View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9265_low_9 (Length: 600)

Name: NF9265_low_9
Description: NF9265
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9265_low_9
NF9265_low_9
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (80-587)||(8225200-8225703)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (80-581)||(23098743-23099242)
chr6 (352-581)||(8846543-8846772)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (80-587)||(42881173-42881675)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 587
Target Start/End: Original strand, 8225200 - 8225703
Alignment:
Q  80 ttgaaggtattgaatattt-gttaaatccttgtaagaaattgataaaaactt----ttgagtactttcttcttgcttaagaatctggaatcatgatcctt 174  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8225200 ttgatggtattgaatattttgttaaatccttgtaggaaattgataaaaacttacttttgagtactttcttcttgcttaagaatctggaatcatgatcctt 8225299  T
Q  175 taatcttatttcgtaaattgtgaaaagataaacatgagaacaataaccataagaattatagaaataagaaactgacttagaagaaataggtgacaaacaa 274  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||    
T  8225300 tattcttatttcataaattgtgaaaagataaacatgataacaataatcataagaatcatagaaataagaaactgacttagaagaaataagtg--aaacaa 8225397  T
Q  275 aattggtattaaaggatttcttttttatgaagaataacaggttgtaacaaaaatcaacaaatgggagaaatgagcatataaaaaagtgaataacaagaat 374  Q
    ||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8225398 aattggtatgagaggttttctttttgatgaagaataacaggttgtaacaaaaatcaacaa-------aaatgagcatataaaaaagtgaataagaagaat 8225490  T
Q  375 agaagaaaggnnnnnnnttgaagaaatccctaccgtcgtcatggtaacaccgtcacctatgtgataacttgttgtgctcacaatgacttctccgtggcca 474  Q
    ||||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8225491 agaagaaaggaaaaaaattgaagaaatccctactgtcgtcatggtggcatcgtcacctatgtgataacttgttgtgctcacaatgacttctccgtggcca 8225590  T
Q  475 atgcaccacaccgcttcttttcaacggtggcaaaggacgccactacctttcccctttttctcacctctctatattgaaggtgaaaacccaacattccaac 574  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  8225591 atccaccacaccgcttcttttcaacggtggcaaaggacaccactacctttcccctttttctcacctctctatcttgaaagtgaaaacacaacattccaac 8225690  T
Q  575 actgaatctgtgc 587  Q
    || |||| |||||    
T  8225691 accgaatatgtgc 8225703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 581
Target Start/End: Original strand, 23098743 - 23099242
Alignment:
Q  80 ttgaaggtattgaatattt-gttaaatccttgtaagaaattgataaaa----acttttgagtactttcttcttgcttaagaatctggaatcatgatcctt 174  Q
    |||| |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23098743 ttgatggtattaaatattttgttaaatccttgtaggaaattgataaaatcttacttttgagtactttcttcttgcttaagaatctggaatcatgatcctt 23098842  T
Q  175 taatcttatttcgtaaattgtgaaaagataaacatgagaacaataaccataagaattatagaaataagaaactgacttagaagaaataggtgacaaacaa 274  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||    
T  23098843 taatcttatttcaaaaattgtgaaaagataaacatgagaacaataatcataagaatcatagaaataagaaactgacttagaagatttaagtgacaaacaa 23098942  T
Q  275 aattggtattaaaggatttcttttttatgaagaataacaggttgtaacaaaaatcaacaaatgggagaaatgagcatataaaaaagtgaataacaagaat 374  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       || ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23098943 aattggtatgagaggatttctttttgatgaagaataacaggttgtaacaaaaatcaacaa-------aactgagcatataaaaaagtgaataagaagaat 23099035  T
Q  375 agaagaaaggnnnnnnnttgaagaaatccctaccgtcgtcatggtaacaccgtcacctatgtgataacttgttgtgctcacaatgacttctccgtggcca 474  Q
    ||||||||||       |||||||||||| |||||||||||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23099036 agaagaaaggaaaaaaattgaagaaatccttaccgtcgtcatggtggcatcgtcacctatgtaataacttgttgtgctcacaatgacttctccgtggcca 23099135  T
Q  475 atgcaccacaccgcttcttttcaacggtggcaaaggacgccactacctttcccctttttctcacctctctatattgaaggtgaaaacccaacattccaac 574  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  23099136 atccaccacaccgcttctttttaacggtggcaaaggacaccactacctttcccctttttctcacctctctatcttgaaagtgaaaacccaacattccaac 23099235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 352 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 8846772 - 8846543
Alignment:
Q  352 ataaaaaagtgaataacaagaatagaagaaaggnnnnnnnttgaagaaatccctaccgtcgtcatggtaacaccgtcacctatgtgataacttgttgtgc 451  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||    
T  8846772 ataaaaaagtgaataagaagaatagaagaaaggaaaaaaattgaagaaatccctaccgtcgtcatggtggcatcgtcacctatgtgataacttgttgtgc 8846673  T
Q  452 tcacaatgacttctccgtggccaatgcaccacaccgcttcttttcaacggtggcaaaggacgccactacctttcccctttttctcacctctctatattga 551  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8846672 tcacgatgacttctccgtggccaatccaccacaccgcttcttttcaacggtggtaaaggacaccactacctttcccctttttctcacctctctatcttga 8846573  T
Q  552 aggtgaaaacccaacattccaacactgaat 581  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8846572 aagtgaaaacccaacattccaacaccgaat 8846543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 42881675 - 42881173
Alignment:
Q  80 ttgaaggtattgaatattt-gttaaatccttgtaagaaattgataaaaactt----ttgagtactttcttcttgcttaagaatctggaatcatgatcctt 174  Q
    |||| |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42881675 ttgatggtattaaatattttgttaaatccttgtaggaaattgataaaaacttacttttgagtactttcttcttgcttaagaatctggaatcatgatcctt 42881576  T
Q  175 taatcttatttcgtaaattgtgaaaagataaacatgagaacaataaccataagaattatagaaataagaaactgacttagaagaaataggtgacaaacaa 274  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||    
T  42881575 tattcttatttcataaattgtgaaaagataaacatgataacaataatcataagaatcatagaaataagaaactgacttagaagaaataagtg--aaacaa 42881478  T
Q  275 aattggtattaaaggatttcttttttatgaagaataacaggttgtaacaaaaatcaacaaatgggagaaatgagcatataaaaaagtgaataacaagaat 374  Q
    ||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42881477 aattggtatgagaggttttctttttgatgaagaataacaggttgtaacaaaaatcaacaa-------aaatgagcatataaaaaagtgaataagaagaat 42881385  T
Q  375 agaagaaaggnnnnnnnttgaagaaatccctaccgtcgtcatggtaacaccgtcacctatgtgataacttgttgtgctcacaatgacttctccgtggcca 474  Q
    ||||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42881384 agaagaaagg-aaaaaattgaagaaatccctactgtcgtcatggtggcatcgtcacctatgtgataacttgttgtgctcacaatgacttctccgtggcca 42881286  T
Q  475 atgcaccacaccgcttcttttcaacggtggcaaaggacgccactacctttcccctttttctcacctctctatattgaaggtgaaaacccaacattccaac 574  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  42881285 atccacgacaccgcttcttttcaacggtggcaaaggacaccactacctttcccctttttctcacctctctatcttgaaagtgaaaacacaacattccaac 42881186  T
Q  575 actgaatctgtgc 587  Q
    || |||| |||||    
T  42881185 accgaatatgtgc 42881173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University