View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9265_low_1 (Length: 878)
Name: NF9265_low_1
Description: NF9265
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9265_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 745; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 745; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 8005691 - 8004880
Alignment:
| Q |
19 |
ccaacctcatccttatagggggatatgacgggtatgaaaccaccatcaacagcaattggaaaagagattttggggtttcttatatgaatgacccctttaa |
118 |
Q |
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| T |
8005691 |
ccaacctcatccttatagggggatatgacgggtatgaaaccaccatcaacagcaattggaaaagagattttggggtttcttatatgaatgacccctttaa |
8005592 |
T |
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| Q |
119 |
cccacaaaaatacacgtgaaatcattggggg-agcaatctctcccatacccgtaaggtaggttgtggatactctaatcatctcatctcaatgaaaattaa |
217 |
Q |
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| T |
8005591 |
cccacaaaaatacacttgaaatcattggggggagcaatctctcccatacccgtaaggtaggttgtggatactctaatcatctcatctcaatgaaaattaa |
8005492 |
T |
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| Q |
218 |
ttagaattacatcccaatatcaatataaactagtcaattcattaacttataactaagccaaatcagtgacaactacccaatacacttcagataatatatc |
317 |
Q |
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| T |
8005491 |
ttagaattacatcccaatatcaatagaaactagtcaattcattaacttataactaagccaaatcagtgacaactacccaatacacttcagataatatatc |
8005392 |
T |
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| Q |
318 |
acataatgctctccaaatacaatttaaaccaaagatatcaagttggcaagttatatgctattacaaaatttcgaaagcatgccaaataaaaattgacata |
417 |
Q |
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| T |
8005391 |
acataatgctctccaaatacaatttaaaccaaagatatcaagttggcaagttacatgctattacaaaatttcgaaagcatgccaaataaaaattgacata |
8005292 |
T |
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| Q |
418 |
gacagagtaaatagaatataaaagatacaatataaatcaagatatcaagttgacaagttacatgctggtacaaaaagcctacagtaacaatctaataaaa |
517 |
Q |
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| T |
8005291 |
gacagagtaaatagaatataaaagatacgatataaatcaagatatcaagttgacaagttacatgctattacaaaaagcctacagtaacaatctaataaaa |
8005192 |
T |
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| Q |
518 |
gaatataacaagatttgtcccaaaactattataaatagctgtaaaacatcatttccgtacaaattttggagtataaaagtcccaatcataaatatgacac |
617 |
Q |
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| T |
8005191 |
gaatataacaagatttgtcccaaaactattataaatagctgtaaaacatcatttccgtacaaattttggagtataaaagtcccaatcataaatatgacac |
8005092 |
T |
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| Q |
618 |
atctaggaaattatttaaatgttattattctcgttatattctcattatactcgttttatcaacgtactcacttttcttcggagaggataatggtcattac |
717 |
Q |
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| T |
8005091 |
atctaggaaattatttaaatgttattattctcgttatat-----------tcgttttatcaacgtactcacttttcttcggagaggataatggtcattac |
8005003 |
T |
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| Q |
718 |
tatattttgagtataaactatcaacaatcaaagtaattaaccatgtttctagaacataaaaacaaagctaaaccaagattcccaacatgtaccatgggac |
817 |
Q |
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| T |
8005002 |
tatattttgaatataaactatcaacaatcaaagtaattaaccatgtttctagaacataaaaacaaagctaaaccaagattcccaacatgtaccatgggag |
8004903 |
T |
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| Q |
818 |
caaaaaagtaaatctggtgaatt |
840 |
Q |
| |
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| T |
8004902 |
caaaaaagtaaatctggtgaatt |
8004880 |
T |
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Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 169 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 6909835 - 6909754
Alignment:
| Q |
169 |
gtaaggtaggttgtggatactctaatcatctcatctcaatgaaaattaattagaattacatcccaatatcaatataaactagtcaat |
255 |
Q |
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| T |
6909835 |
gtaaggtaggttgtggatactctgatcatctcac-----tgagaattaattagaactacatcccaatatcactagaaactagtcaat |
6909754 |
T |
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