View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9266_low_4 (Length: 941)

Name: NF9266_low_4
Description: NF9266
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9266_low_4
NF9266_low_4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (50-932)||(13922894-13923779)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 649; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 649; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 50 - 932
Target Start/End: Original strand, 13922894 - 13923779
Alignment:
Q  50 gttacatagagaggggataaaaccaaatgaaaaaatctttttgagcgaagaagacccctatgacatttaccaaagagaattaatga-----attgaggat 144  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |     | | |||||    
T  13922894 gttacaaagagaggggataaaaccaaatgaaagaatctttttgagcgaagaagactcctatgacatttaccaaagagaattaataaggattaataaggat 13922993  T
Q  145 taattctcgtatctataagnnnnnnnnttaaattatggtgatcatatcggcctcaagtctacggcaccacctttttgagatattatccgctttaaatctt 244  Q
    |||||||||||||||||||        |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13922994 taattctcgtatctataagaaaaaaa-ttaaattatggtcattgtatcggcctcaagtctacgacaccacctttttgagatattatccgctttaaatctt 13923092  T
Q  245 gtgtgttagcccttggagttttgtcctttgtcaaaagacattttgttgggttaagaagtgtgtgttgtttataacatttggtctcgattagtaagtaatt 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13923093 gtgtgttagcccttggagttttgtcctttgtcaaaagacattttgttgggttaagaagtgtgtgttgtttataacatttggtctcgattagtaagcaatt 13923192  T
Q  345 aagggcttttatgtataattatccggtcgatcgaggttaagtgatttaagttgtaagtcattatacatttaaattggatcatgctaacaagtgataatat 444  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13923193 aaggacttttatgtataattatccggtcgatcgaggttaagggatttaagttgtaagtcattagacatttaaattggatcatgctaacaagtgataatat 13923292  T
Q  445 tatatttgtttgattatgtagtattttaaggatttctccaacnnnnnnnntgtatcttatggannnnnnnnnnnnnctgagaaaggtgttttaaggatat 544  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||          ||||||||||||             ||| ||||||| | ||||||||||    
T  13923293 tatatttgtttgattataaagtattttaaggatttctccaaaaaaaaaa--gtatcttatggattttttatttttactgtgaaaggtatcttaaggatat 13923390  T
Q  545 tgattcgcatatttatcgaattaaacttcaatttgtattttcgactaaaatttagtgataactatgcatgtgcaagaaactatcaaatttcaaagagtgg 644  Q
    || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13923391 tggttagcatatttatcgaattgaacttcaatttgtattttcgactaaaatttatggataactatgcatgtgcaagaaactatcaaatttcaaagagtgg 13923490  T
Q  645 ctacaaagtgcaagcttgatgcaaatttttggatcgttagggctgtacactacacagcaattgg-ctatttagattgaaggaaatttcctagctagttgc 743  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13923491 ctacaaagtgcaagcttgatgcaaatttttggatcgttggggctgtacactacacagcaattgggctatttagattgaaggaaatttcctagctagttgc 13923590  T
Q  744 aactagaagaggttcactaaaaatatgttggggtttttcttccattcattaatgtctagatcgatcattttcaactacttgaaattaaccaaactaggcc 843  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13923591 aactagaagaggttcactaaaaatatgttggggtttttcttccattcattaatgtctagatcgatcattttcaactacttgaaattaaccaaactaggcc 13923690  T
Q  844 aaccaattctagactgatagtagagtatcaagtggatttcatattgtaccaaatttcttattggaattaatttgtaccagtataatcta 932  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13923691 aaccaattctacactgatagtagagtatcaagtggatttcatattgtaccaaatttcttattggaattaatttgtaccagtctaatcta 13923779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University