View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9284_low_23 (Length: 560)

Name: NF9284_low_23
Description: NF9284
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9284_low_23
NF9284_low_23
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-556)||(15788472-15789027)
chr2 (8-461)||(15792768-15793221)
chr2 (1-461)||(15778892-15779349)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 15789027 - 15788472
Alignment:
Q  1 ttcattgcaatgtgactttctctacttcgaagctttgacaatccaatatctactacctttggtacaaattccttgtcaagaagaatattttctggtctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15789027 ttcattgcaatgtgactttctctacttcgaagctttgacaatccaatattaactacctttggtacaaattccttgtcaagatgaatattttctggtctaa 15788928  T
Q  101 tatcataatgaattattctatattcacattgctcatgtaaataacaaattcctttagctattccaatcgcaattgcacgaagcttttcaaaatctaagtc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||    
T  15788927 tatcataatgaattattctatattcacatccctcatgtaaataagaaattcctttagctattccaatcgcaatatcacgtagcttttcaaaatctaagtc 15788828  T
Q  201 gtcgcggttcttgctgtcaaataagtacttggctagagaacgctttttaacatactcataaacaagtgcgtttttatcacggagaaggcagaatccataa 300  Q
     |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  15788827 atcgcagttcttgctgtcgaataggtacttggctaaagaaccattttcaacatactcataaacaagtgcatttttatcacggtgaaggcagaagccataa 15788728  T
Q  301 actttgactatattgatatgatgaattcttgcaattgtgctaacatcttctatgaattgttcttccattcccatttcaaaacagtgaaaatctttgactg 400  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||    
T  15788727 actttgattatattggtatgatgaattcttgcaattgtgctaacatcttctatgaattgttcttccattcccattataaaacagttgaaatctttgactg 15788628  T
Q  401 caactttttctccatttgataattctcctttgaagtcagttccagaagcactagaacctaacatagctttgtgttgtctcatcttaccaaaagaaaaaga 500  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15788627 caactttttgtccatttgataattctcctttgaagtcagttccagaagcactagaacctaacatggttttgtgttgtctcatcttaccaaaagaaaaaga 15788528  T
Q  501 agtgtagttgcacttgtttgtaatttcatcaagttgttctgatgtccatctcattg 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  15788527 agtgtagttgcacttgtttgtaatttcatcaagttgttctggtgtgaatctcattg 15788472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 8 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 15793221 - 15792768
Alignment:
Q  8 caatgtgactttctctacttcgaagctttgacaatccaatatctactacctttggtacaaattccttgtcaagaagaatattttctggtctaatatcata 107  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||| |||  ||| ||| ||| | || | | |||| ||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  15793221 caatgttactttctctacttctaagctttgctaatccaaaatcagctatcttaggttctaacttcatgtcgagaagaacattttctggttttatatcata 15793122  T
Q  108 atgaattattctatattcacattgctcatgtaaataacaaattcctttagctattccaatcgcaattgcacgaagcttttcaaaatctaagtcgtcgcgg 207  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||   || ||||||||| |||| ||||||||   | ||||||||| |||||| ||||| | ||||    
T  15793121 atgaattattctatgtttacattcctcatgtaaataagcgatacctttagctgttccgatcgcaatcttatgaagcttttgaaaatcaaagtcattgcgg 15793022  T
Q  208 ttcttgctgtcaaataagtacttggctagagaacgctttttaacatactcataaacaagtgcgtttttatcacggagaaggcagaatccataaactttga 307  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||  ||||  || || ||||||||||||||   |||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||    
T  15793021 ttcttgctgccaaatatgtacttgtctagagaaccattttccacgtattcataaacaagtgctcgtttatcacggtgaaagcagaagccataaagtttga 15792922  T
Q  308 ctatattgatatgatgaattcttgcaattgtgctaacatcttctatgaattgttcttccattcccatttcaaaacagtgaaaatctttgactgcaacttt 407  Q
    ||| ||||||||||| | ||||| |||||||| |||| ||| || ||||||| |||||||||||||| || |||||||  | | |||| |||||||| ||    
T  15792921 ctaaattgatatgataagttcttccaattgtgataacttctgctttgaattgctcttccattcccatatccaaacagttgagaactttcactgcaacatt 15792822  T
Q  408 ttctccatttgataattctcctttgaagtcagttccagaagcactagaacctaa 461  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| |||||| |||||||||    
T  15792821 ttctccatttgataattctcctttgaagacaacgccaaaagcaccagaacctaa 15792768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 461
Target Start/End: Original strand, 15778892 - 15779349
Alignment:
Q  1 ttcattgcaatgtgactttctctacttcgaagctttgacaatccaatatctactacctttggtacaaattccttgtcaagaagaatattttctggtctaa 100  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||  | |||||  ||||||| |||  |||  |||||||| |||| | |||||||||||| |||||||||| | |    
T  15778892 ttcattacaatgttactttctctacttcttaactttgctaatccaaaatcagctatttttggtactaatttcatgtcaagaagaacattttctggtttga 15778991  T
Q  101 tatcataatgaattattctatattcacattgctcatgtaaataacaaattcctttagctattccaatcgcaattgcacgaagcttttcaaaatctaagtc 200  Q
    ||||||||||||||||||| |  | ||| | |||||||||||||  ||||||||| ||  ||||||| |||||  |  ||| ||||   || || |   |    
T  15778992 tatcataatgaattattctttgctgacaatcctcatgtaaataagcaattcctttcgccgttccaatagcaatctcctgaaactttcgcaactcaa---c 15779088  T
Q  201 gtcgcggttcttgctgtcaaataagtacttggctagagaacgctttttaacatactcataaacaagtgcgtttttatcacggagaaggcagaatccataa 300  Q
    ||| || ||||||||  |||||||||||||| | |||||||  |||| |||||||||||||||||||||  |  | ||| ||  || |||||||||||||    
T  15779089 gtcacgattcttgctaccaaataagtacttgtcaagagaaccattttcaacatactcataaacaagtgctctcgtgtcatggtcaaagcagaatccataa 15779188  T
Q  301 actttgactatattgatatgatgaattcttgcaattgtgctaacatcttctatgaattgttcttccattcccatttcaaaacagtgaaaatctttgactg 400  Q
    | |||||||| ||||||||| | | ||||| |||| |||||||| ||| || ||||||| |||||||||||||| || |||||||  | | |||| ||||    
T  15779189 agtttgactaaattgatatggtaagttcttccaatagtgctaacttctgctttgaattgctcttccattcccatatccaaacagttgagaacttttactg 15779288  T
Q  401 caactttttctccatttgataattctcctttgaagtcagttccagaagcactagaacctaa 461  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||  |||| |||||| |||||||||    
T  15779289 caacattttctccatttggtaattctcctttaaagacaactccaaaagcaccagaacctaa 15779349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University