View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9308_low_2 (Length: 701)

Name: NF9308_low_2
Description: NF9308
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9308_low_2
NF9308_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (21-692)||(5688376-5689012)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 460; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 460; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 5689012 - 5688376
Alignment:
Q  21 taggtaggttggttcggattgaactaggtcttaaatagactcagctaaaatttcattgagtttatttgtgtcattaggcttgacaggtcacacataaacc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5689012 taggtaggttggttcggattgaactaggtcttaaatagactcagctaaaatttcattgagtttatttgtgtcattaggcttgacaggtcacacataaacc 5688913  T
Q  121 cgagaacatcgtataataaccaaatataataatgtatatataatgatgaatggtttatttaaccccattaatagtcacgctgaaaatgggaaggatgaga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5688912 cgagaacatcgtataataaccaaatataataatgtatatataatgatgaatggtttatttaactccattattagtcacgctgaaaatgggaaggatgaga 5688813  T
Q  221 tgaatgagaatatgtgtagagctctcaaaatgggttatctaaccttaaacagatcggccttaacaacctttatcgcgttaggccaaaaagttctttcaag 320  Q
    |         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5688812 t---------tatgtgtagagctctcaaaatgggttatctaaccttaaagagatcggccctaacaacctttatcgctttaggccaaaaagttctttcaag 5688722  T
Q  321 tatgagctataaaaatactatatgaagtcggccctatgtatgagttgttgattaaaaaggtaagaccttatttannnnnnngaaaatattataaagactc 420  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||    
T  5688721 tacgagctataaaaatactatatgaagtcggccctatgtatgagttgttgattaaaaaggtaagaccttatttatttttttgaaaatattataaagactc 5688622  T
Q  421 tcacaaaatttcttataaacattattttg-nnnnnnntctgagactatattttatgattcaaactctacattttattagatttggcgggctagcccattt 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5688621 tcacaaaatttcttataaacattattttgaaaaaaaatctgagactatattttatggttcaaactctacattttattagatttggcgggctagcccattt 5688522  T
Q  520 ttacaactctaaatatgtatgtggaacctgtaagtgaagttggtagtgatggaggtgaagttgtgcgtcttagaccagccttttgtttactcataatgtt 619  Q
    |||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||    
T  5688521 ttaca---------------gtggaacctgtaagtgaagttggtagtgatggaggtgaagtt------------ccagccttttgtttactcataatgtt 5688449  T
Q  620 gtactggcgggagctgcaaaccatccccagccataagaaatgattgtcattagttagaattatcgagaattat 692  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  5688448 gtactggcgggagctgcaaaccatcccccgccataagaaatgattgtcattagttcgaattatcgaggattat 5688376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University