View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9264_low_3 (Length: 1077)

Name: NF9264_low_3
Description: NF9264
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9264_low_3
NF9264_low_3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (45-1069)||(35409602-35410625)
chr4 (998-1066)||(35408243-35408311)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 960; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 960; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 1069
Target Start/End: Complemental strand, 35410625 - 35409602
Alignment:
Q  45 tcatacacttgtgcaccattggtatgaattactatttccatgcaaatatatgtatttgagaaaaacttgaccaaaacttttgttttagaaatttagtaat 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410625 tcatacacttgtgcaccattggtatgaattattatttccatgcaaatatatgtatttgagaaaaacttgcccaaaacttttgttttagaaatttagtaat 35410526  T
Q  145 gacatttgacctatgataaccgaacaggttaagaatacacgcatgcatggaaccattaataattgcagctcatcggcaattaagcgtgatgcatcctgta 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410525 gacatttgacctatgataaccgaacaggttaagaatacacgcatgcatggaaccattaataattgcagctcatcggcaattaagcgtgatgcatcctgta 35410426  T
Q  245 ttcaagcttctgcatccccatatgcgatacacactcaagacaaatgcaacagcccgcgaggtactcgttaatgcagacggttccatagagaaaaactaca 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410425 ttcaagcttctgcatccccatatgcgatacacactcaagacaaatgcaacagcccgcgaggtactcgttaatgcagacggttccatagagaaaaactaca 35410326  T
Q  345 ctcccgggagatactgtatgcaaattacgtgtgctgcctataaagattggtggcgatttgacatggaaggtcttcctgccgatcttaaaagaaggtaaag 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410325 ctcccgggagatactgtatgcaaattacgtgtgctgcctataaagattggtggcggtttgacatggaaggtcttcctgccgatcttaaaagaaggtaaag 35410226  T
Q  445 aagatagtttccttcatcaaagttttctgtgcaatgagcttggttttacttgttctttcatttgttctttcactaagtgaagaagataagatctaactat 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410225 aagatagtttccttcatcaaagttttctgctcaatgagcttggttttacttgttctttcatttgttctttcactaagtgaagaagataagatctaactat 35410126  T
Q  545 ttattctttcnnnnnnnncagaggtttggcggttccagatgccactcagccacatggcattagactacttattgaagattatccttatgcggctgatgga 644  Q
    ||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410125 ttattctttcttttttt-cagaggtttggcggttccagatgccactcggccacatggcattagactacttattgaagattatccttatgcggctgatgga 35410027  T
Q  645 ctcctcatatggactagtatagagaagttggtcaggacctatgtgaaccattactacaaagatttgaatgccgtttcttctgacaatgaactccagtcct 744  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35410026 ctcctcatatggtctagtatagagaagttggtcaggacctatgtgaaccattactacaaagatttgaatgccatttcttctgacaatgaactccagtcct 35409927  T
Q  745 ggtacaaagaattcatcaacatggggcaccctgatcataaaaatgctacctggtggcctaaactaaacacccctgaggatctcatctccttgcttaccac 844  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35409926 ggtacaaagaattcatcaacatggggcaccctgatcataaaaatgctacctggtggcctaaactaaacacccctgaggatctcatctccttgcttaccac 35409827  T
Q  845 cattatctggactgtatcagcgcaacatgctgtcttgaacttcagtcaatacccctatggtggatatgttccaatccggccacaattaatgcgaaaatta 944  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35409826 cattatctggactgtatcagcgcaacatgctgtcttgaacttcagtcaatacccctatggtggatatgttccaatccggccacaattaatgcgaaaatta 35409727  T
Q  945 attcctaatgaggaggttcctgatcacgcggcctttgtcaaggatccgcagagatactttctatcatcactgccaagcttatttcaggcaacaaagttca 1044  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35409726 attcctaatgaggaggttcctgatcacgcggcctttgtcaaggatccgcagagatactttctatcatcactgccaagcttatttcaggcaacaaagttca 35409627  T
Q  1045 tggctgtgattaacacaggttctgc 1069  Q
    ||||||||||||||| |||||||||    
T  35409626 tggctgtgattaacataggttctgc 35409602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 998 - 1066
Target Start/End: Complemental strand, 35408311 - 35408243
Alignment:
Q  998 atactttctatcatcactgccaagcttatttcaggcaacaaagttcatggctgtgattaacacaggttc 1066  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | || ||||||||||||||| |||| ||||||    
T  35408311 atactttctgtcatcactgccaagtttatttcaggcgaaaaggttcatggctgtgatcaacataggttc 35408243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University