View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9287_high_6 (Length: 450)

Name: NF9287_high_6
Description: NF9287
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9287_high_6
NF9287_high_6
[»] chr1 (27 HSPs)
chr1 (15-450)||(13161711-13162146)
chr1 (15-450)||(13130018-13130453)
chr1 (15-450)||(13094589-13095024)
chr1 (146-450)||(13101190-13101494)
chr1 (190-450)||(13007390-13007650)
chr1 (189-450)||(13069917-13070178)
chr1 (146-450)||(19727343-19727647)
chr1 (41-450)||(13204649-13205058)
chr1 (22-448)||(30367679-30368108)
chr1 (232-347)||(13244302-13244417)
chr1 (193-347)||(13271882-13272036)
chr1 (145-327)||(13214132-13214314)
chr1 (172-332)||(13064937-13065097)
chr1 (22-84)||(13067750-13067812)
chr1 (189-351)||(19278906-19279068)
chr1 (376-446)||(19279096-19279166)
chr1 (376-441)||(13065141-13065206)
chr1 (41-84)||(13010797-13010840)
chr1 (245-331)||(12963705-12963791)
chr1 (376-446)||(12963803-12963873)
chr1 (377-446)||(13271780-13271849)
chr1 (376-432)||(13080793-13080849)
chr1 (377-435)||(13244450-13244508)
chr1 (227-332)||(13080641-13080746)
chr1 (380-449)||(13086298-13086367)
chr1 (41-84)||(13069781-13069824)
chr1 (245-351)||(13086399-13086505)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (397-450)||(36668315-36668368)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (193-329)||(31396420-31396557)
chr6 (32-82)||(31396260-31396310)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (397-450)||(12164463-12164516)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 27)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 13162146 - 13161711
Alignment:
Q  15 tcaatagaagaagttcaaggttgcccaagaatatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcccttggtgaagagcaaagcaaatgcagcaat 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13162146 tcaagagaagaagttcaaggttgcccaagaatatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcccttggtgaagagcaaagcaaatgcagcaac 13162047  T
Q  115 gaagaaatggaccaatgttttttaggcatggtaaaagccctaaagatagaaggatatggaaaaggggaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13162046 gaagaaatggaccaatgttttttaggcatggtaaaagccctaaagaaagaaggatatggaaagggggaaatcagtgagaagtatcttagagatactgcac 13161947  T
Q  215 tcactatggtgtttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattca 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13161946 tcactatggtgtttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattca 13161847  T
Q  315 agagatcaaagataattggctaacacaagaggataatcggattatcttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaa 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13161846 agagatcaaagataattggctaacacaagaggataatcggattattttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaa 13161747  T
Q  415 accttaaggctttatcctcctataccttttgagcat 450  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13161746 accttaaggctttatccacctataccttttgagcat 13161711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 13130453 - 13130018
Alignment:
Q  15 tcaatagaagaagttcaaggttgcccaagaatatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcccttggtgaagagcaaagcaaatgcagcaat 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||    
T  13130453 tcaagagaagaagttcaaggttgcccaagaatatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcccatggtgaagagcaaagcaagtgcagcgat 13130354  T
Q  115 gaagaaatggaccaatgttttttaggcatggtaaaagccctaaagatagaaggatatggaaaaggggaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  13130353 gaagaaatggaccaatgttttttaggcatggtaaaagccctaaagaatgaaggatatggaaagggtgaaatcagtgagaagtatcttagagatactgcat 13130254  T
Q  215 tcactatggtgtttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattca 314  Q
    | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13130253 ttactatgttttttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattca 13130154  T
Q  315 agagatcaaagataattggctaacacaagaggataatcggattatcttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaa 414  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13130153 agagatcaaagataattggttaacacaagagggtaatcggattactttgaggcatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaa 13130054  T
Q  415 accttaaggctttatcctcctataccttttgagcat 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13130053 accttaaggctttatcctcctataccttttgagcat 13130018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 13095024 - 13094589
Alignment:
Q  15 tcaatagaagaagttcaaggttgcccaagaatatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcccttggtgaagagcaaagcaaatgcagcaat 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| ||    
T  13095024 tcaagagaagaagttcaaggttgcccaagaatatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcccatggtgaagagcaaagtaagtgcagctat 13094925  T
Q  115 gaagaaatggaccaatgttttttaggcatggtaaaagccctaaagatagaaggatatggaaaaggggaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcac 214  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13094924 gaagaaatgtaccaatgttttttaggcatggtaaaagccctaaagaatgaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcat 13094825  T
Q  215 tcactatggtgtttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattca 314  Q
    | |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13094824 ttactatgatatttgccggaaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattca 13094725  T
Q  315 agagatcaaagataattggctaacacaagaggataatcggattatcttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaa 414  Q
    |||||||| |||||||||| |||||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13094724 agagatcagagataattggttaacacgagaggattatcggattactttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaa 13094625  T
Q  415 accttaaggctttatcctcctataccttttgagcat 450  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13094624 accttaaggctttatcctcctgtaccttttgagcat 13094589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 146 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 13101494 - 13101190
Alignment:
Q  146 taaaagccctaaagatagaaggatatggaaaaggggaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcactcactatggtgtttgccggaaatggttcaat 245  Q
    ||||||| |||| ||  ||||||| |||||| ||||||||   |||||||||||||||||||| || | ||||| |  | || || ||||||||  || |    
T  13101494 taaaagcactaacgaaggaaggatctggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgtaatcactctctttttagcaggaaatggcccagt 13101395  T
Q  246 tagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagag 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||| || |  |||||||||    
T  13101394 tagttcagctctcagttggtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagag 13101295  T
Q  346 gataatcggattatcttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttg 445  Q
    || |||| ||||   | ||| |||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  13101294 gagaatcagattccttcgagagatgagtatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttg 13101195  T
Q  446 agcat 450  Q
    |||||    
T  13101194 agcat 13101190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 190 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 13007650 - 13007390
Alignment:
Q  190 gagaagtatcttagagacactgcactcactatggtgtttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatc 289  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||||| |  | || || ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| |||    
T  13007650 gagaagtatcttagagacaatgtcctcactctctttttagcaggaaatggcacaattagttcaggtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcatc 13007551  T
Q  290 ctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagaggataatcggattatcttgagggatgtggttcttgataagctagt 389  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||| |||| || |   ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  13007550 ctattgtggaagccaaaattattcaagaaatcaaagataactggcccacacaagaggagaatcagactcctttgagagatgtggatcttgataagctagt 13007451  T
Q  390 atacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcat 450  Q
     ||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13007450 gtacctccatggagctctatgtgaagccatgaggctttatcctcctgtaccttttgagcat 13007390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 189 - 450
Target Start/End: Original strand, 13069917 - 13070178
Alignment:
Q  189 tgagaagtatcttagagacactgcactcactatggtgtttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttat 288  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| || |  | || || ||||||||  || ||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||    
T  13069917 tgagaagtatcttagagacaatgcactctctctctttttagcaggaaatggcacagttacttcaggtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcat 13070016  T
Q  289 cctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagaggataatcggattatcttgagggatgtggttcttgataagctag 388  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||||| || |||||||| ||||  ||||||||||| |||| || |   | ||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  13070017 cctattgtggaagccaaaattattcaagaaataaaagataactggcccacacaagaggagaatcagactccttggagagatgtggatcttgataatctag 13070116  T
Q  389 tatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcat 450  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  13070117 tgtaccttcatggagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcat 13070178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 146 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 19727647 - 19727343
Alignment:
Q  146 taaaagccctaaagatagaaggatatggaaaaggggaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcactcactatggtgtttgccggaaatggttcaat 245  Q
    ||||||| |||| ||  ||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |  ||||||| |  | || || ||||||||  || |    
T  19727647 taaaagcactaatgaaggaaggatctggaaagggggaaatgaatgagaagtatcttagagacaatttactcactctctttttagcaggaaatggcccagt 19727548  T
Q  246 tagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagag 345  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| |||||  |||| ||| |||||||||| ||||  ||||| |||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||    
T  19727547 tagtacaggtctcagttggtttttttggcttgtttcgactcatcctattgtcgaagccaaaattattcaagaaatcaaagataactggcccacacaagag 19727448  T
Q  346 gataatcggattatcttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttg 445  Q
    || || | || |   ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||| || |||| || |||||||||||| |||||||||    
T  19727447 gagaaccagactcctttgagagatgtggatcttgataagctagtgtacctccacggagatctatgttaagccttgagactttatcctcctgtaccttttg 19727348  T
Q  446 agcat 450  Q
    |||||    
T  19727347 agcat 19727343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 41 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 13205058 - 13204649
Alignment:
Q  41 aagaatatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcccttggtgaagagcaaagcaaatgcagc---aatgaagaaatggaccaatgtttttt 137  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       |||||||||| || | || |   | ||||||||||||| |||||| |||    
T  13205058 aagaaaatcttgaccgattcttatatgaaagtataacattttccaaac---aagagcaaaggaagtacaacggtagtgaagaaatggacgaatgttattt 13204962  T
Q  138 aggcatggtaaaagccctaaagatagaaggatatggaaaaggggaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcactcactatggtgtttgccggaaat 237  Q
     | |  || |||||| |  | ||  |||||||||||||| |  ||||| |||| ||||| ||||||||||  | ||||| || |  | || || |||| |    
T  13204961 tgtccgggaaaaagctcggacgaaggaaggatatggaaaggaagaaatgagtgggaagtttcttagagacgatacactctctctcttcttagcaggaagt 13204862  T
Q  238 ggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaa 337  Q
    ||| ||  |||||||| ||| ||||||||||| |||||  |||| ||| |||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||| || |  |    
T  13204861 ggtccagctagttcaggtctaagttggtttttttggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtccta 13204762  T
Q  338 cacaagaggataatcggattatcttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctat 437  Q
    |||||||||| |||| ||||   | ||| |||| |  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| |    
T  13204761 cacaagaggagaatcagattccttcgagagatgagtatcttgataagctagtgtaccttcatggagctatatgtgaagccttgagactttatcctcctgt 13204662  T
Q  438 accttttgagcat 450  Q
    |||||||||||||    
T  13204661 accttttgagcat 13204649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 448
Target Start/End: Original strand, 30367679 - 30368108
Alignment:
Q  22 aagaagttcaaggttgcccaagaatatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcccttggtgaagagcaaagcaaatgcagcaa---tgaag 118  Q
    ||||||| |||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    | |||||| ||||||| |||||||    |||||    
T  30367679 aagaagtacaaggtagctgaagaaaatcttgaccgattcttgtatgaaagtgtaacatttgccaaacgcgaagagaaaagcaagtgcagcagcagtgaag 30367778  T
Q  119 aaatggaccaatgttttttaggcatggtaaaagccctaaagatagaaggatatggaaaaggggaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcactcac 218  Q
    |||||||  ||| || |||   | | |||||||| || | ||  ||||| | |||||| | || | | |||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  30367779 aaatggatgaatcttatttcaactttgtaaaagcactgatgaaggaaggttctggaaatgagggagtgagtgagaagtatcttagagacaatgcactctc 30367878  T
Q  219 tatggtgtttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagag 318  Q
    | |  |||| || || |||||  || ||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  30367879 tcttttgttagcaggtaatggcacacttagttcaagtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaagag 30367978  T
Q  319 atcaaagataattggctaacacaagaggataatcggattatcttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaacct 418  Q
    ||||||||||||||  || || || | || ||| |||| |  |  | ||  |     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||     
T  30367979 atcaaagataattgtgtatcaaaacatgagaattggataacttcaatggtggaaagccttgataagctagtctacctccatggagctatatgtgaatcca 30368078  T
Q  419 taaggctttatcctcctataccttttgagc 448  Q
    | ||| | |||||| || ||||||||||||    
T  30368079 tgaggttgtatcctactgtaccttttgagc 30368108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 232 - 347
Target Start/End: Original strand, 13244302 - 13244417
Alignment:
Q  232 ggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataatt 331  Q
    ||||||||  |||||||||||| ||| |||||||| || |||||  |||||||| ||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13244302 ggaaatggaacaattagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattggggaagcgaaaattattcaagagatcaaagataatt 13244401  T
Q  332 ggctaacacaagagga 347  Q
    | ||||||||||||||    
T  13244402 gtctaacacaagagga 13244417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 193 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 13272036 - 13271882
Alignment:
Q  193 aagtatcttagagacactgcactcactatggtgtttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatccta 292  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||| |  ||  ||| ||||||||  || ||||||||| ||| |||||||| || |||||  |||||||| ||||||    
T  13272036 aagtatattagagacactgcattcactctcttggctgcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatccta 13271937  T
Q  293 ttgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagagga 347  Q
     |||||||| |||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  13271936 atgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagatcattgtctaacacaagagga 13271882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 145 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 13214314 - 13214132
Alignment:
Q  145 gtaaaagccctaaagatagaaggatatggaaaaggggaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcactcactatggtgtttgccggaaatggttcaa 244  Q
    |||||||| |||| ||  ||||||| |||||| ||||||||   |||||||||||||||||||| |||  ||||| |  | || || ||||||||  ||     
T  13214314 gtaaaagcactaatgaaggaaggatttggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcgatcactctctttttagcaggaaatggcccag 13214215  T
Q  245 ttagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagat 327  Q
    || |||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||||||  ||||| |||||||| || ||||||    
T  13214214 ttcgttcaggtctcatttggtttttctggcttgtttcaactcatcttattgtggaagctaaaattattcaagaaataaaagat 13214132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 172 - 332
Target Start/End: Original strand, 13064937 - 13065097
Alignment:
Q  172 ggaaaaggggaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcactcactatggtgtttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttct 271  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |  |||| || ||||| ||  || ||||||||| |||||||||||| || |    
T  13064937 ggaaaagggaaaacgagtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaacggcacagttagttcaggtctcagttggttctttt 13065036  T
Q  272 ggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattg 332  Q
    ||||  |||||  | ||||| |||||||||  || || ||||||||||| |||||||||||    
T  13065037 ggcttgtttcatgtcatcctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattg 13065097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 84
Target Start/End: Original strand, 13067750 - 13067812
Alignment:
Q  22 aagaagttcaaggttgcccaagaatatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcc 84  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13067750 aagaagttcaaggtagcccaagaaaatattgaacgattcttgtatgaaagcataacattttcc 13067812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 189 - 351
Target Start/End: Original strand, 19278906 - 19279068
Alignment:
Q  189 tgagaagtatcttagagacactgcactcactatggtgtttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttat 288  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| |||| | |  ||  ||| || |||||  |||||||||| | ||||| |||||| || |||||| | |||||| ||    
T  19278906 tgagatgtatattagagacactgctctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcat 19279005  T
Q  289 cctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagaggataat 351  Q
    |||||||| |||| |||||| |||||||||||||| | ||| ||  ||||| |||||||||||    
T  19279006 cctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataat 19279068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 376 - 446
Target Start/End: Original strand, 19279096 - 19279166
Alignment:
Q  376 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttga 446  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  19279096 cttgataagctagtttatcttcatggagctatatgtgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttga 19279166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 376 - 441
Target Start/End: Original strand, 13065141 - 13065206
Alignment:
Q  376 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctatacct 441  Q
    |||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  13065141 cttgataaactaatttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacct 13065206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 13010840 - 13010797
Alignment:
Q  41 aagaatatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcc 84  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13010840 aagaaaatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcc 13010797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 245 - 331
Target Start/End: Original strand, 12963705 - 12963791
Alignment:
Q  245 ttagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataatt 331  Q
    ||||||||| ||| |||||||| || |||||  |||||||| ||||||||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  12963705 ttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaaactaaaattattcaagagattaaagataatt 12963791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 376 - 446
Target Start/End: Original strand, 12963803 - 12963873
Alignment:
Q  376 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttga 446  Q
    ||||||||||| || || || ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12963803 cttgataagcttgtttatcttcatggagctatttgtgaagctttaaggctttatcctcctataccatttga 12963873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 377 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 13271849 - 13271780
Alignment:
Q  377 ttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttga 446  Q
    ||||||||||  | ||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  13271849 ttgataagctgatttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctataccatttga 13271780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 376 - 432
Target Start/End: Original strand, 13080793 - 13080849
Alignment:
Q  376 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcct 432  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  13080793 cttgataagctagtttaccttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatcct 13080849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 377 - 435
Target Start/End: Original strand, 13244450 - 13244508
Alignment:
Q  377 ttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcct 435  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  13244450 ttgataagcttgtttaccttcatggagccatatgtgaaaccttgaggctatatcctcct 13244508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 227 - 332
Target Start/End: Original strand, 13080641 - 13080746
Alignment:
Q  227 ttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaaga 326  Q
    |||| ||||||||  |||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||  |||||||  ||||||  || || |  ||||| |||||||||||||||||    
T  13080641 ttgcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggtttttttggctggtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaaga 13080740  T
Q  327 taattg 332  Q
    ||||||    
T  13080741 taattg 13080746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 380 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 13086367 - 13086298
Alignment:
Q  380 ataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagca 449  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  13086367 ataaactagtgtaccttcatggagctatatgtgaagcattgaggctttatcctcctgtaccatttcagca 13086298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 84
Target Start/End: Original strand, 13069781 - 13069824
Alignment:
Q  41 aagaatatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacattttcc 84  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  13069781 aagaaaatcttgaccgtttcttgtatgaaggtataacattttcc 13069824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 245 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 13086505 - 13086399
Alignment:
Q  245 ttagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaaga 344  Q
    ||||||||| ||| |||||||| |  |||||  |||||||| ||   || |||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||    
T  13086505 ttagttcaggtctaagttggttctcttggcttgtttcaactcatttcatagtggaagctaaaataattcaagagataaaagataattgtctatcacatga 13086406  T
Q  345 ggataat 351  Q
    |||||||    
T  13086405 ggataat 13086399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 397 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 36668368 - 36668315
Alignment:
Q  397 catggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcat 450  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  36668368 catggagctttatgtgaagccttaaggctttatccaccaataccttttgagcat 36668315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 193 - 329
Target Start/End: Original strand, 31396420 - 31396557
Alignment:
Q  193 aagtatcttagagacactgcactcactatggtgtttgccggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggc-tcctttcaacttatcct 291  Q
    |||||||||||||||| ||  ||| || |  |||| || ||||||||  |||||||||||  |||| ||||||||||||||| |  |||||||| |||||    
T  31396420 aagtatcttagagacaatgtgctctctcttttgttagcaggaaatggcacaattagttcaagtctcggttggtttttctggcttgttttcaactcatcct 31396519  T
Q  292 attgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataa 329  Q
    | ||||||||  ||||| |||||||||||  |||||||    
T  31396520 aatgtggaagccaaaattattcaagagattcaagataa 31396557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 82
Target Start/End: Original strand, 31396260 - 31396310
Alignment:
Q  32 aggttgcccaagaatatcttgaccgattcttgtatgaaagtataacatttt 82  Q
    |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31396260 aggtagcccaagaaaatcttaaccgattcttgtatgacagtataacatttt 31396310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 397 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 12164516 - 12164463
Alignment:
Q  397 catggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcat 450  Q
    ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  12164516 catggagctttatgtgaagccttgaggctttatccgccgataccttttgagcat 12164463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University