: NF9264_low_13
Description: NF9264
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9264_low_13
NF9264_low_13
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (30-837)||(45400029-45400838)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 735; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 735; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 837
Target Start/End: Original strand, 45400029 - 45400838
Alignment:
Q  30 aagctattgaagttaatagtacgtgacgtaataaatatatgtaaagaaaaagtgagtctggcataaatgatgctagaataaaaataaaagcaattaagtt 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45400029 aagctattgaagttaatagtacgtgacgtgataaatatatgtaaagaaaaagtgagtctgacataaatgatactagaataaaaataaaagcaattaagtt 45400128  T
Q  130 aagataggaaattcaaagaagagaaagtgacaccattaaaaggaaaaacccgtctaattagaaggattaaagagattggagtcggtagagtgggtagtgc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45400129 aagataggaaattcaaagaagagaaagtgacaccattaaaaggaaaaacccgtgtaattagaaggattaaagagattggagtcggtagagtgggtagtgc 45400228  T
Q  230 gtagtcacatttttgtattcttccatggactaagatgcaagccataaaggaaaactagttaagacttctgagtctcataatgtgaagttttggtgtaatg 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45400229 gtagtcacatttttgtattcttccatggactaagatgcaagccataaaggaaaaccagttaagacttctgagtctcataatgtgaagttttggtgtaatg 45400328  T
Q  330 ttagatttgaatatgatgtcatcatgctaacattgaccagaaagtaccattacattaattcaatgccaaaattttcaataagtgagatgttgatttaata 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45400329 ttagatttgaatatgatgtcatcatgctaacattgaccagaaagtaccattacattaattcaatgccaaaattttcaataagtgagatgttgatttaata 45400428  T
Q  430 agttcaattttgtttttgtcaaactttgatttgggaatggcactataagtaatgtttccatgacttatagacatttccaaccctgccctgcgcaa--ttg 527  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||    
T  45400429 agttcaattttgtttttgtcaaactttgatttgggaatggcactataagtaatgtttccatgacttatagacatttcgaaccctgccctgcgcaactgtg 45400528  T
Q  528 tgttaagctcatggataacaattatatactattttttgtgattaatcaactatagtataatttcacctctnnnnnnnnctagtgttatttcagaacacac 627  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  45400529 tgttaagctcatgggtaacaattatatactattttttgtgattaatcaactatagtataatttcacctctaaaaaaaactagtgttatttcagaacacac 45400628  T
Q  628 atacacaaactactatctcccctctgacatcaagaacggtccaatgttaaattaaaaagtgatttgaatcggaaatcccaagatccaataaaagctgaac 727  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45400629 atacacaaactactatctcccctctgacatcaagaacggtccaatgttaaattaaaaagtgaattgaatcggaaatcccaagatccaataaaagctgaac 45400728  T
Q  728 taatcatttgttgtttgtttcacgacacctaccatgtaagttgattgccacatgttcattttttagtgcatggatcacattgttatcaagacttcatctc 827  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45400729 taatcatttgttgtttgtttcacgacacctaccatgtaatttgattgccacatgttcattttttagtgcatggatcacattgttatcaagacttcatctc 45400828  T
Q  828 atcttaatct 837  Q
    ||||||||||    
T  45400829 atcttaatct 45400838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University