View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9310_low_4 (Length: 607)

Name: NF9310_low_4
Description: NF9310
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9310_low_4
NF9310_low_4
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (14-588)||(33991751-33992325)
chr8 (17-588)||(33952234-33952806)
chr8 (14-588)||(33974831-33975412)
chr8 (60-588)||(33959577-33960112)
chr8 (14-328)||(33912898-33913212)
chr8 (14-356)||(33941637-33941979)
chr8 (497-578)||(33942273-33942353)
chr8 (498-572)||(33913544-33913618)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (38-588)||(8277950-8278498)
chr7 (475-583)||(2891508-2891616)
[»] scaffold0391 (2 HSPs)
scaffold0391 (14-366)||(11822-12174)
scaffold0391 (477-590)||(12246-12359)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (218-290)||(6738025-6738097)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 588
Target Start/End: Original strand, 33991751 - 33992325
Alignment:
Q  14 gcaaaggtttaccgcttaccattaaagtgattgctacatcactcagaaatcggcctgatgacttgtggcgtaagatagtgaaggaattgtcacaaggtca 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33991751 gcaaaggtttaccgcttaccattaaagtgattgctacatcactcagaaatcggcccgatgacttgtggcgtaagatagtgatggaattgtcacaaggtca 33991850  T
Q  114 ttctattcttgattctaatacggaattacttactcgcctccaaaagatctttgatgttttggaagataatcccacaatcatggagtgcttgatggacata 213  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  33991851 ttctattcttgattctaataccgaattacttactcgcctccaaaagatctttgatgttttggaagataatcctacaatcatggagtgcttcatggacata 33991950  T
Q  214 gccttatttcctgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcagagctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaatggaaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33991951 gccttatttcctgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcaaagctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaatggaaa 33992050  T
Q  314 tcatcaacaaattaggcatcatgaatttggctaatgtcataattccaaggtactacgactattattattatattttcttctaggcttcttaaaataataa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||    
T  33992051 tcatcaacaaattaggcatcatgaatttggctaatgtcataataccaaggtactacgactattattattatattttcttctaggctacttaaattgttaa 33992150  T
Q  414 atatatcacatgaatgatactctacataaatcctgtgaaatgattttttatctttaagtaattaattaacctcttctcatttaccaggaaaaatgcaagt 513  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33992151 atatctcacatgaatgatactctacataaatcctgtcaaatgattttttatctttaagtaattaattaacctcttctcatttaccaggaaaaatgcaagt 33992250  T
Q  514 gacacagaccataacaactacaataatcacttcatcatccttcatgatattctaagagaacttggaatttaccaa 588  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33992251 gacacagacaataacaactacaataatcacttcatcatccttcatgatattctaagagatcttggaatttaccaa 33992325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 588
Target Start/End: Original strand, 33952234 - 33952806
Alignment:
Q  17 aaggtttaccgcttaccattaaagtgattgctacatcactcagaaatcggcctgatgacttgtggcgtaagatagtgaaggaattgtcacaaggtcattc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||| ||||||| ||| ||| | ||||||||||||||    
T  33952234 aaggtttaccgcttaccattaaagtaattgctacatcactcaaaaatcggcctcgtgacatgtggcgaaagatagggaaagaactatcacaaggtcattc 33952333  T
Q  117 tattcttgattctaatacggaattacttactcgcctccaaaagatctttgatgttttggaagataatcccacaatcatggagtgcttgatggacatagcc 216  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33952334 tattcttgattctaatactgatttacttactcgcctccaaaagatcttcgatgttttagaagataatcccacaatcatggagtgcttcatggacatagcc 33952433  T
Q  217 ttatttcctgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcagagctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaatggaaatca 316  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33952434 ttatttcccgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcagagctgtatagactagatgacaacggaatacaagcaatggaaatca 33952533  T
Q  317 tcaacaaattaggcatcatgaatttggctaatgtcataattccaaggtactacgactattattattatattttcttctaggcttcttaaaataataaata 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||    
T  33952534 tcaacaaattaggcatcatgaatttggctaatgtcataataccaaggtactatgactattattattatattttcttctaggctacttaaattgttaaata 33952633  T
Q  417 tatcacatgaatgatactctacataaatcctgtgaaatgattttttatc-tttaagtaattaattaacctcttctcatttaccaggaaaaatgcaagtga 515  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33952634 tctcacatgaatgatactctacataaatcctgtcaaatgattttttatcttttaagtaactaattaacctctgctcatttaccaggaaaaatgcaagtga 33952733  T
Q  516 cacagaccataacaactacaataatcacttcatcatccttcatgatattctaagagaacttggaatttaccaa 588  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33952734 cacggacaataacaactacaataatcacttcatcatccttcatgatattctaagagaacttggaatttaccaa 33952806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 588
Target Start/End: Original strand, 33974831 - 33975412
Alignment:
Q  14 gcaaaggtttaccgcttaccattaaagtgattgctacatcactcagaaatcggcctgatgacttgtggcgtaagatagtgaaggaattgtcacaaggtca 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  33974831 gcaatggtttaccgcttaccattaaagtaattgctacatcactcaaaaatcggcctcatgacttgtggcataagatagtgaaggaactatcacaaggtca 33974930  T
Q  114 ttctattcttgattctaatacggaattacttactcgcctccaaaagatctttgatgttttggaagataatcccacaatcatggagtgcttgatggacata 213  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||    
T  33974931 ttcaattcttgattctaataccgaattacttactcgcctccaaaagatcttcgatgttttggaagataatccaaaaatcatggagtgcttcatggaccta 33975030  T
Q  214 gccttatttcctgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcagagctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaatggaaa 313  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33975031 gccttatttcccgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcagagctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaatggaaa 33975130  T
Q  314 tcatcaacaaattaggcatcatgaatttggctaatgtcataattccaaggtactacgac------tattattattatattttcttctaggcttcttaaaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  33975131 tcatcaacaaattaggcatcatgaatttggctaatgtcataataccaaggtactacgactattattattattattatattttcttctaggctacttaaat 33975230  T
Q  408 taataaatatatcacatgaatgatactctacataaatcctgtgaaatgattttttatc-tttaagtaattaattaacctcttctcatttaccaggaaaaa 506  Q
    |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33975231 tgttaaatatctcacatgaatgatactctacataaatcctgtcaaataattttttatcttttaagtaactaattaacctctgctcatttaccaggaaaaa 33975330  T
Q  507 tgcaagtgacacagaccataacaactacaataatcacttcatcatccttcatgatattctaagagaacttggaatttaccaa 588  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33975331 tgcaagtgacacggacaataacaactacaataatcacttcatcatccttcatgatattctaagagaacttggaatttaccaa 33975412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 60 - 588
Target Start/End: Original strand, 33959577 - 33960112
Alignment:
Q  60 aaatcggcctgatgacttgtggcgtaagatagtgaaggaattgtcacaaggtcattctattcttgattctaatacggaattacttactcgcctccaaaag 159  Q
    ||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||| ||| |  |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  33959577 aaatcggcctcgtgacttgtggcgaaagatagggaaagaactagcacaaggtcattctcttcttgattctaataccaaattacttattcgcctccaaaag 33959676  T
Q  160 atctttgatgttttggaagataatcccacaatcatggagtgcttgatggacatagccttatttcctgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgttg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33959677 atctttgatgttttggaagataatcctacaatcatggagtgcttcatggacatagccttatttcccgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgttg 33959776  T
Q  260 atatgtgggcagagctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaatggaaatcatcaacaaattaggcatcatgaatttggctaatgtcataattcc 359  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33959777 atatgtgggcagagctgtatagactagatgacaacggaatacaagcaatggaaatcatcaacaaattaggcatcatgaatttggctaatgtcataatacc 33959876  T
Q  360 aaggtactacgac------tattattattatattttcttctaggcttcttaaaataataaatatatcacatgaatgatactctacataaatcctgtgaaa 453  Q
    |||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33959877 aaggtactacgactattattattattattatattttcttctaggctacttaaattgttaaatatctcacatgaatgatactctacataaatcctgtcaaa 33959976  T
Q  454 tgattttttatc-tttaagtaattaattaacctcttctcatttaccaggaaaaatgcaagtgacacagaccataacaactacaataatcacttcatcatc 552  Q
    | |||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33959977 taattttttatcttttaagtaactaattaacctctgctcatttaccaggaaaaatgcaagtgacacggacgataacaactacaataatcacttcatcatc 33960076  T
Q  553 cttcatgatattctaagagaacttggaatttaccaa 588  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33960077 cttcatgatattctaagagaacttggaatttaccaa 33960112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 14 - 328
Target Start/End: Original strand, 33912898 - 33913212
Alignment:
Q  14 gcaaaggtttaccgcttaccattaaagtgattgctacatcactcagaaatcggcctgatgacttgtggcgtaagatagtgaaggaattgtcacaaggtca 113  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||  |||||  |  |||||||||||   ||||| ||||||||| | || |||||||     
T  33912898 gcaaaggtttacctcttgccattaaagtgattgcaacatcactcactaatcgttcatatgacttgtgggaaaagattgtgaaggaactttctcaaggtcg 33912997  T
Q  114 ttctattcttgattctaatacggaattacttactcgcctccaaaagatctttgatgttttggaagataatcccacaatcatggagtgcttgatggacata 213  Q
    |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||| | |  | || ||||||||| |||||| |     
T  33912998 ttctatacttgattctagtactgaattacttactcgcctccgaaaggtcttggatgttttggaagataatgctattaacaaggagtgcttcatggacctt 33913097  T
Q  214 gccttatttcctgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcagagctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaatggaaa 313  Q
    || ||||| ||||||||||  |||||||| ||  |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  | || ||| |||||||||  |    
T  33913098 gcattattccctgaagacctgagaattcccgtttctgctctcattgatatgtgggcggagttgtataaactagatgatgaaggcatagaagcaatggcca 33913197  T
Q  314 tcatcaacaaattag 328  Q
    |||||||||||||||    
T  33913198 tcatcaacaaattag 33913212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 33941637 - 33941979
Alignment:
Q  14 gcaaaggtttaccgcttaccattaaagtgattgctacatcactcagaaatcggcctgatgacttgtggcgtaagatagtgaaggaattgtcacaaggtca 113  Q
    |||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| || |  |||| ||  |||| || |||   ||||| || |||||| | |||| |||||     
T  33941637 gcaagggtttaccacttgccattaaagtgattgcaacatcattccgttatcgaccatatgagttatgggaaaagattgtaaaggaactttcacgaggtcg 33941736  T
Q  114 ttctattcttgattctaatacggaattacttactcgcctccaaaagatctttgatgttttggaagataatcccacaatcatggagtgcttgatggacata 213  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||  | ||  |||||||| |||||| |     
T  33941737 ttctatacttgattctaatactgaattacttattcgcctccaaaagattttggatgttttggaagataatgccattagcaaagagtgcttcatggacctt 33941836  T
Q  214 gccttatttcctgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcagagctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaatggaaa 313  Q
    || |||||||||||||| || ||||||||||| |||||  |  ||||||||||||||||| |||||  |||||||||  |||| | | |||||||||| |    
T  33941837 gcattatttcctgaagatcagagaattcctgttgctgccttgattgatatgtgggcagagttgtatggactagatgatgacggcaaagaagcaatggaca 33941936  T
Q  314 tcatcaacaaattaggcatcatgaatttggctaatgtcataat 356  Q
    | ||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||    
T  33941937 taatcaacaaattagactctatgaatttggctaatgtcttaat 33941979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 497 - 578
Target Start/End: Original strand, 33942273 - 33942353
Alignment:
Q  497 ccaggaaaaatgcaagtgacacagaccataacaactacaataatcacttcatcatccttcatgatattctaagagaacttgg 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| | || ||||| |||||    
T  33942273 ccaggaaaaatgcaagtgacacagaaaattactactac-ataatcacttcatcgtccttcatgatctgctgagagagcttgg 33942353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 498 - 572
Target Start/End: Original strand, 33913544 - 33913618
Alignment:
Q  498 caggaaaaatgcaagtgacacagaccataacaactacaataatcacttcatcatccttcatgatattctaagaga 572  Q
    ||||||||||||||||||||||||   | || |||||||||  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  33913544 caggaaaaatgcaagtgacacagaaagttactactacaatagccacttcatattccttcatgatcttctaagaga 33913618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 8278498 - 8277950
Alignment:
Q  38 aagtgattgctacatcactcagaaatcggcctgatgacttgtggcgtaagatagtgaaggaattgtcacaaggtcattctattcttgattctaatacgga 137  Q
    |||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||||| ||    
T  8278498 aagtgattgcgacatcactaagaagtcggccagatgacttgtggcgtaagatagtgacggaactgtcacgaggtc-ttctgttcttgattctaataccga 8278400  T
Q  138 attacttactcgcctccaaaagatctttgatgttttggaagataatcccacaatcatgg-------agtgcttgatggacatagccttatttcctgaaga 230  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  8278399 attacttactcgcctccaaaagatattcgatgttttagaagataatcccacaatcatgattcatgaagtgcttcatggacatagccttatttcctgaagc 8278300  T
Q  231 ccatagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcagagctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaatggaaatcatcaacaaattaggc 330  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||        ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8278299 ccatagaattcatgtcgctgctctcgttg--------gcagagctgaatagactagatgacaacggaatagaagcaatggaaatcatcaataaattaggc 8278208  T
Q  331 atcatgaatttggctaatgtcataattccaaggtactacgactattattattatattttcttctaggcttcttaaaataataaatatatcacatgaatga 430  Q
     ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||| |  ||||||| ||||||||||||    
T  8278207 ctcatgaatttggctaatgtgataataccaaggtactaggactattattattatattttcttcttggctaataaaattgttaaatatctcacatgaatga 8278108  T
Q  431 tactctacataaatcctgtgaaatgattttttatctttaagtaattaattaacctcttctcatttaccaggaaaaatgcaagtgacacagaccataacaa 530  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| | |||| || ||||||||| ||| |||||||    
T  8278107 tactctacataaatcctgtgaaataatttcttatctttaagtaactaattaacctctgctcatttacctgaaaaagtgaaagtgacacggacaataacaa 8278008  T
Q  531 ctacaataatcacttcatcatccttcatgatattctaagagaacttggaatttaccaa 588  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8278007 ctacaataatcacttcatcatccttcatgatattctaagagaacttggaatttaccaa 8277950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 475 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 2891616 - 2891508
Alignment:
Q  475 ttaattaacctcttctcatttaccaggaaaaatgcaagtgacacagaccataacaactacaataatcacttcatcatccttcatgatattctaagagaac 574  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||| ||||  |||||||||||| ||||| || |||||  ||| |    
T  2891616 ttaattaccctttgctcatttaccagaaaaaatgcaagtgacacatacaattacaactataatagccacttcatcatctttcataatcttctactagagc 2891517  T
Q  575 ttggaattt 583  Q
    |||||||||    
T  2891516 ttggaattt 2891508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 2)
Name: scaffold0391
Description:

Target: scaffold0391; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 14 - 366
Target Start/End: Original strand, 11822 - 12174
Alignment:
Q  14 gcaaaggtttaccgcttaccattaaagtgattgctacatcactcagaaatcggcctgatgacttgtggcgtaagatagtgaaggaattgtcacaaggtca 113  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11822 gcaaaggtttaccgcttacgattgaagtgattgctacatcactcagaaatcgaccttatgacttgtggacaaagatagtgaaggaactgtcacaaggtca 11921  T
Q  114 ttctattcttgattctaatacggaattacttactcgcctccaaaagatctttgatgttttggaagataatcccacaatcatggagtgcttgatggacata 213  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||| |||||| ||    
T  11922 ttctatacttgattctaatactgagttacttactcgcctccaaaagatctttgatgttttcgaagataatctcataatcaaggagtgcttcatggaccta 12021  T
Q  214 gccttatttcctgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcagagctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaatggaaa 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||| ||  ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  12022 gccttatttcccgaagaccatagaattcctgttgctgctctaattaatatgtgggctgaattgtatgaactagatgacaatggaatagaagcaatggaaa 12121  T
Q  314 tcatcaacaaattaggcatcatgaatttggctaatgtcataattccaaggtac 366  Q
    |||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  12122 tcataaacaaattaggctccatgaatctggctaatgtcataatagcaaggtac 12174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 477 - 590
Target Start/End: Original strand, 12246 - 12359
Alignment:
Q  477 aattaacctcttctcatttaccaggaaaaatgcaagtgacacagaccataacaactacaataatcacttcatcatccttcatgatattctaagagaactt 576  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  12246 aattaacctctgctcatatactaggaaaaatgcaagtgatgcagacaattacaactacaataaccacttcatcatccttcatgatcttctaagagatctt 12345  T
Q  577 ggaatttaccaatg 590  Q
    ||||||||||||||    
T  12346 ggaatttaccaatg 12359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 218 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 6738097 - 6738025
Alignment:
Q  218 tatttcctgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcagagctgtataaactagatga 290  Q
    |||||||||||||||| || || |||||  |||  ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  6738097 tatttcctgaagaccagaggatccctgttactgtcctcattgatatgtgggcagaactgtataatctagatga 6738025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University