View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9288A_low_562 (Length: 216)

Name: NF9288A_low_562
Description: NF9288A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9288A_low_562
NF9288A_low_562
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (14-194)||(37307446-37307626)
chr2 (18-194)||(13186680-13186857)
chr2 (18-194)||(7305312-7305488)
chr2 (93-188)||(40190655-40190750)
chr2 (15-84)||(40196727-40196797)
chr2 (98-178)||(26381517-26381597)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (18-184)||(34080978-34081145)
chr5 (18-194)||(18259369-18259545)
chr5 (117-184)||(4560554-4560621)
chr5 (98-188)||(32216661-32216751)
chr5 (117-194)||(18883272-18883349)
chr5 (146-194)||(18933974-18934022)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (18-194)||(54346527-54346704)
chr3 (18-194)||(27156397-27156573)
chr3 (117-194)||(46428448-46428525)
chr3 (42-194)||(42794302-42794455)
chr3 (117-194)||(54812478-54812555)
chr3 (115-194)||(34265159-34265238)
chr3 (107-194)||(43912482-43912569)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (18-194)||(23949490-23949667)
chr1 (18-194)||(23085140-23085318)
chr1 (18-194)||(5308434-5308611)
chr1 (18-194)||(50952797-50952975)
chr1 (42-194)||(22065431-22065584)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (18-194)||(1635790-1635967)
chr8 (18-194)||(26616954-26617131)
chr8 (18-194)||(456585-456762)
chr8 (42-194)||(44145521-44145674)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (18-194)||(8019974-8020151)
chr7 (18-194)||(48618726-48618903)
chr7 (21-183)||(29213969-29214132)
chr7 (18-119)||(25713258-25713360)
chr7 (117-194)||(24473340-24473417)
chr7 (116-194)||(29760074-29760152)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (21-194)||(34390035-34390209)
chr4 (22-194)||(36894646-36894820)
chr4 (42-194)||(47597820-47597973)
chr4 (115-194)||(43271020-43271099)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (117-194)||(1223192-1223269)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 169; Significance: 8e-91; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 8e-91
Query Start/End: Original strand, 14 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 37307626 - 37307446
Alignment:
Q  14 ggacatcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaacatgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37307626 ggacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacatgatggtgcttgcaaagatacgagggttattgctggatgtggcg 37307527  T
Q  114 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37307526 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 37307446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Original strand, 13186680 - 13186857
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| || |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  13186680 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggtttgatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 13186779  T
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  13186780 tttttcgtgatttagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 13186857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 7305488 - 7305312
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| |  |    
T  7305488 atcatctatata-gttggtagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggagttattgctggatgtggtggcc 7305390  T
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  7305389 tttttcatgattcagacggtagatggatcaaagactacactaaaaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 7305312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 93 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 40190750 - 40190655
Alignment:
Q  93 gggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 188  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40190750 gggttatttctggatgtggcgttctttttcgtgattcagacgttagatggatcaaaggctacattaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 40190655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 40196797 - 40196727
Alignment:
Q  15 gacatcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaac-atgatggtgcttgcaa 84  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  40196797 gacatcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagctcaacaatggtggtgcttgcaa 40196727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 98 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26381597 - 26381517
Alignment:
Q  98 attgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgat 178  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| || ||||||    
T  26381597 attgctggatgtgcgaatctctttcgtgactcagaaggtagatggattaaagactacactaagaagattggtgcgtgtgat 26381517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 120; Significance: 1e-61; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 34081145 - 34080978
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  34081145 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggtc 34081046  T
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgcctta 184  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34081045 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 34080978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 18259545 - 18259369
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || | |||| |||||||||| |||||| ||||||||| || ||||||||  |    
T  18259545 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatagtgcttgcaaggatatgggggttattgttg-atgtggcggcc 18259447  T
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  18259446 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaagactacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 18259369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 117 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 4560621 - 4560554
Alignment:
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgcctta 184  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4560621 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 4560554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 98 - 188
Target Start/End: Original strand, 32216661 - 32216751
Alignment:
Q  98 attgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 188  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |  ||| ||||||||||||    
T  32216661 attgttggatgtgggggtctttttcgtgacttggacggtagatggattaaaggctacaataagaagattggtgtgtgtcatgccttatatg 32216751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 117 - 194
Target Start/End: Original strand, 18883272 - 18883349
Alignment:
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||||| |||| |||| |||| |||||| ||||||| | |||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  18883272 tttttcatgatgcagatggtaaatggattaaaggctgcactaataagattggaacttgtgatgccttacttgttgaga 18883349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 146 - 194
Target Start/End: Original strand, 18933974 - 18934022
Alignment:
Q  146 aaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  18933974 aaaggctacactaaaaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 18934022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 118; Significance: 2e-60; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Original strand, 54346527 - 54346704
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  54346527 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 54346626  T
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  54346627 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 54346704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 27156573 - 27156397
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  27156573 atcatctatataggttggaagcggcctcgaaaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttatt-ctggatgtggcggcc 27156475  T
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  27156474 tttttcatgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattagagcttgtgatgccttacatgctgaga 27156397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 117 - 194
Target Start/End: Original strand, 46428448 - 46428525
Alignment:
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  46428448 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgttgaga 46428525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 42 - 194
Target Start/End: Original strand, 42794302 - 42794455
Alignment:
Q  42 cctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagat 140  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||| ||| |||| |||| ||    
T  42794302 cctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgcgatgcagatggtaaat 42794401  T
Q  141 ggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  42794402 ggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgtcttacatgctgaga 42794455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 117 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 54812555 - 54812478
Alignment:
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  54812555 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattgaagcttgtgatgccttacatgctgaga 54812478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 115 - 194
Target Start/End: Original strand, 34265159 - 34265238
Alignment:
Q  115 tctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||| ||| | ||| |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||| |||||    
T  34265159 tcttattcgtgattcagatggtaaatggattaaatgttacactaaaaagattgaagcttgtgatgtcttacatgctgaga 34265238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 107 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 43912569 - 43912482
Alignment:
Q  107 tgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    ||||| ||| |||||||||||  ||| | || |||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  43912569 tgtggtgatatttttcgtgatgtagatgataaatggattaaaggctacgttaagaagatttgagcttgtgataccttacatgatgaga 43912482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 118; Significance: 2e-60; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Original strand, 23949490 - 23949667
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  23949490 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 23949589  T
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  23949590 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 23949667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 23085318 - 23085140
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgaggg-ttattgctggatgtggcgat 115  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||      
T  23085318 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatggggggttattgctggatgaggcggc 23085219  T
Q  116 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  23085218 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 23085140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Original strand, 5308434 - 5308611
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||   |    
T  5308434 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggctgcc 5308533  T
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  5308534 tttttcgtgattcaaacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 5308611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 50952975 - 50952797
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  50952975 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 50952876  T
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggc-tactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  50952875 tttttcgtgattcagacggtagatagatcaaaggcttacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 50952797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 42 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 22065584 - 22065431
Alignment:
Q  42 cctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagat 140  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||| |   ||||   || ||||| | | ||||||||||| |||| |||| ||    
T  22065584 cctcaggaaggttggatcaagctcaacagtgacggtgcctgcaaggatatgggtcatattttcggttgtggtggtatttttcgtgatgcagatggtaaat 22065485  T
Q  141 ggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  22065484 ggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 22065431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 114; Significance: 5e-58; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Original strand, 1635790 - 1635967
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  1635790 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatataggggttattgctggatgtggcggcc 1635889  T
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  1635890 tttttcgtgattcagacggtaaatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 1635967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 26617131 - 26616954
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||  |    
T  26617131 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgagggttattgcttcatgtggcggcc 26617032  T
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  26617031 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 26616954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 456762 - 456585
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  456762 atcatctatataggttggaagcggcctcgagagggttggatcaggcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 456663  T
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  456662 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagtttgtgatgtcttatatgctgaga 456585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 42 - 194
Target Start/End: Original strand, 44145521 - 44145674
Alignment:
Q  42 cctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagat 140  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||| |||| ||    
T  44145521 cctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcagatggtaaat 44145620  T
Q  141 ggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  44145621 ggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 44145674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 114; Significance: 5e-58; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 8020151 - 8019974
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||  |    
T  8020151 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgttggatgtggcggcc 8020052  T
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  8020051 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 8019974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Original strand, 48618726 - 48618903
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||  |    
T  48618726 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggttatgggggttattgccggatgtggcggcc 48618825  T
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  48618826 ttttttgtgattcagatggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 48618903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 21 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 29214132 - 29213969
Alignment:
Q  21 atctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 119  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||  ||||| || |||||  |||||||||||  ||||    
T  29214132 atctatataggttggaagcggtctcatgaaggttggatcaagctcaatagtgatggtgcttgcaagaatatggggattatttttggatgtggcggccttt 29214033  T
Q  120 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgcctt 183  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29214032 ttcgtgatttagacggtagatgggtcaaatgctacactaagaagattagagcttgtgatgcctt 29213969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 119
Target Start/End: Original strand, 25713258 - 25713360
Alignment:
Q  18 atcatctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  25713258 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagctcaacagtgatgatgcttgcaaggacatgggggttattgttggatgtggcggtc 25713357  T
Q  117 ttt 119  Q
    |||    
T  25713358 ttt 25713360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 117 - 194
Target Start/End: Original strand, 24473340 - 24473417
Alignment:
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  24473340 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggttacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 24473417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 116 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 29760152 - 29760074
Alignment:
Q  116 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||||| ||||| || |||| | ||||||||| || ||  ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||    
T  29760152 cttttttgtgatacaaacggaaaatggatcaatggttatgctaagaagattggagtttgtgatgctttacatgttgaga 29760074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 107; Significance: 8e-54; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 21 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 34390209 - 34390035
Alignment:
Q  21 atctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 119  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||    
T  34390209 atctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggccttt 34390110  T
Q  120 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  34390109 ttcgtgattcaaacggtagatggatcaaaggctatactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 34390035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 22 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 36894820 - 36894646
Alignment:
Q  22 tctatataagttggaagctgcctcaagaaggttggaccaagctcaac--atgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 119  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||  |   |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||   |||    
T  36894820 tctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagctttaataatgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggctttt 36894721  T
Q  120 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  36894720 ttcatgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 36894646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 42 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 47597973 - 47597820
Alignment:
Q  42 cctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagat 140  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||| |||| ||    
T  47597973 cctcaagaaggttggatcaaactcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcagatggtaaat 47597874  T
Q  141 ggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  47597873 ggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 47597820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 115 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 43271099 - 43271020
Alignment:
Q  115 tctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    |||||||||| ||||||| |||| || ||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  43271099 tctttttcgtaattcagatggtaaattgattaaaggctacactaagaagatgtgagcttgtgatgccttacatgctgaga 43271020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 117 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 1223269 - 1223192
Alignment:
Q  117 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctactctaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgaga 194  Q
    ||||||||||  || | |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  1223269 tttttcgtgacgcatatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgaga 1223192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University