View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9310_low_8 (Length: 549)

Name: NF9310_low_8
Description: NF9310
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9310_low_8
NF9310_low_8
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (18-469)||(14483086-14483537)
chr1 (18-537)||(14468058-14468589)
chr1 (18-537)||(14504237-14504768)
chr1 (18-402)||(14532071-14532455)
chr1 (13-401)||(15032855-15033243)
chr1 (44-401)||(15002510-15002867)
chr1 (44-401)||(15011403-15011760)
chr1 (18-401)||(15017518-15017901)
chr1 (44-401)||(15037422-15037779)
chr1 (18-402)||(14521950-14522334)
chr1 (18-363)||(15041025-15041373)
chr1 (486-537)||(14482240-14482291)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (45-449)||(6843-7247)
scaffold0400 (18-402)||(13190-13574)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (45-449)||(7487-7891)
scaffold0365 (18-402)||(13833-14217)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (45-402)||(17027291-17027647)
chr8 (45-402)||(17557783-17558139)
[»] scaffold0289 (3 HSPs)
scaffold0289 (51-399)||(4927-5275)
scaffold0289 (51-399)||(13760-14108)
scaffold0289 (348-399)||(17766-17817)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (51-387)||(14606321-14606657)
chr7 (51-387)||(16025498-16025834)
chr7 (51-399)||(15664601-15664949)
chr7 (143-399)||(17848933-17849189)
chr7 (51-399)||(15676436-15676783)
chr7 (273-399)||(17825679-17825805)
chr7 (233-387)||(16172974-16173128)
chr7 (51-400)||(16103293-16103642)
chr7 (240-315)||(31103114-31103189)
chr7 (51-112)||(16173249-16173310)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (324-391)||(37027180-37027247)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 432; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 14483537 - 14483086
Alignment:
Q  18 accctcctattccagccaaacacagtagcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14483537 accctcctattccagccaaacacagtagcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgca 14483438  T
Q  118 atagatgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14483437 atagatgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgtcggatttctgctaaaggttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttc 14483338  T
Q  218 tccattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14483337 tccattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgc 14483238  T
Q  318 ttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttcagggtgtgattcttctg 417  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14483237 ttgttgtcaaaatcttttgtggcttcgataatgttctcgtacaccatttttcaatcaaaactccatattgaaaatagattttcagggtgtgattcttctg 14483138  T
Q  418 ctaccttggattcttttttgtttgaagttcgaaatagataatatgagatacc 469  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14483137 caaccttggattcttttttgtttgaagttcgaaatagataatatgagatacc 14483086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 14468589 - 14468058
Alignment:
Q  18 accctcctattccagccaaacacagtagcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgca 117  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14468589 accctcctattccagtcaaacatagtagcttgctcatcttctttcaaaatcttgtccacgctacccttttccaagaactcataaaccaaaaatgagtgca 14468490  T
Q  118 atagatgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttc 217  Q
    || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14468489 atggatgtgaacaataaccgcataacttcacaatgtttcgatgtcggatttctgttaaagcttggatctcacttgcaaatgctttcagattggacatttc 14468390  T
Q  218 tccattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14468389 tccattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgc 14468290  T
Q  318 ttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttcagggtgtgattcttctg 417  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14468289 ttgttgtcaaactcttctgtggcttcaacaatgttttcatacacaatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttcagtgtgtgattcttctg 14468190  T
Q  418 ctaccttggattcttttttgtttgaagttcgaaatagataatatgagatacc------------tgctaacnnnnnnnttcctagagtgatgggtaaaac 505  Q
    | ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||            |||||||       | |||||||||||||||||||     
T  14468189 caaccttggattcttttctgttcgaagttcgaaatagataataggagatcccataaccaaataatgctaacaaaaaaatgcctagagtgatgggtaaaat 14468090  T
Q  506 taccaccaactttttgttagtcttatgagtat 537  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14468089 taccaccaattttttgttagtcttatgagtat 14468058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 14504768 - 14504237
Alignment:
Q  18 accctcctattccagccaaacacagtagcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgca 117  Q
    |||||| |||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14504768 accctcttattccaatcaaacatagtggcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactgcccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgca 14504669  T
Q  118 atagatgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttc 217  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14504668 atggatgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgtcggctttctgttaaagcttttatctcacttgcaaaagctttcaaattggacatttc 14504569  T
Q  218 tccattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  14504568 tccattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccgatgagatgt 14504469  T
Q  318 ttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttcagggtgtgattcttctg 417  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14504468 ttgttgtcaaactcttctgtggcttctacaatattttcatacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttcagtgtgtgattcttctg 14504369  T
Q  418 ctaccttggattcttttttgtttgaagttcgaaatagataatatgagatacc------------tgctaacnnnnnnnttcctagagtgatgggtaaaac 505  Q
    | ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||            |||||||       | |||||||||||||||||||     
T  14504368 caaccttggattcttttgtgttcgaagttcgaaatagataataggagatcccataaccaaataatgctaacaaaaaaatgcctagagtgatgggtaaaat 14504269  T
Q  506 taccaccaactttttgttagtcttatgagtat 537  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14504268 taccaccaattttttgttagtcttatgagtat 14504237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 402
Target Start/End: Original strand, 14532071 - 14532455
Alignment:
Q  18 accctcctattccagccaaacacagtagcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgca 117  Q
    ||||||||||||||  ||||  ||| |||||| |||| ||| |||||||| || ||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  14532071 accctcctattccaatcaaattcagcagcttgttcattgtccttcaaaatgttgtccatgctacccttttccaagaattcataaaccaaaaatgagtgta 14532170  T
Q  118 atagatgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttc 217  Q
     | ||||||||||| | ||||||||||||||||| || |||||| | ||||||   ||||| ||||||||| |||  || ||||||||||| ||||||||    
T  14532171 gtcgatgtgaacaaaagccgtataacttcacaatattgcgatgtcgaatttctttcaaagcatggatctcatttgtgaatgctttcagattagacatttc 14532270  T
Q  218 tccattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgc 317  Q
    | ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14532271 ttcattttgtaatgagtgaagtttcttcacagcaacaacttgacctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgccctccaaccccaatgagatgc 14532370  T
Q  318 ttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttcag 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  14532371 ttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatggtctcgtacaccatttttccatcaaagctccatattgcaaatagattttcag 14532455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 13 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 15033243 - 15032855
Alignment:
Q  13 catcaaccctcctattccagccaaacacagtagcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatga 112  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||  ||| |||||| |||| ||| ||||||||  | ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15033243 catccaccctcctattccaatcaaattcaggagcttgttcattgtccttcaaaatgatgtccatgctacccttctccaagaattcataaaccaaaaatga 15033144  T
Q  113 gtgcaatagatgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggac 212  Q
    ||| | | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||  ||||| ||||||||| |||  |||||||||||||| | |    
T  15033143 gtgtagtcgatgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcatttgtgaaagctttcagattaggc 15033044  T
Q  213 atttctccattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatga 312  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15033043 atttcttcattttgtaatgaatgaagtttcttcacagctacaacttgacctgtgggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaagga 15032944  T
Q  313 gatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttca 401  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||| |||||||||    
T  15032943 gatgcttgtcgtcaaaatcttcagtggcttcgattatgttctcgtacaccattttgccatcaaagctccatatttcaaacagattttca 15032855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 44 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 15002867 - 15002510
Alignment:
Q  44 agcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatagatgtgaacaatacccgtataac 143  Q
    |||||| |||| ||| |||||||| || ||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||||| | |||||||||    
T  15002867 agcttgttcattgtccttcaaaatgttgtccatgctacccttcgccaagaattcataaaccaaaaatgagtgtagtcgatgtgaacaaaagccgtataac 15002768  T
Q  144 ttcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttct 243  Q
    ||||||||||| |||||| | |||||||  ||||| ||||||||| |||  |||||||||  ||| | ||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  15002767 ttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcatttgtgaaagctttcctatttggcatttcttcattttgtaatgagtgaagtttct 15002668  T
Q  244 tcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttc 343  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15002667 tcacagctacaacttgacctgtaggcagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttc 15002568  T
Q  344 gataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttca 401  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  15002567 gattatgttctcgtacaccatttttccatcaaagctccatatttcaaatagattttca 15002510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 44 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 15011760 - 15011403
Alignment:
Q  44 agcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatagatgtgaacaatacccgtataac 143  Q
    |||||| |||| ||| |||||||| || ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||||| | |||||||||    
T  15011760 agcttgttcattgtccttcaaaatgttgtccaagctacccttctccaagaattcataaaccaaaaatgagtgtagtcgatgtgaacaaaagccgtataac 15011661  T
Q  144 ttcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttct 243  Q
    ||||||||||| |||||| | |||||||  ||||| ||||||||| |||  ||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  15011660 ttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcatttgtgaaagctttccgatttggcatttcttcattttgtaatgagtgaagtttct 15011561  T
Q  244 tcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttc 343  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15011560 tcacagctacaacttgacctgtaggcagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttc 15011461  T
Q  344 gataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttca 401  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  15011460 gattatgttctcatacaccattttgccatcaaagctccatatttcaaatagattttca 15011403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 18 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 15017901 - 15017518
Alignment:
Q  18 accctcctattccagccaaacacagtagcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgca 117  Q
    |||||| |||||||  ||||  ||| |||||| |||| ||| ||||||||  | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  15017901 accctcttattccaatcaaattcagcagcttgttcattgtccttcaaaatgatgtccacactacccttctccaagaattcataaaccaaaaatgagtgta 15017802  T
Q  118 atagatgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttc 217  Q
     | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||  ||||| || |||||| |||  |||||||||| ||| ||||||||    
T  15017801 gtcgatgtaaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcatattagacatttc 15017702  T
Q  218 tccattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgc 317  Q
    | ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  15017701 ttcattttgtaataaatgaagtttcttcacagctacaacttgacctgaaggcaactctgctttgtaaacacttgcatgtcctccaaccccaatgagatgt 15017602  T
Q  318 ttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttca 401  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  15017601 ttgttgtcaaaatcttccgtggcttcgattatgttctcatacaccattttgccatcaaagctccatatttcaaatagattttca 15017518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 44 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 15037779 - 15037422
Alignment:
Q  44 agcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatagatgtgaacaatacccgtataac 143  Q
    |||||| |||| ||| |||||||| || ||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| | | ||||||||||| |||| ||||||    
T  15037779 agcttgttcattgtccttcaaaatgttgtccatgctacccttcgccaagaattcataaaccaaaaacgagtgtagtcgatgtgaacaaaacccatataac 15037680  T
Q  144 ttcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttct 243  Q
    || |||||||| |||||| | |||||||  ||||| ||||||||| |||  |||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||    
T  15037679 ttaacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcatttgtgaaagatttcagattagacatttcctcattttgtaatgaatgaagtttct 15037580  T
Q  244 tcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttc 343  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15037579 tcacagctacaacttgacctgtgggcaactctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttcagtggcttc 15037480  T
Q  344 gataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttca 401  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  15037479 gataatgttctcatacaccattttgccatcaaagctccatatttcaaatagattttca 15037422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 18 - 402
Target Start/End: Original strand, 14521950 - 14522334
Alignment:
Q  18 accctcctattccagccaaacacagtagcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgca 117  Q
    ||||||||| ||||  ||||  || ||||||| |||| ||| |||||||| || ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  14521950 accctcctactccaatcaaattcactagcttgttcattgtccttcaaaatgttgtccaagctacccttctccaagaattcataaaccaaaaatgagtgta 14522049  T
Q  118 atagatgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttc 217  Q
     | ||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||  |||||    ||||||| |||||||||||| ||||| || |  ||    
T  14522050 gtcgatgtgaacaaaacccatataactttacaatgttgcgatgtcggatttctgtcaaagcactaatctcacctgcaaaagcttttagattagatacatc 14522149  T
Q  218 tccattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgc 317  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |    
T  14522150 tccatttggtagtgaatggagtttcttcacagctaccacttgacctgttggcaactctgctttgtaaacacttccatgtactccaaccccgatgagattc 14522249  T
Q  318 ttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttcag 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  14522250 ttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgatgatattctcatacaccatttttccatcaaagctccatattgtaaatagattttcag 14522334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 15041373 - 15041025
Alignment:
Q  18 accctcctattccagccaaacacagtagcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgca 117  Q
    ||||| ||||||||  ||||  || ||||||| |||| ||| |||||||| || ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  15041373 acccttctattccaatcaaattcactagcttgttcattgtccttcaaaatgttgtccatgctacccttctccaagaattcataaaccaaaaatgagtgta 15041274  T
Q  118 atagatgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttc 217  Q
     | ||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||   ||||    |||| ||||||||||||||| ||||| || |  ||    
T  15041273 gtcgatgtgaacaaaacccatataactttacaatgttgcgatgtcggatttctgtctaagcactaatctaacttgcaaaagcttttagattagatacatc 15041174  T
Q  218 tccattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagat-- 315  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||      
T  15041173 tccatttggtagtgaatggagtttcttcacagctaccacttgaccagtaggcaactctgctttgtaatcacttccatgtactccaaccccaatgagattg 15041074  T
Q  316 -gcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatgttctcgtacacca 363  Q
      |||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||    
T  15041073 atcttgctgtcaaaatcttcagtggcttcgatgatattctcatacacca 15041025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 486 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 14482291 - 14482240
Alignment:
Q  486 cctagagtgatgggtaaaactaccaccaactttttgttagtcttatgagtat 537  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14482291 cctagagtgatgggtaaaactaccaccaactttttgttagtcttatgagtat 14482240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 45 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 7247 - 6843
Alignment:
Q  45 gcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatagatgtgaacaatacccgtataact 144  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7247 gcttggtcattgtctttcaaaatcttgtccacactgcctttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatggatgtgaacaatacccgtataact 7148  T
Q  145 tcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttctt 244  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7147 tcacaatgtttcgatgccggatttcagttaaagcttggatctcacttgcgaaagctttcagattggacgtctctccattttgtaatgaatggagtttctt 7048  T
Q  245 cacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcg 344  Q
    ||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||     
T  7047 caccgctacaacttgtcctgtggggaactctgctttgtaaacacttccgtgtcctcctatcccaatgagatgcttgttgtcaaactcttcagttgcttca 6948  T
Q  345 ataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttcagggtgtgattcttctgctaccttggattcttttttgtttgaag 444  Q
    | ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||  ||||| ||||   |||| |||||||| || ||||||    
T  6947 acaatgttctcatacaccaattttccatcaaagctccatattgcaaatagattttcagtttgaaattctcctgcagtcttgtattcttttgtgcttgaag 6848  T
Q  445 ttcga 449  Q
    |||||    
T  6847 ttcga 6843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 13574 - 13190
Alignment:
Q  18 accctcctattccagccaaacacagtagcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgca 117  Q
    |||||| |||||||  ||||  ||| |||||| |||| ||| |||||||| || | ||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |    
T  13574 accctcttattccaatcaaattcagcagcttgttcattgtccttcaaaatgttgtacatgctacccttctccaaaaattcataaaccaaaaatgagtgta 13475  T
Q  118 atagatgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttc 217  Q
     | ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||  ||||| ||||||||| |    || ||||||| ||| ||||||||    
T  13474 gtcgatgtgaacaaaagccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcattattgaatgctttcatattagacatttc 13375  T
Q  218 tccattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgc 317  Q
    | ||| || |||| |||| |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13374 ttcatgttctaataaatgaagtttcttcacagctacaacttgacctgaaggcaactctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgc 13275  T
Q  318 ttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttcag 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||    
T  13274 ttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgattatgttctcatataccatttttccatcaaagctccatgttgcaaagagattttcag 13190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 45 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 7891 - 7487
Alignment:
Q  45 gcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatagatgtgaacaatacccgtataact 144  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7891 gcttggtcattgtctttcaaaatcttgtccacactgcctttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatggatgtgaacaatacccgtataact 7792  T
Q  145 tcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttctt 244  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7791 tcacaatgtttcgatgccggatttcagttaaagcttggatctcacttgcgaaagctttcagattggacgtctctccattttgtaatgaatggagtttctt 7692  T
Q  245 cacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcg 344  Q
    ||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||     
T  7691 caccgctacaacttgtcctgtggggaactctgctttgtaaacacttccgtgtcctcctatcccaatgagatgcttgttgtcaaactcttcagttgcttca 7592  T
Q  345 ataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttcagggtgtgattcttctgctaccttggattcttttttgtttgaag 444  Q
    | ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||  ||||| ||||   |||| |||||||| || ||||||    
T  7591 acaatgttctcatacaccaattttccatcaaagctccatattgcaaatagattttcagtttgaaattctcctgcagtcttgtattcttttgtgcttgaag 7492  T
Q  445 ttcga 449  Q
    |||||    
T  7491 ttcga 7487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 14217 - 13833
Alignment:
Q  18 accctcctattccagccaaacacagtagcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgca 117  Q
    |||||| |||||||  ||||  ||| |||||| |||| ||| |||||||| || | ||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |    
T  14217 accctcttattccaatcaaattcagcagcttgttcattgtccttcaaaatgttgtacatgctacccttctccaaaaattcataaaccaaaaatgagtgta 14118  T
Q  118 atagatgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttc 217  Q
     | ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||  ||||| ||||||||| |    || ||||||| ||| ||||||||    
T  14117 gtcgatgtgaacaaaagccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcattattgaatgctttcatattagacatttc 14018  T
Q  218 tccattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgc 317  Q
    | ||| || |||| |||| |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14017 ttcatgttctaataaatgaagtttcttcacagctacaacttgacctgaaggcaactctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgc 13918  T
Q  318 ttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttcag 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||    
T  13917 ttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgattatgttctcatataccatttttccatcaaagctccatgttgcaaagagattttcag 13833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 45 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 17027647 - 17027291
Alignment:
Q  45 gcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatagatgtgaacaatacccgtataact 144  Q
    |||||||||| |||||||||||| || |  | |||||| ||||| | || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17027647 gcttgctcattgtctttcaaaatattgtgaacactacctttctc-aggagctcataaactaaaaatgagtgcaatggatgtgaacaatacccgtataact 17027549  T
Q  145 tcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttctt 244  Q
    |  ||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  17027548 tagcaatgtttctatgtcggatttctgttaaagctttgatctcacttgcaaaagctttcaaattggacgtttctccacgttgtaatgaatggagtttctt 17027449  T
Q  245 cacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcg 344  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  17027448 cacagctacaacttgtccaataggcaactctgcttggtaaacacttccatgacctccaaccccaatgagatacttgttgtcaaactcttcggtggcttcg 17027349  T
Q  345 ataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttcag 402  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||    
T  17027348 ataatgttctcatacaccatttttccatcaaagctccatactgcaaatagattatcag 17027291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 45 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 17558139 - 17557783
Alignment:
Q  45 gcttgctcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatagatgtgaacaatacccgtataact 144  Q
    |||||||||| |||||||||||| || |  | |||||| ||||| | || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17558139 gcttgctcattgtctttcaaaatattgtgaacactacctttctc-aggagctcataaactaaaaatgagtgcaatggatgtgaacaatacccgtataact 17558041  T
Q  145 tcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttctt 244  Q
    |  ||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  17558040 tagcaatgtttctatgtcggatttctgttaaagctttgatctcacttgcaaaagctttcaaattggacgtttctccacgttgtaatgaatggagtttctt 17557941  T
Q  245 cacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcg 344  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  17557940 cacagctacaacttgtccaataggcaactctgcttggtaaacacttccatgacctccaaccccaatgagatacttgttgtcaaactcttcggtggcttcg 17557841  T
Q  345 ataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttcag 402  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||    
T  17557840 ataatgttctcatacaccatttttccatcaaagctccatactgcaaatagattatcag 17557783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 3)
Name: scaffold0289
Description:

Target: scaffold0289; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 51 - 399
Target Start/End: Original strand, 4927 - 5275
Alignment:
Q  51 tcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatagatgtgaacaatacccgtataacttcacaa 150  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||      |   ||||||||||| || |||| ||||||||    
T  4927 tcatcatctttcaaaatcttttccagactacctttctccatgaactcgtaaaccaaaaacgacaagtgtgagtgtgaacaatatccatatagcttcacaa 5026  T
Q  151 tgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttcttcacagc 250  Q
    |||| | |||| | |||||||  ||||||| ||||||| ||||||||  ||| ||||  ||  ||||  |||||  || |||||||||||| || |||||    
T  5027 tgttacaatgtcgaatttctgtcaaagctttgatctcatttgcaaaacattttagatcagaattttccgcatttgttattgaatggagttttttaacagc 5126  T
Q  251 tacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatg 350  Q
     || || || ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |  ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  5127 aactacttgacctgagggcaactctgctttgtaaacacttccttgcgctcctagtccaatgagatgcttgtcatcaaactcttctgtggcttcaataatg 5226  T
Q  351 ttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagatttt 399  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  5227 ttctcatacaccattttcccatcaaaactccatatagtaaatacatttt 5275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 51 - 399
Target Start/End: Original strand, 13760 - 14108
Alignment:
Q  51 tcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatagatgtgaacaatacccgtataacttcacaa 150  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||      |   ||||||||||| || |||| ||||||||    
T  13760 tcatcatctttcaaaatcttttccagactacctttctccatgaactcgtaaaccaaaaacgacaagtgtgagtgtgaacaatatccatatagcttcacaa 13859  T
Q  151 tgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttcttcacagc 250  Q
    |||| | |||| | |||||||  ||||||| ||||||| ||||||||  ||| ||||  ||  ||||  |||||  || |||||||||||| || |||||    
T  13860 tgttacaatgtcgaatttctgtcaaagctttgatctcatttgcaaaacattttagatcagaattttccgcatttgttattgaatggagttttttaacagc 13959  T
Q  251 tacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatg 350  Q
     || || || ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |  ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  13960 aactacttgacctgagggcaactctgctttgtaaacacttccttgcgctcctagtccaatgagatgcttgtcatcaaactcttctgtggcttcaataatg 14059  T
Q  351 ttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagatttt 399  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  14060 ttctcatacaccattttcccatcaaaactccatatagtaaatacatttt 14108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 348 - 399
Target Start/End: Original strand, 17766 - 17817
Alignment:
Q  348 atgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagatttt 399  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  17766 atgttctcatacaccattttcccatcaaaactccatattgtaaatacatttt 17817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 81; Significance: 7e-38; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 51 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 14606657 - 14606321
Alignment:
Q  51 tcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatagatgtgaacaatacccgtataacttcacaa 150  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||   |  |  |||||| ||| | || || ||||||||||    
T  14606657 tcatcatctttcaaaatcttttccaaactacctttctctacaaactcataaaccaaaaatgacaactgtgaatgtgagcaaaatccatacaacttcacaa 14606558  T
Q  151 tgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttcttcacagc 250  Q
    | || |||||| | ||||| |  | ||||||||||||| |||  || | ||| ||||| |   |||||||||||  || ||||||||| || ||||||||    
T  14606557 tattacgatgtcgaatttcggtcagagcttggatctcatttgtgaatgattttagatttggattttctccatttgctactgaatggagctttttcacagc 14606458  T
Q  251 tacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatg 350  Q
     || || || |||||  |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||||||||||| | ||||    
T  14606457 aactacttgacctgtgtgcaactttgctttgtagacacttccatgccctccaactccaatgagatgtttttcatcaaaatcttctgtggcttccaaaatg 14606358  T
Q  351 ttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattg 387  Q
    ||||| ||||  | ||||||||||||  |||||||||    
T  14606357 ttctcatacaaaaattttccatcaaagttccatattg 14606321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 51 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 16025834 - 16025498
Alignment:
Q  51 tcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatagatgtgaacaatacccgtataacttcacaa 150  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||   |  |  |||||| ||| | || || ||||||||||    
T  16025834 tcatcatctttcaaaatcttttccaaactacctttctctacaaactcataaaccaaaaatgacaactgtgaatgtgagcaaaatccatacaacttcacaa 16025735  T
Q  151 tgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttcttcacagc 250  Q
    | || |||||| | ||||| |  | ||||||||||||| |||  || | ||| ||||| |   |||||||||||  || ||||||||| || ||||||||    
T  16025734 tattacgatgtcgaatttcggtcagagcttggatctcatttgtgaatgattttagatttggattttctccatttgctactgaatggagctttttcacagc 16025635  T
Q  251 tacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatg 350  Q
     || || || |||||  |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||||||||||| | ||||    
T  16025634 aactacttgacctgtgtgcaactttgctttgtagacacttccatgccctccaactccaatgagatgtttttcatcaaaatcttctgtggcttccaaaatg 16025535  T
Q  351 ttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattg 387  Q
    ||||| ||||  | ||||||||||||  |||||||||    
T  16025534 ttctcatacaaaaattttccatcaaagttccatattg 16025498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 51 - 399
Target Start/End: Original strand, 15664601 - 15664949
Alignment:
Q  51 tcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatagatgtgaacaatacccgtataacttcacaa 150  Q
    ||||| || ||||||||||| |||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||      |   ||||||||| | || |||| ||||||||    
T  15664601 tcatcatcattcaaaatcttttccaaactacctttctccatgaactcgtaaaccaaaaacgacaagtgtgtgtgtgaacaaaatccatatagcttcacaa 15664700  T
Q  151 tgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttcttcacagc 250  Q
    |||| |||||  | |||||||  | | ||||||||||| ||||||||  ||| ||||  ||  | ||  ||||   || |||||||||||| || |||||    
T  15664701 tgttacgatgccgaatttctgtcagaacttggatctcatttgcaaaacattttagatcagaattctccgcattcgttactgaatggagttttttaacagc 15664800  T
Q  251 tacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatg 350  Q
     || || || ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||  | ||||||||||||||||  ||||| ||||| || ||||| ||||||    
T  15664801 aactacttgacctgtgggcaactttgctttgtaaacacttccttgcgctcctgctccaatgagatgcttgtcatcaaactcttccgttgcttcaataatg 15664900  T
Q  351 ttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagatttt 399  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  15664901 ttctcatacaccattttcccatcaaaactccatattgtaaatacatttt 15664949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 143 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 17849189 - 17848933
Alignment:
Q  143 cttcacaatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttc 242  Q
    |||||||||||| |||||| | ||||||   |||||||||||||||||||  |||| ||| ||  ||||   |||| ||| |  || ||||||||||||     
T  17849189 cttcacaatgttacgatgtcgaatttctatcaaagcttggatctcacttgtgaaagattttaggctggaatcttcttcatctattactgaatggagtttt 17849090  T
Q  243 ttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggctt 342  Q
    |||||||| || || || |||||   |||| | ||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||| || |  |||||||||||||||||||    
T  17849089 ttcacagccactacttgacctgtgtccaacacggctttgtaaacacttccctgccctcctactccgatgagatgtttatcatcaaaatcttctgtggctt 17848990  T
Q  343 cgataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagatttt 399  Q
    | |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  17848989 caataatactctcatacaccatttttccatcaaaactccatatggtaaatagatttt 17848933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 51 - 399
Target Start/End: Original strand, 15676436 - 15676783
Alignment:
Q  51 tcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaataga---tgtgaacaatacccgtataacttca 147  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||   |||  |    ||||||||||| || ||||  ||||    
T  15676436 tcatcatctttcaaaatcttttccaaactacctttctccatgaactcgtaaaccaaaaacga---caagtgggagtgtgaacaatatccatatag-ttca 15676531  T
Q  148 caatgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttcttcac 247  Q
    ||||||| ||||| || |||||||  | |||||| |||||| |||| |||   || ||||   |  ||||  |||||  || |||||||| ||| || ||    
T  15676532 caatgttacgatgctgaatttctgtcagagcttgaatctcatttgcgaaacagtttagatcaaaattttcctcatttgttactgaatggaattttttaac 15676631  T
Q  248 agctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgata 347  Q
    ||| || || || |||| | |||| ||||||||||||||  |||| ||  |||| || ||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||| ||     
T  15676632 agcaactacttgacctgaatgcaaatctgctttgtaaacttttccttgcgctcctactccaatgagatgcttgtcatcaaactcttatgtggcttcaatt 15676731  T
Q  348 atgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagatttt 399  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  15676732 atgttctcatacaccattttcccatcaaaactccatattgtaaatacatttt 15676783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 273 - 399
Target Start/End: Original strand, 17825679 - 17825805
Alignment:
Q  273 tctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatgttctcgtacaccatttttccat 372  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| || |  |||||||| ||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||  |||    
T  17825679 tctgctttgtaaacacttccatgccctccaactccgatgagatgtttatcatcaaaatcgtctgtggcttgaataatattctcatacaccattttgtcat 17825778  T
Q  373 caaaactccatattgaaaatagatttt 399  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||    
T  17825779 caaaactccatatggtaaatagatttt 17825805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 233 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 16173128 - 16172974
Alignment:
Q  233 atggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatct 332  Q
    |||||| || |||||||| || || || |||||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||  ||||  |||||||||    
T  16173128 atggagctttttcacagcaactacttgacctgtgtgtaactctgctttgtaaacacttccttgccctccaactccaataagatatttgtcatcaaaatct 16173029  T
Q  333 tctgtggcttcgataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattg 387  Q
    | ||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||    
T  16173028 tgtgtggcttccaagatgttctcgtagaccatttttccatcgaaattccatattg 16172974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 51 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 16103642 - 16103293
Alignment:
Q  51 tcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatgagtgcaatagatgtgaacaatacccgtataacttcacaa 150  Q
    ||||| || |||||||| || |||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||   |     |||||| ||| | || |  ||||||||||    
T  16103642 tcatcatccttcaaaattttctccaaactacctttctctacgaactcataaaccaaaaatgaaaactgagaatgtgagcaaaatccatgcaacttcacaa 16103543  T
Q  151 tgtttcgatgttggatttctgctaaagcttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctccattttgtaatgaatggagtttcttcacagc 250  Q
    | || ||||||   ||||| | || ||||||||| ||| |||  |||| ||| |||||||   |||| ||||||   | ||||||||| || ||||||||    
T  16103542 tattacgatgtctaatttcggttagagcttggatttcatttgtgaaagattttagattgggattttcaccatttgccactgaatggagctttttcacagc 16103443  T
Q  251 tacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgataatg 350  Q
     || || || || ||  |||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| || |  |||||||||||||||||||| | ||||    
T  16103442 aactacttggcccgtgtgcaactttgctttgtagacacttccatgccccccaacaccaattagatgtttctcatcaaaatcttctgtggcttccacaatg 16103343  T
Q  351 ttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaatagattttc 400  Q
    || ||  |||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||    
T  16103342 ttttcaaacacaatttttccatcaaagttccatattgtaaatacattttc 16103293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 240 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 31103189 - 31103114
Alignment:
Q  240 ttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagat 315  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||| |||| || | |||||| ||||||||||    
T  31103189 ttcttcacagcaacaaccaatcctgtaggcaactctgccttgtaaacatttccttgacttccaactccaatgagat 31103114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 51 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 16173310 - 16173249
Alignment:
Q  51 tcatcgtctttcaaaatcttatccagactacccttctccaagaactcataaaccaaaaatga 112  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  16173310 tcatcatctttcaaaatcttttccaaactacctttctctacaaactcataaaccaaaaatga 16173249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 324 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 37027247 - 37027180
Alignment:
Q  324 tcaaaatcttctgtggcttcgataatgttctcgtacaccatttttccatcaaaactccatattgaaaa 391  Q
    |||||||| ||||||||||| || || || || || ||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  37027247 tcaaaatcctctgtggcttcaatgatattttcataaaccatttttccatcataactccatatggaaaa 37027180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University