View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9264_low_16 (Length: 669)

Name: NF9264_low_16
Description: NF9264
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9264_low_16
NF9264_low_16
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (38-651)||(9337679-9338290)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (358-651)||(30591908-30592209)
chr5 (279-336)||(30592242-30592299)
chr5 (136-204)||(30592331-30592399)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (279-651)||(31838234-31838624)
chr4 (279-651)||(13041161-13041552)
chr4 (79-204)||(13041004-13041129)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (279-651)||(17726489-17726880)
chr2 (79-204)||(17726332-17726457)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (279-553)||(53990231-53990524)
chr3 (131-204)||(53990126-53990199)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 651
Target Start/End: Original strand, 9337679 - 9338290
Alignment:
Q  38 aagaaagcatgctt-agatatcttttgaggaaacatgtaatattgattgcaagtcgattcatactcatatggactcaaatgtcaaacttctacctgatta 136  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9337679 aagaaagcatgctttagatatattttgaggaaacatgtaatattgattgcaggccgattcatactcatatggactcaaatgtcaaacttctacctgatta 9337778  T
Q  137 aggggagaccttttcagatctaggaaggagcatgaggttagttgtgaagctagattatttgaccatgatgataagaccaaatatttcatatgtgtgcagt 236  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9337779 aggggagaccttttcagatataggaaggagcatgaggttagttgtgatgctagattatttgaccatga---taagaccaaatatttcatatgtgtgcaat 9337875  T
Q  237 accgagatgtcgtggttatctcataaggccaaatatttcatatgttaatcaattcttgaattccccttgtgatattcatagggatgtcgtggttagaatt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9337876 accgagatgtcgtggttatctcataagaccaaatatttcatatgttaatcaattcttgaattccccttgtgatattcatagggatgtcgtggttagaatt 9337975  T
Q  337 acgagacagccttgaaaaaagtcttgtttatacaaactgaggtcattcatatattgttgcatgtgcatattgggctagaagtccatctgacagagatcca 436  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9337976 acgagacaaccctggaaaaagtcttgtttatacaaactgaggtcattcatatattgttgcatgtgcatattgggctagaattccatctgacagagatcca 9338075  T
Q  437 catatagatattaagttcttattataggcaatttgatttcatgaaaaagttagaatcaaaatgtcgttgtagatcaagtgcagaggctgaatatcgagct 536  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9338076 catatagatattaagttcttattggaggcaatttgatttcatgaaaaagttggaataaaaatgtcattgtagatcaagtgcagaggctgaatatcgagct 9338175  T
Q  537 ataacacttactacatgcgaccttatatagctcaaccatcttctccaagtgtttcacttatataaaataggtactatgagtatcgtttgagacaaccaag 636  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9338176 atagcacttactacatgcgaccttatatagctcaaccatcttctccaagtgtttcacttatataaaataggtactatgagtatcgtttgagacaaccaag 9338275  T
Q  637 atgccctacacattg 651  Q
    |||||||||||||||    
T  9338276 atgccctacacattg 9338290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 107; Significance: 3e-53; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 358 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 30592209 - 30591908
Alignment:
Q  358 tcttgtttatacaaactgaggtcattcatatattgttgcatgt------gcatattgggctagaagtccatctgacaga-gatccacatatagatattaa 450  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| |||||||||| | |      ||| |||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||| | |||||||     
T  30592209 tcttgtttatgcagacagaggtcattcagatattgttgcgtatacagaagcagattgggctggaagtccgtctgacagaaggtccacatctggatattat 30592110  T
Q  451 gttcttattataggcaatttgatttcatgaaaaagttagaatcaaaatgtcgttg-tagatcaagtgcagaggctgaatatcgagctataacacttacta 549  Q
    ||||| |||  |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||||    
T  30592109 gttctcattggaggcaatttgatttcatggaaaagtaagaagcaaaatgtcgttgctagatcaagtgcagaggcagaatatagagctatggcacttacta 30592010  T
Q  550 catgcgaccttatatagctcaaccatcttctccaagtgtttcacttatataaaataggtactatgagtatcgtttgagacaaccaagatgccctacacat 649  Q
    |||| || || |||| |||||| ||||||||||||| | |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||  |||||||||||    
T  30592009 catgtgagctcatatggctcaagcatcttctccaagagcttcacttcagtaaaataggcactatgagtatcatttgtgacaatcaagcagccctacacat 30591910  T
Q  650 tg 651  Q
    ||    
T  30591909 tg 30591908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 279 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 30592299 - 30592242
Alignment:
Q  279 tgttaatcaattcttgaattccccttgtgatattcatagggatgtcgtggttagaatt 336  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||    
T  30592299 tgttagtcaattcttgaattccccttgtgatattcattggattgttgtggttagaatt 30592242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 136 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 30592399 - 30592331
Alignment:
Q  136 aaggggagaccttttcagatctaggaaggagcatgaggttagttgtgaagctagattatttgaccatga 204  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  |  ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  30592399 aaggggagaccttttcagatccaggaaggtaccggaggttagttgggaagctgaattatttgaccatga 30592331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 279 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 31838624 - 31838234
Alignment:
Q  279 tgttaatcaattcttgaattccccttgtgatattcatagggatgtcgtggttagaatt---------acgagacagcct-tgaaaaaagtcttgtttata 368  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||         || | | ||||  || |||| |||||||||||     
T  31838624 tgttagtcaattcttgaattccccttgtgatatttattgggatgttgtggttagaattttaagatatacaaaagagcccctggaaaaggtcttgtttatg 31838525  T
Q  369 caaactgaggtcattcatatattgttgcatgtgcata------ttgggctagaagtccatctgacaga-gatccacatatagatattaagttcttattat 461  Q
    || || ||||||||||| |||||||||| | | ||||      ||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||| | ||||||  ||||| |||      
T  31838524 cagacagaggtcattcagatattgttgcttatacatacgcagattgggctggaagtccgtctgacagaaggtccacatttggatattgtgttctcattgg 31838425  T
Q  462 aggcaatttgatttcatgaaaaagttagaatcaaaatgtcgttg-tagatcaagtgcagaggctgaatatcgagctataacacttactacatgcgacctt 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||| || ||     
T  31838424 aggcaatttgatttcatgaaaaagtaagaagcaaaatgtcgttgctagatcaagtgcagaggcagaatatagagctatgacacttaatacatgtgagctc 31838325  T
Q  561 atatagctcaaccatcttctccaagtgtttcacttatataaaataggtactatgagtatcgtttgagacaaccaagatgccctacacattg 651  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |   |||||   ||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||   |||||||||||||    
T  31838324 atatggctcaagcatcttctccaagagccccacttcagtaaaataggcactatgagtatcatttgtgacaatcaaccagccctacacattg 31838234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 279 - 651
Target Start/End: Original strand, 13041161 - 13041552
Alignment:
Q  279 tgttaatcaattcttgaattccccttgtgatattcatagggatgtcgtggttagaattacgagacag-----------ccttgaaaaaagtcttgtttat 367  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   ||| |            ||||| |||| |||||||||||    
T  13041161 tgttagtcaattcttgaattccccttgtgatattcattgggatgttgtggttagaattctaagatatatcaagagggcccttggaaaaggtcttgtttat 13041260  T
Q  368 acaaactgaggtcattcatatattgttgcatgt------gcatattgggctagaagtccatctgacaga-gatccacatatagatattaagttcttatta 460  Q
     || || ||||||||||| |||||||||| | |      ||| |||||||| ||||||| ||||| ||| | ||||||| | ||||||  ||||| ||      
T  13041261 gcagacagaggtcattcagatattgttgcgtatacagacgcagattgggctggaagtccgtctgatagaaggtccacatctggatattgtgttctcatct 13041360  T
Q  461 taggcaatttgatttcatgaaaaagttagaatcaaaatgtcgttg-tagatcaagtgcagaggctgaatatcgagctataacacttactacatgcgacct 559  Q
     |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||  |||||| |||||| || ||    
T  13041361 gaggcaatttgatttcatggaaaagtaagaagcaaaatgtcgttgctagatcaagtgcagaggcagaatatagagctatggcacttattacatgtgagct 13041460  T
Q  560 tatatagctcaaccatcttctccaagtgtttcacttatataaaataggtactatgagtatcgtttgagacaaccaagatgccctacacattg 651  Q
     |||| |||||| ||||||||||||| | |||| ||   ||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||  |||||||||||||    
T  13041461 catatggctcaagcatcttctccaagagcttcatttcagtaaaataggcactatgagtatcatttgtgacaatcaagcagccctacacattg 13041552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 79 - 204
Target Start/End: Original strand, 13041004 - 13041129
Alignment:
Q  79 ttgattgcaagtcgattcatactcatatggactcaaatgtcaaacttctacctgattaaggggagaccttttcagatctaggaaggagcatgaggttagt 178  Q
    |||||||||||  |||| |||||| ||||||| |||||||||| || ||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||  |  |||||||||    
T  13041004 ttgattgcaagctgattgatactcctatggacccaaatgtcaagctgctacctgatcaaagggagaccttttcagatccaggaaggtaccggaggttagt 13041103  T
Q  179 tgtgaagctagattatttgaccatga 204  Q
    || ||||||  |||||||||||||||    
T  13041104 tgggaagctgaattatttgaccatga 13041129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 102; Significance: 3e-50; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 279 - 651
Target Start/End: Original strand, 17726489 - 17726880
Alignment:
Q  279 tgttaatcaattcttgaattccccttgtgatattcatagggatgtcgtggttagaatta----------cgagacagcct-tgaaaaaagtcttgtttat 367  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||           | ||| ||||  || |||| |||||||||||    
T  17726489 tgttagtcaattcttgaattccccttgtgatattcattgggatgctgtggttagaattctaagatatatcaagagagcccctggaaaaggtcttgtttat 17726588  T
Q  368 acaaactgaggtcattcatatattgttgcatgt------gcatattgggctagaagtccatctgacaga-gatccacatatagatattaagttcttatta 460  Q
     || || ||||||||||| |||||||||| | |      ||| |||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||| | ||||||  ||||| |||     
T  17726589 gcagacagaggtcattcagatattgttgcgtatacagacgcagattgggctggaagtccgtctgacagaaggtccacatctggatattgtgttctcattg 17726688  T
Q  461 taggcaatttgatttcatgaaaaagttagaatcaaaatgtcgttg-tagatcaagtgcagaggctgaatatcgagctataacacttactacatgcgacct 559  Q
     |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||| || ||    
T  17726689 gaggcaatttgatttcatggaaaagtaagaagcaaaatgtcgttgctagatcaagtgcagaggcagaatatagagctatggcacttactacatgtgagct 17726788  T
Q  560 tatatagctcaaccatcttctccaagtgtttcacttatataaaataggtactatgagtatcgtttgagacaaccaagatgccctacacattg 651  Q
     |||| |||||| ||||||||||||| | | |||||   ||||||||| |||| ||||||| |||| ||||| ||||  |||||||||||||    
T  17726789 catatggctcaagcatcttctccaagagctccacttcagtaaaataggcactaggagtatcatttgcgacaatcaagcagccctacacattg 17726880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 79 - 204
Target Start/End: Original strand, 17726332 - 17726457
Alignment:
Q  79 ttgattgcaagtcgattcatactcatatggactcaaatgtcaaacttctacctgattaaggggagaccttttcagatctaggaaggagcatgaggttagt 178  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  |  |||||||||    
T  17726332 ttgattgcaagccgattgatactcctatggacccaaatgtcaagctgttacctgatcaaggggagaccttttcagatccaggaaggtaccggaggttagt 17726431  T
Q  179 tgtgaagctagattatttgaccatga 204  Q
    || ||||||  |||||||||||||||    
T  17726432 tgggaagctgaattatttgaccatga 17726457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 279 - 553
Target Start/End: Original strand, 53990231 - 53990524
Alignment:
Q  279 tgttaatcaattcttgaattccccttgtgatattcatagggatgtcgtggttagaatta----------cgagacagcct-tgaaaaaagtcttgtttat 367  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||           | ||| ||||  || |||| |||||||||||    
T  53990231 tgttagtcaattcttgaattccccttgtgatattcattgggatgctgtggttagaattctaagatatatcaagagagcccctggaaaaggtcttgtttat 53990330  T
Q  368 acaaactgaggtcattcatatattgttgcatgt------gcatattgggctagaagtccatctgacaga-gatccacatatagatattaagttcttatta 460  Q
     || || ||||||||||| |||||||||| | |      ||| |||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||| | ||||||  ||||| |||     
T  53990331 gcagacagaggtcattcagatattgttgcgtatacagacgcagattgggctggaagtccgtctgacagaaggtccacatctggatattgtgttctcattg 53990430  T
Q  461 taggcaatttgatttcatgaaaaagttagaatcaaaatgtcgttg-tagatcaagtgcagaggctgaatatcgagctataacacttactacatg 553  Q
     |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||    
T  53990431 gaggcaatttgatttcatggaaaagtaagaagcaaaatgtcattgctagatcaagtgcagaggcagaatatagagctatggcacttactacatg 53990524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 131 - 204
Target Start/End: Original strand, 53990126 - 53990199
Alignment:
Q  131 tgattaaggggagaccttttcagatctaggaaggagcatgaggttagttgtgaagctagattatttgaccatga 204  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||  |  ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  53990126 tgatcaaggggagaccttttcagatccaggaaggtaccggaggttagttgggaagctgaattatttgaccatga 53990199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University