View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9289_low_1 (Length: 590)

Name: NF9289_low_1
Description: NF9289
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9289_low_1
NF9289_low_1
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (16-590)||(3718613-3719187)
chr8 (47-590)||(3707135-3707678)
chr8 (87-590)||(3770517-3771020)
chr8 (47-590)||(3778178-3778721)
chr8 (498-590)||(3700819-3700911)
chr8 (123-330)||(33005668-33005875)
chr8 (144-290)||(3700554-3700700)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 543; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 543; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 590
Target Start/End: Original strand, 3718613 - 3719187
Alignment:
Q  16 attttatcggggaaaacgatttggcgacgactcaatccatgccatgtcttcggaacttgttgaggttactttgttcaacttcaacatgcacaccagtgtc 115  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3718613 attttattggggaaaacgatttggcgaccgctcaatccatgccatgtcttcggaacttgttgaggttactttgttcaatttcaacatgcacaccagtgtc 3718712  T
Q  116 cgcattggttgttgatccttttgcaagtcaagcattagaaatagctaaagacttgaacctcttatcttttatatacttcccactttctgccatgataact 215  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3718713 agcattggttgttgatccttttgcaagtcaagcattagaaatagctaaagacttgaacctcttatcttttatatacttcccactttctgccatgataact 3718812  T
Q  216 tcattcaacttgtattttccgacactgcatgaacaagtttcatgtgaatacaaagatcacattgatcctattcagattccaggttgtctacctattcgtg 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3718813 tcattcaacttgtattttccgacactgcatgaacaagtttcatgtgaatacaaagatcacattgatcctattcagattccaggttgtctacctattcgag 3718912  T
Q  316 gccaagatcttcctcccgaattttttcatgatcgttcttgcgttccttataagctttttcttcaacattgcaaaaactcgtctcttgctcatggtttctt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3718913 gccaagatcttcctcccgaattttttcatgatcgttcttgcgttccttataagctttttcttcaacattgcaaaaactcgtctcttgctcatggtttctt 3719012  T
Q  416 ggtgaatagtttctcaaaaatggaggcaagtacagggagagcgttgcaggaggagcacaacaaaaccaccaaattagtttatatggttggaccaatcata 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3719013 ggtgaatagtttctcaaaaatggaggcaagtacagggagagccttgcaggaggagctcaacaaaaccaccaaattagtttatatggttggaccaatcata 3719112  T
Q  516 caaagtggttcaaattgtagtgaagagtcaaatgggtccatctgtttgaagtggttggagaatcaaacaccaaac 590  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3719113 caaagtggttcaaattgtagtgaagagtcaaatgggtccatctgtttgaagtggttggagaatcaaacaccaaac 3719187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 590
Target Start/End: Original strand, 3707135 - 3707678
Alignment:
Q  47 tcaatccatgccatgtcttcggaacttgttgaggttactttgttcaacttcaacatgcacaccagtgtccgcattggttgttgatccttttgcaagtcaa 146  Q
    |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3707135 tcaatccatgccatctcttcgcaactcgttgaggttactgtgttcaacttcaacatgcacaccagtgtcagcattggttgttgatccttttgcaagtcaa 3707234  T
Q  147 gcattagaaatagctaaagacttgaacctcttatcttttatatacttcccactttctgccatgataacttcattcaacttgtattttccgacactgcatg 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||||||||||     
T  3707235 gcattagaaatagctaaagacttgaacctcttatcttttgtatatttcccactttctgccatgataacttcattacacttctattgtccgacactgcata 3707334  T
Q  247 aacaagtttcatgtgaatacaaagatcacattgatcctattcagattccaggttgtctacctattcgtggccaagatcttcctcccgaattttttcatga 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| || |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3707335 aacaagtttcatgtgaatacaaagatcacactgaccttattcagattccgggatgtctacctattctcggcaaagatcttcctcccgaattttttcatga 3707434  T
Q  347 tcgttcttgcgttccttataagctttttcttcaacattgcaaaaactcgtctcttgctcatggtttcttggtgaatagtttctcaaaaatggaggcaagt 446  Q
    ||| ||| | ||| |||| |   ||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3707435 tcgatctagtgttgcttacagtatttttcttctacattccaagaacttgtctcttgctcatggtttcttggcgaatagtttctcaaaaatggaggcaagt 3707534  T
Q  447 acagggagagcgttgcaggaggagcacaacaaaaccaccaaattagtttatatggttggaccaatcatacaaagtggttcaaattgtagtgaagagtcaa 546  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3707535 acagggagagccttgcaggaggagcacaacaaaaccaccaaattagtttatatggttggaccaatcatacaaagtggttcaaattgtagtgaagagtcaa 3707634  T
Q  547 atgggtccatctgtttgaagtggttggagaatcaaacaccaaac 590  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3707635 atgggtcaatctgtttgaagtggttggagaatcaaacaccaaac 3707678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 87 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 3771020 - 3770517
Alignment:
Q  87 tgttcaacttcaacatgcacaccagtgtccgcattggttgttgatccttttgcaagtcaagcattagaaatagctaaagacttgaacctcttatctttta 186  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||     
T  3771020 tgttcaagttcaacatcctcaccagtggtagcattggttgttgatccttatgcaagtcaagcattagaaatagcaaaagactagaacatcttatcttttg 3770921  T
Q  187 tatacttcccactttctgccatgataacttcattcaacttgtattttccgacactgcatgaacaagtttcatgtgaatacaaagatcacattgatcctat 286  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||    
T  3770920 tatactttccactttctgccatgacaacttcattcaacttgtattttccggcactgcatgaacaagtttcatgtgaatacaaagatcatactgaccttat 3770821  T
Q  287 tcagattccaggttgtctacctattcgtggccaagatcttcctcccgaattttttcatgatcgttcttgcgttccttataagctttttcttcaacattgc 386  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| ||| |   ||||||||| ||||| |    
T  3770820 tcagtttccgggttgtctacctatttgtagccaagatcttcctcccgaattttttcatgatcgatctagtgttcgttacagtttttttcttctacattcc 3770721  T
Q  387 aaaaactcgtctcttgctcatggtttcttggtgaatagtttctcaaaaatggaggcaagtacagggagagcgttgcaggaggagcacaacaaaaccacca 486  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770720 aagaacttgtctcttgctcatggtttcttggtgaatagtttctcaaaaatggaggctagtacagggagagccttgcaggaggagcacaacaaaaccacca 3770621  T
Q  487 aattagtttatatggttggaccaatcatacaaagtggttcaaattgtagtgaagagtcaaatgggtccatctgtttgaagtggttggagaatcaaacacc 586  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770620 aattagtttatatggttggaccaatcatacaaagtggttcaaattgaagtgaagagtcaaatgggtcaatctgtttgaagtggttggagaatcaaacacc 3770521  T
Q  587 aaac 590  Q
    ||||    
T  3770520 aaac 3770517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 47 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 3778721 - 3778178
Alignment:
Q  47 tcaatccatgccatgtcttcggaacttgttgaggttactttgttcaacttcaacatgcacaccagtgtccgcattggttgttgatccttttgcaagtcaa 146  Q
    |||||||||||||| |||||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||     
T  3778721 tcaatccatgccatctcttcgtagctcgttgaggttactgtgttcaacttcaacatgcacaccggtatcagctttggttgttgatccttttgcaagtcat 3778622  T
Q  147 gcattagaaatagctaaagacttgaacctcttatcttttatatacttcccactttctgccatgataacttcattcaacttgtattttccgacactgcatg 246  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||   ||| |||| |||||||| ||||    
T  3778621 gcattagaaatagcaaaagacttaaacctcttatctttcgtatacttcccactttctgccatgggaacttcactctttttgcatttaccgacacttcatg 3778522  T
Q  247 aacaagtttcatgtgaatacaaagatcacattgatcctattcagattccaggttgtctacctattcgtggccaagatcttcctcccgaattttttcatga 346  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  3778521 aacaagtttcaggtgaatacaaagatcacaccgaccctattcagattccgggttgtatccctattcatggccaagatctccctcctgaattttttcatga 3778422  T
Q  347 tcgttcttgcgttccttataagctttttcttcaacattgcaaaaactcgtctcttgctcatggtttcttggtgaatagtttctcaaaaatggaggcaagt 446  Q
    ||| ||| |   | ||||     ||||||||| ||||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3778421 tcgatctagtcctgcttacggtttttttcttctacattccaagaacttttctcttgctcatggtttcttggtgaatagtttctcaaaaatggaggcaagt 3778322  T
Q  447 acagggagagcgttgcaggaggagcacaacaaaaccaccaaattagtttatatggttggaccaatcatacaaagtggttcaaattgtagtgaagagtcaa 546  Q
    |||| |||||| |||||| |   ||||||||| | |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| ||| |||||||    
T  3778321 acagcgagagccttgcagaaaatgcacaacaatagcacccaattagtctatttggttggaccaatcatacaaaatggttcaaaaagtattgatgagtcaa 3778222  T
Q  547 atgggtccatctgtttgaagtggttggagaatcaaacaccaaac 590  Q
    |||| ||    |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3778221 atggatcagattgtttgaaatggttggagaatcaaacaccaaac 3778178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 498 - 590
Target Start/End: Original strand, 3700819 - 3700911
Alignment:
Q  498 atggttggaccaatcatacaaagtggttcaaattgtagtgaagagtcaaatgggtccatctgtttgaagtggttggagaatcaaacaccaaac 590  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3700819 atggttgggccaatcatacaaactggttcagatagtagtgatgagtcaaatgagtccatctgtttgaagtggttggagaatcaaacaccaaac 3700911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 123 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 33005875 - 33005668
Alignment:
Q  123 gttgttgatccttttgcaagtcaagcattagaaatagctaaagacttgaacctcttatcttttatatacttcccactttctgccatgataacttcattca 222  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||||| || ||||||||  |||||||||||| ||||||| |      
T  33005875 gttgttgatccttttgcaaaccaagcattagaaatagcgaaagagttcaacatcttatctttcatgtacttccctgtttctgccatgacaacttcactac 33005776  T
Q  223 acttgtattttccgacactgcatgaacaagtttcatgtgaatacaaagatcacattgatcctattcagattccaggttgtctacctattcgtggccaaga 322  Q
    ||||| |||| || | |||  | |||||||||||  |||| ||||  |||||| |||| |||||| | ||||| |||||   ||||||||| ||||||||    
T  33005775 acttgcatttgccaatacttgacgaacaagtttcgggtgagtacatggatcacgttgaacctattgaaattccgggttgcacacctattcgcggccaaga 33005676  T
Q  323 tcttcctc 330  Q
    ||| ||||    
T  33005675 tctccctc 33005668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 144 - 290
Target Start/End: Original strand, 3700554 - 3700700
Alignment:
Q  144 caagcattagaaatagctaaagacttgaacctcttatcttttatatacttcccactttctgccatgataacttcattcaacttgtattttccgacactgc 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||  || ||    |   |||| || |||||||    
T  3700554 caagcattagaaatagcaaaagagttcaacctcttatctttcatatactttccactttctgccatggcaatgtctttgttgtcacatttgccaacactgc 3700653  T
Q  244 atgaacaagtttcatgtgaatacaaagatcacattgatcctattcag 290  Q
    | ||| || |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3700654 acgaaaaattttcgtgtgaatacaaagatcacattgagcctattcag 3700700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University