View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9265_high_5 (Length: 594)

Name: NF9265_high_5
Description: NF9265
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9265_high_5
NF9265_high_5
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (32-566)||(44733261-44733794)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (32-566)||(32799424-32799960)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (32-566)||(45337677-45338213)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (32-566)||(48025617-48026145)
chr3 (534-566)||(48024504-48024536)
chr3 (534-566)||(48027244-48027276)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (12-562)||(13109335-13109894)
chr7 (83-550)||(11678223-11678693)
chr7 (32-74)||(11679096-11679138)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (83-358)||(8402217-8402494)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (151-232)||(24220929-24221010)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 458; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 566
Target Start/End: Original strand, 44733261 - 44733794
Alignment:
32 taatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagnnnnnnnnaaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatggac 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
44733261 taatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagttttttt-aaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtctttggcaatggac 44733359  T
132 aacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaag 231  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
44733360 aacatgttaaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttgaaactcttttaggtataaaatatattttagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaag 44733459  T
232 tcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatctttatggatctaaattaatgatt 331  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
44733460 tcttttgagtgttgggcagatgatggagaaaaactattctttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatccttatggatctaaattaatgatt 44733559  T
332 gttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttttagctcagaaaagag 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
44733560 gttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgtttttccaaatagagttgattcaaattttttagctcagaaaagag 44733659  T
432 gaactttggatgacaattatgctagatgcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccatgca 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44733660 gaactttggatgacaattatgctagattcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccatgca 44733759  T
532 ggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgatt 566  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44733760 ggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgatt 44733794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 566
Target Start/End: Original strand, 32799424 - 32799960
Alignment:
32 taatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagnnnnnnnnaaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatggac 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
32799424 taatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagttttttt-aaagaacttgatgaatttttttactccaaagttgtcattggcaatggac 32799522  T
132 aacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaag 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32799523 aacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtagctgttgaaactctctcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaag 32799622  T
232 tcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatctttatggatctaaattaatgatt 331  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
32799623 tcttttgagtgttggacaaatgatggagaaaaactattctttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatcctgatggatctaaattaatgatt 32799722  T
332 gttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttttagctcagaaaagag 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
32799723 gttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgtttttccaaatagagttgatgcaaatttttcagctcagaaaagag 32799822  T
432 gaactttggatg---acaattatgctagatgcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccat 528  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
32799823 gaactttggatgacaacaattatgctagatgcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggctgtaaagttaccat 32799922  T
529 gcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgatt 566  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
32799923 gcaggaggagaaaaagatcatagaaaaggatgttgatt 32799960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 566
Target Start/End: Original strand, 45337677 - 45338213
Alignment:
32 taatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagnnnnnnnnaaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatggac 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
45337677 taatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagttttttt-aaagaacttgatgaatttttttactccaaagttgtcattggcaatggac 45337775  T
132 aacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaag 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45337776 aacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtagctgttgaaactctctcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaag 45337875  T
232 tcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatctttatggatctaaattaatgatt 331  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
45337876 tcttttgagtgttggacaaatgatggagaaaaactattctttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatcctgatggatctaaattaatgatt 45337975  T
332 gttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttttagctcagaaaagag 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
45337976 gttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgtttttccaaatagagttgatgcaaatttttcagctcagaaaagag 45338075  T
432 gaactttggatg---acaattatgctagatgcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccat 528  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
45338076 gaactttggatgacaacaattatgctagatgcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggctgtaaagttaccat 45338175  T
529 gcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgatt 566  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
45338176 gcaggaggagaaaaagatcatagaaaaggatgttgatt 45338213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 32 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 48026145 - 48025617
Alignment:
32 taatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagnnnnnnnn-aaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatgga 130  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||         ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |    
48026145 taatagatagtggatgcaccaatcgtatgactaacaatgttagtttttttttaaagaacttgatgaatcattttactccaaagttgtcattgacaatgaa 48026046  T
131 caacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaa 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
48026045 caacatgttgaggtcaaaggcaaaggaattgtgg-tgttgaaactctctcaggtataaaatatattttagatgttttatttgtgcctgagataaattaaa 48025947  T
231 gtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatctttatggatctaaattaatgat 330  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||| || | |||||||||| |||||    
48025946 gtcttttgagtgttgggcaaatgatggagaaaaaatattctttgcattttaaggatatgaaatgcactattttttatccttctagatctaaattgatgat 48025847  T
331 tgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttttagctcagaaaaga 430  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||      | || |||||| ||||||||||  ||||| ||||      
48025846 tgttgaaatgtgaggcaaaagctttccagtagagtggaagcaaacatccttgtgtgtt------agtaaagttgaagcaaatttttctgctcaaaaaaag 48025753  T
431 ggaactttggatgacaattatgctagatgcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccatgc 530  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
48025752 ggaactttggatggcaattatgctagatgtaatattgctatgttggagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagctaccatgc 48025653  T
531 aggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgatt 566  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
48025652 ataaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgatt 48025617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 534 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 48024536 - 48024504
Alignment:
534 aggagaaaaagattatagaaaaggatgttgatt 566  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
48024536 aggagaaaaagattatagaaaaggatgttgatt 48024504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 534 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 48027276 - 48027244
Alignment:
534 aggagaaaaagattatagaaaaggatgttgatt 566  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
48027276 aggagaaaaagattatagaaaaggatgttgatt 48027244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 12 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 13109894 - 13109335
Alignment:
12 agcagagaaacatggctaattaatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagnnnnnnnnaaagaacttgatgaatctttttactccaa 111  Q
    |||| ||||||||||||||||    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||        ||||| |||||||||||||||||||||||    
13109894 agcaaagaaacatggctaatt----gatagtggatgcaccgatcatacgactaacaatgttagttttttt-aaagagcttgatgaatctttttactccaa 13109800  T
112 agttgtcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcaggtataaaatatatttcagatgttttattt 211  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
13109799 agttgtcattggtaacagacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtgactgttgaaactcactcaggtataaaatatatttcaaatgttttattt 13109700  T
212 gtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatcttt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||    
13109699 gtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgagcaaatgatggagaaaaaatattctttgcattttaaggatatgaaatgcactattttttatcctt 13109600  T
312 atggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaa 411  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||      | |||||||||  ||||    
13109599 ttggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggcaaaagctttccaatagagtggaagcaaacatccttgcgtgtt------agtagagttgaaacaaa 13109506  T
412 ttttttagctcagaaaagaggaactttggatgacaat--------------------tatgctagatgcaatattgctatgttagagactgcaaggtata 491  Q
    ||||| |||||| ||||  | ||||||||||| ||||                    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
13109505 tttttcagctcaaaaaaaggaaactttggatggcaattatgctagatgcaatatcgctatgctagatgcaatatcgctatgttagagactgcaaggtata 13109406  T
492 ctgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgtt 562  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
13109405 ttgaagctgctaattttgagggttgtaaaattaccatgcatgaggagaaaaagattatagaaaaggatgtt 13109335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 83 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 11678693 - 11678223
Alignment:
83 aaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcag 182  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||     
11678693 aaagaatttgatgaatctttttactacaaagttgttataggcaatggacaacatcttaaggtcaaagacaaatgagttgtggctattgaaactctttcaa 11678594  T
183 gtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaa 282  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||| |||||| |||||    
11678593 gtataaaatatatttctgatattttatttttgtcttagatacatcaaagtcttttgaatgttggacaaatgattgagaaaaactattctttgcaatttaa 11678494  T
283 gaatatgaaatgcacaatttttgatctttatggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttg 382  Q
    |||||| |||||||  | |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||    
11678493 gaatataaaatgcaatagtttttatccttatggatctaaattaatgatttttgaaatgagaggctaaagctttcaagtagagtggaagtaaacatccttg 11678394  T
383 cgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttttagctc-agaaaagaggaactttggatgacaattatgctagatgcaa---tattgctatgttagag 478  Q
    | | ||||| ||| || ||| || | ||||||||  |||| ||||||| | |||||| ||||||| ||||| |||||||||   ||||||| |||||||     
11678393 cttatttttccaagtaaagtcgaagaaaatttttcggctcgagaaaag-gtaacttttgatgacatttatgttagatgcaatattattgctttgttagat 11678295  T
479 actgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagattata 550  Q
    || |||||||||||| ||||| || |||||||  | | ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
11678294 accgcaaggtatactaaagctactgattttgattggtttaaagttactatgcaagaggagaaaaatattata 11678223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 32 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 11679138 - 11679096
Alignment:
32 taatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttag 74  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||    
11679138 taatagatagtggatgcaccaatcatctaactaacattgttag 11679096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 155; Significance: 5e-82; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 83 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 8402494 - 8402217
Alignment:
83 aaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcag 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| |||     
8402494 aaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattgggaattgactacatgttgatgtcaaaggcaaaggagttatggccgttgaaactctctcaa 8402395  T
183 gtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaa 282  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||    
8402394 gtataaaatatattacagatgttttatttgtgtttgggataaatcaaagtcttttgagtgttggacaaatgatggagaaaaactattctttgcattttaa 8402295  T
283 gaatatgaaatgcacaatttttg--atctttatggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttcca 358  Q
    | ||||| ||||||| ||||||   ||| || || | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||    
8402294 ggatatggaatgcactatttttttcatccttctgaaactaaattaatgattgttaaaatgagaggcaaaagttttcca 8402217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 151 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 24221010 - 24220929
Alignment:
151 caaaggagttgtggctgttaaaactctttcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagt 232  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||    
24221010 caaaggagttgtggctgctcaaactctctaagatataaaatatatttcagatgttttatttatacctgagataaattaaagt 24220929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University