View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9266_low_3 (Length: 960)

Name: NF9266_low_3
Description: NF9266
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9266_low_3
NF9266_low_3
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (18-885)||(39894431-39895300)
chr8 (908-947)||(39894369-39894408)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 728; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 728; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 885
Target Start/End: Complemental strand, 39895300 - 39894431
Alignment:
Q  18 cccaccctatcactctcacctcccaagacagtaaacatttctgcataatttccaaatnnnnnnntatcaaaccttagtttctatatctacctaattaatg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||    |    
T  39895300 cccaccctatcactctcacctcccaagacagtaaacatttctgcataatttccaaataaaaa--tatcaaaccttagtttctatatctacctaat----g 39895207  T
Q  118 taaaaatttcctaactgagttaacaaataataataaccaacttgtatacctgtaatgtaaccatcaccaactaaatctaacattgtacactagtctagga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39895206 taaaaatttcctaactgagttaacaaataataataaccaacttgtatacctgtaatgtaaccatcaccaactaaatctaacattgtacactagtctagga 39895107  T
Q  218 actaggattaaattaaattactataacatgcttcttatattattactaataataacaataataaattgtagtagagattagatatatctaatcctataaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39895106 actaggattaaattaaattactataacatgcttcttatattattactaataataacaataataaattgtagtagagattagatatatctaatcctataaa 39895007  T
Q  318 gaaatcaaaacatcaacatcattaggtggttggtt-tccaaa----------------taggttgttattgacttttttaatttgggacttcttttctac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |                ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39895006 gaaatcaaaacatcaacatcattaggtggttggttatccagactgtgaaagagagatataggttgttattgacatttttaatttgggacttcttttctac 39894907  T
Q  401 tcttgaacatattgcctttttccttttgtttaaagtcgttttcatgtttcataaaccccctttatatatgtagaatgcatgctctttgattcaacaaaaa 500  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||    
T  39894906 tctcgaacatattgcctttttccttttgtttaaagtcgttttcatgtttcataaaccccctttatatatgtagaatgc----tctttgattcaacaaaaa 39894811  T
Q  501 tttctcatagcaatcattaatgcaaagtaaaatttaaattaactttaactttcaacactctaatttttacaaggctacctattgtttgtttcaaacaagc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39894810 tttctcatagcaatcattaatgcaaagtaaaatttaaattaactttaactttcaacactctaatttttacaaggctacctattgtttgtttcaaacaagc 39894711  T
Q  601 attaaagtggtccacagtccaacactgcaaagctaacaaaagaagctgctttctatgtttattttacttttctatgtatatttatttattcctaaattac 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39894710 attaaagtggtccacagtccaacactgcaaagctaacaaaagaagctgctttctatgtttattttacttttctatgtatatttatttattcctaaattac 39894611  T
Q  701 taaataattttctcatttcctactgaattttcttcaagcctacacaaattgtggaatagaatataaaatcaaaggaaacaacaaatcagaataatattga 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39894610 taaataattttctcatttcctactgaattttcttcaagcctacacaaattgtggaatagaatataaaatcaaaggaaacaacaaatcagaataatattga 39894511  T
Q  801 caaaagaggaatcctatgaaagattcttaatcctatgtatgttgcattgcattctttggatgctcagaaacaaatcaattccaac 885  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39894510 caaaagaggaatcctatgaaagattcttaatcatatgtatgttg-----cattctttggatgctcagaaacaaatcaattccaac 39894431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 908 - 947
Target Start/End: Complemental strand, 39894408 - 39894369
Alignment:
Q  908 ccaacctcagtaacaggaaattccacagtatgttttgatg 947  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39894408 ccaacctcagtaacaggaaattccacagtatgctttgatg 39894369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University