View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9300_low_1 (Length: 453)

Name: NF9300_low_1
Description: NF9300
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9300_low_1
NF9300_low_1
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (19-444)||(11170332-11170757)
chr6 (19-444)||(11209154-11209579)
chr6 (19-444)||(11275716-11276141)
chr6 (23-444)||(11160903-11161324)
chr6 (23-444)||(11196489-11196910)
chr6 (19-441)||(11156032-11156454)
chr6 (213-444)||(11199844-11200075)
chr6 (24-336)||(11241511-11241824)
chr6 (280-384)||(11133017-11133121)
chr6 (310-444)||(11314714-11314848)
chr6 (23-109)||(11315049-11315135)
chr6 (23-109)||(11199479-11199565)
chr6 (383-444)||(11241427-11241488)
[»] scaffold1207 (1 HSPs)
scaffold1207 (23-444)||(654-1075)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (311-387)||(12528558-12528634)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (219-387)||(8581662-8581830)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 444
Target Start/End: Original strand, 11170332 - 11170757
Alignment:
Q  19 cctggtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatcttttatacacttttctacactctccatgcaccggtcaaaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170332 cctggtagagccgccaacaagcacaacatcatgaattttactcttcactatcccactatcttctatacacttttctacactctccatgcaccggtcaaaa 11170431  T
Q  119 agattcttgctgagattgtcgaaaagtccacgactaatccctgaggagaaatcttcacctttatataaacaatctatctcgatctcagtctgattattgg 218  Q
    ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  11170432 agactcttactgagattgtcgaaaattccacgactaatcactgaggagaaatcttcacctttatataaacaatctatctcgatgtcagtcttattattgg 11170531  T
Q  219 atgaaagtgtacattttgctttctcgcaagcagtcttcagcctcttaatggctcttggagatccactaatatcgagtttatgttttctcaagaactcttt 318  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170532 atgaaagtgtacattttgctctctcgcaagcagtcttcagcctcctaatggctcttggatctccactaatgtcgagtttatgttttctcaagaactcttt 11170631  T
Q  319 cacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggccttaacattgatatcaccattctcaaatgtgaga 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170632 cacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggccttaacattgatatcaccattctcaaatgtgaga 11170731  T
Q  419 acagacacgtccaaagtaccaccacc 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  11170732 acagacacgtccaaagtaccaccacc 11170757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 19 - 444
Target Start/End: Original strand, 11209154 - 11209579
Alignment:
Q  19 cctggtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatcttttatacacttttctacactctccatgcaccggtcaaaa 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  11209154 cctggtagacccgccaacaagcacaacatcatgaatgttactcttcactatcccactatcttctatacacttttctacaatctccatgcactggtcaaaa 11209253  T
Q  119 agattcttgctgagattgtcgaaaagtccacgactaatccctgaggagaaatcttcacctttatataaacaatctatctcgatctcagtctgattattgg 218  Q
    ||| ||||| |||||| ||||||   | |||||||||||  |||  | ||||||| ||||| || ||||||||||||||| || | ||||  | |||||     
T  11209254 agactcttgttgagatcgtcgaactttgcacgactaatcgttgacaaaaaatctttaccttcatttaaacaatctatctcaatgttagtcgcagtattga 11209353  T
Q  219 atgaaagtgtacattttgctttctcgcaagcagtcttcagcctcttaatggctcttggagatccactaatatcgagtttatgttttctcaagaactcttt 318  Q
      |||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||| || | ||| |  || ||||||||||||||    
T  11209354 cagaaagtatcctttttgctctctcgcaagcagtcttcagcctcctaagggctcttggatttccactaatgtccattttttccttcctcaagaactcttt 11209453  T
Q  319 cacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggccttaacattgatatcaccattctcaaatgtgaga 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11209454 cacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctgcaatagccttaacattgatatcaccatcctcaaatgtgaga 11209553  T
Q  419 acagacacgtccaaagtaccaccacc 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  11209554 acagacacgtccaaagtaccaccacc 11209579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 19 - 444
Target Start/End: Original strand, 11275716 - 11276141
Alignment:
Q  19 cctggtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatcttttatacacttttctacactctccatgcaccggtcaaaa 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||||    
T  11275716 cctggtagacccgccaacaagcacaacatcatgaatgttactcttgtttatcccactatctgctatacacttttctacaatttccatgcactggtaaaaa 11275815  T
Q  119 agattcttgctgagattgtcgaaaagtccacgactaatccctgaggagaaatcttcacctttatataaacaatctatctcgatctcagtctgattattgg 218  Q
    ||| ||||| ||||||  |||||   | |||||||||||   ||||||||||||  |||||  | |||||| |||||||| ||   ||||| | |||||     
T  11275816 agactcttgttgagatcatcgaactttgcacgactaatcaacgaggagaaatctgtaccttggtttaaacattctatctcaatggtagtctcactattga 11275915  T
Q  219 atgaaagtgtacattttgctttctcgcaagcagtcttcagcctcttaatggctcttggagatccactaatatcgagtttatgttttctcaagaactcttt 318  Q
      |||||| | | |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||   |||||| || ||||||||||||||    
T  11275916 cagaaagtatcctttttactctctcgcaagcagtcttcagcctcctaatggctcttggatctccactaatgtcatttttatgcttcctcaagaactcttt 11276015  T
Q  319 cacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggccttaacattgatatcaccattctcaaatgtgaga 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11276016 cacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccaatggccttaacattgatatcaccattctcaaaagtgaga 11276115  T
Q  419 acagacacgtccaaagtaccaccacc 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  11276116 acagacacgtccaaagtaccaccacc 11276141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 23 - 444
Target Start/End: Original strand, 11160903 - 11161324
Alignment:
Q  23 gtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatcttttatacacttttctacactctccatgcaccggtcaaaaagat 122  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||  | |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||  |||    
T  11160903 gtagagccaccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttctacaatctccatgcacttgtcgaagtgat 11161002  T
Q  123 tcttgctgagattgtcgaaaagtccacgactaatccctgaggagaaatcttcacctttatataaacaatctatctcgatctcagtctgattattggatga 222  Q
    ||||| |||| |  || ||   | | |||||||||  |||| ||||||||   |||| || |||||  |||||||| ||    |||  | ||||||| ||    
T  11161003 tcttgttgagttcctcaaactttgcgcgactaatcgatgagtagaaatctattccttgatttaaactctctatctcaatggtggtcgtagtattggaaga 11161102  T
Q  223 aagtgtacattttgctttctcgcaagcagtcttcagcctcttaatggctcttggagatccactaatatcgagtttatgttttctcaagaactctttcaca 322  Q
    |||| | | ||||||||||||||||||||  |||| |||| ||| ||||||||||  ||||||||| |||| |||||  || ||| ||||||||||||||    
T  11161103 aagtatcctttttgctttctcgcaagcagagttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcaca 11161202  T
Q  323 aaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggccttaacattgatatcaccattctcaaatgtgagaacag 422  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||    
T  11161203 aaatggttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccctaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccaatctcaaatgtgagaatag 11161302  T
Q  423 acacgtccaaagtaccaccacc 444  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  11161303 acacgtccaaagtaccaccacc 11161324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 23 - 444
Target Start/End: Original strand, 11196489 - 11196910
Alignment:
Q  23 gtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatcttttatacacttttctacactctccatgcaccggtcaaaaagat 122  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||  | |||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||  ||| ||  |||    
T  11196489 gtagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccacaatctccatgcacttgtcgaagtgat 11196588  T
Q  123 tcttgctgagattgtcgaaaagtccacgactaatccctgaggagaaatcttcacctttatataaacaatctatctcgatctcagtctgattattggatga 222  Q
    ||||| |||| |  || ||   | | |||||||||  |||| ||||||||  ||||| || |||||   ||||||| ||    |||  | ||||||| ||    
T  11196589 tcttgttgagttcctcaaactttgcgcgactaatcgatgagtagaaatctataccttgatttaaactccctatctcaatggtggtcgtagtattggaaga 11196688  T
Q  223 aagtgtacattttgctttctcgcaagcagtcttcagcctcttaatggctcttggagatccactaatatcgagtttatgttttctcaagaactctttcaca 322  Q
    |||| | | |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||  ||||||||| |||| |||||  || ||| ||||||||||||||    
T  11196689 aagtatcctttttgctttctcgcaagcagacttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcaca 11196788  T
Q  323 aaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggccttaacattgatatcaccattctcaaatgtgagaacag 422  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  |    
T  11196789 aaatggttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatgg 11196888  T
Q  423 acacgtccaaagtaccaccacc 444  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  11196889 acacgtccagagtaccaccacc 11196910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 19 - 441
Target Start/End: Original strand, 11156032 - 11156454
Alignment:
Q  19 cctggtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatcttttatacacttttctacactctccatgcaccggtcaaaa 118  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||  | |||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||  ||| ||     
T  11156032 cctggtagagccaccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccacaatctccatgcacttgtcgaag 11156131  T
Q  119 agattcttgctgagattgtcgaaaagtccacgactaatccctgaggagaaatcttcacctttatataaacaatctatctcgatctcagtctgattattgg 218  Q
     |||||||| |||| |  || ||   | |||||||||||  |||| ||||||||  ||||| || |||||  |||||||  ||    ||   | ||||||    
T  11156132 tgattcttgttgagttcctcaaactttgcacgactaatcgatgagtagaaatctataccttgatttaaactctctatctgaatggtggttgtaatattgg 11156231  T
Q  219 atgaaagtgtacattttgctttctcgcaagcagtcttcagcctcttaatggctcttggagatccactaatatcgagtttatgttttctcaagaactcttt 318  Q
    | |||||| | | |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||  ||||||||| |||| |||||  || ||| ||||||| ||    
T  11156232 aagaaagtatcctttttgctttctcgcaagcagacttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactcatt 11156331  T
Q  319 cacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggccttaacattgatatcaccattctcaaatgtgaga 418  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  11156332 cacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcacctttctcaaatgtgaga 11156431  T
Q  419 acagacacgtccaaagtaccacc 441  Q
    |  ||||||||||||||||||||    
T  11156432 atggacacgtccaaagtaccacc 11156454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 213 - 444
Target Start/End: Original strand, 11199844 - 11200075
Alignment:
Q  213 tattggatgaaagtgtacattttgctttctcgcaagcagtcttcagcctcttaatggctcttggagatccactaatatcgagtttatgttttctcaagaa 312  Q
    ||||||| |||||| | | |||||||||||||||||||| ||||  |||| ||| ||||||||||  ||||||||| |||| |||||  || ||| ||||    
T  11199844 tattggaagaaagtatcctttttgctttctcgcaagcagacttctacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaa 11199943  T
Q  313 ctctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggccttaacattgatatcaccattctcaaat 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11199944 ctctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccattctcaaat 11200043  T
Q  413 gtgagaacagacacgtccaaagtaccaccacc 444  Q
    |||||||  ||||| |||| ||||||||||||    
T  11200044 gtgagaatggacacatccagagtaccaccacc 11200075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 24 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 11241824 - 11241511
Alignment:
Q  24 tagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatcttttatacacttttctacactctccatgcaccggtcaaaaagatt 123  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||  | |||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||  ||| ||  ||||    
T  11241824 tagagccaccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttccacaatctccatgcacttgtcgaagtgatt 11241725  T
Q  124 cttgctgagattgtcgaaaagtccacgactaatccctgaggagaaatcttcacctttatataaacaatctatctcgatctcagtctgattattggatgaa 223  Q
    |||| |||| |  || ||   | | |||||||||  |||| ||||||||  ||||| || |||||  |||||||| ||    |||  | |||||||  ||    
T  11241724 cttgttgagttcctcaaactttgcgcgactaatcgatgagtagaaatctataccttgatttaaactctctatctcaatggtggtcgtagtattggaataa 11241625  T
Q  224 agtgtacatttt-gctttctcgcaagcagtcttcagcctcttaatggctcttggagatccactaatatcgagtttatgttttctcaagaactctttcaca 322  Q
    ||| | | |||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||  || |||||| |||| |||||  || ||| ||||||||||||||    
T  11241624 agtatccttttttgctttctcgcaagcagacttcaacctcctaagggctcttggatctctactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcaca 11241525  T
Q  323 aaatggttcaccat 336  Q
    ||||||||||||||    
T  11241524 aaatggttcaccat 11241511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 280 - 384
Target Start/End: Original strand, 11133017 - 11133121
Alignment:
Q  280 tccactaatatcgagtttatgttttctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctcca 379  Q
    ||||||||| || | |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  11133017 tccactaatgtcaattttatgcttcctcaagaactctttcacgaaatggttcaccattgtgttatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtatctccagca 11133116  T
Q  380 gtggc 384  Q
    |||||    
T  11133117 gtggc 11133121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 310 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 11314848 - 11314714
Alignment:
Q  310 gaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggccttaacattgatatcaccattctca 409  Q
    |||| ||| ||||||||  |||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||| |||| |||||  |||||||||||    
T  11314848 gaacacttccacaaaatatttcaccattgtattattgaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctccgccaacggccctaactttgatggcaccattctca 11314749  T
Q  410 aatgtgagaacagacacgtccaaagtaccaccacc 444  Q
    | |||||||| |||||| ||||||||||| |||||    
T  11314748 agtgtgagaatagacacatccaaagtaccgccacc 11314714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 11315135 - 11315049
Alignment:
Q  23 gtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatcttttatacacttttctacactctccatgcac 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||||| | || ||||||||||||| ||| |||||||    
T  11315135 gtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgtcactcttgaccatcccactatcctctagacacttttctacaatcttcatgcac 11315049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 23 - 109
Target Start/End: Original strand, 11199479 - 11199565
Alignment:
Q  23 gtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatcttttatacacttttctacactctccatgcac 109  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||  | |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11199479 gtagagccaccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaattatacacttttctacaatctccatgcac 11199565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 383 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 11241488 - 11241427
Alignment:
Q  383 gccttaacattgatatcaccattctcaaatgtgagaacagacacgtccaaagtaccaccacc 444  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  11241488 gccttaacattgatagcaccattctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacc 11241427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207 (Bit Score: 170; Significance: 5e-91; HSPs: 1)
Name: scaffold1207
Description:

Target: scaffold1207; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 23 - 444
Target Start/End: Original strand, 654 - 1075
Alignment:
Q  23 gtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatcttttatacacttttctacactctccatgcaccggtcaaaaagat 122  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||   |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||     
T  654 gtagagccgccaacaaggacaacatcatgaaagttactcttgtttatcccactatctgctatacagttttctacactctccatgcactggttaaaaagac 753  T
Q  123 tcttgctgagattgtcgaaaagtccacgactaatccctgaggagaaatcttcacctttatataaacaatctatctcgatctcagtctgattattggatga 222  Q
    ||||| ||||||  || ||   | |||||||||||   |||||||||| |  |||||  | |||||| |||||||| ||   ||||| | |||||   ||    
T  754 tcttgttgagatcatcaaactttgcacgactaatcgacgaggagaaatttgtaccttggtttaaacactctatctcaatggtagtctaagtattgacaga 853  T
Q  223 aagtgtacattttgctttctcgcaagcagtcttcagcctcttaatggctcttggagatccactaatatcgagtttatgttttctcaagaactctttcaca 322  Q
    |||| | | ||||| | |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||| |||| |||||  || || |||||| ||||||||    
T  854 aagtatcctttttgatctctcacaagcagtcttcagcctcctaacggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttccttaagaacactttcaca 953  T
Q  323 aaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggccttaacattgatatcaccattctcaaatgtgagaacag 422  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  954 aaatggttcaccattgcgttatcaaagtcttgccccctgaggtgagtgtctcctacaatagccttaacattgatatcaccattctcaaatttgagaacag 1053  T
Q  423 acacgtccaaagtaccaccacc 444  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  1054 acacgtccaaagtaccaccacc 1075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 311 - 387
Target Start/End: Original strand, 12528558 - 12528634
Alignment:
Q  311 aactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggcctt 387  Q
    |||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||| | ||| || ||||||||||||||  ||||||||||    
T  12528558 aactctttcacaaagtgattcaccattcgattatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtctccggcagtggcctt 12528634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 219 - 387
Target Start/End: Original strand, 8581662 - 8581830
Alignment:
Q  219 atgaaagtgtacattttgctttctcgcaagcagtcttcagcctcttaatggctcttggagatccactaatatcgagtttatgttttctcaagaactcttt 318  Q
    |||||||||| | ||| ||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||| |||||  |||| |||| ||   |||||||||||||  ||||||       
T  8581662 atgaaagtgtccttttcgctctctcacaagcagtcctcaaccttctaatggcttttggatttccaataatctcctctttatgttttctcttgaactccga 8581761  T
Q  319 cacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggcctt 387  Q
    |||||| || |||||||||   |||||||| ||||  || || ||||||||||||||  ||||||||||    
T  8581762 cacaaagtgattcaccattctgttatcaaaatcttcccctcccaggtgagtgtctccagcagtggcctt 8581830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University