View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9290_low_4 (Length: 690)

Name: NF9290_low_4
Description: NF9290
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9290_low_4
NF9290_low_4
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (7-676)||(26186811-26187480)
chr7 (74-405)||(26179713-26180044)
chr7 (12-405)||(19102733-19103127)
chr7 (12-403)||(26155755-26156150)
chr7 (12-405)||(26191832-26192226)
chr7 (49-405)||(26243004-26243361)
chr7 (73-405)||(26251477-26251809)
chr7 (49-405)||(26278300-26278657)
chr7 (12-316)||(26088349-26088654)
chr7 (12-316)||(26112137-26112442)
chr7 (76-405)||(26298080-26298409)
chr7 (12-405)||(26129134-26129531)
chr7 (73-405)||(26204514-26204846)
chr7 (73-405)||(26302438-26302770)
chr7 (73-396)||(26224151-26224474)
chr7 (73-278)||(26260501-26260706)
chr7 (73-278)||(26208040-26208245)
chr7 (73-280)||(26227601-26227808)
chr7 (435-551)||(26158280-26158395)
chr7 (349-405)||(26121220-26121276)
chr7 (445-517)||(26122185-26122256)
chr7 (435-495)||(26131524-26131584)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (49-405)||(44903857-44904214)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (72-129)||(16908691-16908748)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 626; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 676
Target Start/End: Original strand, 26186811 - 26187480
Alignment:
Q  7 gtaacttgtaaggaaaaaggaaagagatgagagtgaaaacactttcctacaagattttgagaaataatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatgga 106  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26186811 gtaacttataaggaaaaaggaaagagatgagagtgaaaacactttcctacaagattttgagaaagaatgaaagaaagcaaaaagggatatatcatatgga 26186910  T
Q  107 attgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggttt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26186911 attgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggttt 26187010  T
Q  207 gccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaac 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26187011 gccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaac 26187110  T
Q  307 aagttctggattaacattagtgtagatgaaatggtgagaagggaagagatagttaaggctgtgaagattttgatgggaagtggccaagagagcaaagaat 406  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26187111 aagttctagattaacattagtgtagatgaaatggtgagaagggaagagatagttaaggctgtgaagattttgatgggaagtggccaagagagaaaagaat 26187210  T
Q  407 aaattcagcatcaccaagctgaatcaactgaatgaaggtattccaaagtgagcctgtattactaaatagaaaccatgcttcaattttcaattctactata 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26187211 aaattcagcatcaccaagctgaatcaactgaatgaaggtattccaaagtgagcctgtattactaaatagaaaccatgcttcaattttcaattctattata 26187310  T
Q  507 acctacaaaagtattcagagttttcccacaacacactcagcatcacatcagagttcactgatacttctcattaaaggcatgtttggtgttcgatacaatg 606  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26187311 acctacgaaagcattcagagttttcccacaacacactcagcatcacatcagagttcactgatacttctcattaaaggcatgtttggtgttcgatacaatg 26187410  T
Q  607 tgattacacttggttatgttattttataaattcctatcagtgtcaatgtgtcattgtcgtatttgatgtc 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  26187411 tgattacacttggttatgttattttttaaattcctatcagtgtcaatgtgtcattgtcgtgtttggtgtc 26187480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 74 - 405
Target Start/End: Original strand, 26179713 - 26180044
Alignment:
Q  74 tgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttg 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26179713 tgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatattagatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgtggttg 26179812  T
Q  174 gaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttg 273  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26179813 gaactcaattcttgaaagtgtgaactcgggtttgccaatgatcacgtggccggtgtttgctgagcaattttacaacgagaagttgcttgttgatgttttg 26179912  T
Q  274 aagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagttctggattaacattagtgtagatgaaatggtgagaagggaagagatagttaaggctgtgaaga 373  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||  || |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  26179913 aagataggggtcccagtaggagcaaaagaaaacaatttatggattaacattaatgtagagaaagtggtgagaagagaagatatagttaaggctgtaaaga 26180012  T
Q  374 ttttgatgggaagtggccaagagagcaaagaa 405  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26180013 ttttgatgggaagtgaccaagagagcaaagaa 26180044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 12 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 19103127 - 19102733
Alignment:
Q  12 ttgtaaggaaaaaggaaagagatgagagtgaaaacactttcctacaagattttgaga-aataatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattg 110  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19103127 ttgtaaggaaaaatgagagagatgagagtgaaaacagttttctacaagattttgaggcaaggatgaaagaaagcaaaaagggatatatcatatggaattg 19103028  T
Q  111 ggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgcca 210  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  19103027 ggcaccgcaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgtggttggaactcaattctcgaaagcttgaattcgggtttgcca 19102928  T
Q  211 atgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagt 310  Q
    ||||||||||||||||| | ||  ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  19102927 atgatcacatggccaatttttgctgagcagttttacaatgaaaagttgctcgtcgatgttttgaagataggggtcggagtaggagcaaaagtaaacaagt 19102828  T
Q  311 tctggattaacattagtgtagatgaaatggtgagaagggaagagatagttaaggctgtgaagattttgatgggaagtggccaagagagcaaagaa 405  Q
    | |||| || |  ||||| ||    | |||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19102827 tatggaatagccctagtgaagggatagtggtgaaaaggggagagatagtgaaggctgtggagattttgatgggaagtggccaagagagcaaagaa 19102733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 12 - 403
Target Start/End: Original strand, 26155755 - 26156150
Alignment:
Q  12 ttgtaaggaaaaaggaaagagatgagagtgaaaacactttcctacaagattttgag-aaataatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattg 110  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26155755 ttgtaaggaaaaaggagagcgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggatatatcatatggaattg 26155854  T
Q  111 ggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgcca 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| || |||||||||    
T  26155855 ggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgtggttggaactcaactctcgaaagcttgaattctggtttgcca 26155954  T
Q  211 atgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagt 310  Q
    ||||| ||||||||||||| ||  || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  26155955 atgattacatggccaatgtttggtgatcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagatagcggtcccagttggagcaaaagaaaataagt 26156054  T
Q  311 tctggattaac---attagtgtagatgaaatggtgagaagggaagagatagttaaggctgtgaagattttgatgggaagtggccaagagagcaaag 403  Q
    | |||| || |   | ||||| ||| | | ||||||  |||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26156055 tatggactagcactagtagtgaagacgtagtggtgaagagggaagagatagcgaaggctgtagagattttgatgggaagtgaccaagagagcaaag 26156150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 12 - 405
Target Start/End: Original strand, 26191832 - 26192226
Alignment:
Q  12 ttgtaaggaaaaaggaaagagatgagagtgaaaacactttcctacaagattttgaga-aataatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattg 110  Q
    ||||||||||||| || |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26191832 ttgtaaggaaaaatgatatggatgagagtgaaaacagtttcctacaagattttgagggaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattg 26191931  T
Q  111 ggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgcca 210  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||  | |||||||||    
T  26191932 ggcaccacagcttcagatattggatcaccctgcaacaggtggaattgtgactcactgtggttggaactcgattcttgaaagcttgaatgctggtttgcca 26192031  T
Q  211 atgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagt 310  Q
    |||||| | |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  26192032 atgatcgcgtggccaatgtttgccgagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtccgagttggagcaaaagaaaacaagt 26192131  T
Q  311 tctggattaacattagtgtagatgaaatggtgagaagggaagagatagttaaggctgtgaagattttgatgggaagtggccaagagagcaaagaa 405  Q
      |||  ||  ||| ||||||| |  ||||| |||||||||||||| |  ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26192132 catgggatagtatttgtgtagaggcgatggttagaagggaagagattgcaaaggctgttgagattttgatgggaagtggacaagagagcaaagaa 26192226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 49 - 405
Target Start/End: Original strand, 26243004 - 26243361
Alignment:
Q  49 tttcctacaagattttgag-aaataatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaaca 147  Q
    |||||| ||||| |||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  26243004 tttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaacaagggctatatcatatgggactgggcaccgcaacttctgatattggatcacccagcaaca 26243103  T
Q  148 ggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttaca 247  Q
     |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||| || |||||| |||||   |||||||||||||    
T  26243104 agaggaattgtgactcactgtggttggaactcaattcttgaaagcttgaattctggtttgccaatgattacgtggccagtgtcttctgagcaattttaca 26243203  T
Q  248 atgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagttctggattaacattagtgtagatgaaatggtgagaag 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||    
T  26243204 atgagaagttgcttgttgatgttttaaagataggggtcccagcaggagcaaaagtaaacaagttctggatgaacattacagtagatgaaatggtgagaag 26243303  T
Q  348 ggaagagatagttaaggctgtgaagattttgatgggaagtggccaagagagcaaagaa 405  Q
    |||||||||    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26243304 ggaagagattacaaaggctgttgagattttgatgggaagtggccaagagagcaaagaa 26243361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 73 - 405
Target Start/End: Original strand, 26251477 - 26251809
Alignment:
Q  73 atgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgtt 172  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||    
T  26251477 atgaaagaaagcaacaagggctatatcatctggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggaggaattgtgactcattgtggtt 26251576  T
Q  173 ggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgtttt 272  Q
    ||||||||| ||| |||||| | ||  | ||||||||||||||||| |||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26251577 ggaactcaactcttgaaagcttaaatgctggtttgccaatgatcacgtggccagtgtttgctgagcaattttacaatgagaagttgctagttgatgtttt 26251676  T
Q  273 gaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagttctggattaacattagtgtagatgaaatggtgagaagggaagagatagttaaggctgtgaag 372  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||||| || |  | |||||| |||    
T  26251677 gaagataggggtcccagtaggagcaaaagaaaataagttatggattaatattagtgaagaggaagtggtgagaagggaagaaattgcaatggctgttaag 26251776  T
Q  373 attttgatgggaagtggccaagagagcaaagaa 405  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26251777 attttgatgggaagttgccaagagagcaaagaa 26251809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 49 - 405
Target Start/End: Original strand, 26278300 - 26278657
Alignment:
Q  49 tttcctacaagattttgagaaata-atgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaaca 147  Q
    |||||| ||||| |||||||||   |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||      
T  26278300 tttcctgcaagaatttgagaaaaggatgaaagaaagcaacaagggctacatcatatgggattgggcaccacaactgctgatattggaataccctgcaatc 26278399  T
Q  148 ggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttaca 247  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||||| ||  | ||||||||||||||||| |||||| ||| ||  ||| |||||||||    
T  26278400 ggagggattgtgactcattgtggttggaactcaactcttgaaagcgtaaatgctggtttgccaatgatcacgtggccagtgtttgccgaggaattttaca 26278499  T
Q  248 atgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagttctggattaacattagtgtagatgaaatggtgagaag 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26278500 atgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtcccagttggagcaaaagtaaacaagttatggactaacattagtgtagaggaaatggtgagaag 26278599  T
Q  348 ggaagagatagttaaggctgtgaagattttgatgggaagtggccaagagagcaaagaa 405  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  26278600 ggaagagatagtgaaggctgtagagattttgatgggaattagccaagagagcaaagaa 26278657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 316
Target Start/End: Original strand, 26088349 - 26088654
Alignment:
Q  12 ttgtaaggaaaaaggaaagagatgagagtgaaaacactttcctacaagattttgag-aaataatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattg 110  Q
    ||||||||||| | || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26088349 ttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattg 26088448  T
Q  111 ggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgcca 210  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||  | |||||||||    
T  26088449 ggcaccacaacttctgatattggatcatcctgcaacaggagggattgtgactcactgtggttggaactcgattcttgaaagcttgaatgctggtttgcca 26088548  T
Q  211 atgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagt 310  Q
    |||||| |||||||||| | ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| |||    
T  26088549 atgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtcccagttggagcaaaagtaaacgagt 26088648  T
Q  311 tctgga 316  Q
    ||||||    
T  26088649 tctgga 26088654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 316
Target Start/End: Original strand, 26112137 - 26112442
Alignment:
Q  12 ttgtaaggaaaaaggaaagagatgagagtgaaaacactttcctacaagattttgag-aaataatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattg 110  Q
    ||||||||||| | || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26112137 ttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattg 26112236  T
Q  111 ggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgcca 210  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||  | |||||||||    
T  26112237 ggcaccacaacttctgatattggatcatcctgcaacaggagggattgtgactcactgtggttggaactcgattcttgaaagcttgaatgctggtttgcca 26112336  T
Q  211 atgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagt 310  Q
    |||||| |||||||||| | ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| |||    
T  26112337 atgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtcccagttggagcaaaagtaaacgagt 26112436  T
Q  311 tctgga 316  Q
    ||||||    
T  26112437 tctgga 26112442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 76 - 405
Target Start/End: Original strand, 26298080 - 26298409
Alignment:
Q  76 aaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttgga 175  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  26298080 aaagaaagcagcaagggctatatcatatgggactgggcaccgcaacttctgatattggaccaccctgcaacaggaggaattgtgactcattgtggttgga 26298179  T
Q  176 actcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttgaa 275  Q
    |||||| ||| |||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||| || | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26298180 actcaactctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcacatggcctatttttgctgagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttaaa 26298279  T
Q  276 gataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagttctggattaacattagtgtagatgaaatggtgagaagggaagagatagttaaggctgtgaagatt 375  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  26298280 gataggggtcccagtcggagcaaaagaaaacaagttatggcttgacattagtgtagagaaagtggtgagaagggaagagatagagaagactgtgaagatt 26298379  T
Q  376 ttgatgggaagtggccaagagagcaaagaa 405  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26298380 ttgatgggaagcggccaagagagcaaagaa 26298409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 12 - 405
Target Start/End: Original strand, 26129134 - 26129531
Alignment:
Q  12 ttgtaaggaaaaaggaaagagatgagagtgaaaacactttcctacaagattttgag-aaataatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattg 110  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26129134 ttgtaaggaaaaaggagagcgatgagagtgaaaacaatttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagaaaaaagggctatatcatatggaattg 26129233  T
Q  111 ggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgcca 210  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||| | ||  | |||||||||    
T  26129234 ggcaccacagctccttatattggatcaccctgccataggaggaattgtgactcattgtggttggaactcaactctcgaaagcttaaatgctggtttgcca 26129333  T
Q  211 atgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagt 310  Q
    ||||| |||||||||| || ||  || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||     
T  26129334 atgattacatggccaaggtttggcgatcaattttacaatgaaaagttgctcgttgatgttttgaagataggggtttcagtaggagcaaaagaaaacaaga 26129433  T
Q  311 tctggattaacatt---agtgtagatgaaatggtgagaagggaagagatagttaaggctgtgaagattttgatgggaagtggccaagagagcaaagaa 405  Q
    |  ||| || || |   |||  ||| | | |||||| ||||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26129434 tgcggactagcactgaaagtaaagacgtagtggtgaaaagggaagagatagcgaaggctgtagagattttgatgggaagcggccaagagagcaaagaa 26129531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 73 - 405
Target Start/End: Original strand, 26204514 - 26204846
Alignment:
Q  73 atgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgtt 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  26204514 atgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggaggaattgtgactcactgtggtt 26204613  T
Q  173 ggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgtttt 272  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||| | ||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26204614 ggaactcaattcttgaaagcttgaattctggtttgccaatgataacatggccaatatttgctgaacaattttacaatgagaagctgcttgttgatgtttt 26204713  T
Q  273 gaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagttctggattaacattagtgtagatgaaatggtgagaagggaagagatagttaaggctgtgaag 372  Q
    |||||| || |||   || ||| ||||||  ||| |||| ||| ||| |||| ||| ||| | | ||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||    
T  26204714 gaagattggagtcgcggttggatcaaaagtgaaccagttttggcttagcattggtgaagaggtagtggtgagaagggaggagatagtgaaggctgttgag 26204813  T
Q  373 attttgatgggaagtggccaagagagcaaagaa 405  Q
    || |||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  26204814 atattgatgggaaatggccaagtgagcaaagaa 26204846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 73 - 405
Target Start/End: Original strand, 26302438 - 26302770
Alignment:
Q  73 atgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgtt 172  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26302438 atgaaagaaagcaaaaaaggctatatcatatggaattgggcaccgcagcttctaatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgtt 26302537  T
Q  173 ggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgtttt 272  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||| || | ||  ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  26302538 ggaactcaattctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcacatggcccatttttgctgagcaatttaacaacgagaagtttcttgttgatgtttt 26302637  T
Q  273 gaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagttctggattaacattagtgtagatgaaatggtgagaagggaagagatagttaaggctgtgaag 372  Q
    |||||| || ||    || ||| ||||||| ||| |||| |||| ||  ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |  ||||| ||  ||    
T  26302638 gaagattggagtttctgttggatcaaaagagaacgagttttggaatagaattagtgtagaggcaattgtgagaagggaagagattgcaaaggccgttgag 26302737  T
Q  373 attttgatgggaagtggccaagagagcaaagaa 405  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26302738 attttgatgggaaatggccaagagagcaaagaa 26302770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 73 - 396
Target Start/End: Original strand, 26224151 - 26224474
Alignment:
Q  73 atgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgtt 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  26224151 atgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggaggaattgtgactcactgtggtt 26224250  T
Q  173 ggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgtttt 272  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||| | ||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26224251 ggaactcaattcttgaaagcttgaattctggtttgccaatgataacatggccaatatttgctgaacaattttacaatgagaagctgcttgttgatgtttt 26224350  T
Q  273 gaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagttctggattaacattagtgtagatgaaatggtgagaagggaagagatagttaaggctgtgaag 372  Q
    |||||| || |||   || ||| ||||||  ||| |||| ||| ||| |||| ||| ||| | | ||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||    
T  26224351 gaagattggagtcgcggttggatcaaaagtgaaccagttttggcttagcattggtgaagaggtagtggtgagaagggaggagatagtgaaggctgttgag 26224450  T
Q  373 attttgatgggaagtggccaagag 396  Q
    || |||||||||||||| ||||||    
T  26224451 atattgatgggaagtggtcaagag 26224474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 73 - 278
Target Start/End: Original strand, 26260501 - 26260706
Alignment:
Q  73 atgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgtt 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  26260501 atgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagctccttatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgtggat 26260600  T
Q  173 ggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgtttt 272  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26260601 ggaactcaattcttgaaagcttgaactcgggtttgccaatgattgcatggccaatgtttgctgagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgtttt 26260700  T
Q  273 gaagat 278  Q
    ||||||    
T  26260701 gaagat 26260706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 73 - 278
Target Start/End: Original strand, 26208040 - 26208245
Alignment:
Q  73 atgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgtt 172  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||    
T  26208040 atgaaagaaaacaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacagcttctcatattaggccaccctgcaacaggagggatagtgactcattgtggtt 26208139  T
Q  173 ggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgtttt 272  Q
    |||| |||||||| |||||| | |     ||||| || |||||  |||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26208140 ggaattcaattcttgaaagccttagtgttggtttacccatgattgcatggccaatgtttgctgagcaattttacaatgagaaattgcttgttgatgtttt 26208239  T
Q  273 gaagat 278  Q
    ||||||    
T  26208240 gaagat 26208245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 73 - 280
Target Start/End: Original strand, 26227601 - 26227808
Alignment:
Q  73 atgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgtt 172  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||| |||| | |||||||| ||| |||    
T  26227601 atgaaagaaaacaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacaacttctcatattaggtcaccctgcaacagcaggggtagtgactcattgtggtt 26227700  T
Q  173 ggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgtttt 272  Q
    ||||||||||||| |||||| |||      |||||||||| || ||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||| | ||||||  ||||||    
T  26227701 ggaactcaattcttgaaagcttgagtgttagtttgccaattattacatggccaatgtttgcggagcagttttacaatgagaagcttcttgtttttgtttt 26227800  T
Q  273 gaagatag 280  Q
    ||||||||    
T  26227801 gaagatag 26227808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 435 - 551
Target Start/End: Original strand, 26158280 - 26158395
Alignment:
Q  435 tgaatgaaggtattccaaagtgagcctgtattactaaatagaaaccatgcttcaattttcaattctactataacctacaaaagtattcagagttttccca 534  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  26158280 tgaatgaaggtattccaaagtcagccagtattactaaatagaaaccatgcttcaattttcaattctactataacctacaaaagca-tcagagttttccca 26158378  T
Q  535 caacacactcagcatca 551  Q
    | |||||| ||||||||    
T  26158379 cgacacacccagcatca 26158395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 349 - 405
Target Start/End: Original strand, 26121220 - 26121276
Alignment:
Q  349 gaagagatagttaaggctgtgaagattttgatgggaagtggccaagagagcaaagaa 405  Q
    ||||||||||  ||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26121220 gaagagatagcgaaggccgtagagattttaatgggaagtggccaagagagcaaagaa 26121276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 445 - 517
Target Start/End: Original strand, 26122185 - 26122256
Alignment:
Q  445 tattccaaagtgagcctgtattactaaatagaaaccatgcttcaattttcaattctactataacctacaaaag 517  Q
    ||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  26122185 tattccaaagtgatccagtaatactaaaaagaaaccatgctagaattttcacttcta-tataagctacaaaag 26122256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 435 - 495
Target Start/End: Original strand, 26131524 - 26131584
Alignment:
Q  435 tgaatgaaggtattccaaagtgagcctgtattactaaatagaaaccatgcttcaattttca 495  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| ||||||  ||||||||    
T  26131524 tgaacgaaggtattccaaagtgatccagtactactaaaaagaaatcatgctagaattttca 26131584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 182; Significance: 5e-98; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 49 - 405
Target Start/End: Original strand, 44903857 - 44904214
Alignment:
Q  49 tttcctacaagattttgag-aaataatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaaca 147  Q
    |||||| |||||||||||| |||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44903857 tttcctgcaagattttgaggaaagggtgaaagaaagcaacaagggctatatcatatggaattgggcaccgcagcttctcatattggatcaccctgcaaca 44903956  T
Q  148 ggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttaca 247  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| | |     |||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||    
T  44903957 ggaggaattgtgactcactgtggttggaactcaactcttgaaagcattagtgttggtttgccaatgatcacatggccaatgtttgctgaacaattttaca 44904056  T
Q  248 atgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagttctggattaacattagtgtagatgaaatggtgagaag 347  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| || | ||| |||||| | |||||| |||||    
T  44904057 atgagaggttgcttgttgatgttttgaagataggggtcccagttggagcaaaagaaaacaagttatggaatagctttactgtagaggcaatggttagaag 44904156  T
Q  348 ggaagagatagttaaggctgtgaagattttgatgggaagtggccaagagagcaaagaa 405  Q
    ||||||||| |  ||||||| | |||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||    
T  44904157 ggaagagattgcaaaggctgcggagattttgttgggaaatggtcaagacagcaaagaa 44904214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 72 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 16908748 - 16908691
Alignment:
Q  72 aatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttctgata 129  Q
    |||||||||||| || || |||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  16908748 aatgaaagaaagaaacaaaggctatttgatatggggttgggcaccacagcttctgata 16908691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University