View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9317_low_2 (Length: 998)

Name: NF9317_low_2
Description: NF9317
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9317_low_2
NF9317_low_2
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (13-965)||(11755026-11755978)
chr6 (13-967)||(12093957-12094911)
chr6 (121-953)||(11739837-11740672)
chr6 (121-769)||(11632002-11632650)
chr6 (123-768)||(11662399-11663044)
chr6 (121-765)||(11617586-11618230)
chr6 (116-759)||(11674018-11674661)
chr6 (121-768)||(11710547-11711194)
chr6 (854-963)||(11711250-11711359)
chr6 (854-924)||(11617427-11617497)
[»] scaffold0196 (2 HSPs)
scaffold0196 (122-759)||(11944-12581)
scaffold0196 (857-927)||(11776-11846)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (135-754)||(44810998-44811617)
[»] scaffold0019 (2 HSPs)
scaffold0019 (121-765)||(8951-9595)
scaffold0019 (854-924)||(9684-9754)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 881; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 881; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 965
Target Start/End: Complemental strand, 11755978 - 11755026
Alignment:
Q  13 agcagagaccaaagtaggtgaaaaccaaaagagcataaggctgtatgccttttgtaatagtactgaagataacaatttttcttcaacaattcttaggatt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11755978 agcagagaccaaagtaggtgaaaaccaaaagagcataaggctgtatgccttttgtaatagcactgaagataacaatttttcttcaacaattcttaggatt 11755879  T
Q  113 tcaatggaatttttaaaatgcatttcccatgcatataactttagcactttcatgttcaccagagcttcagaactagctttcaacctttcatcttgggcca 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11755878 tcaatggaatttttaaaatgcatttcccatgcatataactttagcactttcatgttcaccagagcctcagaactagctttcaacctttcatcttgggcca 11755779  T
Q  213 ccagaagtttacttagatacttatgttgtaactttgctagtggagcattcaaaagcacggtcaaaactatcaccaccaacgatgcaattgttgccaatcc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11755778 ccagaagtttacttagatacttatgttgtaactttgctagtggagcattcaaaagcacggtcaaaaatatcaccaccaacgatgcaattgttgccaatcc 11755679  T
Q  313 agtagcgcgaaaaagaattactaatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccaaaacggaaattctccgattctataggcatcc 412  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11755678 aatagcgcgaaaaagaattactaatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccaaaacggaaattctccgattctataggcatcc 11755579  T
Q  413 acgttcacatagttcattatctcaccgctcgagtgaatcaatctagcagcattggataatttcaattgtttcttataaattgatgcaataagtaatgacc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11755578 acgttcacatagttcattatctcaccgctagagtgaatcaatctagcagcattggataatttcaattgtttcttataaattgatgcaataagtaatgacc 11755479  T
Q  513 taactttcataccaataacccttgagcgaaaataccattgcctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagatggccaaaaagtaacc 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11755478 taactttcataccaataacccttgagcgaaaataccattgcctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagattgccaaaaagtaacc 11755379  T
Q  613 ttcaaatttgaaactttgattaccctcagccaccagtataaaggcattcaaaactataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaagaat 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11755378 ttcaaatttgaaactttgattaccctcagccaccagtataaaggcattcaatattataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaagaat 11755279  T
Q  713 ccagatatcaaaatctctctccggtggcacaaaacgattgtccataacaccgatgatcgagatgatggatccttctgcttttttctattcaattgatcta 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11755278 ccagatatcaaaatctctctccggtggcaaaaaacaattgtccataacaccgatgatcgagatgatggatccttctgcttttttctattcaattgttcta 11755179  T
Q  813 taaataacgaataacatacttctgctctatccggctcttgcaactttgggatgtcctcgtcctcaagtgttttcttttgaccctttttcattagtggatt 912  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11755178 taaataacgaataacatacttctgctctatccgactcttgcaactttgggatgtctttgccctcgagtgttttcttttgaccctttttcatcagtggatt 11755079  T
Q  913 caaccaccaaaatgacatccgactaaggagtccggctttggcaaatggggtta 965  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11755078 caaccaccaaaatgacatccgactaaggagtccagctttggcaaatggggtta 11755026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 835; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 967
Target Start/End: Original strand, 12093957 - 12094911
Alignment:
Q  13 agcagagaccaaagtaggtgaaaaccaaaagagcataaggctgtatgccttttgtaatagtactgaagataacaatttttcttcaacaattcttaggatt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12093957 agcagagaccaaagtaggtgaaaaccaaaagagaataaggctgtatgccttttgtaataacactgaagataacaatttttgttcaacaattcttaggatt 12094056  T
Q  113 tcaatggaatttttaaaatgcatttcccatgcatataactttagcactttcatgttcaccagagcttcagaactagctttcaacctttcatcttgggcca 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12094057 tcaatggaatttttaaaatgcatttcccatgcatataactttagcactttcatattcaccagagcctcagaactagccttcaacctttcatcttgggcca 12094156  T
Q  213 ccagaagtttacttagatacttatgttgtaactttgctagtggagcattcaaaagcacggtcaaaactatcaccaccaacgatgcaattgttgccaatcc 312  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  12094157 ccagaagtttactaagatacttatgttgtaactttgctagtggagcattcaaaaacacggtcaaaactatcaccaccaatgacgcaattgttgccaatcc 12094256  T
Q  313 agtagcgcgaaaaagaattactaatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccaaaacggaaattctccgattctataggcatcc 412  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12094257 aatagcacgaaaaagaattactaatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccagaacggaaattctccgattctatacgcatcc 12094356  T
Q  413 acgttcacatagttcattatctcaccgctcgagtgaatcaatctagcagcattggataatttcaattgtttcttataaattgatgcaataagtaatgacc 512  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||||| || |    
T  12094357 acattcacatagttcattatctcaccgctagagtgaatcaatctagcagcattggataatttcagttgtttcctataaatagatgcagtaagtaacgatc 12094456  T
Q  513 taactttcataccaataacccttgagcgaaaataccattgcctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagatggccaaaaagtaacc 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12094457 taactttcataccaataacccttgagcgaaaataccattgcctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagatggccaaaaaataacc 12094556  T
Q  613 ttcaaatttgaaactttgattaccctcagccaccagtataaaggcattcaaaactataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaagaat 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  12094557 ttcaaatttgaaactttgattaccctcagccaccagtataaaggcattcaaaattataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaaaaat 12094656  T
Q  713 ccagatatcaaaatctctctccggtggcacaaaacgattgtccataacaccgatgatcgagatgatggatccttctgcttttttctattcaattgatcta 812  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  12094657 ccagatatcaaaatctctctccggtggcacaaaacgattgtccataacaccgatgatcgagatgatggatccttctgcttttttctattcgattgttcta 12094756  T
Q  813 taaataacgaataacatacttctgctctatccggctcttgcaactttgggatgtcctcgtcctcaagtgttttcttttgaccctttttcattagtggatt 912  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12094757 taaataacgaataacatacttctgctctatccggctcttgcaactttgggatgtcctcgtcctcaagtgttttattttgaccctttttcattagtggatt 12094856  T
Q  913 caaccaccaaaatgacatccgactaaggagtccggctttggcaaatggggttaca 967  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12094857 caaccaccaaaatgacatccgactaaggagtccggctttggaaaatggggttaca 12094911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 121 - 953
Target Start/End: Original strand, 11739837 - 11740672
Alignment:
Q  121 atttttaaaatgcatttcccatgcatataactttagcactttcatgttcaccagagcttcagaactagctttcaacctttcatcttgggccaccagaagt 220  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||||||||  ||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  11739837 atttttaaaatgggtttcccatgcatataacttcaacactttcacattcactagagcctcggaactagcctttaacctttcatcttgtgccacgagaagt 11739936  T
Q  221 ttacttagatacttatgttgtaactttgctagtggagcattcaaaagcacggtcaaaactatcaccaccaacgatgcaattgttgccaatccagtagcgc 320  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||   || |    
T  11739937 ttgcttagatacttatgttgtaactttgctagtggagtatttaatagcgccgtcaaaactatcaccaccaacgatgcaattgtcgcaagcccaaccgcac 11740036  T
Q  321 gaaaaagaattactaatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccaaaacggaaattctccgattctataggcatccacgttcac 420  Q
    |||||| ||| || |||| |||  |||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  11740037 gaaaaataatgaccaatgaaatacatagttggagaaatgttgtccatgaatggtgaaaccaaaacggtaattctccaattctataagcatccacattcac 11740136  T
Q  421 atagttcattatctcaccgctcgagtgaatcaatctagcagcattggataatttcaattgtttcttataaattgatgcaataagtaatgacctaactttc 520  Q
    ||| ||||||||||| || |  |||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | ||| | |||||||||| ||||||||    
T  11740137 ataattcattatctcgccaccagagtgaatcaatttagcagcattggataacctcagttgtttcttataaacggctgcgacaagtaatgacttaactttc 11740236  T
Q  521 ataccaataacccttgagcgaaaataccattgcctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagatggccaaaaagtaaccttcaaatt 620  Q
    ||||||| ||  || | |||||||||||| |||||||| |||| ||| |||| ||| ||  ||||||||||||||||||| || |  |||| |||| |||    
T  11740237 ataccaacaagtctagcgcgaaaataccactgcctttgggataaggattctataatttttgtaaacaaaagtgagatggctaatacataactttcatatt 11740336  T
Q  621 tgaaactttgattaccctcagccaccagtataaaggcattcaaaactataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaagaatccagatat 720  Q
    || |||||| |||| |||| ||| |||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  11740337 tggaactttcattatcctcggccgccaaaataaaggcattcaaaattataggacaacaagaaagtgcgagtaccttgagtaatgcaaagaatcctgatat 11740436  T
Q  721 caaaatctctctccggtggcacaaaacgattgtccataacaccgatgatcgagatgatg---gatccttctgcttttttctattcaattgatctataaat 817  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||  ||||||| ||| ||| | || |  |||||||     ||||||||||||  ||| |||| ||||||||||||     
T  11740437 caaaatttctctacgatggcacaaaattattgtccgtaaaaccaacgaccatgatgatgattcgtccttctgctttagtctgttcagttgatctataaac 11740536  T
Q  818 aacgaataacatacttctgctctatccggctcttgcaactttgggatgtcctcgtcctcaagtgttttcttttgaccctttttcattagtggattcaacc 917  Q
    |  ||||||||| |||||||||  || | |||  ||||| |||| | ||||||||| | |||| |||| | ||| ||| |||| || | |||||||||||    
T  11740537 attgaataacatgcttctgctcggtcagactcccgcaacgttggaacgtcctcgtcatgaagtattttttcttgtccccttttaatcaatggattcaacc 11740636  T
Q  918 accaaaatgacatccgactaaggagtccggctttgg 953  Q
    ||||||||||||||  ||||| || ||| |||||||    
T  11740637 accaaaatgacatcaaactaaagaatcctgctttgg 11740672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 121 - 769
Target Start/End: Original strand, 11632002 - 11632650
Alignment:
Q  121 atttttaaaatgcatttcccatgcatataactttagcactttcatgttcaccagagcttcagaactagctttcaacctttcatcttgggccaccagaagt 220  Q
    ||||||||||||  ||||||| ||||| ||||| | ||||||||| ||||| ||||| || |||||||| || || || |||||||| ||||||| ||||    
T  11632002 atttttaaaatgattttcccacgcatacaacttcaacactttcatattcacaagagcctccgaactagcctttaatctctcatcttgtgccaccataagt 11632101  T
Q  221 ttacttagatacttatgttgtaactttgctagtggagcattcaaaagcacggtcaaaactatcaccaccaacgatgcaattgttgccaatccagtagcgc 320  Q
    || ||  ||||||| |||||||||||||||||||||  |||  ||| ||| || | |||||||||| |||| |||||||  ||||| | |||| | | ||    
T  11632102 ttgctctgatacttgtgttgtaactttgctagtggataattgcaaatcacagtgagaactatcaccgccaatgatgcaagcgttgctagtccaattgtgc 11632201  T
Q  321 gaaaaagaattactaatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccaaaacggaaattctccgattctataggcatccacgttcac 420  Q
    | ||||||||||||||||||||  | | |||||| | |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||     
T  11632202 ggaaaagaattactaatgcaatacacaattggagaattgttgtccatgtctggtgaaaccagaatggaaattctccgattctataagcatctacgatcat 11632301  T
Q  421 atagttcattatctcaccgctcgagtgaatcaatctagcagcattggataatttcaattgtttcttataaattgatgcaataagtaatgacctaactttc 520  Q
     || |||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||| ||| ||||     |||  |||||||||||| | |||| |||||| ||| |||||||||    
T  11632302 gtaattcattatctcaccaccagagtgaatcaacctagcagaattcgatagccgtaatattttcttataaatggctgcattaagtagtgatctaactttc 11632401  T
Q  521 ataccaataacccttgagcgaaaataccattgcctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagatggccaaaaagtaaccttcaaatt 620  Q
    || |||| ||  || | | | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||  || || ||||  || ||||| | |||||| |  ||||||||| |||    
T  11632402 atcccaacaagtctagtgtggaaataccattgtctttgtgatagggattctatgatttttataacaaagagtgaaacggccaatacataaccttcatatt 11632501  T
Q  621 tgaaactttgattaccctcagccaccagtataaaggcattcaaaactataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaagaatccagatat 720  Q
    |||||||||  |||||||| || |||| ||| |||||||| | || || ||||  |||||| |||| ||||||||| |  || ||||||||||| | ||     
T  11632502 tgaaactttcgttaccctcggcaaccaatatgaaggcattaagaagtagaggagtagaagatagagcgagtaccttaaacaacgcaaagaatccggttac 11632601  T
Q  721 caaaatctctctccggtggcacaaaacgattgtccataacaccgatgat 769  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||| |||||||||    
T  11632602 caaaatctctctccaatggcacaaaaagatggtccataaaaccgatgat 11632650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 123 - 768
Target Start/End: Complemental strand, 11663044 - 11662399
Alignment:
Q  123 ttttaaaatgcatttcccatgcatataactttagcactttcatgttcaccagagcttcagaactagctttcaacctttcatcttgggccaccagaagttt 222  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||| |||||     
T  11663044 ttttaaaatgtgtttcccatgcatatagctttagcactttcatactcacaagagcctcagaactagccttcaatctctcgtcttgtgccaccataagttc 11662945  T
Q  223 acttagatacttatgttgtaactttgctagtggagcattcaaaagcacggtcaaaactatcaccaccaacgatgcaattgttgccaatccagtagcgcga 322  Q
    |||  || |||| ||||| ||||||||||||||||  ||  ||||||  || | |||||||||  |||  || || ||||||||   |||| | || | |    
T  11662944 actctgaaacttgtgttgcaactttgctagtggagtgttgcaaagcatcgtgagaactatcactgccattgaagctattgttgctggtccaattgcacca 11662845  T
Q  323 aaaagaattactaatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccaaaacggaaattctccgattctataggcatccacgttcacat 422  Q
    ||||||||||||||||||||  | | |||||||| ||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |  |||||  ||| ||    
T  11662844 aaaagaattactaatgcaatacacatttggaggattgtggtccaagtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagtgtccacagtcatat 11662745  T
Q  423 agttcattatctcaccgctcgagtgaatcaatctagcagcattggataatttcaattgtttcttataaattgatgcaataagtaatgacctaactttcat 522  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||| | | |||  ||| |||||||    |||  |||||| ||| |||||||||||    
T  11662744 aattcattatctcgccactcgagtgaatcaatctagcagaattggatagtcttaatgtttttttataaacgactgcggtaagtagtgatctaactttcat 11662645  T
Q  523 accaataacccttgagcgaaaataccattgcctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagatggccaaaaagtaaccttcaaatttg 622  Q
     |||| ||  |||  ||||||||||||||| || || |||| ||| ||||  ||||| || || |||||||| |||||||| |  ||||||||| |||||    
T  11662644 gccaacaagtcttccgcgaaaataccattgtctctgtgatatggattctatgatctttatgaagaaaagtgatatggccaatatataaccttcatatttg 11662545  T
Q  623 aaactttgattaccctcagccaccagtataaaggcattcaaaactataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaagaatccagatatca 722  Q
    ||||||| ||| |||||||  |||| |||||| ||||| | || || ||| | | |||| | ||  ||||||||||| || ||||||||||| | ||| |    
T  11662544 aaactttcatttccctcagaaaccaatataaaagcattaagaagtaaagggccacaagatatagcaagtaccttgagcaaagcaaagaatcctgttatta 11662445  T
Q  723 aaatctctctccggtggcacaaaacgattgtccataacaccgatga 768  Q
    |||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||    
T  11662444 aaatctctcttcggtggcaccgaactattgtccataaaaccgatga 11662399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 121 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 11618230 - 11617586
Alignment:
Q  121 atttttaaaatgcatttcccatgcatataactttagcactttcatgttcaccagagcttcagaactagctttcaacctttcatcttgggccaccagaagt 220  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||| ||||| || ||||| || || || || |||||||| ||||||| ||||    
T  11618230 atttttaaaatgtgtttcccatgcatatagcttcaacactttcatattcacaagagcctccgaactcgcctttaatctctcatcttgcgccaccataagt 11618131  T
Q  221 ttacttagatacttatgttgtaactttgctagtggagcattcaaaagcacggtcaaaactatcaccaccaacgatgcaattgttgccaatccagtagcgc 320  Q
    |   || || |||| |||||||| |||||||||||||| ||  ||||||| || | ||||||||||||||| ||||| | |||||| | |||| | | ||    
T  11618130 tgggtttgaaacttgtgttgtaagtttgctagtggagcgttgcaaagcacagtgagaactatcaccaccaatgatgcgagtgttgctagtccaattgtgc 11618031  T
Q  321 gaaaaagaattactaatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccaaaacggaaattctccgattctataggcatccacgttcac 420  Q
    | ||||||||||  ||||||||  | | |||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||  | ||    
T  11618030 ggaaaagaattatcaatgcaatacacaattggaggcttgttgtccaagtctggtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatcgacagtaac 11617931  T
Q  421 atagttcattatctcaccgctcgagtgaatcaatctagcagcattggataatttcaattgtttcttataaattgatgcaataagtaatgacctaactttc 520  Q
    ||| |||||||||||||| |  |||||| |||||||||| | ||| ||||   | ||   ||| |||||| | | |||| ||||||| || | || ||||    
T  11617930 ataattcattatctcaccaccagagtgattcaatctagccgaatttgatagacttaacatttttttataagtggctgcagtaagtaaagatcgaattttc 11617831  T
Q  521 ataccaataacccttgagcgaaaataccattgcctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagatggccaaaaagtaaccttcaaatt 620  Q
    |  |||| ||  ||   ||| ||||||||||| ||||||||||  || ||||  ||||| | ||  || | ||| ||||| || || ||||||||| |||    
T  11617830 actccaacaagtctactgcggaaataccattgtctttgagatatagattctatgatctttacaaggaagattgatatggctaataaataaccttcatatt 11617731  T
Q  621 tgaaactttgattaccctcagccaccagtataaaggcattcaaaactataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaagaatccagatat 720  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||  |||||| ||  ||||||| |||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| | |||    
T  11617730 tgaaactttcattaccttcagcaaccaatataaattcattcagaatcataggaccagaagatagtgtgagtaccttgagaaaagcgaagaatcctgttat 11617631  T
Q  721 caaaatctctctccggtggcacaaaacgattgtccataacaccga 765  Q
    |||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  11617630 caaaatctctctcttgtggcacaaaattattgtccataaaaccga 11617586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 116 - 759
Target Start/End: Original strand, 11674018 - 11674661
Alignment:
Q  116 atggaatttttaaaatgcatttcccatgcatataactttagcactttcatgttcaccagagcttcagaactagctttcaacctttcatcttgggccacca 215  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| || || |||||||| |||||||    
T  11674018 atggaatttttaaaatgggtttcccatgcatatagcttcaacactttcatattcacaagagcctcagaactcgcttttaatctctcatcttgcgccacca 11674117  T
Q  216 gaagtttacttagatacttatgttgtaactttgctagtggagcattcaaaagcacggtcaaaactatcaccaccaacgatgcaattgttgccaatccagt 315  Q
      ||||| ||  || |||| ||||||| ||||||||| ||||  ||  |||||||||| | || |||||| ||||  || || |  ||||| | |||  |    
T  11674118 ttagtttgctctgaaacttgtgttgtagctttgctagcggagtgttgcaaagcacggtgagaattatcactaccagtgaagctacggttgcaagtccgat 11674217  T
Q  316 agcgcgaaaaagaattactaatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccaaaacggaaattctccgattctataggcatccacg 415  Q
     || ||||||||||| |||||||||||  | ||||| || | ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||     
T  11674218 tgcacgaaaaagaatcactaatgcaatacacagttgaagaattgttgtccaagtcttgtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccaca 11674317  T
Q  416 ttcacatagttcattatctcaccgctcgagtgaatcaatctagcagcattggataatttcaattgtttcttataaattgatgcaataagtaatgacctaa 515  Q
     ||| ||| ||||||||||| || || |||||||  ||||||||||  |||||||   | |||  ||| |||| ||| | |||| |||||| ||| || |    
T  11674318 gtcatataattcattatctcgccactagagtgaactaatctagcagagttggatagccttaatatttttttatgaatggctgcagtaagtagtgatctga 11674417  T
Q  516 ctttcataccaataacccttgagcgaaaataccattgcctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagatggccaaaaagtaaccttc 615  Q
    | ||||| || |||| |||    || ||||||||||| | ||| |||| ||| ||||  ||||| ||||| |||||||| || ||||| |  ||||||||    
T  11674418 ccttcatccctataagcctactacggaaataccattgtcgttgcgataaggattctaggatctttataaagaaaagtgatattgccaatacataaccttc 11674517  T
Q  616 aaatttgaaactttgattaccctcagccaccagtataaaggcattcaaaactataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaagaatcca 715  Q
    | |||  ||||||| ||| || ||||| |||| ||||||  |||||| || || ||||| |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||     
T  11674518 atattcaaaacttttattgccttcagcaaccaatataaactcattcagaagtaaaggaccagaagatagagtgagtaccttgagcaaagcaaagaatccg 11674617  T
Q  716 gatatcaaaatctctctccggtggcacaaaacgattgtccataa 759  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||  ||  |||||||||||    
T  11674618 gttatcaaaatctctctttggtggcacgcaattattgtccataa 11674661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 121 - 768
Target Start/End: Original strand, 11710547 - 11711194
Alignment:
Q  121 atttttaaaatgcatttcccatgcatataactttagcactttcatgttcaccagagcttcagaactagctttcaacctttcatcttgggccaccagaagt 220  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| || || ||||| ||||||| ||||    
T  11710547 atttttaaaatggttttcccatgcatataacttgagcactttcatattcacaagagcctcggaactagccttcaatctctcgtcttgtgccaccataagt 11710646  T
Q  221 ttacttagatacttatgttgtaactttgctagtggagcattcaaaagcacggtcaaaactatcaccaccaacgatgcaattgttgccaatccagtagcgc 320  Q
    |  ||  || |||| | |||||||||||||| |||||  ||  ||||||| |||| ||||||||||||||  || || |||||||| | |||| | || |    
T  11710647 tcgctctgaaacttgttttgtaactttgctattggagtgttgcaaagcacagtcagaactatcaccaccattgaagctattgttgctagtccaattgctc 11710746  T
Q  321 gaaaaagaattactaatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccaaaacggaaattctccgattctataggcatccacgttcac 420  Q
    |  |||||||||||||||||||  | | ||| |||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||  | |     
T  11710747 ggtaaagaattactaatgcaatacacaattgaaggattgtcgtccatgtctggtgaaaccagaatggaaattctccaattctataagcatccacagttat 11710846  T
Q  421 atagttcattatctcaccgctcgagtgaatcaatctagcagcattggataatttcaattgtttcttataaattgatgcaataagtaatgacctaactttc 520  Q
     || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||   | | |   || ||||||||   |||  |||||| ||| || ||||||    
T  11710847 gtaattcattatctcaccactagagtgaatcaatctagcagaattggatagccttagtatctttttataaatgtttgcggtaagtagtgatctcactttc 11710946  T
Q  521 ataccaataacccttgagcgaaaataccattgcctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagatggccaaaaagtaaccttcaaatt 620  Q
    || |||| ||  ||  |  | ||||||||||| ||||| |||| ||||||||  ||||| || || |||||| | ||  ||||    || |||||| |||    
T  11710947 atcccaacaagtctacattggaaataccattgtctttgtgataaggactctatgatctttatgaagaaaagtaatataaccaatgcatagccttcatatt 11711046  T
Q  621 tgaaactttgattaccctcagccaccagtataaaggcattcaaaactataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaagaatccagatat 720  Q
    ||||||||| |||||| ||||  || | |||||| ||||||| || || ||| | | |||| |  |  ||||||||||| || || |||||||| | |||    
T  11711047 tgaaactttcattaccttcagaaactaatataaacgcattcagaagtagagggccacaagatattgcaagtaccttgagcaaagcgaagaatcccgttat 11711146  T
Q  721 caaaatctctctccggtggcacaaaacgattgtccataacaccgatga 768  Q
    || ||| |||||||  ||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  11711147 cagaatatctctcctatggcacaaaattattgtccataataccgatga 11711194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 854 - 963
Target Start/End: Original strand, 11711250 - 11711359
Alignment:
Q  854 aactttgggatgtcctcgtcctcaagtgttttcttttgaccctttttcattagtggattcaaccaccaaaatgacatccgactaaggagtccggctttgg 953  Q
    ||||||||||| || || || | ||||||||| | ||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||| || |||  ||||| || ||| |||||||    
T  11711250 aactttgggatatcgtcatcttgaagtgttttttgttgaccccttttcatcaacggattcaaccaccaaaaagatatcttactaaagaatccagctttgg 11711349  T
Q  954 caaatggggt 963  Q
    ||||||||||    
T  11711350 caaatggggt 11711359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 854 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 11617497 - 11617427
Alignment:
Q  854 aactttgggatgtcctcgtcctcaagtgttttcttttgaccctttttcattagtggattcaaccaccaaaa 924  Q
    ||||||||||| || |||||   ||||||||||| | ||||| ||||||| | ||||||||||||||||||    
T  11617497 aactttgggatatcatcgtctagaagtgttttctctagacccgttttcatcaatggattcaaccaccaaaa 11617427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196 (Bit Score: 150; Significance: 9e-79; HSPs: 2)
Name: scaffold0196
Description:

Target: scaffold0196; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 122 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 12581 - 11944
Alignment:
Q  122 tttttaaaatgcatttcccatgcatataactttagcactttcatgttcaccagagcttcagaactagctttcaacctttcatcttgggccaccagaagtt 221  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||  || | ||||||||| |||   ||||||||||||||| | || || || || ||||| |||| || |||||    
T  12581 tttttaaaatggttttcccatgcatatagtttcaacactttcatattcgtgagagcttcagaactaacctttaatctctcgtcttgtgccaacataagtt 12482  T
Q  222 tacttagatacttatgttgtaactttgctagtggagcattcaaaagcacggtcaaaactatcaccaccaacgatgcaattgttgccaatccagtagcgcg 321  Q
    ||||  || | || | ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| | |||||||||| |||  ||||| | |||||| | |||| | | |||    
T  12481 tactctgaaatttgtattgtaactttgatagtggagcattgcaaagcacggtgagaactatcaccgccattgatgctagtgttgctagtccaattgtgcg 12382  T
Q  322 aaaaagaattactaatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccaaaacggaaattctccgattctataggcatccacgttcaca 421  Q
     ||||| ||||||||||||||  | | |||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  ||| |    
T  12381 gaaaaggattactaatgcaatacacaattggaggattgttgtccaagtttggtgaaaccaaaatggaaattctccaattctataagcatccaccgtcata 12282  T
Q  422 tagttcattatctcaccgctcgagtgaatcaatctagcagcattggataatttcaattgtttcttataaattgatgcaataagtaatgacctaactttca 521  Q
    || |||||||| ||||| |  ||||||| |||||| || | |||||||||  | |||  ||| ||| |||| | |||| |||||  ||| ||||||||||    
T  12281 taattcattatttcaccacctgagtgaaccaatctcgctgtattggataaccttaatatttttttagaaatggttgcagtaagttgtgatctaactttca 12182  T
Q  522 taccaataacccttgagcgaaaataccattgcctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagatggccaaaaagtaaccttcaaattt 621  Q
    | |||| ||  || | ||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||  || || ||||| || ||||| ||||| || |  ||||||||| ||||    
T  12181 ttccaacaagtctagtgcggaaataccattgtctttgtgatagggattctatgatttttataaagaagagtgacatggctaatatataaccttcatattt 12082  T
Q  622 gaaactttgattaccctcagccaccagtataaaggcattcaaaactataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaagaatccagatatc 721  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||| || || ||||  | |||| |||| ||||||||||| ||| ||||| || || | || |    
T  12081 gaaactttcattaccctcagcaaccattataaaggcgttcagaagtagaggagtaaaagatagagcgagtaccttgaaaaaagcaaacaacccggttacc 11982  T
Q  722 aaaatctctctccggtggcacaaaacgattgtccataa 759  Q
    ||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||    
T  11981 aaaatttctctctggtggcataaaatgattgtccataa 11944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 857 - 927
Target Start/End: Complemental strand, 11846 - 11776
Alignment:
Q  857 tttgggatgtcctcgtcctcaagtgttttcttttgaccctttttcattagtggattcaaccaccaaaatga 927  Q
    |||||||| ||||| |||| ||||||||| | ||||| | ||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  11846 tttgggatatcctcatcctgaagtgttttttcttgactcgttttcatcaatggatttaaccaccaaaatga 11776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 108; Significance: 1e-53; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 135 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 44811617 - 44810998
Alignment:
Q  135 tttcccatgcatataactttagcactttcatgttcaccagagcttcagaactagctttcaacctttcatcttgggccaccagaagtttacttagatactt 234  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||| |||| ||||| || |||||||| || |||| |||||| ||| || ||||    
T  44811617 tttcccatgcatataacttcagcaccttcatattcacaagagcctcagaagtagccttcaatctctcatcttgtgctaccataagtttgctttgaaactt 44811518  T
Q  235 atgttgtaactttgctagtggagcattcaaaagcacggtcaaaactatcaccaccaacgatgcaattgttgccaatccagtagcgcgaaaaagaattact 334  Q
     |||||||||||||| | ||| |||||  |||| || || | |||||| || ||||  || |||||||| || |  ||| ||||||| ||||| |||||     
T  44811517 gtgttgtaactttgcaattggtgcattacaaagtacagtgataactatgactaccagggaggcaattgtagctatcccaatagcgcggaaaagtattacc 44811418  T
Q  335 aatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccaaaacggaaattctccgattctataggcatccacgttcacatagttcattatct 434  Q
    || |  ||  |||| |||| |   || |||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||| |    
T  44811417 aacgagatacatagctggaagctagtagtccatgtttggtgaaaccagtaaggaaattctccgattctataagcatccacagtcacataattcattattt 44811318  T
Q  435 caccgctcgagtgaatcaatctagcagcattggataatttcaattgtttcttataaattgatgcaataagtaatgacctaactttcataccaataaccct 534  Q
    ||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||  ||| ||| || ||||||||   |||| | || |  ||||||||||| | ||| |  |  ||    
T  44811317 caccgctagagtgcgtcaatctagcagaattggataacctcagttgctttttataaatcactgcagttagaagagacctaactttgagaccgacgagtct 44811218  T
Q  535 tgagcgaaaataccattgcctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagatggccaaaaagtaaccttcaaatttgaaactttgatta 634  Q
     ||| | |||||||| |||||||||||||| || |||| ||| || ||||| |||||||  |||||||| |   |||||||| |||||||||| | |  |    
T  44811217 cgagtggaaataccactgcctttgagatagagattctataatttttataaagaaaagtgctatggccaatacaaaaccttcatatttgaaactctcaaaa 44811118  T
Q  635 ccctcagccaccagtataaaggcattcaaaactataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaagaatccagatatcaaaatctctctcc 734  Q
    || ||  | || | |||||||| ||||| ||  |  || | |||||| || |  |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  44811117 ccttcgacgactaatataaaggaattcagaagcaatggtccagaagacagtgcaagtaccttaagcaatgcaaagaatccagatatcaaaatttctctcg 44811018  T
Q  735 ggtggcacaaaacgattgtc 754  Q
     ||| |||||||| ||||||    
T  44811017 agtgacacaaaactattgtc 44810998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 101; Significance: 2e-49; HSPs: 2)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 121 - 765
Target Start/End: Original strand, 8951 - 9595
Alignment:
Q  121 atttttaaaatgcatttcccatgcatataactttagcactttcatgttcaccagagcttcagaactagctttcaacctttcatcttgggccaccagaagt 220  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| | |||||||||  | || | ||  ||| ||||||| || || || |||||||| ||||||| ||||    
T  8951 atttttaaaatgtgtttcccatgcatataacttcaacactttcatagtaacaaaagactcaaaactagcctttaatctctcatcttgtgccaccataagt 9050  T
Q  221 ttacttagatacttatgttgtaactttgctagtggagcattcaaaagcacggtcaaaactatcaccaccaacgatgcaattgttgccaatccagtagcgc 320  Q
    |  ||| || |||| || | |||||| |||||  |||||||  ||||||  || | || |||||   |||| ||||| |   |||| | |||| | | ||    
T  9051 tgcctttgaaacttgtgctctaacttggctaggcgagcattgcaaagcatagtgagaattatcattgccaatgatgctagaattgctagtccaattgtgc 9150  T
Q  321 gaaaaagaattactaatgcaattgatagttggaggactgttgtccatgtctggtgaaaccaaaacggaaattctccgattctataggcatccacgttcac 420  Q
    | ||||||||||||||||||||  | |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||| | |     
T  9151 ggaaaagaattactaatgcaatacacagttggaggcttgttgtccaagtctggtgaaaccaaaccggaaattctccaattctataagcatctacgattat 9250  T
Q  421 atagttcattatctcaccgctcgagtgaatcaatctagcagcattggataatttcaattgtttcttataaattgatgcaataagtaatgacctaactttc 520  Q
    ||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||  | |||  ||| |||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||    
T  9251 ataattgattatctcaccactagagtgaatcaatctagcagaattggacaaccttaatatttttttataaatggatgcattaagtagtgatctaactttc 9350  T
Q  521 ataccaataacccttgagcgaaaataccattgcctttgagatagggactctaaaatcttgataaacaaaagtgagatggccaaaaagtaaccttcaaatt 620  Q
    || |||| ||  ||    || ||||||||||| ||||| |||| |||  | |  ||||| ||||| || ||||| || || || |  ||||| | | | |    
T  9351 atcccaacaagtctactccggaaataccattgtctttgtgatacggatccaatgatctttataaagaagagtgatatcgctaatatataaccctgataat 9450  T
Q  621 tgaaactttgattaccctcagccaccagtataaaggcattcaaaactataggacaagaagaaagagtgagtaccttgagaaatgcaaagaatccagatat 720  Q
    ||||||||  ||| || ||||| |||  ||||||  |||||| || || ||||| |||||  ||||  ||||||||||| || ||||||| ||| | |||    
T  9451 tgaaacttgtattgccttcagcaaccgatataaattcattcagaaatagaggaccagaagttagagcaagtaccttgagcaaagcaaagagtcctgttat 9550  T
Q  721 caaaatctctctccggtggcacaaaacgattgtccataacaccga 765  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||| || |||||    
T  9551 caaaatctctctctggtagcacaaaattattgtccaaaagaccga 9595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 854 - 924
Target Start/End: Original strand, 9684 - 9754
Alignment:
Q  854 aactttgggatgtcctcgtcctcaagtgttttcttttgaccctttttcattagtggattcaaccaccaaaa 924  Q
    ||||| ||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||| |||||||||||    
T  9684 aacttcgggatatcctcgtctacaagtgttttctcttgaccccttttcatcaatggatttaaccaccaaaa 9754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University