View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9284_low_11 (Length: 669)

Name: NF9284_low_11
Description: NF9284
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9284_low_11
NF9284_low_11
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-651)||(40405089-40405736)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 554; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 40405736 - 40405089
Alignment:
Q  13 agataattctggctgggacattagctctaatctagaaacatgggttgctgataagaatttcaagataggtgatgctcttcgtaagtactttcat------ 106  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  40405736 agataactctggctgggacattagctctaatctagaaacatgggttgctgataagaatttcaagataggtgatgctcttcgtaagtactttcatctttca 40405637  T
Q  107 -tcaataattaattttctataagctattgaaatcatacatatatacttacatgttcttcaagttccaattcacataaattgaattattttttatatatga 205  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40405636 ttcaataattaattttctataagctattgaaatcatacatatatacttacatgttcttcaagttccaattcacataaattgaattattttttatatatga 40405537  T
Q  206 accttgttatctttcttccataacatatcaaaaatcaatcattctctttgtgaccatatgtggataaattaaatcatattatgtatctatatgtgtattt 305  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40405536 accttgctatctttcttccataacatatcaaaaatcaatcattctctttgtgaccatatgtggataaattaaatcatattatgtatctatatgtgtattt 40405437  T
Q  306 tctttt--gaggggttcaaatttaatagataatgaaacttgaaatgtcaagttgattatagtttatagcttttgataacaagatttatgatagaacaaat 403  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40405436 tcttttgagaggggttcaaatttaatagataatgaaacttgaaatgtcaagttgattatagtttatagcttttgataacaagatttatgatagaacaaat 40405337  T
Q  404 cgtatgcatttacagaacaacttttacaaccgtttgggaatgttttcaaannnnnnncagtttttcaatattcatcgacatacagcgtcgatgaggttac 503  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40405336 tgtatgcatttacagaacaacttttacaattgtttgggaatgttttcgaatttttttcagtttttcaatattcatcgacatacagcgtcgatgaggttac 40405237  T
Q  504 gaaacaaaactttgacacatgcaacacaacaaaagtgttggcaaattatggaaatggaaacacaacggtgccattgacaagagccggagacaggtatttt 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40405236 gaaacaaaactttgacacatgcaacacaacaaaagtgttggcaaattacggaaatggaaacacgacggtgccattgacaagagccggagacaggtatttt 40405137  T
Q  604 gtatgtggaaacaaattgtattgccttggtgggatgaaacttcatgtt 651  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40405136 gtatgtggaaacaaactgtattgccttggtgggatgaaacttcatgtt 40405089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University