View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9299_low_1 (Length: 794)

Name: NF9299_low_1
Description: NF9299
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9299_low_1
NF9299_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-780)||(45974900-45975678)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 780
Target Start/End: Original strand, 45974900 - 45975678
Alignment:
Q  19 accgcaatcgaccggaatttcgaccgtcaagtttcacttccgaggctatccagcgacagtagctatgcagggagtttgttttccagtgacattaaagagg 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45974900 accgcaattgaccggaatttcgaccgtcaagtttcacttccgaggctatcgagcgacagtagctatgcagggagtttgttttccagtgacattaaagagg 45974999  T
Q  119 aaacgcagtcgtctcaagtttccaccattccagcaaccactgcgaggaggcagaaggaagatgaagaaaacaaagacgggttggtgaagaagtgtgaaga 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45975000 aaacgcagtcgtctcaagtttccaccattccagcaaccactgcgaggaggcagaaggaagatgatgaaaacaaagacgggttggtgaagaagtgtgaaga 45975099  T
Q  219 aagctatatcctgcagcttacgttagcgaagaggcttgcttctttggcaagtcttgtgtcggagcctgttctcactcctggcactgaaaattgggatgct 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45975100 aagctatatcctgcagcttacgttagcgaagaggcttgcttctttggcaagtcttgtgtcggagcctgttctcactcctggcactgaaaattgggatgct 45975199  T
Q  319 gagtctgtttcttatcgtctatgggtacaaaactaaacaagattgcacaaccatttcattttttaactacgtctcaccatcgcaccaatggttttaaat- 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  45975200 gagtctgtttcttatcgtctatgggtacaaaactaaacaagattgcacaaccatttcattttttaactacatctcaccatcgcaccaatggttttaaatc 45975299  T
Q  418 ----------------cgcggttaaactatgcatagacttcaaaatctgcaacgacatggcgattgtgatttgtgatattgactgcattatttcgctgca 501  Q
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45975300 gcggttgtggctcttacgcggttaaactatgcatagacttcaaaatctgcaacgacatggcgattgtgatttgtgatattgactgcattatttcgctgca 45975399  T
Q  502 ttttaaaactattgaactttatgttgcggcaaaacattgctgatgcaatcaaatttacaaatgccatgtggttgcagagatctcaaaatcttttatattg 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45975400 ttttaaaactattgaactttatgttgcggcaaaacattgttgatgcaatcaaatttacaaatgccatgtggttgcagagatctcaaaatcttttatattg 45975499  T
Q  602 cagttgaagcagcttcagataacaacttaaaaccatattgcaactagcgttcaataatatttgtgtgattaaatatgccatttttggttatcaggtgagt 701  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45975500 cagttgaagcagctgcagataacaacttaaaaccatattgcaactagcgttcattaatatttgtgtgattaaatatgccatttttggttatcaggtgagt 45975599  T
Q  702 gggtgcttgtcgtatacggataagataagtgatggattttacaacatactggggatgaatccgtatctgtgggtgatgt 780  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45975600 gggtgcttgtcatatacggataagataagtgatggattttacaacatactggggatgaatccgtatctgtgggtgatgt 45975678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University