View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9306_low_11 (Length: 447)
Name: NF9306_low_11
Description: NF9306
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9306_low_11 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 417; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 436
Target Start/End: Original strand, 41108010 - 41108434
Alignment:
| Q |
12 |
aaagggcaatgagtgaagtagtacggcatccagaggttatgtcaaaagcaaagaaggaattagaggaaaccattggattaggcaaaccaattgaggaatc |
111 |
Q |
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| T |
41108010 |
aaagggcaatgagtgaagtagtacggcatccagaggttatgtcaaaagcaaagaaggaattagaggaaaccattggattaggcaaaccaattgaggaatc |
41108109 |
T |
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| Q |
112 |
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211 |
Q |
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| T |
41108110 |
agatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatgttacttcctaggaaagcaagggtagat |
41108209 |
T |
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| Q |
212 |
gtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacagacatatgggatgatgctcatttgtttt |
311 |
Q |
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| T |
41108210 |
gtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacagacatatgggatgatgctcatttgtttt |
41108309 |
T |
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| Q |
312 |
caccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggcagtggaagacgtatatgtcctggctcaccact |
411 |
Q |
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| T |
41108310 |
caccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggtagtggaagacgtatatgtcctggctcaccact |
41108409 |
T |
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| Q |
412 |
tgctgttaggatgttgcatttgatg |
436 |
Q |
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| T |
41108410 |
tgctgttaggatgttgcatttgatg |
41108434 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 436
Target Start/End: Original strand, 41129134 - 41129558
Alignment:
| Q |
12 |
aaagggcaatgagtgaagtagtacggcatccagaggttatgtcaaaagcaaagaaggaattagaggaaaccattggattaggcaaaccaattgaggaatc |
111 |
Q |
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| T |
41129134 |
aaagggcaatgagtgaagtagtacggcatccagaggttatgtcaaaagcaaagaaggaattagaggaaaccattggattaggcaaaccaattgaggaatc |
41129233 |
T |
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| Q |
112 |
agatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatgttgcttcctaggaaagcaagggtagat |
211 |
Q |
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| T |
41129234 |
agatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatgttacttcctaggaaagcaagggtagat |
41129333 |
T |
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| Q |
212 |
gtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacagacatatgggatgatgctcatttgtttt |
311 |
Q |
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| T |
41129334 |
gtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacagacatatgggatgatgctcatttgtttt |
41129433 |
T |
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| Q |
312 |
caccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggcagtggaagacgtatatgtcctggctcaccact |
411 |
Q |
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| T |
41129434 |
caccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggcagtggaagacgtatatgtcctggctcaccact |
41129533 |
T |
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| Q |
412 |
tgctgttaggatgttgcatttgatg |
436 |
Q |
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| T |
41129534 |
tgctgttaggatgtttcatttgatg |
41129558 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 41143549 - 41143125
Alignment:
| Q |
12 |
aaagggcaatgagtgaagtagtacggcatccagaggttatgtcaaaagcaaagaaggaattagaggaaaccattggattaggcaaaccaattgaggaatc |
111 |
Q |
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| T |
41143549 |
aaagggcaatgagcgaagtagtacgccatccagaggttatgtcaaaagcaaagaaggaattagaggaaaccattggattaggcaaaccaattgaggaatc |
41143450 |
T |
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| Q |
112 |
agatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatgttgcttcctaggaaagcaagggtagat |
211 |
Q |
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| T |
41143449 |
agatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatgttacttcctaggaaagcaagggtagat |
41143350 |
T |
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| Q |
212 |
gtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacagacatatgggatgatgctcatttgtttt |
311 |
Q |
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| T |
41143349 |
gtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacagacatatgggatgatgctcatttgtttt |
41143250 |
T |
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| Q |
312 |
caccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggcagtggaagacgtatatgtcctggctcaccact |
411 |
Q |
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| T |
41143249 |
caccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggaagtggaagacgtatatgtcctggctcaccact |
41143150 |
T |
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| Q |
412 |
tgctgttaggatgttgcatttgatg |
436 |
Q |
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| T |
41143149 |
tgctgttaggatgttgcatttgatg |
41143125 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 41119407 - 41118983
Alignment:
| Q |
12 |
aaagggcaatgagtgaagtagtacggcatccagaggttatgtcaaaagcaaagaaggaattagaggaaaccattggattaggcaaaccaattgaggaatc |
111 |
Q |
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| T |
41119407 |
aaagggcaatgagcgaagtagtacgccatccagaggttatgtcaaaagcaaagaaggaattagaggaaaccattggattaggcaaaccaattgaggaatc |
41119308 |
T |
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| Q |
112 |
agatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatgttgcttcctaggaaagcaagggtagat |
211 |
Q |
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| T |
41119307 |
agatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatgttacttcctaggaaagcaagggtagat |
41119208 |
T |
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| Q |
212 |
gtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacagacatatgggatgatgctcatttgtttt |
311 |
Q |
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| T |
41119207 |
gtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacagacatatgggatgatgcacatttgtttt |
41119108 |
T |
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| Q |
312 |
caccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggcagtggaagacgtatatgtcctggctcaccact |
411 |
Q |
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| T |
41119107 |
caccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggtagtggaagacgtatatgtcctggctcaccact |
41119008 |
T |
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| Q |
412 |
tgctgttaggatgttgcatttgatg |
436 |
Q |
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| T |
41119007 |
tgctgttaggatgttacatttgatg |
41118983 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 39 - 436
Target Start/End: Original strand, 41035631 - 41036028
Alignment:
| Q |
39 |
atccagaggttatgtcaaaagcaaagaaggaattagaggaaaccattggattaggcaaaccaattgaggaatcagatattgataggcttccatacttgaa |
138 |
Q |
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41035631 |
atccagagactatgttaaaagccaaaaaggaactgagggaaaccattggatcatgcaaactaattgaagaatcagacattgataggcttccatacttgca |
41035730 |
T |
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| Q |
139 |
tgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatgttgcttcctaggaaagcaagggtagatgtggaaatagcaggttacacaattcca |
238 |
Q |
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| T |
41035731 |
agcagtgataaaagagagtttacgcttacaccctccagctccacttttgctcccacgtaaagctagagtagatgtgcaaatagcagtgtacactattcca |
41035830 |
T |
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| Q |
239 |
aaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacagacatatgggatgatgctcatttgttttcaccagaaagatttttgggttctgaaa |
338 |
Q |
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41035831 |
aagggtgcacaaattcggataaatgaatgggctattggtagaacaaacatatgggatgatgctgatttattttcaccagaaagatttttaggatctgaaa |
41035930 |
T |
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| Q |
339 |
ttgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggcagtggaagacgtatatgtcctggctcaccacttgctgttaggatgttgcatttgatg |
436 |
Q |
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| T |
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ttgatatcaaaggtcgacactttaatcttacaccatttggtagtgggagacgtatatgtcctggttcaccattggctattaggatgatgcattcgatg |
41036028 |
T |
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