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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9303_low_27 (Length: 428)
Name: NF9303_low_27
Description: NF9303
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9303_low_27 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 38167600 - 38167184
Alignment:
| Q |
1 |
catgttgttaagggatgtggactctcctcttcaaaacattacatagacaaaggtcaggaacctatggatatttccagcttttccaaggtgaaaacgaaga |
100 |
Q |
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| T |
38167600 |
catgttgttaagggatgtggactctcctcttcaaaacattacatagacaaaggtcaggaacctatggatatttccagctttttcaaggtgaaaacgaaga |
38167501 |
T |
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| Q |
101 |
tcacaaagctaccatgtagaaatttgtttacgcctcatcaacatcaagctccatattgatttagtttgccagcacattcaccgtgaacctttcgatccct |
200 |
Q |
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| T |
38167500 |
tcacaaagctaccatgtagaaatttgttcacgcctcatcaacatcaagctccat-ttgatttagtttgccagcacattcaccgtgaacctttcgatccct |
38167402 |
T |
|
| Q |
201 |
tatgttctgataattgacaaatacggcaaacaggacataccatttataagaaagtccaatgcaagatagtttgttcagccctattatcaataaactcata |
300 |
Q |
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| T |
38167401 |
tatgttctgataattgacaaatacggcaaacaggacataccatttataggaaagtccgatgcaagatagtttgttcagccctattatcaataaactcata |
38167302 |
T |
|
| Q |
301 |
ggaaccaagctaaaaacatatgcaaaattttggtagcaataaaccccatcagaaaagagttaattttatcaattattatttgcgcacaatgcactcaata |
400 |
Q |
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|
| T |
38167301 |
ggaaccaagctaaaaacatatgcaaaattttggtagcaataaaccccatcagaaaagagttaattttatcaattattatttgctcacaatgcactcaata |
38167202 |
T |
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| Q |
401 |
tcatacacagctcctatg |
418 |
Q |
| |
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| T |
38167201 |
tcatacatagctcctatg |
38167184 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 418
Target Start/End: Original strand, 38199504 - 38199920
Alignment:
| Q |
1 |
catgttgttaagggatgtggactctcctcttcaaaacattacatagacaaaggtcaggaacctatggatatttccagcttttccaaggtgaaaacgaaga |
100 |
Q |
| |
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| T |
38199504 |
catgttgttaagggatgtggactctcctcttcaaaacattacatagacaaaggtcaggaacctatggatatttccagctttttcaaggtgaaaacgaaga |
38199603 |
T |
|
| Q |
101 |
tcacaaagctaccatgtagaaatttgtttacgcctcatcaacatcaagctccatattgatttagtttgccagcacattcaccgtgaacctttcgatccct |
200 |
Q |
| |
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| T |
38199604 |
tcacaaagctaccatgtagaaatttgttcacgcctcatcaacatcaagctccat-ttgatttagtttgccagcacattcaccgtgaacctttcgatccct |
38199702 |
T |
|
| Q |
201 |
tatgttctgataattgacaaatacggcaaacaggacataccatttataagaaagtccaatgcaagatagtttgttcagccctattatcaataaactcata |
300 |
Q |
| |
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| T |
38199703 |
tatgttctgataattgacaaatacggcaaacaggacataccatttataggaaagtccgatgcaagatagtttgttcagccctattatcaataaactcata |
38199802 |
T |
|
| Q |
301 |
ggaaccaagctaaaaacatatgcaaaattttggtagcaataaaccccatcagaaaagagttaattttatcaattattatttgcgcacaatgcactcaata |
400 |
Q |
| |
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| T |
38199803 |
ggaaccaagctaaaaacatatgcaaaattttggtagcaataaaccccatcagaaaagagttaattttatcaattattatttgctcacaatgcactcaata |
38199902 |
T |
|
| Q |
401 |
tcatacacagctcctatg |
418 |
Q |
| |
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| T |
38199903 |
tcatacatagctcctatg |
38199920 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 212 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 27012459 - 27012268
Alignment:
| Q |
212 |
aattgacaaatacggcaaacaggacataccatttataagaaagtccaatgcaagatagtttgttcagccctattatcaataaactcataggaaccaagct |
311 |
Q |
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| T |
27012459 |
aattgacaaatacggaaaacaggactgaccatgtataggaaaatcacatgcaagatagtttgttcagcccaatcatcaataaactcatatgaacaaagct |
27012360 |
T |
|
| Q |
312 |
aaaaacatatgcaaaattttggtagcaataaaccccatcagaaaagagttaattttatcaattattatttgcgcacaatgcactcaatatcata |
405 |
Q |
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| T |
27012359 |
aaagacacaagctaaattttggtagcagtaaa-cccatcagaagagagttaattttatc-attattatttgcatgcaatgctctcaatgtcata |
27012268 |
T |
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