View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9284_low_14 (Length: 650)

Name: NF9284_low_14
Description: NF9284
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9284_low_14
NF9284_low_14
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (1-634)||(463224-463857)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (1-634)||(35899063-35899696)
chr5 (112-544)||(34673352-34673784)
chr5 (492-560)||(34673264-34673332)
chr5 (578-634)||(34673188-34673244)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-634)||(52052632-52053265)
chr3 (294-623)||(53572155-53572485)
chr3 (1-293)||(53572586-53572877)
chr3 (198-301)||(25422230-25422332)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (1-634)||(31356603-31357236)
chr1 (1-630)||(16993892-16994521)
chr1 (193-438)||(15333060-15333298)
chr1 (141-231)||(15333315-15333407)
chr1 (198-294)||(19477194-19477290)
chr1 (200-294)||(30092117-30092211)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-623)||(30197400-30198022)
chr2 (112-437)||(11524146-11524471)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (112-325)||(20463635-20463848)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (198-294)||(25938861-25938957)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (203-299)||(26622481-26622577)


Alignment Details
Target: scaffold0002 (Bit Score: 555; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 555; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 463857 - 463224
Alignment:
Q  1 ttttttcgatgtgaattatgaggaagaggtatgcgttcttttgttatacgggagcagctgtttttgtataattaacatacaggtggcccttatgcagctc 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  463857 ttttttctatgtgaattatgaggaaggggtatgcgttcttttgttatacgggagcagctgtttttgtataattaacatataggtggcccttacgcagctc 463758  T
Q  101 tttttgtcttaagagttttcaaaccaataacaacatccaagtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcggatatatcattgcttaccttattgtaat 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  463757 tttttgtctta-gagttttcaaaccaataacaacatcgacgtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcagatatatcattgcttaccttattgtaat 463659  T
Q  201 aatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacctat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  463658 aatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagtttcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacctat 463559  T
Q  301 acccgattcacatataggactagactgtagcgtcttggctgccacaaactgtccaacttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacattcaaggat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  463558 acccgattcacatataggactagaccgtagcgtcttggctgccacaaactgtccagcttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacattcaaggat 463459  T
Q  401 ctcgagaattccgcgtcaacattacacttaagcctt-ccgtgcctggtttctgccacctgatgtgctgctgttgtgtggaattgctgccgccagctgata 499  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  463458 ctcgtgaattccgcgtcaacattacacttaagccttcccgtgcctggtttctgccacctgatgtgctgctgctgtgtggaattgctgccgccagctgata 463359  T
Q  500 tagtgctgacagcatgcatagcaggctgctgttcgccctctcccagcgctgaactgctgctcctgtcggctgatacggtgttgttcgccctcccccagcc 599  Q
    | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  463358 tggtgctgacagcacgcatagcaggttgctgttcgccctctcccagcactgaactgctgctcctgtcggctgatacggtgttgttcgccctcccccagcc 463259  T
Q  600 tagctttacacatatatgcttccttccatccttgt 634  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  463258 tagctttacacatatatgcttccttccatccttgt 463224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 555; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 555; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 634
Target Start/End: Original strand, 35899063 - 35899696
Alignment:
Q  1 ttttttcgatgtgaattatgaggaagaggtatgcgttcttttgttatacgggagcagctgtttttgtataattaacatacaggtggcccttatgcagctc 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  35899063 ttttttctatgtgaattatgaggaaggggtatgcgttcttttgttatacgggagcagctgtttttgtataattaacatataggtggcccttacgcagctc 35899162  T
Q  101 tttttgtcttaagagttttcaaaccaataacaacatccaagtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcggatatatcattgcttaccttattgtaat 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35899163 tttttgtctta-gagttttcaaaccaataacaacatcgacgtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcagatatatcattgcttaccttattgtaat 35899261  T
Q  201 aatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacctat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35899262 aatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagtttcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacctat 35899361  T
Q  301 acccgattcacatataggactagactgtagcgtcttggctgccacaaactgtccaacttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacattcaaggat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35899362 acccgattcacatataggactagaccgtagcgtcttggctgccacaaactgtccagcttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacattcaaggat 35899461  T
Q  401 ctcgagaattccgcgtcaacattacacttaagcctt-ccgtgcctggtttctgccacctgatgtgctgctgttgtgtggaattgctgccgccagctgata 499  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35899462 ctcgtgaattccgcgtcaacattacacttaagccttcccgtgcctggtttctgccacctgatgtgctgctgctgtgtggaattgctgccgccagctgata 35899561  T
Q  500 tagtgctgacagcatgcatagcaggctgctgttcgccctctcccagcgctgaactgctgctcctgtcggctgatacggtgttgttcgccctcccccagcc 599  Q
    | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35899562 tggtgctgacagcacgcatagcaggttgctgttcgccctctcccagcactgaactgctgctcctgtcggctgatacggtgttgttcgccctcccccagcc 35899661  T
Q  600 tagctttacacatatatgcttccttccatccttgt 634  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35899662 tagctttacacatatatgcttccttccatccttgt 35899696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 112 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 34673784 - 34673352
Alignment:
Q  112 agagttttcaaaccaataacaacatccaagtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcggatatatcattgcttaccttattgtaataatctacaacc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  34673784 agagttttcaaaccaataacaacatcgacgtctacaatcatcaatgattgcgccaaattcagatatatcattgcttcctttaatgtaataatctacaacc 34673685  T
Q  212 cttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacctatacccgattcac 311  Q
    | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||    
T  34673684 cgtttggcatccatctcaaaatcgacgttagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcatatgacaggcccaaagcttcacctatacttgaatcac 34673585  T
Q  312 atataggactagactgtagcgtcttggctgccacaaactgtccaacttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacattcaaggatctcgagaattc 411  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||||| || |||||||| ||||||||| |    
T  34673584 atataggactagaccgtagcgtctttgctgccacaaactgtccagcttcgtcccttatacacataccaaatccaattacgttcaaggaactcgagaatgc 34673485  T
Q  412 cgcgtcaacattacacttaagcctt-ccgtgcctggtttctgccacctgatgtgctgctgttgtgtggaattgctgccgccagctgatatagtgctgaca 510  Q
     || || |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||  |||||||| | || || |  ||| || ||| |||||| ||||  |||||||||    
T  34673484 agcatcgacattacacttaagccttcccctgcctggtttttgcca-ttgatgtgccgttgatgcgctgaactgttgctgccagcggatacggtgctgaca 34673386  T
Q  511 gcatgcatagcaggctgctgttcgccctctccca 544  Q
     || || || ||| ||| |||||||| |||||||    
T  34673385 acacgcgtaacagactgttgttcgccttctccca 34673352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 492 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 34673332 - 34673264
Alignment:
Q  492 agctgatatagtgctgacagcatgcatagcaggctgctgttcgccctctcccagcgctgaactgctgct 560  Q
    |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| |||||    
T  34673332 agctgatacagtgttgacagcacgcatagcaggctgctgttcgccctctctcatggctgaactactgct 34673264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 578 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 34673244 - 34673188
Alignment:
Q  578 tgttgttcgccctcccccagcctagctttacacatatatgcttccttccatccttgt 634  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| || || | || |||||||||||||||||||    
T  34673244 tgttgttcgccctcccccaaccgagccttgcataaatttgcttccttccatccttgt 34673188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 547; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 547; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 52053265 - 52052632
Alignment:
Q  1 ttttttcgatgtgaattatgaggaagaggtatgcgttcttttgttatacgggagcagctgtttttgtataattaacatacaggtggcccttatgcagctc 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  52053265 ttttttctatgtgaattatgaggaaggggtatgcgttcttttgttatacgggagcagctgtttttgtataattaacatataggtggcccttacgcagctc 52053166  T
Q  101 tttttgtcttaagagttttcaaaccaataacaacatccaagtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcggatatatcattgcttaccttattgtaat 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  52053165 tttttgtctta-gagttttcaaaccaataacaacatcgacgtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcagatatatcattgcttaccttattgtaat 52053067  T
Q  201 aatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacctat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52053066 aatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagtttcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacctat 52052967  T
Q  301 acccgattcacatataggactagactgtagcgtcttggctgccacaaactgtccaacttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacattcaaggat 400  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52052966 acccgattcacatataggaccagaccgtagcgtcttggctgccacaaactgtccagcttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacattcaaggat 52052867  T
Q  401 ctcgagaattccgcgtcaacattacacttaagcctt-ccgtgcctggtttctgccacctgatgtgctgctgttgtgtggaattgctgccgccagctgata 499  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  52052866 ctcgtgaattccacgtcaacattacacttaagccttcccgtgcctggtttctgccacctgatgtgctgctgctgtgtggaattgctgccgccagctgata 52052767  T
Q  500 tagtgctgacagcatgcatagcaggctgctgttcgccctctcccagcgctgaactgctgctcctgtcggctgatacggtgttgttcgccctcccccagcc 599  Q
    | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52052766 tggtgctgacagcacgcatagcaggttgctgttcgccctctcccagcactgaactgctgctcctgtcggctgatacggtgttgttcgccctcccccagcc 52052667  T
Q  600 tagctttacacatatatgcttccttccatccttgt 634  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52052666 tagctttacacatatatgcttccttccatccttgt 52052632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 294 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 53572485 - 53572155
Alignment:
Q  294 cacctatacccgattcacatataggactagactgtagcgtcttggctgccacaaactgtccaacttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacatt 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53572485 cacctatacccgattcacatataggactagaccgtagcgtcttggctgccacaaactgtccagcttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacatt 53572386  T
Q  394 caaggatctcgagaattccgcgtcaacattacacttaagccttcc-gtgcctggtttctgccacctgatgtgctgctgttgtgtggaattgctgccgcca 492  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  53572385 caaggatctcgtgaattccgcgtcaacattacacttaagccttcccgtgcctggtttctgccacctgatgtgctgctgctgtgtggaattgctgccgcca 53572286  T
Q  493 gctgatatagtgctgacagcatgcatagcaggctgctgttcgccctctcccagcgctgaactgctgctcctgtcggctgatacggtgttgttcgccctcc 592  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53572285 gctgatatggtgctgacagcacgcatagcaggttgctgttcgccctctcccagcactgaactgctgctcctgtcggctgatacggtgttgttcgccctcc 53572186  T
Q  593 cccagcctagctttacacatatatgcttcct 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53572185 cccagcctagctttacacatatatgcttcct 53572155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 53572877 - 53572586
Alignment:
Q  1 ttttttcgatgtgaattatgaggaagaggtatgcgttcttttgttatacgggagcagctgtttttgtataattaacatacaggtggcccttatgcagctc 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  53572877 ttttttctatgtgaattatgaggaaggggtatgcgttcttttgttatacgggagcagctgtttttgtataattaacatataggtggcccttacgcagctc 53572778  T
Q  101 tttttgtcttaagagttttcaaaccaataacaacatccaagtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcggatatatcattgcttaccttattgtaat 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  53572777 tttttgtctta-gagttttcaaaccaataacaacataaacgtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcagatatatcattgcttaccttattgtaat 53572679  T
Q  201 aatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagctt 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53572678 aatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagtttcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagctt 53572586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 198 - 301
Target Start/End: Original strand, 25422230 - 25422332
Alignment:
Q  198 aataatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacc 297  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| ||| || ||||| || | |||||| || ||||| ||||| |||||||| | ||| || ||||||||||||||    
T  25422230 aatagtctacaaccctcttggcatccaactcgaaatcgactttgg-gagttgtagatcatgaacccactggatagcttgtgacagacccaaagcttcacc 25422328  T
Q  298 tata 301  Q
    ||||    
T  25422329 tata 25422332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 547; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 547; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 634
Target Start/End: Original strand, 31356603 - 31357236
Alignment:
Q  1 ttttttcgatgtgaattatgaggaagaggtatgcgttcttttgttatacgggagcagctgtttttgtataattaacatacaggtggcccttatgcagctc 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  31356603 ttttttctatgtgaattatgaggaaggggtatgcgttcttttgttatacgggagcagctgtttttgtataattaacatataggtggcccttacgcagctc 31356702  T
Q  101 tttttgtcttaagagttttcaaaccaataacaacatccaagtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcggatatatcattgcttaccttattgtaat 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31356703 tttttgtctta-gagttttcaaaccaataacaacatcgacgtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcagatatatcattgcttaccttattgtaat 31356801  T
Q  201 aatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacctat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31356802 aatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagtttcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacctat 31356901  T
Q  301 acccgattcacatataggactagactgtagcgtcttggctgccacaaactgtccaacttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacattcaaggat 400  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31356902 acccgattcacatataggaccagaccgtagcgtcttggctgccacaaactgtccagcttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacattcaaggat 31357001  T
Q  401 ctcgagaattccgcgtcaacattacacttaagcctt-ccgtgcctggtttctgccacctgatgtgctgctgttgtgtggaattgctgccgccagctgata 499  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31357002 ctcgtgaattccacgtcaacattacacttaagccttcccgtgcctggtttctgccacctgatgtgctgctgctgtgtggaattgctgccgccagctgata 31357101  T
Q  500 tagtgctgacagcatgcatagcaggctgctgttcgccctctcccagcgctgaactgctgctcctgtcggctgatacggtgttgttcgccctcccccagcc 599  Q
    | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31357102 tggtgctgacagcacgcatagcaggttgctgttcgccctctcccagcactgaactgctgctcctgtcggctgatacggtgttgttcgccctcccccagcc 31357201  T
Q  600 tagctttacacatatatgcttccttccatccttgt 634  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31357202 tagctttacacatatatgcttccttccatccttgt 31357236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 531; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 630
Target Start/End: Original strand, 16993892 - 16994521
Alignment:
Q  1 ttttttcgatgtgaattatgaggaagaggtatgcgttcttttgttatacgggagcagctgtttttgtataattaacatacaggtggcccttatgcagctc 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  16993892 ttttttctatgtgaattatgaggaaggggtatgcgttcttttgttatacgggagcagctgtttttatataattaacatataggtggcccttacgcagctc 16993991  T
Q  101 tttttgtcttaagagttttcaaaccaataacaacatccaagtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcggatatatcattgcttaccttattgtaat 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16993992 tttttgtctta-gagttttcaaaccaataacaacatcgacgtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcagatatatcattgcttaccttattgtaat 16994090  T
Q  201 aatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacctat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16994091 aatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagtttcagctcatgtacccattggatagtgtatgagaggcccaaagcttcacctat 16994190  T
Q  301 acccgattcacatataggactagactgtagcgtcttggctgccacaaactgtccaacttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacattcaaggat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16994191 acccgattcacatataggactagaccgtagcgtcttggctgccacaaactgtccagcttcgtcccttataaacatataaacaccaataacattcaaggat 16994290  T
Q  401 ctcgagaattccgcgtcaacattacacttaagcctt-ccgtgcctggtttctgccacctgatgtgctgctgttgtgtggaattgctgccgccagctgata 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  16994291 ctcgagaattccgcgtcaacattacacttaagccttcccgtgcctggtttctgctacctgatgtgctgctgctgtgtggaattgctgctgccagctgata 16994390  T
Q  500 tagtgctgacagcatgcatagcaggctgctgttcgccctctcccagcgctgaactgctgctcctgtcggctgatacggtgttgttcgccctcccccagcc 599  Q
    | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16994391 tggtgctgacagcacgcatagcaggttgctgttcgccctctcccagcactgaactgctgctcctgtcggctgacacggtgttgttcgccctcccccagcc 16994490  T
Q  600 tagctttacacatatatgcttccttccatcc 630  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16994491 tagctttacacatatatgcttccttccatcc 16994521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 193 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 15333298 - 15333060
Alignment:
Q  193 attgtaataatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagct 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |    ||||| || ||| |||||||||| |||| ||||| ||||| |||||  | |||||| |||||||||    
T  15333298 attgtaataatctacaacccttttggcagc----tcaaaatcaacaatagtgagttgtagcttatgtatccattagatagtatttgagagacccaaagct 15333203  T
Q  293 tcacctatacccgattcacatataggactagactgtagcgtcttggctgccacaaactgtccaacttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacat 392  Q
    |||||||||  ||  ||||| |  ||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||  ||||||||||    
T  15333202 tcacctatattcggatcacaca--ggactagaccgcaacgtctttgctgccacaaactgtccaacttcgtccctcatacacatttcaaatccaataacat 15333105  T
Q  393 tcaaggatctcgagaattccgcgtcaacattacacttaagccttcc 438  Q
    ||||||| ||||| ||  || |||   |||||||||||||||||||    
T  15333104 tcaaggaactcga-aaagccacgtaggcattacacttaagccttcc 15333060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 141 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 15333407 - 15333315
Alignment:
Q  141 gtctacaatcatcaatggttg--cgctgaattcggatatatcattgcttaccttattgtaataatctacaacccttttggcatccatctcaaa 231  Q
    ||||||||||||||| | |||  ||| ||||||| | ||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  15333407 gtctacaatcatcaacgattgggcgccgaattcgaaaatatcattgcttctcttattgtaataatctacaatccttttggcatccaactcaaa 15333315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 198 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 19477290 - 19477194
Alignment:
Q  198 aataatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttc 294  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||  ||||| || |||||| |||||||||| ||||| |||||  |||| |||||||| || |||||||||||    
T  19477290 aataatctacaaccgtcttggcatccaattcaaaatcaacattattgagttgcagttcatgcacccaacggatggcgtatgaaagtcccaaagcttc 19477194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 200 - 294
Target Start/End: Original strand, 30092117 - 30092211
Alignment:
Q  200 taatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttc 294  Q
    |||||||||||| |||| ||||| | |||||| || ||||| || ||||| || ||||| |||||| ||||||| | |||||| |||| ||||||    
T  30092117 taatctacaaccttttttgcatcgaactcaaaatccacatttgtaagttgtagttcatgcacccatcggatagcatgtgagagtcccagagcttc 30092211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 30198022 - 30197400
Alignment:
Q  1 ttttttcgatgtgaattatgaggaagaggtatgcgttcttttgttatacgggagcagctgtttttgtataattaacatacaggtggcccttatgcagctc 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  30198022 ttttttctatgtgaattatgaggaaggggtatgcgttcttttgttatacgggagcagctgtttttgtataattaacatataggtggcccttacgcagctc 30197923  T
Q  101 tttttgtcttaagagttttcaaaccaataacaacatccaagtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcggatatatcattgcttaccttattgtaat 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30197922 tttttgtctta-gagttttcaaaccaataacaacataaacgtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcagatatatcattgcttaccttattgtaat 30197824  T
Q  201 aatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacctat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30197823 aatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagtttcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacctat 30197724  T
Q  301 acccgattcacatataggactagactgtagcgtcttggctgccacaaactgtccaacttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacattcaaggat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30197723 acccgattcacatataggactagaccgtagcgtcttggctgccacaaactgtccagcttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacattcaaggat 30197624  T
Q  401 ctcgagaattccgcgtcaacattacacttaagcctt-ccgtgcctggtttctgccacctgatgtgctgctgttgtgtggaattgctgccgccagctgata 499  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30197623 ctcgtgaattccgcgtcaacattacacttaagccttcccgtgcctggtttctgccacctgatgtgctgctgctgtgtggaattgctgccgccagctgata 30197524  T
Q  500 tagtgctgacagcatgcatagcaggctgctgttcgccctctcccagcgctgaactgctgctcctgtcggctgatacggtgttgttcgccctcccccagcc 599  Q
    | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30197523 tggtgctgacagcacgcatagcaggttgctgttcgccctctcccagcactgaactgctgctcctgtcggctgatacggtgttgttcgccctcccccagcc 30197424  T
Q  600 tagctttacacatatatgcttcct 623  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  30197423 tagctttacacatatatgcttcct 30197400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 112 - 437
Target Start/End: Original strand, 11524146 - 11524471
Alignment:
Q  112 agagttttcaaaccaataacaacatccaagtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcggatatatcattgcttaccttattgtaataatctacaacc 211  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||    
T  11524146 agagttttcaaaccaagaacaacatcgacgtctacaatcatcaatgattgcgccaaattcagatatatcattgcttcctttaatgtaataatctacagcc 11524245  T
Q  212 cttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacctatacccgattcac 311  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||||||  || ||||    
T  11524246 cgtttggcatccatctcaaaatcgacattagtgagttgcagctcatgtacccactgaatagcatatgacagacccaaagcttcacctatacttgaatcac 11524345  T
Q  312 atataggactagactgtagcgtcttggctgccacaaactgtccaacttcgtcccttataaacatatcaacaccaataacattcaaggatctcgagaattc 411  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  11524346 atataggactagaccgtagcgtctttgctgccacaaactgtccaacttcgtcccttatacacataccaaatccaataacattcaaggaactcgagaatgc 11524445  T
Q  412 cgcgtcaacattacacttaagccttc 437  Q
     ||||| | |||||||||||||||||    
T  11524446 agcgtcgagattacacttaagccttc 11524471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 112 - 325
Target Start/End: Original strand, 20463635 - 20463848
Alignment:
Q  112 agagttttcaaaccaataacaacatccaagtctacaatcatcaatggttgcgctgaattcggatatatcattgcttaccttattgtaataatctacaacc 211  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | | |||||||||| |||||| ||| ||  ||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  20463635 agagttttcaaaccaagaacaacaccgacgtctacaatcctcaatgattgtgccaaattcagatatatcattgcttcctttaatgtaataatctacaacc 20463734  T
Q  212 cttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcacctatacccgattcac 311  Q
    | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||  || ||||    
T  20463735 cgtttggcatccatctcaaaatcaacattagtgagttgcagctcatgtacccactggatagcatatgacagacccaaagcttcacctatacttgaatcac 20463834  T
Q  312 atataggactagac 325  Q
    ||||||||||||||    
T  20463835 atataggactagac 20463848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 198 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 25938957 - 25938861
Alignment:
Q  198 aataatctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttc 294  Q
    |||||||||||||  | ||||||||||  ||||| || ||||| || ||| | || |||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||||||    
T  25938957 aataatctacaactttcttggcatccaattcaaaatccacatttgttagtagtagttcatgtacccattggatagcatgtgagagtcccatagcttc 25938861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 203 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 26622577 - 26622481
Alignment:
Q  203 tctacaacccttttggcatccatctcaaagtcgacattagtgagttgcagctcatgtacccattggatagcgtatgagaggcccaaagcttcaccta 299  Q
    |||||||| || ||||| |||| ||| || |||||||| | |||||| |||||||| ||||| |||||||| | ||| |  ||| ||||||||||||    
T  26622577 tctacaactctcttggcttccaactcgaaatcgacatttgggagttgtagctcatgaacccactggatagcttgtgacaaaccctaagcttcaccta 26622481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University