View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9284_low_6 (Length: 783)

Name: NF9284_low_6
Description: NF9284
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9284_low_6
NF9284_low_6
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (100-770)||(13412787-13413455)
chr5 (112-609)||(13419291-13419788)
chr5 (116-609)||(13426182-13426675)
chr5 (112-623)||(13388959-13389470)
chr5 (140-633)||(13453771-13454264)
chr5 (110-597)||(13446854-13447341)
chr5 (116-623)||(13385142-13385649)
chr5 (122-616)||(13393376-13393870)
chr5 (276-607)||(13373035-13373366)
chr5 (467-606)||(13378832-13378971)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (116-623)||(47601099-47601606)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (471-579)||(28430701-28430809)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-35)||(17249525-17249559)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 632; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 632; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 100 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 13413455 - 13412787
Alignment:
Q  100 ctgtaattggtgtaataaatacaggcatgagcttgcgggtatagtaacagaagtaggaagcaaagtggagaagtttaaagttggagacaaagtaggtgtt 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13413455 ctgtaattggtgtaataaatacaggcatgagcttgcgggtatagtaacagaagtaggaagcaaagtggagaagtttaaagttggagacaaagtaggtgtt 13413356  T
Q  200 ggctacttgattgattcatgtcgatcatgccaagattgtaatgacaatcttgagaattactgccccaaatttgtagtcacatgtggtgccaagtatcgtg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13413355 ggctacttgattgattcatgtcgatcatgccaagattgtaatgacaatcttgagaattactgccccaaatttgtagtcacatgtggtgccaagtatcgtg 13413256  T
Q  300 atggaaccgtcacatatggaggttactctgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaatttgctggtcc 399  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13413255 atggaaccgtcacttatggaggttactccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaatttgctggtcc 13413156  T
Q  400 tctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggc 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13413155 tctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggc 13413056  T
Q  500 catatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctg 599  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13413055 catatggctgtgaaatttgccaaagctttcggtgctaatgttaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttaggagctg 13412956  T
Q  600 attcatttctgataagtagtgacccaaagcagattcaggtaccatacaatatgtgattcatttgattttgagatgcattatttcagaaatcgacaattat 699  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13412955 attcatttctgataagtagtgacccaaagcagattcaggtgccatacaatatatgattcatttgattttgagatgcattatttcagaaatcgacaattat 13412856  T
Q  700 aatttataaacacatattattgataaatttttagggtgcaattggtactttggatggtattattgacacag 770  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13412855 aatttataaacac--attattgataaatttttagggtgcaattggtactttggatggtattattgacacag 13412787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 112 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 13419788 - 13419291
Alignment:
Q  112 taataaatacaggcatgagcttgcgggtatagtaacagaagtaggaagcaaagtggagaagtttaaagttggagacaaagtaggtgttggctacttgatt 211  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| || ||    
T  13419788 taataaatgcaggcatgaacttgcgggtatagtaaccgaggttggaagcaaagtagaaaagtttaaagttggagacaaagttggtgtgggatacatggtt 13419689  T
Q  212 gattcatgtcgatcatgccaagattgtaatgacaatcttgagaattactgccccaaatttgtagtcacatgtggtgccaagtatcgtgatggaaccgtca 311  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  13419688 gattcatgtcgttcatgccaaaattgtgctgacgatcttgagaattactgcccaacatttacagtcacatgtggtgcaaagtatcgtgatggcaccgtca 13419589  T
Q  312 catatggaggttactctgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgc 411  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||   ||| |||||||| ||||| ||    
T  13419588 catatggaggttactccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgctgccggtcctcttctttgcgc 13419489  T
Q  412 tggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtg 511  Q
    |||  |||| || |||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13419488 tggaatcacagtgtatagtcctcttcgacattttgaactcgacaagcctggtatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtg 13419389  T
Q  512 aaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgattcatttct 609  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  13419388 aaatttgcaaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctcacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgactcgtttct 13419291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 116 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 13426675 - 13426182
Alignment:
Q  116 aaatacaggcatgagcttgcgggtatagtaacagaagtaggaagcaaagtggagaagtttaaagttggagacaaagtaggtgttggctacttgattgatt 215  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| || ||||||    
T  13426675 aaatgcaggcatgaacttgcgggtattgtaacagaggttggaagcaaagtagaaaagtttaaagttggagacaaagtaggagtgggatacatggttgatt 13426576  T
Q  216 catgtcgatcatgccaagattgtaatgacaatcttgagaattactgccccaaatttgtagtcacatgtggtgccaagtatcgtgatggaaccgtcacata 315  Q
    ||||||| |||||| || |||||   ||  |||||||||||||||||||| ||     ||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  13426575 catgtcgttcatgcgaaaattgtgcggaagatcttgagaattactgcccccaacaaacagttacatgtggtgctaagtatcgtgatggcagcgtcacata 13426476  T
Q  316 tggaggttactctgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggt 415  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||  |||| |||||||| ||||| |||||     
T  13426475 tggaggttattccgactcaatggttgcagatgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgttgccggtcctcttctttgcgctgga 13426376  T
Q  416 gtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaat 515  Q
    ||||| || ||||||||||||||   ||||  |||||| ||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13426375 gtcacagtgtatagtcctcttcgtcattttcaactcgacaagcctggtatgaatataggcgttgttggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaat 13426276  T
Q  516 tcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgattcatttct 609  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || |||||||| || |||||    
T  13426275 tcgccaaagcttttggtgctaatgtaacagtaattagtacatcgcctagcaaagaaaaggaagcgatagaacatttaggagctgactcgtttct 13426182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 112 - 623
Target Start/End: Original strand, 13388959 - 13389470
Alignment:
Q  112 taataaatacaggcatgagcttgcgggtatagtaacagaagtaggaagcaaagtggagaagtttaaagttggagacaaagtaggtgttggctacttgatt 211  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||| ||| | || ||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  13388959 taataaatacaggcatgagattgttggtatagtgacaaaggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacatggtt 13389058  T
Q  212 gattcatgtcgatcatgccaagattgtaatgacaatcttgagaattactgccccaaatttgtagtcacatgtggtgccaagtatcgtgatggaaccgtca 311  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||| |||||||| |||| ||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||   ||    
T  13389059 gattcatgtcgatcatgtcaaaattgtgttgacaatcttgaaaattactgtcccacatttactttcacatgtggtgccaagtatcgcgatggaacgagca 13389158  T
Q  312 catatggaggttactctgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgc 411  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||| ||| ||| |||||||||     |||| ||||||  |||||  ||||||||||||||    
T  13389159 catatggaggttattctgactcattggttgcagatgagaacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgc 13389258  T
Q  412 tggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtg 511  Q
    |||  |||| || || ||||||||| ||| || |||||||||||| |||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  13389259 tgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggactcgataaacctggtcttcgtataggtgttgttggtcttggtgggcttggtcacatggctgtg 13389358  T
Q  512 aaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgattcatttctga 611  Q
    ||||| |||||||| || ||||| | ||| || || ||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  13389359 aaatttgccaaagcatttggtgcgattgtaacagtgattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatagaacacttaggagccgattcatttctga 13389458  T
Q  612 taagtagtgacc 623  Q
    ||||| ||||||    
T  13389459 taagtcgtgacc 13389470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 140 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 13454264 - 13453771
Alignment:
Q  140 atagtaacagaagtaggaagcaaagtggagaagtttaaagttggagacaaagtaggtgttggctacttgattgattcatgtcgatcatgccaagattgta 239  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||| || | |||| ||||||| ||||  ||||| ||| |||||     
T  13454264 atagttacagaagtgggaagcaaagtgaaaaagttcaaagttggagacagagtaggtgtgggatgcttggttgattcttgtcactcatgtcaaaattgtg 13454165  T
Q  240 atgacaatcttgagaattactgccccaaatttgtagtcacatgtggtgccaagtatcgtgatggaaccgtcacatatggaggttactctgactcaatggt 339  Q
     ||| ||||||||||||||||| ||| ||||   | ||||   |||| |||| ||  |||||||||||  |||  ||||||| | |||||||||||||||    
T  13454164 ttgataatcttgagaattactgtccccaattgacactcactgatggttccaaatacagtgatggaaccagcactcatggaggcttctctgactcaatggt 13454065  T
Q  340 tgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcga 439  Q
    | | ||||||||||||||| |||||||||| ||  |  ||||||||||    |||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  13454064 ttccgacgagcactttgtgtttcgcattccagatcagttacctcttgatgcagctgctcctctcctttgtgctgggataaccgtatatagtcctcttcga 13453965  T
Q  440 ttttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatg 539  Q
      |||||||||||| ||||||| | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13453964 cattttggactcgacaagcctgatatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggccgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatg 13453865  T
Q  540 tgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgattcatttctgataagtagtgacccaaagcagat 633  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||  |||| || |||||||| |||||  |||| |||||||||||    
T  13453864 tgaccgtaattagtacatcacctaaaaaggaaaaggaagcattagaacacttacgagcggactcatttctaataagccgtgatccaaagcagat 13453771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 110 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 13447341 - 13446854
Alignment:
Q  110 tgtaataaatacaggcatgagcttgcgggtatagtaacagaagtaggaagcaaagtggagaagtttaaagttggagacaaagtaggtgttggctacttga 209  Q
    ||||||||||| ||||| || ||| ||||| |||||||||| || |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||     
T  13447341 tgtaataaatataggcacgaacttacgggtgtagtaacagaggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatgg 13447242  T
Q  210 ttgattcatgtcgatcatgccaagattgtaatgacaatcttgagaattactgccccaaatttgtagtcacatgtggtgccaagtatcgtgatggaaccgt 309  Q
    ||||||||||||| || ||| || |||||   ||| || |||||||||||||| |||||| |      ||||    ||  |||| ||||||||| ||  |    
T  13447241 ttgattcatgtcgttcttgcgaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactat 13447142  T
Q  310 cacatatggaggttactctgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgt 409  Q
    ||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||   ||| |||||||| |||||     
T  13447141 cacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgc 13447042  T
Q  410 gctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctg 509  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13447041 gctggagtcacagtgtatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgttggtcttggtggacttggtcatatggctg 13446942  T
Q  510 tgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagc 597  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13446941 tgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgaccgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 13446854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 116 - 623
Target Start/End: Original strand, 13385142 - 13385649
Alignment:
Q  116 aaatacaggcatgagcttgcgggtatagtaacagaagtaggaagcaaagtggagaagtttaaagttggagacaaagtaggtgttggctacttgattgatt 215  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||||| ||| | || ||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  13385142 aaatacaggcatgagattgttggtatagtgacaaaggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacataattgatt 13385241  T
Q  216 catgtcgatcatgccaagattgtaatgacaatcttgagaattactgccccaaatttg-tagtcacatgtggtgccaagtatcgtgatggaaccgtcacat 314  Q
    |||||||||| || ||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||  ||    || | |||  ||||| || | |||||||||||||| |||||     
T  13385242 catgtcgatcgtgtcaaaattgtgttgacaatcttgaaaattactgccccgcatacactact-acagttggtggcatgcatcgtgatggaaccatcacac 13385340  T
Q  315 atggaggttactctgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctgg 414  Q
    | |||||||| ||||||||| ||||||  |  ||| |||| ||| ||| |||||||||     |||| ||||||  |||||  |||||||||||||||||    
T  13385341 acggaggttattctgactcattggttgtggctgagaacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgg 13385440  T
Q  415 tgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaa 514  Q
      |||| || || ||||||||| |||  ||||||||||| || |||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  13385441 gatcactgtgtacagtcctcttagatactttggactcgacaaacctggtcttcatgtcggtgttgttggtcttggtgggcttggtcacatggctgtgaaa 13385540  T
Q  515 ttcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgattcatttctgataa 614  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13385541 tttgccaaagcttttggtgctaatgtgaccgtaattagtacatctgctagcaaagaaaaggaagcaaaagaacacttaggagctgattcatttctgataa 13385640  T
Q  615 gtagtgacc 623  Q
    || ||||||    
T  13385641 gtcgtgacc 13385649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 122 - 616
Target Start/End: Original strand, 13393376 - 13393870
Alignment:
Q  122 aggcatgagcttgcgggtatagtaacagaagtaggaagcaaagtggagaagtttaaagttggagacaaagtaggtgttggctacttgattgattcatgtc 221  Q
    ||||||||| |||| |||||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||| || | |||  ||||||| ||||    
T  13393376 aggcatgagattgctggtatagtgacggaggtaggaagcaaagtagagaagttcaaaattggagacaaagtgggtgtgggatgcttagttgattcgtgtc 13393475  T
Q  222 gatcatgccaagattgtaatgacaatcttgagaattactgccccaaatttgtagtcacatgtggtgccaagtatcgtgatggaaccgtcacatatggagg 321  Q
    |  |||||||| | ||| | || |||||||||||||| ||||| |||     |   |||| | ||||||| ||  ||||||||| | |||||||||||||    
T  13393476 gtgcatgccaaaactgtgaggaaaatcttgagaattattgccctaaacaaacaaatacatatagtgccaaatacagtgatggaagcatcacatatggagg 13393575  T
Q  322 ttactctgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcacc 421  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||| |||||||||   | |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | ||     
T  13393576 gtactctgactcaatggttgcagatgagcactttatagttcacattcctgatggcttaccacttgaatctgctgctcctctcctttgtgccggtattact 13393675  T
Q  422 gtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgcca 521  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||| || || |    
T  13393676 gtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaagcctggtatgaatataggtattgttggtcttggtggacttggtcacttgggtgtgaagtttgcaa 13393775  T
Q  522 aagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgattcatttctgataagt 616  Q
    ||||||| || |||||||| || |||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||    
T  13393776 aagcttttggagctaatgtaacagtaattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatagaaaacctaggagctgattcatttcttataagt 13393870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 276 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 13373366 - 13373035
Alignment:
Q  276 tcacatgtggtgccaagtatcgtgatggaaccgtcacatatggaggttactctgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaa 375  Q
    |||||| ||| |||||| ||  |||||||||  ||||||||||||| ||||||||  | ||||||||  |||| ||||| ||||| || ||||||||       
T  13373366 tcacatatggcgccaagaatattgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgcccacgaacacttcgtgatccgtattcctgatgc 13373267  T
Q  376 catacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggt 475  Q
    | |||| |||||    |||| |||||| |||||||| ||  |||| |||||||| ||| |   || |||||||||  | ||||||||||||||| | |||    
T  13373266 cttaccacttgatgccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtatatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggt 13373167  T
Q  476 gttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaagg 575  Q
    || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| || || || || || || ||||||||| | ||||    
T  13373166 gtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttaccaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaagg 13373067  T
Q  576 aagcaatagaacacttgggagctgattcattt 607  Q
    |||| || |||||||| |||||||| ||||||    
T  13373066 aagccattgaacacttaggagctgactcattt 13373035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 467 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 13378971 - 13378832
Alignment:
Q  467 catataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaaca 566  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| || || ||  | ||||| || |||||||    
T  13378971 catataggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaaca 13378872  T
Q  567 aagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgattcatt 606  Q
    || | |||||||| || |||| ||| |||||||| |||||    
T  13378871 aaaagaaggaagccattgaacgcttaggagctgactcatt 13378832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 116 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 47601606 - 47601099
Alignment:
Q  116 aaatacaggcatgagcttgcgggtatagtaacagaagtaggaagcaaagtggagaagtttaaagttggagacaaagtaggtgttggctacttgattgatt 215  Q
    |||||||| |||||| |||  |||||||| ||| |||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | |||| ||||    
T  47601606 aaatacagacatgagattgttggtatagtgacaaaagtgggaagcaaagtagaaaagttcaaagttggagacaaagtgggtgttggcttcatgatcgatt 47601507  T
Q  216 catgtcgatcatgccaagattgtaatgacaatcttgagaattactgccccaaatttgtagtcacatgtggtgccaagtatcgtgatggaaccgtcacata 315  Q
    ||||  |||| || ||| |||||  ||| |||||||| | ||| || ||    |||  || ||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||    
T  47601506 catgcagatcgtgtcaaaattgtgctgaaaatcttgaaagttattgtcctcgctttacagccacatgtggtgccaaatatcgtgatggcaccaccacata 47601407  T
Q  316 tggaggttactctgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggt 415  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||     | || ||||||  | ||| |||||| |||||||| |||    
T  47601406 cggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctactgctcctcttctttgtgccggt 47601307  T
Q  416 gtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaat 515  Q
     |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |    
T  47601306 atcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgataaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggacttggtcacatggctgttaagt 47601207  T
Q  516 tcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgattcatttctgataag 615  Q
    | || |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||  ||| |||||||| |||||| |||||||    
T  47601206 ttgctaaagcttttggggctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttaggagctgactcatttttgataag 47601107  T
Q  616 tagtgacc 623  Q
    | ||||||    
T  47601106 tcgtgacc 47601099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 471 - 579
Target Start/End: Original strand, 28430701 - 28430809
Alignment:
Q  471 taggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaaga 570  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || || ||||| || || ||||||||| |    
T  28430701 taggtgtggttggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaaggtaacagtgattagcacttctcctaacaaaaa 28430800  T
Q  571 aaaggaagc 579  Q
     ||||||||    
T  28430801 gaaggaagc 28430809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 35
Target Start/End: Original strand, 17249525 - 17249559
Alignment:
Q  1 cttgcctcctattcatgtataagtaattttgatag 35  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17249525 cttgcctcctattcatgtataagtaatattgatag 17249559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University