View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9288A_low_144 (Length: 325)

Name: NF9288A_low_144
Description: NF9288A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9288A_low_144
NF9288A_low_144
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (7-310)||(13244625-13244928)
chr1 (109-310)||(12963979-12964180)
chr1 (101-310)||(30368212-30368421)
chr1 (110-300)||(13271474-13271664)
chr1 (33-310)||(13100812-13101088)
chr1 (26-310)||(13080969-13081253)
chr1 (101-310)||(13094278-13094487)
chr1 (26-296)||(13085911-13086181)
chr1 (101-310)||(13070280-13070489)
chr1 (31-310)||(13007009-13007288)
chr1 (101-310)||(13129707-13129916)
chr1 (31-310)||(13204268-13204547)
chr1 (101-310)||(13161400-13161609)
chr1 (109-310)||(19279272-19279473)
chr1 (27-310)||(13065317-13065600)
chr1 (110-169)||(13010661-13010720)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (155-310)||(12164206-12164361)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (226-310)||(377574-377658)
chr6 (226-309)||(341859-341942)
chr6 (141-232)||(31380253-31380344)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 248; Significance: 1e-138; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 7 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 13244928 - 13244625
Alignment:
Q  7 catcacacttgcaactttgttatatcaaatgcatcttttactgatttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaagggcaatagaatttctcagcgttaca 106  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  13244928 catcacacttacaactttgttatatcaaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttaca 13244829  T
Q  107 gggtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13244828 gggtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctag 13244729  T
Q  207 gacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctcc 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13244728 gacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctagctgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcatctcc 13244629  T
Q  307 ccat 310  Q
    ||||    
T  13244628 ccat 13244625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 109 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 12964180 - 12963979
Alignment:
Q  109 gtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctagga 208  Q
    ||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12964180 gtgaccttccaccacttctatgtgaaacttccacaacacattagcagcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctagga 12964081  T
Q  209 cctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctcccc 308  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||| |||  ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12964080 cctgcattgaatgctatgaacttataagatggcacttgtataatttctcctctatttgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctcccc 12963981  T
Q  309 at 310  Q
    ||    
T  12963980 at 12963979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 101 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 30368421 - 30368212
Alignment:
Q  101 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaac 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||| || |||||||    
T  30368421 gttacagggtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaac 30368322  T
Q  201 ttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatc 300  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  ||||||  | |||| |||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  30368321 ttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatc 30368222  T
Q  301 ttctccccat 310  Q
    ||||||||||    
T  30368221 ttctccccat 30368212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 110 - 300
Target Start/End: Original strand, 13271474 - 13271664
Alignment:
Q  110 tgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggac 209  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  13271474 tgaccttccaccacatgtatgtgaaacttccataatacagaagctgcaaccattttcatttgaataaagctaatatctttcccaagacagcttctaggac 13271573  T
Q  210 ctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatc 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||   |||| || | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  13271574 ctgcattgaatgctatgaacttgtaagatggtacatgtataatttgtcctttatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatc 13271664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 33 - 310
Target Start/End: Original strand, 13100812 - 13101088
Alignment:
Q  33 aaatgcatcttttactgatttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaagggcaatagaatttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctgtatgcg 132  Q
    |||||||||||||| ||| || |||||| ||||| ||||||||| ||||  ||| ||||    || | |||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  13100812 aaatgcatcttttagtgactttgaccttcaagccatgtttcatgtgaagaacaaaagaaagcttcggggttatagggtgaccttccaccacctgtatgtg 13100911  T
Q  133 aaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttg 232  Q
    |||||||  |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| || || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  13100912 aaacttcggtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttacccatacaacttctaggtcctg-attgaaagctatgaacttg 13101010  T
Q  233 taagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 310  Q
    ||||| || ||||||| ||||  ||||||  | || | |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  13101011 taagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccat 13101088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 26 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 13081253 - 13080969
Alignment:
Q  26 ttatatcaaatgcatcttttactgatttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaagggcaatagaatttctcagcgttacagggtgaccttccaccacct 125  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||| |||| ||||||||||  |||||||   ||  |  |||  | |||||||||||||||||    
T  13081253 ttatatcaaatgcatcttttacgaattttgaccttaaagccatgttccatgcgaaggagaatagaaaccctaggaattattgagtgaccttccaccacct 13081154  T
Q  126 gtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctat 225  Q
    | ||| |||||||  |||| |  | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| || |||||    
T  13081153 gaatgtgaaacttaaataaaactgcagctgcaaccattttcatttgaagaaaactaatatctttcccaagacagcttcttggacctgcattaaacgctat 13081054  T
Q  226 gaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 310  Q
    |||||| |||||||| || |||| |||   ||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  13081053 gaacttataagacggcacttgtataatttgtcctctatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcctctccccat 13080969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 101 - 310
Target Start/End: Original strand, 13094278 - 13094487
Alignment:
Q  101 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || ||||||||||| || ||||||     
T  13094278 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaatatctttacctatacaaa 13094377  T
Q  201 ttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatc 300  Q
    |||| || ||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  13094378 ttctgggtcctgtgttgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtc 13094477  T
Q  301 ttctccccat 310  Q
    ||||||||||    
T  13094478 ttctccccat 13094487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 26 - 296
Target Start/End: Original strand, 13085911 - 13086181
Alignment:
Q  26 ttatatcaaatgcatcttttactgatttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaagggcaatagaatttctcagcgttacagggtgaccttccaccacct 125  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | || ||| || || || |||| |||||| ||  ||||||||  |||  | |||||||  ||||||||||| || |    
T  13085911 ttatatcaaattcatcttttactaactttgactttgaatccatgttccatgcggagaacaatagaaactcttggagttacagaatgaccttccacaactt 13086010  T
Q  126 gtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctat 225  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||    
T  13086011 gtatgtgaaacttccataacatagcagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattaaatgctat 13086110  T
Q  226 gaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagc 296  Q
    ||||||| |||| || ||||| | |||   |||| || | ||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  13086111 gaacttgcaagatggtacatgcaaaatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagc 13086181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 101 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 13070489 - 13070280
Alignment:
Q  101 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || |||| |||||| || | |||||    
T  13070489 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaac 13070390  T
Q  201 ttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatc 300  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  |||| |  | |||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  13070389 ttctcggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggaacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtc 13070290  T
Q  301 ttctccccat 310  Q
    ||||||||||    
T  13070289 ttctccccat 13070280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 31 - 310
Target Start/End: Original strand, 13007009 - 13007288
Alignment:
Q  31 tcaaatgcatcttttactgatttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaagggcaatagaatttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctgtatg 130  Q
    |||||||||||||||| ||| ||  ||||| ||||| ||||||||| ||||  ||| ||||    || | |||| |||||||||| ||||||||| ||||    
T  13007009 tcaaatgcatcttttagtgactttaaccttcaagccatgtttcatgtgaagaacaaaagaaagcttcggggttatagggtgacctgccaccacctttatg 13007108  T
Q  131 cgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaact 230  Q
     |||||||   ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13007109 tgaaactttggtaacaaagctgctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttgcccatacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaact 13007208  T
Q  231 tgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 310  Q
    ||||||| || ||||||| ||||  ||||||  | || | |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  13007209 tgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccat 13007288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 101 - 310
Target Start/End: Original strand, 13129707 - 13129916
Alignment:
Q  101 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || |||| |||||| || ||||||     
T  13129707 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaa 13129806  T
Q  201 ttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatc 300  Q
    |||| || ||||  |||||||||| |||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  13129807 ttctgggtcctgtgttgaaagctacgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtc 13129906  T
Q  301 ttctccccat 310  Q
    ||||||||||    
T  13129907 ttctccccat 13129916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 31 - 310
Target Start/End: Original strand, 13204268 - 13204547
Alignment:
Q  31 tcaaatgcatcttttactgatttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaagggcaatagaatttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctgtatg 130  Q
    |||||||||||||||| ||| ||  |||||||| || | ||||||| ||||  ||| |||| |  |  | |||||||||||||||||||| | || ||||    
T  13204268 tcaaatgcatcttttagtgactttaacctttaaaccatatttcatgtgaagaacaaaagaaatctttggggttacagggtgaccttccactatctttatg 13204367  T
Q  131 cgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaact 230  Q
     |||| |||  |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || |||| |||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13204368 tgaaaattctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaact 13204467  T
Q  231 tgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 310  Q
    ||||||| || ||||||| ||||  |||| |  | |||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  13204468 tgtaagatggtacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccat 13204547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 101 - 310
Target Start/End: Original strand, 13161400 - 13161609
Alignment:
Q  101 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaac 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || |||| |||||| || ||||||     
T  13161400 gttacaaggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaa 13161499  T
Q  201 ttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatc 300  Q
    |||| || ||||  ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  13161500 ttctgggtcctgtgttgaaagatatgaacttgtaagaaggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtc 13161599  T
Q  301 ttctccccat 310  Q
    ||| ||||||    
T  13161600 ttccccccat 13161609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 109 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 19279473 - 19279272
Alignment:
Q  109 gtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctagga 208  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| || | ||| ||||| |||    
T  19279473 gtgaccttccacgacctgtatgcgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcgga 19279374  T
Q  209 cctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctcccc 308  Q
    |||||||| || |||||||||||||| || || ||||||| |||   ||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||| | |||||| || ||||    
T  19279373 cctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctatccgatatccatctctcaggccgaaattctaggcaatcatcacccc 19279274  T
Q  309 at 310  Q
    ||    
T  19279273 at 19279272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 27 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 13065600 - 13065317
Alignment:
Q  27 tatatcaaatgcatcttttactgatttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaagggcaatagaatttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctg 126  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |  |||||| ||||| |||||||| |  |||| |||||||   ||  | |||||||| ||||| ||||| |  ||    
T  13065600 tatatcaaatgcatcttttagtgactatgaccttcaagccatgtttcattccgagggtaatagaaagccttggagttacaggatgaccatccactaaatg 13065501  T
Q  127 tatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatg 226  Q
    ||||| |||||||||||  | ||  || ||| |||| ||||||| ||| ||| | |||||||| || | ||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  13065500 tatgcaaaacttccatagtatagccgcggcagccatcttcatttcaacgaaggtgatatctttacccaaacaacttcttggccctgcattgaaagctatg 13065401  T
Q  227 aacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 310  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||   ||| ||    ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  13065400 aacttgtaagacggtacatgtataatttgtccgctttttgatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccat 13065317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 169
Target Start/End: Original strand, 13010661 - 13010720
Alignment:
Q  110 tgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatt 169  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||| ||||||    
T  13010661 tgaccttccaccacttgtatgcgaaatttccataacaaatcagctgcgaccatcttcatt 13010720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 155 - 310
Target Start/End: Original strand, 12164206 - 12164361
Alignment:
Q  155 gcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgc 254  Q
    |||||||||||||| | ||  ||||| ||||| || || | |||||| || || || ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||  || || |    
T  12164206 gcaaccattttcatctcaatgaagcttatatccttacccaaacaactccttggtccagcattaaaagcaatgaacttgtaagaaggaacataaactatcc 12164305  T
Q  255 ctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 310  Q
    ||||| |    || ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12164306 ctcctttttgagaaatccacctctctggcttaaattccaagcaatcttctccccat 12164361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 226 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 377658 - 377574
Alignment:
Q  226 gaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccat 310  Q
    |||||| ||||||||  |||| |||||||  |||||  | ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  377658 gaacttataagacggttcatgaacaatgctacctctctcagatatccatctctctggcttgaactccaagcaatcttctccccat 377574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 226 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 341942 - 341859
Alignment:
Q  226 gaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctcccca 309  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||  | || ||||| || || |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  341942 gaacttgtaagacggcgcataaacaatgcctcctctctcagaaatccacctctctggcttaaactccaagcaatcttttcccca 341859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 141 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 31380344 - 31380253
Alignment:
Q  141 ataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttg 232  Q
    ||||||||||||| |||  ||| || |||||||  || |||| |||||| |||||||||||||  || |||| |||||||| ||||||||||    
T  31380344 ataacaaagaagccgcagacatcttaatttgaatgaaactaagatctttaccaatacaacttccgggtcctgtattgaaagatatgaacttg 31380253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University