View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9288_low_9 (Length: 435)

Name: NF9288_low_9
Description: NF9288
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9288_low_9
NF9288_low_9
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (12-421)||(24108761-24109170)
chr3 (34-418)||(24116471-24116855)
chr3 (34-414)||(23689620-23690000)
chr3 (34-414)||(24061857-24062237)
chr3 (34-418)||(24614519-24614903)
chr3 (36-414)||(23693080-23693458)
chr3 (36-414)||(23711520-23711898)
chr3 (36-414)||(23729976-23730354)
chr3 (36-414)||(23748431-23748809)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (170-342)||(11390762-11390934)
chr6 (170-342)||(11419690-11419862)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 24109170 - 24108761
Alignment:
12 ttggtgtttatgacatcgaaggcatggctgattacatttatacgccaaaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggatttt 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24109170 ttggtgtttatgacatcgaaggcatggctgattacatttatatgccaaaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggatttt 24109071  T
112 aacggttccaacaccttatgtttttcttattagaaacataaggacatgccttttgtctgatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttct 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24109070 aacggttccaacaccttatgtttttcttattagaaacataaggacatgccttttatctgatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttct 24108971  T
212 gaactcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatc 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24108970 gaactcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatc 24108871  T
312 ccttttggagcaatgatttgaagatgtgtacagggtactctgaggacaagttattgtcttgtgccagtgttatgatggattcgtgcattcaaatttgtag 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24108870 ccttttggagcaatgatttgaagatgtgtacagggtactctgaggacaagttattgtcttgtgccagtgttatgatggattcgtgcattcaaatttgtag 24108771  T
412 agatggatac 421  Q
    ||||||||||    
24108770 agatggatac 24108761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 34 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 24116855 - 24116471
Alignment:
34 catggctgattacatttatacgccaaaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtt 133  Q
    |||||||||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24116855 catggctgattatatttatatgccggaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaaaaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtt 24116756  T
134 tttcttattagaaacataaggacatgccttttgtctgatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgacaaatcatt 233  Q
    |||||| |||||||||||||| | || ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
24116755 tttcttgttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcggaagtcagcttgacaaatcatt 24116656  T
234 ctattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaa 333  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24116655 ctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaa 24116556  T
334 gatgtgtacagggtactctgaggacaagttattgtcttgtgccagtgttatgatggattcgtgcattcaaatttgtagagatgga 418  Q
    ||| || ||||||||||| ||||| || || | ||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
24116555 gatatgcacagggtactccgaggaaaacttgtggtcttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatgga 24116471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 34 - 414
Target Start/End: Original strand, 23689620 - 23690000
Alignment:
34 catggctgattacatttatacgccaaaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtt 133  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
23689620 catggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtt 23689719  T
134 tttcttattagaaacataaggacatgccttttgtctgatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgacaaatcatt 233  Q
    |||||| |||||||| ||| | ||||  |||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
23689720 tttcttgttagaaacgtaaaggcatgtgtttcttctgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttttcggaactcagcttgacaaatcatt 23689819  T
234 ctattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaa 333  Q
    | ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
23689820 ccattgtctgcgactacaagccttcattgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaa 23689919  T
334 gatgtgtacagggtactctgaggacaagttattgtcttgtgccagtgttatgatggattcgtgcattcaaatttgtagaga 414  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||    ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||    
23689920 gatgtgtacagggtactctgaggaaaacttgttgtcttgtgcacacgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggaga 23690000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 34 - 414
Target Start/End: Original strand, 24061857 - 24062237
Alignment:
34 catggctgattacatttatacgccaaaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtt 133  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24061857 catggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtt 24061956  T
134 tttcttattagaaacataaggacatgccttttgtctgatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgacaaatcatt 233  Q
    |||||| |||||||| ||| | ||||  |||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
24061957 tttcttgttagaaacgtaaaggcatgtgtttcttctgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttttcggaactcagcttgacaaatcatt 24062056  T
234 ctattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaa 333  Q
    | ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24062057 ccattgtctgcgactacaagccttcattgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaa 24062156  T
334 gatgtgtacagggtactctgaggacaagttattgtcttgtgccagtgttatgatggattcgtgcattcaaatttgtagaga 414  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||    ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||    
24062157 gatgtgtacagggtactctgaggaaaacttgttgtcttgtgcacacgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggaga 24062237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 34 - 418
Target Start/End: Original strand, 24614519 - 24614903
Alignment:
34 catggctgattacatttatacgccaaaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtt 133  Q
    |||||||||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
24614519 catggctgattatatttatatgccggaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctacaagaacttggttggatattaacggttccaacaccttatgtt 24614618  T
134 tttcttattagaaacataaggacatgccttttgtctgatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgacaaatcatt 233  Q
    |||||| |||||||||| ||  | || ||||| || ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |    
24614619 tttcttgttagaaacatgagagcgtgtcttttatccgatcaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctgagcttgacaaatcaat 24614718  T
234 ctattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaa 333  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
24614719 ccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaa 24614818  T
334 gatgtgtacagggtactctgaggacaagttattgtcttgtgccagtgttatgatggattcgtgcattcaaatttgtagagatgga 418  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||  | ||||||| |||||||||| ||||||||    
24614819 gatgtgtacggggtactccgaggaaaagttattgtcttgtgccaacgttatgatcaagtcgtgcagtcaaatttgtggagatgga 24614903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 36 - 414
Target Start/End: Original strand, 23693080 - 23693458
Alignment:
36 tggctgattacatttatacgccaaaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttt 135  Q
    |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
23693080 tggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttt 23693179  T
136 tcttattagaaacataaggacatgccttttgtctgatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgacaaatcattct 235  Q
    |||| |||||||||||||| ||||   ||| || |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
23693180 tcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattct 23693279  T
236 attgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaga 335  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
23693280 attgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgcttgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaa 23693379  T
336 tgtgtacagggtactctgaggacaagttattgtcttgtgccagtgttatgatggattcgtgcattcaaatttgtagaga 414  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
23693380 tgtgtacggggtactccgaggataagttattgtcttgtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggaga 23693458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 36 - 414
Target Start/End: Original strand, 23711520 - 23711898
Alignment:
36 tggctgattacatttatacgccaaaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttt 135  Q
    |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
23711520 tggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttt 23711619  T
136 tcttattagaaacataaggacatgccttttgtctgatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgacaaatcattct 235  Q
    |||| |||||||||||||| ||||   ||| || |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
23711620 tcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattct 23711719  T
236 attgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaga 335  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
23711720 attgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgcttgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaa 23711819  T
336 tgtgtacagggtactctgaggacaagttattgtcttgtgccagtgttatgatggattcgtgcattcaaatttgtagaga 414  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
23711820 tgtgtacggggtactccgaggataagttattgtcttgtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggaga 23711898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 36 - 414
Target Start/End: Original strand, 23729976 - 23730354
Alignment:
36 tggctgattacatttatacgccaaaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttt 135  Q
    |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
23729976 tggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttt 23730075  T
136 tcttattagaaacataaggacatgccttttgtctgatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgacaaatcattct 235  Q
    |||| |||||||||||||| ||||   ||| || |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
23730076 tcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattct 23730175  T
236 attgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaga 335  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
23730176 attgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgcttgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaa 23730275  T
336 tgtgtacagggtactctgaggacaagttattgtcttgtgccagtgttatgatggattcgtgcattcaaatttgtagaga 414  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
23730276 tgtgtacggggtactccgaggataagttattgtcttgtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggaga 23730354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 36 - 414
Target Start/End: Original strand, 23748431 - 23748809
Alignment:
36 tggctgattacatttatacgccaaaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttt 135  Q
    |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
23748431 tggctgattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttt 23748530  T
136 tcttattagaaacataaggacatgccttttgtctgatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgacaaatcattct 235  Q
    |||| |||||||||||||| ||||   ||| || |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
23748531 tcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattct 23748630  T
236 attgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaga 335  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
23748631 attgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgcttgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaa 23748730  T
336 tgtgtacagggtactctgaggacaagttattgtcttgtgccagtgttatgatggattcgtgcattcaaatttgtagaga 414  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
23748731 tgtgtacggggtactccgaggataagttattgtcttgtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggaga 23748809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 170 - 342
Target Start/End: Original strand, 11390762 - 11390934
Alignment:
170 gatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctg 269  Q
    |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||| || |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
11390762 gatgaagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctg 11390861  T
270 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtac 342  Q
    ||| | | ||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
11390862 cttctgctgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtac 11390934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 170 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 11419862 - 11419690
Alignment:
170 gatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctg 269  Q
    |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||| || |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
11419862 gatgaagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctg 11419763  T
270 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtac 342  Q
    ||| | | ||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
11419762 cttctgctgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtac 11419690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University